我有一个sbatch脚本,用于通过不同的步骤将作业数组提交到Slurm:
#!/bin/bash
#SBATCH --ntasks 1
#SBATCH --nodes 1
#SBATCH --time 00-01:00:00
#SBATCH --array=0-15
dir="TEST_$SLURM_ARRAY_JOB_ID"
org=base-case
dst=$dir/case-$SLURM_ARRAY_TASK_ID
#step 0 -> I'd like that this step was executed only by one task!
sru
我完全不知道用SLURM把工作提交给一个高性能计算机,我正面临着一个我无法解决的特殊问题。
我有一个job.slurm文件,其中包含以下bash脚本
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name singularity-mpi
#SBATCH -N 1 # total number of nodes
#SBATCH --time=00:05:00 # Max execution time
#SBATCH --partition=partition-name
#SBATCH --output=/home/users/r/usrname/slurm-reports/slurm-%j
我正在使用下面的.sh脚本,它是我使用sbatch提交的。Pairwise_3_P_a.do和Pairwise_3_P_c.do是应该只运行一次的线性步骤,但是Pairwise_3_P_b.do使用一个数组。我在阵列完成之前运行Pairwise_3_P_c.do时遇到了问题。 有没有办法使用--wait或wait bash命令修复这个脚本?我需要使用srun吗?答案是:How to hold up a script until a slurm job (start with srun) is completely finished??我不完全理解如何实现wait和文档中提到的wait和--w
我正在尝试使用OpenMPI和Slurm运行一个简单的hello world程序。目标是使用#SBATCH脚本,如下所示。
在bashrc中,我添加了%PATH和%LD_LIBRARY_PATH,它们都包含/shared/centos7/openmpi/3.1.2/bin
当我使用srun ~/hello-mpi.x运行SBATCH脚本时,它的输出就是我所期望的:Hello World from process 15 from the Node c0625. There are a total of 32 processes. Hello World from process 15 from
Problem:在这个的启发下,我尝试编写一个包装器脚本来提交带bash变量的SLURM数组作业。但是,我遇到了像$SLURM_ARRAY_TASK_ID这样的SLURM环境变量的问题,因为它是一个空变量。
我怀疑这与test_wrapper.sh如何解析尚未定义的SLURM变量有关,但我似乎找不到解决方案。
下面我提供了一个简单python脚本的工作示例,该脚本应该以数组ID作为输入变量,但是当bash包装脚本调用它时,python脚本会在接收到空变量时崩溃。
test_wrapper.sh:
#!/bin/bash
for argument in "$@"
do
key