如果我使用' --notemp‘运行一个长时间运行的复杂的Snakemake管道(可能是因为我正在调试)，那么能够随后运行一个'cleanup’命令来删除任何在没有--notemp的情况下第一次运行就会自动删除的内容我现在这样做的方式是在使用'--forceall --touch‘之后重新运行，不使用'--notemp'，这样所有的东西都会被触摸，然后临时文件就会在最后被删除。但是更改所有的时间戳并不理想。
浏览 14提问于2017-12-19得票数 2
{input.tsv} > {output.tsv}
""" 如上所述，rule2从rule1获取输入文件。根据官方文档，由于rule1中的输出文件是由awk成功创建的，所以即使我的输出文件不完整，Snakemake也会假设一切正常，因为awk将附加到该文件。Snakemake只是运行了rule2，并从rule1获取了不完整的文件。实际上，rule1中的第二个awk命令尚未执行，导致输出文件不完整。
浏览 30提问于2021-08-08得票数 0
我想知道为有许多中间文件的脚本编写规则的最佳实践是什么？R脚本示例如下所示：在这种情况下，我的解决方案合适吗？有没有更好的方法？
谢谢!
浏览 0提问于2021-06-24得票数 1
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但是，这会给Snakemake中的一系列选项(例如snakemake -R $(snakemake --list-code-changes)或snakemake --dag | dot)带来混乱，并迫使清理snakemake调用的输出(例如snakemake --dag | grep <(uname) -v | dot)。
浏览 2提问于2022-08-12得票数 0
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有没有一种方法可以完成以下helpAll规则，而不创建不需要的空文件helpA、helpB、helpC，然后删除它们？
浏览 0提问于2017-08-11得票数 1
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我正在尝试创建一个对多个错误源具有健壮性的snakemake流水线。我想在我的管道中调用一个bash脚本。提醒用户注意问题的一个标准过程是在bash脚本的开头使用以下内容： shell: bash script.sh {input}snakemake抛出一个错误：
(one of the commands exited wit
浏览 2提问于2021-06-23得票数 0
我正在运行一个带有主Snakefile的工作流，其中包括rules文件夹中的规则，并从这些包含的规则中调用rscript。= read.table(snakemake@input[[i]][1], header=T, stringsAsFactors = F)print(type(snakemake.wildcards))
print(sn
浏览 1提问于2018-01-06得票数 1
在snakemake中，我可以在声明规则之前定义全局变量。当我有一个需要通过某个工具下载的文件列表时，这是很棒的--然后我可以确保这些文件的名称是我后续步骤的通配符。fastq" % "raw_samples/" "fasterq-dump {wildcards.srafiles} -O raw_samples"
这确保了我可以在snakemake但是，假设我没有从文本文件srarunsacc.txt开始，而
浏览 10提问于2022-03-29得票数 1
我正在寻找一种以编程方式关闭/退出/停止运行的snakemake工作流的方法--本质上使用在工作流中调用的python函数，但是可能会遇到一个无法恢复的错误，要求工作流停止以进行人工干预。该函数检查是否存在锁文件，以指定正在使用的核心和可用的核心。这些文件是作为basecaller的shell命令的一部分创建和删除的。使用资源，并行gpu作业的数量仅限于可用的核心数量。这是可行的，但我希望能够捕捉意外的问题，例如，一个gpu_lock文件被删除或不清理。我担心它不会清理</em
浏览 10提问于2022-10-11得票数 6
我正在尝试使用以下命令将一些snakemake作业汇总到一个condor集群中。snakemake -f TestJob --cluster-config cluster.json -j 30 --cluster condor_submit 其中，在SnakeFile中指定TestJob规则 rule TestJob: output: "test.txt" "touch test.txt;" 集群配置文件如下所示： {
浏览 39提问于2019-07-01得票数 4
我正在尝试使用snakemake自动化一个使用软件的shell命令： ./chopchop.py -G hg38 -o temp -Target chr16:46390060-46390782 在这个命令中，'chr16:46390060-46390782‘输入将会改变。所有不同的输入都在一个文件中，我必须在该文件中进行解析，以获得适当的输入格式 cat test.bed chr21 33931554/gpfs/home
浏览 52提问于2021-10-14得票数 0
有没有办法在配置文件中声明某些文件是否应该是临时的？我正在一个管道上工作，其中有许多输出文件被标记为临时文件。出于测试目的，我希望它们不是临时的。与删除每个输出文件的temp(...)并在测试后将其添加回来不同，有没有一种方法可以在snakefile的顶部或配置文件中的一个位置指定它？
浏览 53提问于2020-01-14得票数 1
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我使用snakemake将作业从AFS文件系统提交到HTCondor队列。提交一开始就很好。作业提交并成功完成。但在某个时间点之后，提交会崩溃，并显示以下错误：当我查看这个错误时，我从了解到它与AFS有关，而不是snakemake。这似乎是对AFS中目录中<
浏览 5提问于2020-05-20得票数 1
通常，我会创建一个接受输入的rule all，它是一个生成1000个文件名的函数。但我发现，Snakemake会执行1000次one，然后执行1000次two。如果two生成的中间文件非常大，这是有问题的，因为最终会有1000个巨大的文件。通过这种方式，temp()在生成下一个three_{wc}.txt之前删除了一个up，这样就不会产生大量的大文件。 在线性工作流中，您可以使用@Maarten-vd-Sande建议的优先级。这是因为Snakemake查看它可以执行的作
浏览 29提问于2021-02-01得票数 0
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为了在PC上节省空间，我在snakemake中使用了temp()函数。这将消除{sample}.dup.bam目录中的所有文件，而不是目录本身。如何改进这一点？rule samtools_markdup: sortbam ="rg/{sample}.rg.bam" dupbam = temp
浏览 3提问于2020-10-21得票数 0
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1回答
星型索引问题到步骤4
、、、
我试图用snakemake在管道上索引一个参考基因组，我制定了这样的规则： input: (one of the commands exited with non-zero
浏览 3提问于2021-04-20得票数 0
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1回答
我必须为另一个程序写一个任务文件，期望是一个tsv文件。我从配置文件中读取了一定数量的参数，并使用shell命令将它们写到一个文件中。代码： rule create_tasks: temp("tasks_{sample}.tsv") ID="{sample/lib/python3.8/site-packages/snakemake<
浏览 17提问于2020-10-12得票数 2
我需要下载数百个大型文件，并通过我的snakemake管道运行每个文件。与我的下游管道相比，文件下载速度更快。我想将并行下载的数量限制为5，但允许下行处理使用100个内核。在snakemake中，是否有办法限制某一规则所使用的核心数量？我想象5个核心不断地抓取数据，而我的其他核心正在处理我已经下载的数据。如果我像往常一样使用100个内核运行snakemake，它将尝试一次下载所有文件，并重载服务器。我已经尝试通过在规则中添加“线程:1”来实现它，但是它
浏览 0提问于2018-03-06得票数 1
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1回答
我正在寻找一些关于使用Snakemake处理我的R管道的基本信息。据我理解，最常见的两种方法是使用script标志和传递R脚本，或者通过传递给Rscript使用shell。R脚本如何知道如何查找和调用RData对象上的load，或者在为input提供名称的情况下调用read.table来读取csv文件。无法在网上找到这些问题的答案，因此
浏览 2提问于2019-07-02得票数 2
我试图连接通过snakemake工作流创建的文件，作为最后一条规则。要分离和识别每个文件的内容，我首先在shell中回显每个文件名作为分隔标记(请参阅下面的代码) input: 'echo {input} >> {output} && cat {input} >> {output}'
我正在
浏览 4提问于2020-08-14得票数 1
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