我有一个shell脚本,它向SLURM提交多个作业。这些作业是在以下循环中提交的:
nb_partitions=72
slurmids=() # storage of slurm job ids
for k in $(seq 1 $nb_partitions);
do
cd results/partition$k/MainFolder
ID=$(sbatch --parsable estimation.sh)
slurmids+=($ID)
cd ..
cd ..
cd ..
done
echo "Jobs ar
我们已经将sge的slurm用于我们的集群作业排队系统。在sge中,当您使用qstat函数时,它会打印每个作业使用的cpus/插槽的数量--在slurm中有没有简单的方法可以做到这一点?squeue只显示每个作业使用的节点数。谢谢。 JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
1981 q run-01 root R 16:21 1 node001
1982 q
我在CentOS 6.9上运行slurm17.11.7。我已经修改了我的/gpfs0/export/slurm/conf/epilog脚本。我最终希望将作业资源利用率信息打印到每个用户的作业所使用的stdout文件中。 在向其他用户推出它之前,我已经在脚本末尾的条件中对它进行了测试。下面是我修改后的epilog脚本: #!/bin/bash
# Clear out TMPDIR on the shared file system after job completes
exec >> /var/log/epilog.log
exec 2>> /var/log/epil
下面是conf文件:
# slurm.conf file generated by configurator easy.html.
# Put this file on all nodes of your cluster.
# See the slurm.conf man page for more information.
#
ControlMachine= hoffmann
##ControlAddr=
#
#MailProg=/bin/mail
MpiDefault=none
#MpiParams=ports=#-#
ProctrackType=proctrack/pgid
Return
最近,我一直在尝试用Dask在一个使用SLURM调度器的HPC集群上做一些机器学习工作。重要的是,在这个集群上,SLURM被配置为每个作业24小时的硬墙时间限制。 最初,我只使用一个worker来运行代码,但是我的作业内存不足。我试图增加工作进程的数量(因此,也增加了请求节点的数量),但工作进程被困在SLURM队列中(原因是这种队列被标记为“优先级”)。与此同时,主人会跑起来,最后撞到墙上的时间,留下工人们在他们最终开始的时候死去。 考虑到问题可能是我请求了太多的SLURM作业,我尝试将工人压缩到一个单一的、多节点作业using a workaround I found on github中
我试图使用sbatch使用slurm运行多个(数百个)非常类似的作业文件。
我的.job文件看起来像:
#SBATCH ...
...
...
srun ./someProg -a A -b B -c C -d D
是否有任何方便的方法来使用sbatch提交作业文件,为A/B/C和D提供多个选项,并为A/B/C/D的每一个组合生成一个新作业,而不只是生成数百个.job文件?(我已经在slurm文件中看到了很多数组,但我不认为它对我有帮助。)
使用SBATCH,您可以使用%j使用以下语法在自动生成的输出文件中使用作业id:
#!/bin/bash
# omitting some other sbatch commands here ...
#SBATCH -o slurm-%j.out-%N # name of the stdout, using the job number (%j) and the first node (%N)
#SBATCH -e slurm-%j.err-%N # name of the stderr, using job and first node values
我一直在寻找一个类似的语法,用于使用作
我正在尝试在运行Ubuntu的Virtualbox上安装slurm。我们使用它通过web界面运行长时间运行的作业,并使用slurm对作业进行排队和运行。我正在使用VirtualBox为开发创建一个沙箱。 我已经设置了slurm,但是当我将一个作业排入队列并运行squeue时,我得到: $ squeue
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
2 debug test.sh pchandle PD 0:00
假设我使用以下配置运行slurm作业:
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 # set the number of nodes
#SBATCH --ntasks=1 # Run a single task
#SBATCH --cpus-per-task=4 # Number of CPU cores per task
#SBATCH --time=26:59: