这个问题与我之前的帖子Snakemake exit a rule during execution有关。基本上，对于我的工作流来说，可能会在其中一个规则中生成一个空文件，我想带着一条有用的消息退出工作流。有人建议使用检查点函数，下面是我的建议： def readFile(file): line = f.readline()如果它是空的，工作流应该在检查点步骤1结束，只生成out.txt
浏览 10提问于2020-10-28得票数 0
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我是Snakemake和StackOverflow的新手。不要犹豫，告诉我，如果有什么不清楚，或如果你想要任何其他细节。它必须在主工作流之前执行，这就是为什么我选择使用子工作流，因为我的第二条规则取决于这些FASTQ文件的生成，而我事先不知道这些文件的名称。Finished job 0.Complete log: /path/to/my/working/directory/conversion/.<em
浏览 0提问于2020-03-12得票数 1
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我有一个snakemake工作流，其中包含一个运行另一个“内部”snakemake工作流的规则。是否有办法防止snakemake删除失败规则的输出？或者你可以提出另一个解决办法？几个注意事项：
内部工作流的输出必须列出，b&#
浏览 6提问于2020-12-22得票数 0
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我的问题类似于这个：这是可行的，但在将所有通过的样本放到" PASS“文件夹后，我必须使用新的snakemake</e
浏览 0提问于2020-09-11得票数 0
这里的Snakemake文档：
当前，这种模式要求将Snakemake工作流存储在git存储库中。Snakemake使用git查询必要的源文件( Snakefile、脚本、config、…)对于工作流执行，并将它们编码到kubernetes作业中。
snakemake --kubernetes --use-cond
浏览 5提问于2021-03-27得票数 0
可以使用来自同一个工作目录的两个不同的信任来运行snakemake管道吗？
这里的配置文件将有一个“项目名称”参数，该参数将定义管道的输入和输出路径。由于snakemake锁定了工作目录，所以我想知道在同一个工作目录中使用不同配置文件运行相同的管道是否会导致一些冲突。如果是，对这种情况是否有可行的替代战略？
浏览 1提问于2018-04-23得票数 1
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理想情况下，我希望能够通过对某些输入规则进行某种检查来处理这些情况，这些规则可以评估输入文件中的读取数，并选择是否继续使用工作流图的该部分。有人成功地实现了这样的东西吗？
非常感谢，-jon
浏览 5提问于2016-12-20得票数 1
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我注意到我的备份rsync脚本花费了相当长的时间从.snakemake/metadata文件夹中复制带有随机名称的内容。
这些文件是用来做什么的？在snakemake运行完成后，我能安全地擦除它们吗?或者，对于snakemake，是否需要它们才能正确地执行下一次运行？更普遍地说，有没有一些关于snakemake在.snakemake文件夹中创建的文件的文档？
浏览 1提问于2017-08-10得票数 8
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我正在运行一个带有检查点的Snakemake工作流，从它收集以前未知数量的输出文件。然后，Snakemake应该根据带有下一个规则的文件号创建许多任务，将收集到的检查点文件的某些部分作为通配符用于该规则通配符。File "/path/to/Snakefile", line N, in <module>WCS = None
...问题是，它在开始时评估日志/基准测试通配符(WCS = No
浏览 5提问于2022-07-01得票数 1
我想知道如何最好-或最简单地-使用snakemake与conda。我知道“但是，对于一个简单的snakemake工作流，我认为只需(i)激活单个现有的conda环境、(ii)运行snakemake工作流和(iii)再次禁用环境就更容易了。我是否需要将Snakemake及其依赖项包含在我所有相关的conda环境中，还是应该在全球安装snakemake？
我可以引用现有的conda环境，而不是提供conda yaml描述吗？
浏览 1提问于2017-11-13得票数 3
我正在尝试使用将在运行期间写入的文件作为另一个规则的输入，但它总是给我错误的FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory:。
浏览 0提问于2019-07-24得票数 0
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在使用snakemake版本5.5.2时，如下所示： input: output:Failed to open environment file https://bitbucket.org/snakemake/snakemake-wrappers/raw
浏览 0提问于2019-10-16得票数 4
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wildcards.partnum}.out' 'some_command {input.small_file} > {output}' 规则split_big_file使用我在规则split_big_file中使用touch('splitting_file.done')，以确保下一个规则process_small_files在完成之前不会启动。
浏览 10提问于2020-01-10得票数 1
我有一个稍微奇怪的问题:考虑一下容器化工作流的情况，在这种情况下，使用单个奇异容器执行整个工作流。这仍然需要python可以在系统上调用snakemake --使用--奇异性，对吗？我能否只在容器中安装python、snakemake和奇异点并执行这对集群配置是否安全
浏览 1提问于2019-02-27得票数 1
在snakemake中，我可以在声明规则之前定义全局变量。当我有一个需要通过某个工具下载的文件列表时，这是很棒的--然后我可以确保这些文件的名称是我后续步骤的通配符。但是，假设我没有从文本文件srarunsacc.txt开始，而是在snakemake进程中生成它。现在，我无法在上面定义我的SRAFILES全局变量，我很困惑该做什么。我创建了一个模拟我的工作流的虚拟流程： output: run:
浏览 10提问于2022-03-29得票数 1
我正在尝试编写一个snakemake工作流，其中通配符使用输入函数进行“交换”。有一个中间步骤，然后我想使用来自一个条件的中间文件和来自另一个条件的原始文件。也许我误解了snakemake推断通配符的方式。我想这可能与检查点未完成有关，但是如果我在输入函数checkpoint_dir = checkpoints.create_files.get(**wildcards).output[0]的开头添加swap_input有办法让这个工作流正常工作吗？
浏览 17提问于2022-09-12得票数 0
我在和Snakemake建一条管道。一条规则涉及使用readr读取CSV文件的R脚本。Snakemake建议在Miniconda容器上使用Mambaforge，因为它更快，但我认为我的错误涉及Mambaforge，因为使用Miniconda解决了错误。@input[[1]]print(df)我使用snakemake --use-conda --use-sin
浏览 4提问于2021-06-21得票数 2
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基本上，我有三个snakemake规则(规则全部除外)，尽管有检查点资源，但无法解决这个问题。
第一条有我的第一个，也是我唯一开始的文件。它将有x个输出(数字根据输入文件的不同而变化)。也许我在设置检查点的时候遗漏了什么？
浏览 1提问于2021-03-03得票数 1
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snakemake: "subworkflow/Snakefile"
input: sub("subresult")Python 3.6.5更新： shell:
#'touch {out
浏览 1提问于2019-04-27得票数 2
我有两个非常相似的Snakemake工作流。它们都共享一个子工作流和几个includes。在进行演练时，它们都能正常工作。它们都使用相同的cluser配置文件，并且我使用相同的启动命令运行它们。我想知道在Snakemake中，两个工作流共享一个子工作流是否“合法”，如果不合法，那么我首先运行的工作流是否会产生这种影响。
浏览 2提问于2017-05-11得票数 1
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