drop=False)
samples.index = samples.index.set_levels([i.astype(str) for i in samples.index.levels]) 我想合并所有的bam文件，有相同的样本和Tumor_or_Normal。例如，C-1-T.bam和C-2-T.bam以及C-3-T.bam应该合并到C-T.bam中。我还尝试将扩展替换为 lamblda wildcards: expand("recal/{{Sample}
浏览 13提问于2019-10-10得票数 0
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我在Snakemake中为那些没有多少编程知识的人编写了一个管道，所以我希望他们能够通过在命令行中请求snakemake all -c来运行整个管道。我的Snakefile中有两个配置文件：configfile: "config_samples.yaml"
这些配置文件将由Snakemake合并。config.yaml是标准配置文件<
浏览 7提问于2021-10-25得票数 1
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我刚刚开始使用snakemake，想知道在同一个文件上运行一组参数的“正确”方法是什么，以及这将如何用于规则链？ "scripts/preprocess.py" snakemake--配置normmethod=Me
浏览 208提问于2017-01-21得票数 3
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我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则： input:snakemake.log
我尝试在输入和输出中交换文件顺序；总是只处理第一个文件。在我的python脚本中，我将输入和输出称为snakemake.input<em
浏览 112提问于2020-02-10得票数 0
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我正在尝试使用snakemake将一个文件复制到多个目录，并且我需要能够使用通配符作为目标名称的一部分。output: shell:
"cp {input} {output}" 这将根据需要复制文件但是，必须在规则all中提供文件名。如何更改这一点，以便在命令行上使用通配符作为部分名称来指定目标？然后我用命令"snakemake</e
浏览 16提问于2020-04-18得票数 0
我正在运行一个带有检查点的Snakemake工作流，从它收集以前未知数量的输出文件。然后，Snakemake应该根据带有下一个规则的文件号创建许多任务，将收集到的检查点文件的某些部分作为通配符用于该规则通配符。这一切都很好，除非我希望该规则也创建日志和/或基准文件，此时抛出：Not all output, log and benchmark files of rule plasmid_spades
浏览 5提问于2022-07-01得票数 1
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在Linux下如何在多个用户之间共享相同数据的Snakemake工作流是否有指导原则，或者整个事情被认为是不好的做法？ 让我解释一下，以防不清楚： 假设用户A在目录dir/中执行工作流。假设工作流成功终止，然后他/她以递归方式正确地设置了所有输出和中间文件以及.snakemake/子目录上的文件/目录权限，以供其他用户进行读/写。用户B随后导航到dir/，将输入文件添加到工作
浏览 29提问于2021-10-27得票数 1
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我正在写一个snakemake管道，它做了很多对齐前后的质量控制。在流水线的末尾，我对这些QC结果运行multiQC。基本上，工作流程是:预处理-> fastqc ->对齐和对齐后QC，如picard、qualimap和preseq -> peak calling -> motif -> multiQC。强制multiqc在最后运行的一种方法是将上述规则的所有输出文件包含在multiqc规则的input指令中，如下所示： rule a:
input: "a.input"
浏览 62提问于2021-06-24得票数 3
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我对snakemake非常陌生，我正试图为每个示例创建一个merged.fastq。下面是我的蛇形。fastq.gz" "cat {input}/{id} > {output}" “pass_files”是fastq_pass文件夹的目录路径列表，其中包含小的fastq文件无法从输出<
浏览 4提问于2020-09-06得票数 0
在下面的示例中，将在与输入文件相同的位置创建输出文件。有没有办法在输出部分获得通配符值的基名，这样我就可以使用输入文件的基名来命名输出文件，但把它写到不同的位置？
浏览 5提问于2017-03-08得票数 6
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我使用snakemake，我试图写一个工作流程，关于对齐和创造大。我想介绍一个创建后，星型对齐文件，用于给我一种方法运行假发生成，只有在所有的样本是对齐的。我有一个错误：RuleException in line 40 of /home/centos
浏览 5提问于2017-09-06得票数 1
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我刚开始使用snakemake，在snakemake中做映射时有一个简单的问题。我有一对_1.fastq.gz & _2.fastq.gz，我想为大约10对fastq.gz做对尾映射。所以我为这个写了一个snakemake文件。import osimport glob
(SAMPLES,READS,) = glob_wildcards("raw/{sample}_{read}.fastq.gzminiconda3/envs&
浏览 1提问于2019-05-23得票数 1
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我有一个输入列表(a，b，c)。对于每个输入，我需要提取一些数据(1到23)：...我可以在Snakemake规则中使用FOR循环：chrs=range(1,23) input:
浏览 3提问于2021-06-18得票数 0
在一个旨在映射长读取的snakemake生物信息学工作流程中，输入的fastq数据可能具有一系列可能的文件扩展名，这取决于用户偏好和文件压缩格式(例如，我希望同时观察sequence.fastq或sequence.fq.gz可以使用通配符来选择输入文件-我在输出文件的命名方面遇到了挑战。在一个单一的工作流程中，我期望我们可以看到未压缩的、bzip2压缩的和bzip2压缩的样本。是否有建议的方法来剥离文件扩展<
浏览 1提问于2018-11-20得票数 0
我正在将bash脚本转换为snakemake，并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是，snakemake没有运行并行进程，而是尝试运行一个具有所有参数的进程，但失败了。num in {1..3} structure.py -K $num --input=fileprefix --output=fileprefix
done 有多个以fileprefix开头的输入文件我的config和snakemake文件如下。配置：
浏览 23提问于2019-01-29得票数 1
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目前，我正与THREE.js和socket.io混在一起玩一个小游戏--我想用OrbitControls扩展THREE.js (我以前在一个非TS项目中使用过)来控制摄像头。，我有我通常需要的导出，在一些输入文件的底部，我似乎需要： export=THREE.OrbitControls;}
但是，我不确定这是否是正确的格式，我尝试过一些东西，比如将需求定向到配置中的正确文件(因为<e
浏览 1提问于2015-05-31得票数 0
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我在VS代码中使用Plant生成图表：设置.puml文件的输入文件夹和.生成的.png文件的输出文件夹
问题：我在VS代码中找不到PlantUML导出设置的配置文件。我在哪里可以找到它，或者如何正确地设置它来使用IDE？
浏览 6提问于2021-03-19得票数 2
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我已经了解了如何正确地键入盗版插件(通过使用声明合并)。如何输入直接在盗版实例中定义的pilet扩展？到目前为止我尝试过的是：
在src文件夹中放置一个api.d.ts，将相关的类型直接放在src/index.tsx文件中，将package.json中的类型字段更改为一个(以及其他类似src/ypes.
浏览 0提问于2020-01-01得票数 1
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在snakemake中，我可以在声明规则之前定义全局变量。当我有一个需要通过某个工具下载的文件列表时，这是很棒的--然后我可以确保这些文件的名称是我后续步骤的通配符。中通过在规则中链接输入和输出来处理我下载的文件。通常，我不知道这些文件的确切名称，只知道它们的扩展名--在本例中是.test。我希望使用这些创建的文件作为下一个规则的输入。我一直在使用日志输出技巧将我的规则链接到一起。现在，我想分别处理每个创建的
浏览 10提问于2022-03-29得票数 1
在Gitlab中，可以在.gitlab-ci.yml文件中包含一个或多个文件。甚至有可能嵌套这些包括。见。 - build - production
environment:这将导致以下文件结构
浏览 12提问于2021-03-01得票数 2
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