Snakemake :我可以在规则之外访问通配符吗？

在Snakemake中，通配符是一种用于动态生成文件名的特殊标记。通常情况下，通配符只能在规则内部使用，用于指定输入、输出文件的模式匹配。然而，有时候我们可能需要在规则之外访问通配符，以便在整个工作流中使用它们。

在Snakemake中，可以通过使用wildcards对象来在规则之外访问通配符。wildcards对象包含了所有通配符及其对应的值。我们可以通过在规则之外的地方使用wildcards对象来访问通配符的值。

以下是一个示例：

rule example_rule:
    input:
        "data/{sample}.txt"
    output:
        "results/{sample}.out"
    shell:
        "python script.py --input {input} --output {output}"

wildcards = snakemake.wildcards
print(wildcards.sample)

在上面的示例中，wildcards对象包含了通配符{sample}及其对应的值。我们可以通过wildcards.sample来访问通配符的值。

需要注意的是，wildcards对象只能在规则之外的地方使用，例如在脚本中、在规则之外的部分定义的函数中等。在规则内部，应该直接使用通配符来指定输入、输出文件。

关于Snakemake的更多信息和使用方法，您可以参考腾讯云的Snakemake产品介绍页面：Snakemake 产品介绍。