Snakemake -我如何输入一系列不同的文件，这些文件是用数字来描述的？

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python、snakemake

这似乎是一个基本的问题，但我不断得到错误的一些变体：No values given for wildcard。我有一组名为Ne-sQTL_perind.counts.gz.qqnorm_chr{#}.gz的22个文件。我想在一条规则中对它们采取行动。我原来的样子是这样的： input: file=expand("Ne-sQ

浏览 4提问于2019-08-22得票数 0

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Snakemake显示每个作业的文件数

python、snakemake

我对Snakemake比较陌生，我在弄清楚如何计算每条规则中的工作数量时遇到了一些麻烦。下面是我使用的蛇形文件 input: for file in input_

浏览 3提问于2020-06-22得票数 0

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snakemake代码上的代理文件

snakemake

我想要做对齐使用星和我使用代理文件的星对齐。没有代理文件，星对齐运行也没有引用.因此，如果我将database.done的存在作为对齐过程的输入约束，则可以启动对齐过程。如何处理这种情况？--outWigStrand Stranded --runThreadN {threads} --outFileNamePrefix {output.out2} 2> {log} ' 如何才能启动一个模块后<e

浏览 7提问于2017-09-11得票数 0

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Snakemake尝试运行规则，原因:缺少输出文件，但文件是临时文件

snakemake

在使用vsearch时，我有一系列规则，基本规则如下： rule vsearch: "{barcode_number}.nanofilt.fastq" output(barcode##.vsearch.input.fasta，其中##是简单的数字)，对这些临时文件运行vsearch，然后删除它们。但是，当使用工作流执行预演并包括--reason时，snakemake提供了以下内容： re

浏览 90提问于2020-07-17得票数 1

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snakemake中的未知输出

bioinformatics、snakemake

我正致力于在snakemake中实现一个非常简单的管道，希望用一个内聚的Snakefile来替换一系列烦人的bash脚本。我在编写一个规则时遇到了困难，该规则将文件分割成更小的部分(使用GNU拆分)，然后导致第二个规则，其中的输出被连接在一起。我不知道如何在concat步骤中为输入编写什么，因为我不知道

浏览 1提问于2018-10-01得票数 1

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使用相同的输入和单个参数的一系列值并行执行snakemake规则

snakemake

我正在将bash脚本转换为snakemake，并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是，snakemake没有运行并行进程，而是尝试运行一个具有所有参数的进程，但失败了。我最初的bash脚本针对参数K的一系列值多次运行程序。num in {1..3} structure.py -K $num --input=fileprefix -

浏览 23提问于2019-01-29得票数 1

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Snakemake:用校验和代替时间戳？

snakemake

我的项目可能有一些实例，在这些实例中，输入数据集被覆盖，但内容不会更改。Snakemake中是否有一种使用校验和而不是时间戳来检查构建更改的方法？例如，Scon使用md5散列检查代码和数据中的构建更改(仅在时间戳更改的情况下计算哈希)。但我更喜欢使用Snakemake，因为它的其他杀手功能。所需的行为类似于文档中描述的功能。文件</em

浏览 5提问于2021-01-26得票数 2

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如何避免在更新输入或中间输出文件后运行Snakemake规则

file、caching、build、workflow、snakemake

即使Snakemake构建的输出文件已经存在，Snakemake也只想重新运行我的整个管道，因为我已经修改了第一个输入或中间输出文件之一。我用-n做了一次Snakemake预演，给出了以下更新输入文件的报告，解决了这个问题：和这条更新中间<

浏览 1提问于2019-06-28得票数 13

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如何忽略Snakemake中更改的代码？

python、snakemake

我用的是Snakemake 7.3.8。用于生成一个或多个输出文件的代码已更改:要检查哪些输出文件有更改，请运行“snakemake--列表-代码-更改”。要触发重新运行，请使用'snakemake -R $(snakemake -list-code-changes)‘。我假设这是因为控制文件(snakefile)已

浏览 4提问于2022-04-20得票数 1

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成功处理第一个输入后，Snakemake规则停止并显示'MissingOutputException‘

python、snakemake

我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则： input:snakemake.log 我尝试在输入和输出中交换文件顺序；总是只处理第一个文件。在我的python脚本中，

浏览 112提问于2020-02-10得票数 0

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如何利用snakemake加快任务执行速度

python、python-multiprocessing、snakemake

40,000个文件的输入数据集。该软件将首先根据前缀在输出目录中创建一个新文件夹，然后将生成的数据按样本放入这些新文件夹中。input: "sa

浏览 3提问于2022-08-04得票数 1

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在snakemake规则输出中可以使用通配符作为字典键吗？

snakemake

我需要我的输出对输入是动态的，我认为最好的方法是让输出基于字典。他是一个简单的例子： {'names' : ['foo', 'bar']}configfile: "config.yaml" rule alllambda wildcards: config[wil

浏览 0提问于2021-04-11得票数 2

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我不能让这个正则表达式在snakemake中为wildcard_constraints工作

python、regex、snakemake

我有一个用Snakemake编写的工作流，用于分析生物测序数据。工作流程要求组织所有数据文件，以便每个原始读取文件都以分析类型(RNASeq、DNaseSeq等)开头。并且此文件名约定在工作流生成的所有文件中都保持不变。我有一个规则来对齐除RNASeq之外的每个分析的数据读数，还有一个仅应用于RNASeq数据的不同规则。<em

浏览 5提问于2017-10-21得票数 1

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包含Snakemake的目录中缺少输入文件

python、snakemake

我正在尝试为管道编写脚本，但在声明目录中的规则输入时遇到了问题。我在这些部分中的代码： input: output:/FEELnc_filter.pl -i {input.assembly} -a {input.annotation} > {output.candidate_lncrna}" 这是<

浏览 18提问于2019-08-14得票数 0

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多个用户执行相同的工作流

snakemake

在Linux下如何在多个用户之间共享相同数据的Snakemake工作流是否有指导原则，或者整个事情被认为是不好的做法？让我解释一下，以防不清楚：假设用户A在目录dir/中执行工作流。假设工作流成功终止，然后他/她以递归方式正确地设置了所有输出和中间文件以及.snakemake/子目录上的文件/目录权限，以供其他用户进行读/写。用户B随后导航到dir/，将

浏览 29提问于2021-10-27得票数 1

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强制在结束时执行某个规则

workflow、snakemake

我的问题与this one非常相似。我正在写一个snakemake管道，它做了很多对齐前后的质量控制。在流水线的末尾，我对这些QC结果运行multiQC。强制multiqc在最后运行的一种方法是将上述规则的所有输出文件包含在multiqc规则的input指令中，如下所示： rule a: output

浏览 62提问于2021-06-24得票数 3

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输入文件中的snakemake通配符

python-3.x、bioinformatics、snakemake

我对snakemake非常陌生，我正试图为每个示例创建一个merged.fastq。下面是我的蛇形。wildcard_constraints: shell:其中，“样本”是一个样本名字的列表， “pass_files”是fastq_pass<

浏览 4提问于2020-09-06得票数 0

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在Snakefile中指定输入和输出文件

snakemake

我是Snakemake的新手，我想创建一个管道，它接受给定的输入文本文件，并将其内容连接到给定的输出文件。但是，我希望能够在运行时指定输入和输出文件的名称，因此这两个文件名都不是在Snakefile中硬编码的。output:

浏览 2提问于2020-06-25得票数 0

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如何在不获得所有组合的情况下获得一对花括号扩展？

bash、unix、snakemake

我对创建许多文件感兴趣，在这些文件中，文件中的两个位置一起变化。例如，我想要这些文件： file1file1 file2file2 file3file3 用像file{1,2,3}file{1,2,3} option这样的代码代替file1file1 file2file2澄清最终，我想使用这个功能的上下文是一个snakemake</em

浏览 10提问于2019-02-18得票数 4

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Snakemake:如何在没有显式输出文件的情况下创建规则，并且只有指定的输入和日志文件？

python、pipeline、snakemake

我想创建一个Snakemake规则，其中有:输入、日志、shell部分。没有输出，我只想捕获日志作为命令的结果。

浏览 5提问于2020-08-18得票数 1

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