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easyBio — 简化生信上游处理的工具包

工欲善其事必先利其器 1easyBio easyBio是一个由上海交通大学 shilei 维护的基于Python的生物信息学软件项目,提供了多个小工具,旨在简便生物信息学数据的分析和处理。.../simple 失败镜像 清华镜像可以成功 安装成功 方法二 从作者公众号获取安装包(见 https://mp.weixin.qq.com/s/6MVjI4r9MWs3zw-ZLoA3Dg ),上传到服务器...包含了原始文件名与期望更改后的文件名的匹配信息 -f #要处理的文件的目录路径 如果是多泳道请使用--list_fill(-l)参数,如果--list_fill参数为空,则默认使用单泳道模式 改名前 重命名后 可以看到对于一个样本对应多个...4其余功能 其余一键上游处理功能还没有用到,感兴趣的用户可以去学习工具包作者的相关推文: https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?...如果一个GSE数据中同时有不同种属的数据,或有些数据上传的是bam数据有些数据上传的是SRA数据,则无法使用该工具包,这种建议自行一个样本一个样本处理。

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Node入门教程(7)第五章:node 模块化(下) npm与yarn详解

但是由于服务器在国外,而且国内你懂得,有时候下载比较大点的第三方包会非常慢,而且经常断掉。建议使用国内比较稳定快速的镜像,比如淘宝的npm镜像。...设置npm下载包的镜像为淘宝的镜像,设置方式: 打开终端(windows下请使用powershell) # 设置淘宝镜像 $ npm config set registry https://registry.npm.taobao.org...那为什么Facebook再造一个重复的轮子呢? 在yarn之前的npm版本的问题:(当然部分问题已经修复) npm 安装包(packages)的速度不够快,是顺序下载,不是并行。...yarn的优点: 速度快:Yarn 缓存了每个下载过的包,所以再次使用时无需重复下载。 同时利用并行下载以最大化资源利用率,因此安装速度更快。并行下载安装包,速度真的是杠杠的。...重试机制确保单个请求失败不会导致整个安装失败。 yarn的安装 mac下安装: brew install yarn windows安装:直接下载安装包。

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SpringAI+Ollama三部曲之二:细说开发

(觉得作者啰嗦的,直接在这里下载) 如果您只想快速浏览完整源码,可以在GitHub下载代码直接运行,地址和链接信息如下表所示(https://github.com/zq2599/blog_demos):...工程,里面有多个子工程,今天的实战就是子工程ollama-chat Java开发(新建工程) 《Spring AI实战之一:快速体验(OpenAI)》一文中创建了一个名为springai-tutorials...(注意最后有点号,不要漏掉了),注意bolingcavalry/ollam-tutorial:0.0.1-SNAPSHOT 是我为这个镜像起的名字,bolingcavalry是我的docker镜像账号...docker-compose.yml了,这个在前文已经制作过一次,再来回顾一下,可见一共三容器:ollama、webui、java应用,前两直接使用官方镜像即可,最后一个是咱们刚才做出来的 version...接下来按照前文的步骤部署和启动,就是使用大模型的能力了 通过本文可见,基于SpringAI的封装后,使用大模型的对话能力是非常简单的事情,当然了,ollama并非如此简单,SpringAI对ollama的能力封装也不可能只有这么一个

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Java 近期新闻:GlassFish 7.0、Payara 平台、Apache NetBeans 16

为linux/arm64 及linux/amd64 设计的新 WildFly 源码到镜像(S2I)以及 运行时多架构镜像,采用了不同于常规 WildFly 镜像的命名规则,以优化对多个 JDK 版本的支持...新镜像名称为: quay.io/wildfly/wildfly-runtime:(运行时镜像) quay.io/wildfly/wildfly-s2i: (S2I 构建镜像) 需要注意的是...意味着在这之后,8.5 分支将大概率不会有更新,仅影响 8.5 分支的问题将不会被处理,不会有针对 8.5 分支的安全漏洞报告检测。...除此之外,在 2024 年 6 月 30 日之后,8.5 的下载页面将被删除;最新 8.5 分支的发布将从 CDN 中删除;8.5 分支将会变更为只读;8.5 的文档链接将被从 Apache Tomcat...Project Reactor Project Reactor 的第一个维护版本 2022.0.1,提供对reactor-core 3.5.1、reactor-netty 1.1.1、reactor-kafka

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玩转 Drone CI

并行构建 在默认情况下,drone 会按照步骤执行,但是有时会遇到前后端在同一个 repo 的情况,这时使用并行构建就可以省去很多的构建时间。...构建流程: 在下面的示例里会展示一个如下流程:repo 中包含一个由 Java 写的服务以及一个 vue 前端项目,maven 构建和 npm 构建同时进行,maven 构建成功后会镜像 docker...镜像构建并上传镜像仓库,docker 构建成功后会镜像 k8s 部署,部署成功后会进行 vue 项目前端发布,在 k8s 部署成功并且前端发布成功后,进行钉钉构建成功同时,否则进行钉钉构建失败通知。...多子项目构建 在使用 drone 中遇到的最大问题就是,我们有很多项目都是在一个 repo 中有很多子项目,而每个子项目都是 k8s 中的一个服务,这时一个 .drone.yml 文件很难把所有的服务都囊括...而又不想每个子项目拉一个分支管理,当前的模式就很不合适。

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Kubernetes | 资源清单 - ResourceList

例如,创建镜像没必要 FROM 另一个镜像,只需要在安装过程中使用类似 sed 、 awk 、 python 或 dig 这样的工具。...如 Pod 文档 中所述,一旦绑定到一个节点, Pod 将 永远不会重新绑定到另一个节点。...等待时间包括调度 Pod 的时间和通过网络下载镜像的时间,这可能需要花点时间 运行中( Running ):该 Pod 已经绑定到了一个节点上, Pod 中所有的容器都已被创建。...至少有一个容器正在运行,或者正处于启动或重启状态 成功( Succeeded ): Pod 中的所有容器都被成功终止,并且不会再重启 失败( Failed ): Pod 中的所有容器都已终止了,...并且至少有一个容器是因为失败终止。

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绕开Docker Hub下载限制:JFrog Artifactory

新的限制不会对单个开发人员造成严重影响,相反,它们将为中大型开发团队带来新的挑战。您的团队越大,产生的影响越大。...这可能仅仅是开始;我们可能希望将来会看到新政策,这些政策会影响Docker Hub以及其他方面的使用。 好消息是,有许多工具可用于管理Docker镜像,以确保组织的开发流水线不会受到任何影响。...现在,根据新的Docker订阅计划定义一个新的镜像保留策略,该策略将于2021年中期生效。例如,闲置6月后,免费帐户拥有的镜像将被删除。...这可能对您来说还不够,达到限制将意味着您被困在等待下一个6小时的时间范围内。此外,即使不下载镜像,也将计算已存在的镜像。...超越DockerHub:保护和分发Docker镜像 您可以放心地知道自己的镜像将始终可用,并且不会受到Docker约束的限制或阻碍,那么您就可以准备解决容器的其余生命周期的问题了。

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阅读:美团容器平台架构及容器技术实践

CPU信息隔离的实现和内存的类似,不再赘述,这里举一个CPU数目影响应用性能例子。 大家都知道,JVM GC(垃圾对象回收)对Java程序执行性能有一定的影响。...每个Site内部有实现镜像分发的P2P网络。 镜像分发是影响容器扩容时长的一个重要环节。 跨Site同步:保证服务器总能从就近的镜像仓库拉取到扩容用的镜像,减少拉取时间,降低跨Site带宽消耗。...Docker的镜像拉取是一个并行下载,串行解压的过程,为了提升解压的速度,我们美团也做了一些优化工作。...Docker的镜像具有分层结构,对镜像层的合并是一个“解压一层合并一层,再解压一层,再合并一层”的串行操作。实际上只有合并是需要串行的,解压可以并行起来。...做了上面这些工作以后,我们又发现,容器的分层也会影响下载加解压的时间。上图是我们简单测试的结果:无论对于怎么分层的镜像并行解压,都能大幅提升解压时间,对于层数多的镜像提升更加明显。

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思考与实践 | 从0到1构建 DevOps

引言 DevOps是开发、运维和质量保证三团队之间的沟通、协作和集成所采用的流程、方法和体系的一个集合,一个方法论。...定义一个服务, 只须两步骤: 1....镜像管理 docker镜像是服务的载体。基于微服务的设计,织云既可以快速将所有的服务合在一个镜像中,变成服务全家桶;也可以很灵活的把服务编排成各个特性的镜像。实现按需组装,满足各种部署需要。 1....第一个图为凌晨构建成功率。 第二图,为每天最新成功率图。 至于失败的原因,有很多方面(来自各个特性开发,测试,CI平台)。因为集成失败的原因很多,一个很微小的调整都会导致整个集成失败。...我们的痛点 产品交付给客户后, 若出现问题, 常常需要开发介入; 这个过程中大家的痛点是: 开发频率被打断 售后问题定位慢   1)若上层服务与底层问题服务相隔N层,则需求先后圈入N特性开发.

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磁盘阵列 mysql_Mysql 系列 磁盘阵列

RAID 1 RAID 1称为磁盘镜像:把一个磁盘的数据镜像到另一个磁盘上,在不影响性能情况下最大限度的保证系统的可靠性和可修复性上,具有很高的数据冗余能力。...RAID 1有以下特点:RAID 1的每一个磁盘都具有一个对应的镜像盘,任何时候数据都同步镜像,系统可以从一组镜像盘中的任何一个磁盘读取数据。...更换新盘后原有数据会需要很长时间同步镜像,外界对数据的访问不会受到影响,只是这时整个系统的性能有所下降。 RAID 1磁盘控制器的负载相当大,用多个磁盘控制器可以提高数据的安全性和可用性。...利用单独的校验盘来保护数据虽然没有镜像的安全性高,但是硬盘利用率得到了很大的提高,为 n-1。 RAID 3使用一个专门的磁盘存放所有的校验数据,而在剩余的磁盘中创建带区集分散数据的读写操作。...当更换了损坏的磁盘后,系统必须一个数据块一个数据块的重建坏盘中的数据,整个系统的性能会受到严重的影响

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RAID技术

比如, RAID1 存储空间利用率仅有 50% , RAID5 会损失其中一个磁盘的存储容量,空间利用率为 (n-1)/n 。...镜像提供了完全的数据冗余能力,当一个数据副本失效不可用时,外部系统仍可正常访问另一副本,不会对应用系统运行和性能产生影响。而且,镜像不需要额外的计算和校验,故障修复非常快,直接复制即可。...RAID 3 RAID 3采用一个专用的磁盘作为校验盘,其余磁盘作为数据盘,数据按位可字节的方式交叉存储到各个数据盘中。...而且RAID 3 只需要一个校验盘,阵列的存储空间利用率高,再加上并行访问的特征,能够为高带宽的大量读写提供高性能。...因此当RAID 5的一个磁盘发生损坏后,不会影响数据的完整性,从而保证数据安全。当损坏的磁盘被替换后,RAID还会自动利用剩下奇偶校验信息去重建磁盘上的数据,来保持RAID 5的高可靠性。

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超实用的容器镜像漏洞检测工具 Trivy 入门指南

主要从几个方面来测试 Trivy 的性能指标: 镜像大小对 Trivy 扫描速度的影响; 扫描的镜像大小和网络流量使用情况的关系; 扫描的结果是否容易解析; 镜像大小对 Trivy 扫描速度的影响镜像位于本地...当扫描的镜像位于线上,大小为 316M 左右时候的扫描: 执行结果: ? 时间:20s左右 结论:本地扫描镜像的大小对扫描速度影响不大,线上扫描与本地扫描的方式对扫描的速度影响不大。...结论:接收到的网络流量等于线上镜像的大小,镜像下载放在服务器磁盘的某处(目前本服务器未装 Docker)。 注:再次全量扫描相同的镜像,接收流量和磁盘使用占比均不再增加。...这通常很快,因为这是一个差异更新。但是,如果您甚至想跳过这一步,请使用 -–skip update 选项。...同一台服务器,多个镜像扫描的时候不可并行执行。 可以使用 -–light 使用轻量级数据库来优化执行扫描的效率。

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主机迁移实践分享

cloud-init简单介绍 cloud-init 主要提供了一个实例首次初始化时的自定义配置的能力,如果导入的镜像没有安装cloud-init服务,通过该镜像启动的实例就不会被正常初始化,因此该镜像就会导入失败...2、导入功能,步骤是把存在COS的镜像导入到镜像控制台,然后再基于该镜像创建CVM;而云服务器迁移则是,直接从COS上拉取镜像文件,用该镜像置换一个已存在的CVM实例的系统盘,从而实现迁移。...数据盘也是可以制作成一个镜像,上传至COS,然后使用【离线数据迁移】的功能,将数据盘的镜像文件迁移到CBS中。相关步骤类似【离线实例迁移】。...[n38frrmyz9.jpg] 1、 点击【新建】按钮新建一个迁移任务 [p130dj5iaq.jpg] 2、了解迁入准备工作 [no8klrwye7.jpg] 3、填写相关信息,开始迁移。...正如我上面提到的,使用服务迁移的功能进行迁移,是需要预先创建一个CBS云盘,然后将导入的数据盘镜像置换该云盘,从而完成迁移。

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Serverless 场景下 Pod 创建效率优化

在 docker pull 时,整体会进行两阶段: 并行下载 image 层 拆解 image 层 在解压 image 层时,默认采用的 gunzip。...这个过程也需要关注 下载/上传 的并发度问题,docker daemon 提供了两参数来控制并发度,控制并行处理的镜像层的数量,--max-concurrent-downloads 和 --max-concurrent-uploads...这里有几个核心组件: 1)ClusterManager 它本质上是一个中心式的 SuperNode,在 P2P 网络中作为 tracker 和 scheduler 协调节点的下载任务。...同时它还是一个缓存服务,缓存从 Image Registry 中下载镜像,降低节点的增加对 Image Registry 带来的压力。...3)Dfdaemon 在每个节点上有 Dfdaemon 组件,它本质上是一个 proxy,对 docker daemon 的拉取镜像的请求实现透明代理服务,使用 Dfget 下载镜像

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RAID技术

比如, RAID1 存储空间利用率仅有 50% , RAID5 会损失其中一个磁盘的存储容量,空间利用率为 (n-1)/n 。...镜像提供了完全的数据冗余能力,当一个数据副本失效不可用时,外部系统仍可正常访问另一副本,不会对应用系统运行和性能产生影响。而且,镜像不需要额外的计算和校验,故障修复非常快,直接复制即可。...RAID 3 RAID 3采用一个专用的磁盘作为校验盘,其余磁盘作为数据盘,数据按位可字节的方式交叉存储到各个数据盘中。...而且RAID3 只需要一个校验盘,阵列的存储空间利用率高,再加上并行访问的特征,能够为高带宽的大量读写提供高性能。...因此当RAID 5的一个磁盘发生损坏后,不会影响数据的完整性,从而保证数据安全。当损坏的磁盘被替换后,RAID还会自动利用剩下奇偶校验信息去重建磁盘上的数据,来保持RAID 5的高可靠性。

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二、容器基本概念

容器与镜像 什么是容器? 操作系统里的进程 进程之间可以相互看到、相互通信; 使用的是同一个文件系统,可以对同一个文件进行读写操作; 使用相同的系统资源。(文件系统也算系统资源吧?)...chroot 的帮助下可以具有独立的文件系统,对于这样的文件系统进行增删改查不会影响到其他进程; 通过 Cgroup(Control Groups) 来限制进程资源使用率,设置其能够使用的 CPU 以及内存量...每个容器之间互相隔离,每个容器有自己的文件系统 ,容器之间进程不会相互影响,能区分计算资源; 左侧为虚拟机示意图,右侧为容器示意图。 什么是镜像?...这样也会带来一个问题,对镜像的改动越多,会导致镜像文件体积越大。...changeset 的分层以及复用特点能够带来几点优势: 第一,能够提高分发效率,简单试想一下,对于大的镜像而言,如果将其拆分成各个小块就能够提高镜像的分发效率,这是因为镜像拆分之后就可以并行下载这些数据

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快速入门Kubernetes(K8S)——资源清单

例如,创建镜像没必要FROM另一个镜像,只需要在安装过程中使用类似sed、awk、python或dig这样的工具。...每个容器必须在下一个容器启动之前成功退出。 ❉ 如果由于运行时或失败退出,将导致容器启动失败,它会根据Pod的restartPolicy指定的策略进行重试。...如Pod文档中所述,一旦绑定到一个节点,Pod将永远不会重新绑定到另一个节点。...等待时间包括调度Pod的时间和通过网络下载镜像的时间,这可能需要花点时间 运行中(Running):该Pod已经绑定到了一个节点上,Pod中所有的容器都已被创建。...至少有一个容器正在运行,或者正处于启动或重启状态 成功(Succeeded):Pod中的所有容器都被成功终止,并且不会再重启 失败(Failed):Pod中的所有容器都已终止了,并且至少有一个容器是因为失败终止

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Linux运维工程师面试题(9)

在筛选出合适的节点后就会更新 etcd 数据,将 pod 分配到指定的 nodeInitialized:所有 pod 中的初始化容器已经完成了ImagePullBackOff:Pod 所在的 node 节点下载镜像失败...:存活探针,检测容器是否正在运行,如果存活探测失败,则 kubelet 会杀死容器,并且容器将受到其重启策略的影响,如果容器不提供存活探针,则默认状态为 Success,livenessProbe 用户控制是否重启...Failure (失败):容器未通过诊断。Unknown (未知):诊断失败,因此不会采取任何行动。...6 镜像获取策略imagePullPolicy:Always:每次启动Pod时都要从指定的仓库下载镜像。IfNotPresent:仅本地镜像缺失时才从目标仓库下载镜像。...主要是做动态的发现后端主机的endpoint并提供负载均衡的一个入口。

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