一个稍微复杂的案例, 看看snakemake的用法....过程介绍
1, 安装snakemake
2, 新建文件
3, 新建一个简单的Snakemake参数文件
4, 扩展, 去关联输出文件
5, 使用全局变量, 关联文件
6, 批量运行
1, 安装snakemake...这里需要时python3, 不支持python2
pip3 install --user snakemake pyaml
2, 新建几个FASTQ文件
这里, 我们新建两个配对的RNA-seq数据,...=SAMPLES)
定义一个rule, 命名为 quantify_genes, 里面有input, output, shell, 其中{sample}是用的rule all里面的name
rule quantify_genes...-p 或者—printshellcmds, 表示将生成的shell打印出来
注意:
-n 不执行, 只打印命令
-p 执行, 同时打印命令(shell)
两者执行的前提是结果文件还没有生成.
