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​宏转录组学习笔记(三)--通过脚本和snakemake实现自动化

接下来,我们将向你展示如何将所有这些命令放入Shell脚本中。 一个「shell脚本」是一个文本文件的完整的shell命令,运行时就如同你在命令行交互方式运行它们。...编写shell脚本 让我们将质量控制过程中的所有命令放入一个脚本中。 我们称之为run_qc.sh。该sh在的结尾告诉你,这是一个bash脚本。...通过shell脚本实现自动化非常棒,但是这里存在一些问题。 首先,您必须每次都运行整个工作流程,并且每次都要重新计算所有内容。...如果您运行的工作流需要4天,并且在最后更改了命令,则必须手动进入,然后运行依赖于已更改命令的内容。 其次,它是非常明确的,并且不是很通用。如果要在其他RNAseq数据集上运行,则必须更改许多命令。...snakemake是帮助解决这些问题的几种工作流程系统之一。(您可以在此处阅读文档。)[1]让我们看一下!

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Power BI 图表空心化

本公众号已经分享了超过百种DAX+SVG自定义的图表,本文介绍如何将自定义图表空心化。所谓空心图表是指没有填充颜色,仅有边框颜色的图表。...下图展示了条形图的空心效果: 该图表度量值如下,把度量值放入HTML Content视觉对象正常显示。...,例如下图的空心气泡条件格式: 度量值如下,把度量值放入表格、矩阵对应字段的条件格式图标即可正常显示: 以上演示表明,形状可以空心化,文字是否也可以呢?...可以的,效果如下: 度量值如下,度量值放入HTML Content视觉对象进行显示。 Fill none stroke color,SVG空心的原理就这么简单。...读者可以尝试将本公众号前期分享的各种自定义图表改造成空心的。 比如麦肯锡的旋转正方形: 比如复合图表: 全家福:

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    定义、组织、跟踪、管理:开源的项目管理工具 | 开源日报 No.179

    该项目的主要功能包括: 提供 GUI 工具教程,方便不熟悉命令行操作的用户 支持通过 git 进行版本控制,并提供相关命令示例 引导用户创建分支并对文件做出必要修改 教会用户如何将修改推送到 GitHub...mosaicml/composerhttps://github.com/mosaicml/composer Stars: 4.7k License: Apache-2.0 Composer 是 MosaicML...它旨在简化大规模集群上实现分布式训练工作流程,并优化了可扩展性和易用性。...定制能力:提供自定义 Trainer 以及回调函数、速度算法等高级特征。...更好的工作流程:自动恢复失败运行、CUDA OOM 预防以及时间抽象; 集成:与权重生物统计学,MLFlow 和 CometML 等云服务平台进行实验跟踪和数据传输集成。

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    工作流 workflow

    在这样的实现思路中,请假的流程我们是通过 status 这个字段来控制的。...虽然技术上来说,status 也还能做,但是,用 status 字段去描述这个流程,会非常非常复杂。三大工作流三大主流工作流,只要掌握其中一个,另外两个可以非常容易的上手。...最早的工作流是 jBPM,目前市面上大部分工作流的共同祖先。...流程图工作流执行的基础是流程图。一个完整的流程,要干嘛,先得画出来一个完整的流程图。上面介绍了三种不同的工作流,那么三种不同的工作流的流程图绘制方式是否一样?...图片脚本任务一个自动化的活动,当流程执行到脚本任务的时候,自动执行相应的脚本。图片业务规则任务BPMN2.0 中引入的用来对接业务规则的引擎,业务规则主要用于同步执行一个或者多个规则。

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    常用开源工作流引擎Activiti JBPM Flowable Bonita Airflow

    Apache Airflow:Apache孵化器中的一款工作流管理工具,通过编写Python脚本来定义、编排和协调大规模数据处理工作流。...可扩展性:jBPM可以使用自定义的Java类和JavaScript脚本添加新功能,同时支持各种数据库引擎和操作系统平台。...设计原理 Flowable从设计层面遵循以下原则: 可扩展性(Extensibility):Flowable允许用户对平台进行扩展,可以使用自定义的Java类和JavaScript脚本添加新功能。...Activiti: Activiti是一个轻量级的工作流引擎,它是基于Java语言开发的,并支持BPMN 2.0标准。...Bonita: Bonita是一款开源的工作流引擎,它是基于Java语言开发的,并支持BPMN 2.0标准。

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    使用 GitHub Action来托管AutoML软件

    本教程的学习目标 了解什么是AutoML,以及如何使用pycaret2.0构建一个简单的AutoML软件。 了解什么是容器以及如何将AutoML解决方案部署为Docker容器。...Mining:https://www.pycaret.org/association-rules PyCaret中的所有模块都支持数据预处理(超过25种以上的基本预处理技术,提供大量未经训练的模型和支持自定义模型...实现自动化软件开发工作流。你可以编写单个任务,并将它们组合起来以创建自定义工作流。...工作流是自定义的自动化流程,你可以在存储库中设置这些流程,以便在GitHub上构建、测试、打包、发布或部署任何代码项目。...单击“「set up a workflow yourself」”并将你的脚本复制到编辑器中,然后单击“「Start commit」”。 开始提交后,单击“「actions」”: ?

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    分布式任务调度:PowerJob 高级特性

    (workflow) 1.什么是工作流?...任务参数(JSON): method【必填字段】:GET / POST / DELETE / PUT url【必填字段】:请求地址 timeout【可选字段】:超时时间,单位为秒 mediaType【...可选字段】:使用非 GET 请求时,需要传递的数据类型,如 *application/json* body【可选字段】:使用非 GET 请求时的 body 内容,后端使用 String 接收,如果为 JSON...5.SQL 处理器 目前内置了两款 SQL 处理器,均支持自定义 SQL 的校验、解析逻辑,主要区别在于数据源连接的获取方式不同。...如果需要自定义 SQL 解析逻辑,比如 宏变量替换,参数替换 等,则可以通过指定 AbstractSqlProcessor.SqlParser 来实现。

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    宜信防火墙自动化运维之路

    本文简介 文章分为2个部分——正文篇1.0 & 正文篇2.0,1.0篇编写于2017年,2.0篇编写于2018年,是对1.0版本的升级与优化,通过标题标注以示区分。...2:如何将各个厂商防火墙策略导出并离线合并生成统一数据库作为平台基础。...日志平台通过如WAF日志进行分析,通过制定规则,比如某些IP采用多种攻击手法XSS+SQL组合对业务进行了攻击,会统计产出恶意IP更新至IP_list(攻击者ip清单),并执行⾃动拦截脚本通知防⽕墙运维平台...通常我们的需求需要知道到底数据包是什么内容,包含什么字段,为什么会命中IPS规则,这样也好给到开发人员进行代码修改,所以我们对内网IDS工作流程进行了优化,实现对关注的攻击进行数据包保存溯源,针对特定攻击和事件也进行高级告警...4-5:防火墙运维平台通过防火墙API接口,利用时间戳和Pcap ID字段登陆设备进行数据包下载到本地, 并执行提取X-forward For字段和三层IP地址。

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    Email Send进阶篇 – 自定义邮件通知内容

    接下来这篇文章将带大家一起使用Email Send的 模板 功能,根据用户的需要来自定义邮件正文内容,直观的体现业务单据的关键信息。...将字段体现在EmailSend端口的模板中的脚本如下所示:[document.order_ po_date]此脚本包含三个组件:·document项,指向当前输入的XML文件 ·order_ po_date...,可拆分为下的字段,指向输入模板文件中的 2022-05-16 ·方括号,表示ArcScript脚本中的取值2.动态正文订单主信息:PO Number : [document.order_po_number...工作流示例通过上述的讲解想必大家已经对Email Send端口的进阶用法有所了解,以下是上述讲解的工作流示例,下载知行之桥EDI系统,导入【示例工作流】,进行实战操作。 ...下载示例工作流  下载测试文件 在知行之桥EDI系统中导入上述工作流创建工作区首先在知行之桥EDI系统的 工作流 选项卡中,点击右上方的齿轮图标,点击 +创建工作区,可以对工作区进行自定义的命名,示例中我们将其命名为

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    浅析网络数据的商业价值和采集方法

    随着Web2.0的发展,整个Web系统涵盖了大量的价值化数据,目前针对Web系统的数据采集通常通过网络爬虫来实现,本文将对网络数据和网络爬虫进行系统描述。...网络爬虫原理 网络爬虫是一种按照一定的规则,自动地抓取网络信息的程序或者脚本。网络爬虫可以自动采集所有其能够访问到的页面内容,为搜索引擎和大数据分析提供数据来源。...从功能上来讲,爬虫一般有网络数据采集、处理和存储 3 部分功能,如图所示: 网络爬虫采集 网络爬虫通过定义采集字段对网页中的文本信息、图片信息等进行爬取。...网络爬虫工作流程 如下图所示,网络爬虫的基本工作流程如下。首先选取一部分种子 URL。 将这些 URL 放入待抓取 URL 队列。...分析已抓取 URL 队列中的 URL,分析其中的其他 URL,并且将这些 URL 放入待抓取 URL 队列,从而进入下一个循环。

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    腾讯蓝鲸智云社区版V6.0.3携手容器管理平台正式发布!

    【新增】主机归还主机池选择指定目录归还 【新增】主机导出支持选择字段 【新增】主机增加快速搜索功能   ... ... 04 作业平台 功能概述:提供批量脚本执行、文件分发、文件拉取、定时任务等基础操作的原子平台...【新增】 为了进一步加强安全风险把控,现在脚本中检测出有 高危语句 将不可保存或执行!...采集器 bkunifylogbeat 【新增】 基于采集框架2.0 & Filebeat 重构 【新增】 新增段日志采集场景 【新增】 文本多编码支持  ... ......▼ 一、基础套餐 持续部署场景(CD),主要覆盖应用发布变更、基础管控等运维自动化阶段,比如: 配置资源管理,如主机设备、业务模块、服务进程端口、自定义配置模型等 批量基础管控,如脚本执行、文件分发、定时任务等基础运维场景...主要覆盖基于原生 K8S 的容器编排,比如: 集群管理 模板管理 应用管理 镜像管理 网络管理 包含产品:蓝鲸容器管理平台(BCS) 四、持续集成套餐 持续集成场景(CI),主要覆盖自动化代码构建-测试-发布工作流

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    极简 Java 工作流概念入门

    的字段,这个 status 字段表示这个请假申请目前的状态(待审批、已批准还是已拒绝),然后 B 登录系统之后,在请假表中查询到了 A 的请假信息,然后选择批准,此时将 status  字段的值改一下就行了...单纯的通过状态字段去描述显然已经不够用了,此时我们就得考虑一种通用的、更易维护的方案来实现这样的系统了,这种通用的、易维护的方案,也就是工作流。 2....Management Initiative)开发,BPMI 于 2005 年与对象管理组织(OMG, Object Management Group)合并,并于 2011 年 1 月 OMG 发布 2.0...服务任务 这个一般由系统自动完成,其实说白了就是我们的一个自定义类,可以在一个自定义类里边完成想要做的事情。 脚本任务 一个自动化活动。当流程执行到脚本任务时,自动执行相应的脚本。...业务规则任务 BPMN2.0 新引入用来对接业务规则引擎,业务规则任务用于同步执行一个或多个规则。 用户任务 用于为那些需要由人工参与者完成的工作建模。

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    工作流 workflow

    在这样的实现思路中,请假的流程我们是通过 status 这个字段来控制的。...虽然技术上来说,status 也还能做,但是,用 status 字段去描述这个流程,会非常非常复杂。 三大工作流 三大主流工作流,只要掌握其中一个,另外两个可以非常容易的上手。...最早的工作流是 jBPM,目前市面上大部分工作流的共同祖先。...流程图 工作流执行的基础是流程图。 一个完整的流程,要干嘛,先得画出来一个完整的流程图。 上面介绍了三种不同的工作流,那么三种不同的工作流的流程图绘制方式是否一样?...脚本任务 一个自动化的活动,当流程执行到脚本任务的时候,自动执行相应的脚本。 业务规则任务 BPMN2.0 中引入的用来对接业务规则的引擎,业务规则主要用于同步执行一个或者多个规则。

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    工作流的应用价值

    自动化工作流,在更短的时间内完成更多工作 通过设计自定义工作流,简化通信流程并自动执行日常任务,从而高效管理日常工作。...自定义您的工作流程 从 32 种不同的字段类型中进行选择,以便通过表单收集数据。自动填充字段,执行验证并使用逻辑构建安全表单。...直观显示您的工作流程,并根据用户与您的应用交互的方式和时间触发一组操作。  使用拖放式脚本生成器执行计算和复杂的业务任务。 通过自动化流程提高工作效率 为任何流程配置多级别审批。...只需单击按钮,即可执行计算和其他自定义操作。 让您按照事务优先级安排日常任务。 轻松数据共享,高效协同工作 添加用户并允许其访问、编辑和修改相关的应用组件。...使用简单的 Deluge 脚本块链接 PayPal、Salesforce、Quickbooks 和 Zapier 等广受欢迎的服务。 通过我们的REST API连接到各种云服务。

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    VuePress + GitHub Actions 自动部署

    GitHub Actions 允许开发人员编写构建、测试、发布等多种功能的脚本,在特定的条件下(如 push 变更到指定分支时),执行事先写好的脚本,自动完成构建发布等操作。...Workflow 由仓库中的 YAML 文件定义,由仓库中的事件触发工作流运行,也可以手动触发工作流,或者按照已定义的时间表触发工作流。...每个 Step 可以依次执行一个或多个动作(Action),或自定义的脚本。...Actions (动作) Action 是 GitHub Actions 平台的自定义应用程序,用于执行复杂但经常重复的任务。....name workflow 文件的主体是 jobs 字段,表示要执行的一项或多项任务。 jobs 字段里面,需要写出每一项任务的 job_id,具体名称自定义。

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