在我的工作流程中，我有一个样本表，其中包含应该分析的所有样本+查找输入文件的路径+应该使用的参考基因组。所有这些都是特定于样本的。在我的配置文件中，我有一个参考基因组的列表，以及每个参考基因组的文件路径列表，具体取决于工具。在执行每个样本的比对的规则
浏览 8提问于2018-02-22得票数 0
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在Linux下如何在多个用户之间共享相同数据的Snakemake工作流是否有指导原则，或者整个事情被认为是不好的做法？ 让我解释一下，以防不清楚： 假设用户A在目录dir/中执行工作流。假设工作流成功终止，然后他/她以递归方式正确地设置了所有输出和中间文件以及.snakemake/子目录上的文件/目录权限，以供其他用户进行读/写。用户B随后导航到dir/，将输入文件添加到工作流中，然后执行它。会出什么差错吗？
浏览 29提问于2021-10-27得票数 1
有没有人能帮我理解一下，在snakemake工作流程中没有写入样本名称的情况下，是否可以从config.yml文件中访问样本详细信息？这是因为我可以对不同的项目重用工作流，只需调整配置文件即可。让我给你举个例子：
我有四个属于一起的样本，应该一起分析。它们被称为sample1-4。每个示例都附带了一些更多的信息，但为了简单起见，我们假设它只是一个
浏览 1提问于2018-01-10得票数 3
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我有一个包含数十条规则的snakefile，它可以处理数千个文件。这是一个用于DNA序列分析的生物信息学管道。今天，我又向我的样例集中添加了两个样例，我希望能够运行snakemake，它会自动确定在哪些文件上运行哪些规则来处理新的样例文件以及所有依赖于它们的文件，直到最高级别。然而，它什么也做不了。这与我的项目相关，因为它表明，如果您告诉Snakemake在树的顶部构建一个规则，并且规则的输出和输入
浏览 3提问于2017-11-10得票数 0
我试图将一个名为--config的参数传递给snakemake函数。似乎不管我怎么传递它，所有的下划线都被删除了？有什么建议吗，还是我做错了什么？snakemake -s snakefile.py all --configfile /share/biocore/keith/dennislab/snakemake/templates/tagseq.json--config samples=60_3_6,snakemake -s sn
浏览 4提问于2019-10-20得票数 3
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当最初的DAG作业生成时，我的Snakemake变体识别管道出现了一个错误。我认为这是内存问题；当我使用简短的输入文件列表进行测试时，DAG的构造是没有问题的，但是，当我尝试使用300+输入配对-fastq时，我会收到以下错误：
Building DAG of jobs...，还是有一种方法来定义我的管道来构建一个不那么复杂的DAG？我也包括我的Snakemake文件的第一部分。我使用规则all来定
浏览 15提问于2022-02-15得票数 0
, so var2="1234")预期的结果是打印var2的值。不幸的是，我得到了null而不是"1234“。我错过了什么吗？
浏览 2提问于2015-05-21得票数 0
我正在尝试读取注册表路径。{ }其中path = Software和subPath = MyFolder
key2总是空的。我相信这段代码实际上是从HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\MyFolder读取的，因为它将默认在IIS帐户下(我是在应用程序池标识下运行)。我需要更改应用程序池的身份吗？还是其他方式？
浏览 2提问于2014-11-07得票数 0
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如何在Snakemake表格配置中使用列表。 我使用Snakemake表格(使用BWA mem映射)配置来描述我的测序单元(测序在单独行上的文库)。在下一阶段的分析中，我必须合并测序单元(映射的.bed文件)和合并的.bam文件(每个样本一个)。现在，我使用YAML配置来描述哪些单元属于哪些样本。但我希望为此目的使用表格配置， 我不清楚如何<em
浏览 32提问于2019-01-28得票数 2
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我有一个snakemake管道，它包含调用其他程序和自定义R和python脚本的规则。由于我这次有20+数据集，我想知道是否有一种更自动化的方法来做到这一点。数据集之间的变化主要有4个参数:输入文件位置、引物、质量控制参数和结果输出dir。是否有一种方法可以拥有一个“主”配置文件，其中包含关于这4个参
浏览 3提问于2021-01-05得票数 1
我目前正在尝试编写一个Snakemake工作流，该工作流可以通过sample.tsv文件自动检查，如果给定的示例是生物或技术复制的话。然后在本例中，在我的工作流程中使用一条规则来合并技术/生物复制。shell:目前，我已经在一个配置文件中设置了一个布尔值，它告诉mark_duplica
浏览 13提问于2022-09-22得票数 1
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当使用R或python在jupyter实验室笔记本中编写程序时，我将特定的conda环境作为内核来从基本conda环境中的单个jupyter实验室安装中访问特定于环境的包。在完成笔记本的开发之后，我想将它插入我的snakemake文件中，以确保以后的可重现性，当然，我使用相应的conda环境.yaml文件来实现这一点，以便提供所有所需的<
浏览 5提问于2020-11-20得票数 2
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来自Helios下载站点的org.eclipse.platform在JFlex等的一个项目中运行一个小的ANT作业(巴克敏斯特不“查看”配置外部ANT生成器？，然后巴克敏斯特构建工作区。#site.p2，但是第三个由于某些原因而失败(但这不是这里的问题)。
现在，其中一个项目具有JUnit测试，我可以使用无头JUnit插件启动配置从Eclipse运行这些测试。注意:由于某些原因(因为我们没有单独的特性项目？)，对启动
浏览 4提问于2011-10-19得票数 3
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我正在考虑将应用程序的ASP.NET会话状态模式从SQLServer更改为StateServer (出于性能原因)。在SQLServer模式下，通过查询SQL Server表(如ASPStateTempSessions )可以很容易地提取有关当前会话的信息。例如，每个会话何时创建、何时到期等。您甚至可以查询会话状态blob数据以提取更多特定于应用程序的信息(例如，如果保存在会话状态中，则如UserI
浏览 1提问于2012-06-28得票数 2
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我试图弄清楚如何访问我的Snakefile中的Snakemake参数，例如set目标规则(由用户指定或第一次定义的规则)。我能够使用dir()在环境中找到一些设置，但不是目标规则。这还方便吗？编辑：我想在运行开始时打印最重要参数的概述，包括用户ID、配置文件的路径以及目标规则(因为我们的工作流有多个端点/目标规则，所以在某个地方记录它很有用)。经过进一步的研究，我发现了包含一些有用信息<e
浏览 5提问于2022-06-01得票数 1
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我和我的同事使用Snakemake构建了一个读取映射和变量调用管道。我们使用了两组不同的短读全基因组样本。一组样本由新生成的WGS数据组成，另一组由来自NCBI SRA存储库的样本组成。现在，我们希望通过符号链接将所有的fastqs (来自两个集合: sra_ids和new_samples)拉到单个目录中，并使用相同的文件名格式设置，以允许在所有下游规则中以相同的方式处理所有<em
浏览 6提问于2021-06-11得票数 1
我在查询中使用IMPORTRANGE将数据从表1提取到表2。以下代码位于表2的制表符A中的单元格中，并按预期工作：也就是说，它从工作表1，选项卡A中提取正确的</
浏览 0提问于2018-09-19得票数 1
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我刚接触计算机模拟和R编程作为我在大学里必须学习的一个新模块我在理解练习中提出的问题时遇到了一些问题 我尝试使用的代码如下： runs <- 100000
#runif samples from ain.circle,"blue","red"),xlab='',ylab='',asp=1, main=paste("MC Approximation of Pi =",mc.pi)) 变量"runs“是否被视为练习中</e
浏览 28提问于2021-04-06得票数 0
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我读过的QUICKTIME文件格式规范和的MP4文件格式(几乎相似)。有FTYPE，MOOV，MDAT等原子。MDAT原子包含实际的音频和视频数据。MOOV原子包含有关如何从MDAT中提取数据的信息，它提供了对块(样本)的引用。
我想从视频文件中提取MDAT atom中的视频样本，而不使用任何工具，如ffmpeg或杂耍等。我可以为此编写自己的代码
浏览 21提问于2016-04-20得票数 4
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这不是一个真正的技术问题，但对于我正在构建的系统来说是必需的。我正在寻找一个英国郊区/邮政编码数据库。我在任何地方都找不到它，不知道它是否(免费)可用。我知道在澳大利亚是可以从澳大利亚邮政免费下载的。
浏览 5提问于2008-11-27得票数 0
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