我创建了以下snakemake规则： input: output: log:--nextseq-trim=20 -m 20" "0.50.4/bio/cutadapt/se"不能从输出文件中确定params中的通配符由于{}，Snakemake将-a 'A{100}'实
浏览 9提问于2020-04-13得票数 4
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当我创建通配符时，我得到一个错误，即找不到这些文件，因为它们有特定的组合。hjpolxf.dup.srt.bambob_82/clip/bob_82.hgfhj29.dup.srt.bam 如何为这些文件创建一个通配符
浏览 16提问于2021-04-16得票数 1
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我想用一种非常简单的方式在Snakemake中使用通配符来启动两个数据集的脚本。不幸的是，我找不到合适的方法。subset.txt" "bash scripts/extract.sh {input.genes} {input.expression} {output}"大楼的工作.WorkflowError:目标规则可能不包含通配符。请在命令行中指定具体的文件或没有<em
浏览 13提问于2022-11-16得票数 1
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我正在寻找一种在Snakemake中定义目标模式规则(没有输入模式)的方法。.PHONY: all echo x > $@rule test: filename = "[abc]" &
浏览 4提问于2017-09-13得票数 1
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我想知道是否有可能在Snakemake中将这两个规则连接到一个规则中(它们在“run：”中做同样的事情)： rule without_d: vals_pcaoutput_{type, tt|gs}_d{amount}.npz' # DO STUFF 我曾尝试定义stats/output_{type}{amount}.npz，但是通配符显然与空字符串不匹配第二个想法是将它放入"or“中，就像stats/{output, output_{type}|o
浏览 37提问于2020-09-08得票数 2
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假设我创建了下面的snakemake设置： input: 'output.txt'
input'output.txt'
input: output:如果我尝试运行snakemake但是，我认为因为all
浏览 0提问于2018-01-19得票数 1
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我如何创建一个snakemake规则，它本质上说输出文件将从1到n存在，下面的脚本应该对每个1到n个输入文件运行一次。
谢谢!
浏览 0提问于2018-05-17得票数 1
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我使用Snakemake版本7.12.1，并在尝试执行管道时得到以下错误：
我通常使用单词pop作为通配符，用于无问题的人口。我查看了snakemake手册，没有任何相关的通知。
浏览 5提问于2022-08-22得票数 1
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我想编写一系列规则，但有些规则不使用与其他规则相同的通配符。当我尝试这个时，Snakemake无法确定通配符。您可以在家中运行的说明性工作流(更改user)如下所示： input: output:
outfile = '/home&
浏览 8提问于2022-09-05得票数 1
而通配符似乎已经改变了。还有一条规则创建“init”文件 output:
'maker/{run}/{name}_{run}.maker.output/{name}_{
浏览 3提问于2017-11-07得票数 0
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我尝试使用子目录作为通配符，但是snakemake将通配符扩展到子目录中。我试着想出一个最小的例子，但要做到这一点并不容易。如果这个例子不是那么清楚的话，我很抱歉。不过，它应该能开箱即用。管道的解释runs = ['run1', 'run2']
output:projects在子目录为projects通配符的不同目录中创
浏览 3提问于2021-03-18得票数 1
我正在做GATK来调用变体，并为每个序列创建一个通配符。现在我想用snakemake提交200000份工作。这会导致集群问题吗？有没有办法在10-20的范围内提交工作？
浏览 4提问于2020-11-18得票数 0
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我有大量的分析需要一次完成，因此我认为我可以制作一个字典，并将键和值解析为通配符(每次snakemake运行都需要使用两个通配符)。green"] }
在这里，字典中的第一个键是wildcard1，这里是{Apple}，第一个值为wildcard2，在这里运行snakemake然后，同样的键将再次使用({Apple}作为wildcard1)，并将第二个关联值(这里是{red} )用作wild
浏览 3提问于2020-10-23得票数 0
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我有一个文件，每个输入都有前缀，我的文件是snakemake规则： > "PB0206,SRR10694951,PB0216,SRR10694963" > "PB0199PB0197,PB0211"> "PB0210,SRR10694969,PB0209,SRR10694950"
> "PB0217" 我想创建</
浏览 55提问于2021-08-05得票数 0
sample}_2.fastq.gz" bam = "{sample}.bam", log: "/snakemake_log.txt
浏览 0提问于2019-11-07得票数 1
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我正在尝试构建一个用于生物合成基因簇检测的snakemake管道，但我正在与错误作斗争：antismash-output/Unmap
浏览 29提问于2019-11-28得票数 1
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我试图在snakemake中创建一个迭代规则。数据中有一个空文本文件/名为basic_0。我希望通过调用$ snakemake data/basic_<x>.txt --cores 1对其应用一条规则"x“倍(其中"x”是一个整数)，其中snakefile如下所示： "python addHi.py {input} {output}"
addHi.py文件只是在文本文件中添加了一个带有"Hi
浏览 6提问于2022-06-29得票数 3
我之前问过一个关于为多个数据集运行相同的snakemake管道的问题，其中提到的解决方案之一是通过@bli使用多个配置文件。File "Snakefile", line 64, in <module>
我以前见过这个错误，但我不知道为什么在这种情况下，每个输入和输出都有一个通配符样例。任何帮助都是非常感谢的！
浏览 6提问于2022-08-29得票数 0
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