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使用GDC在线查看TCGA数据

GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享...当然,到目前为止,该数据库中最大的数据依然是来自TCGA的数据。 为了方便管理如果大量的数据,建立了一个统一的数据模型,如下所示 ?...以上只是个人总结的简化版的模型,便于理解数据库中的信息,实际包含的数据类型更多,模型也更加复杂。...数据库的首页提供了以下多个导航栏 1. project 可以查看所有项目的数据,也可以通过左侧的筛选框进行筛选,project相关属性如下所示 ?...点击project id可以查看summary信息,以TCGA-BRCA为例,示意如下 ? 2.

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CSS Prism:在线 CSS 颜色查看

CSS Prism 是一个在线 CSS 颜色查看服务,你只需按输入任何 CSS 文件地址,他就会扫描 CSS 文件中所有的 16 进制颜色代码并显示他们,然后你可以通过一个类似于 Photoshop...CSS Prism:CSS 颜色查看器 CSS Prism 是基于 Django 创建的的,并采用 jQuery 及其 color picker 插件,其详细功能有: 可以查看 CSS 文件中所有 16...可以在线编辑颜色,并且通过白色调和暗色调两种方式查看颜色。...CSS Prism 还提供一个 Bookmarklet: CSS Prism,你可以将它拖到浏览器的工具栏,然后使用它就可以快速查看任何网页中使用的所有颜色了。...CSS Prism 是我使用比较多的服务,我用它来查看博客中 CSS 的所有的颜色,然后通过查看去掉比不要的颜色,使得博客中的颜色尽可能的少,如上图我的博客只使用了7种颜色。

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2021.10在线数据库汇总

在 10月期间 ,总共发表了医学相关在线数据库49个。下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库,以及笔者比较感兴趣的数据库。如果想要所有相关数据库信息的,后台回复:==2110==。...疾病和药物相关数据库 在这个部分,一共发表了5个数据库 。其中有四个是和药物有关的数据库。 其中Inxight Drugs 是一个由NIH 创建的药物综合性检索数据库。...微生物和病毒相关数据库 在这个部分,总共发表了8个数据库 。加上前面疾病的那个COVID19数据库,相当于一共有3个 COVID19 相关数据库了。...流程化分析数据库 在这个部分,总共发表了 4 个数据库 。 其中, SignaLink 是一个用来分析基因组织特异性相互作用的数据库。 其他方面数据库 在这个部分,总共发表了 4 个数据库。...以上就是,这个月的在线数据库了。有需要的,后台回复 ==2110==哈。

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2021.04在线数据库汇总

在4月期间,总共发表了医学相关在线数据库34个。下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库,以及笔者比较感兴趣的数据库。如果想要所有相关数据库信息的,后台回复:2104。...疾病和药物相关数据库 在这个部分,一共发表了4个数据库。其中两个基因和疾病相关的数据库。 ? 其中, GPCards是一个在基因组水平分析基因和疾病相关性的数据库。通过数据相对应的基因组信息。...在数据库当中,我们可以预测肿瘤相关驱动基因,也可以预测耐药相关驱动基因。 ? RNA相关数据库 在这个部分,总共发表了7个数据库。 ? 其中 TRlnc是一个用来预测lncRNA调控作用的数据库。...这个数据库的团队之前也发表了很多关于转录调控的数据库,例如我们之前介绍的:KnockTF、SEanalysis。 ? 蛋白相关数据库 在和蛋白相关的数据库当中,总共发表了7个相关的数据库。...流程化分析数据库 在这个部分,这个月发表了3个数据库。包括多个组学的数据分析。 ? 其他方面数据库 在3月份其他方面一共发表了3个数据库。 ?

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2022.03在线数据库汇总

在 3 月期间 ,总共发表了医学相关在线数据库==30 个==。下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库,以及笔者比较感兴趣的数据库。如果想要所有相关数据库信息的,后台回复:2203。...疾病和药物相关数据库 在这个部分,一共发表了4个数据库。 其中SDC是一个在肿瘤当中研究性别和肿瘤关系的数据库。...关于基本信息的数据库,之前也介绍过一个[[ADEIP-年龄相关差异基因分析数据库]]。 微生物和病毒相关数据库 在这个部分,总共发表了5个数据库。...dbGSRV是一个分析人类基因的[[SNP]]和呼吸道病毒关系的数据库。 DNA相关数据库 在这个部分,总共发表了1个数据库。 RNA相关数据库 在这个部分,总共发表了2个数据库。...SEAseq是一个用来分析Chip-seq/CUT&RUN的数据库 以上就是,这个月的在线数据库了。有需要的,后台回复 2203 哈。

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2022.02在线数据库汇总

在 2 月期间 ,总共发表了医学相关在线数据库16 个。下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库,以及笔者比较感兴趣的数据库。如果想要所有相关数据库信息的,后台回复:2202。...其中使用了 [[OncoKB-肿瘤突变查询数据库]], [[SIGNAL-通路与PPI联合分析数据库]] 等多个数据库分析的结果 RNA相关数据库 在这个部分,总共发表了 3 个数据库。...其中大多数的都是基于蛋白序列来进行的在线工具,例如:PHR-search。 流程化分析数据库 在这个部分,总共发表了 6 个数据库。...其中经典的 TCGA 在线分析工具 UALCAN 提供了一个新的更新版本。 其他方面数据库 在这个部分,总共发表了1个数据库。 其中 PCIG 是一个肿瘤相关的免疫浸润在线分析工具。...类似于 [[TIMER2 TCGA-免疫浸润评估数据库]], [[GEPIA2021-TCGA免疫细胞分析数据库]] 以上就是,这个月的在线数据库了。有需要的,后台回复 2202 哈。

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2021.07在线数据库汇总

在 7月期间 ,总共发表了医学相关在线数据库35 个。下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库,以及笔者比较感兴趣的数据库。 疾病和药物相关数据库 在这个部分,一共发表了7个数据库 。 ?...其中 NOD数据库是一个用来预测药物新功能的数据库。对于一些经典的药物除了目前的适应症,可能还适用于其他疾病。通过NOD数据库就可以用来预测这些旧药的新功能。 ?...pr2-primers就是一个储存16/18S引物的数据库。这里我们能检索到一些独特的16/18S引物。 ? DNA相关数据库 在这个部分,总共发表了5个数据库 。 ?...这个时候就可以使用ncRDense这个数据库的。这个数据库可以通过输入序列来预测序列的ncRNA类型。 ? 蛋白相关数据库 在这个部分,总共发表了11个数据库。 ?...其中molgpka和pKPDB是两个用来预测蛋白质pka值的数据库。 ? 流程化分析数据库 在这个部分,总共发表了1个数据库 。 ? 关于Rank-In简单的说一下。

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TCGA数据库在线使用

最近做培训时整理的一部分TCGA相关数据库的使用总结。在线数据库更新改版都比较快,使用时需要参照最新的线上数据教程。...不过癌症相关的数据库操作起来也都比较类似,输入一个或多个关注的目的基因,查看基因的功能注释,基因在哪些样品中存在突变,突变位点的分布,共表达网络,生存分析等。...本文包括了TCGA本站中数据的浏览、下载,尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示),然后是cBioPortal,TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台,再是FIREBROWSE...,比较不错的在线展示和方便的数据下载功能。...鼠标悬浮柱子上可查看详细信息,Click View details查看更多信息。 ? 查询基因在选定样品中的突变情况概览。 ? Mutation面板进入查看基因水平突变的分布 ?

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查看外键名称查看数据库外键名字

我们要进行删除外键时,需要知道外键的名字,那么如何查看数据库外键呢?有2种方式查看: 1.过查看表的方式查看外键名字; 2.通过mysql自带的系统表查看外键。...t_score_math add constraint f_mykey -- 该行省略的话,则会自动添加一个名字 foreign key (uid) references t_user(uid); 查看外键名字的方式...方式一:通过查看表的方式查看外键名字 SHOW CREATE TABLE `t_score_math`; 得到以下结果: Table Create Table t_score_math 建表语句 建表语句内容如下...REFERENCES `t_user` (`uid`) ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 可以得到外键的名字: f_mykey; 方式二:通过mysql自带的系统表查看外键...INFORMATION_SCHEMA.KEY_COLUMN_USAGE WHERE constraint_schema = 'fundb' AND table_name = 't_score_math'; 结果如下,也可以查看到外键的名字

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开启查看Mysql数据库日志

很多时候网站打开速度变慢,为了定位是否为数据库导致的,我们需要知道在访问网站的同时,站点执行了哪些SQL,每条SQL耗时多长。 为此,查看数据库日志是最直接的。...一般情况下,数据库日志默认是关闭的,因此需要先激活日志功能: 1....使用root用户登陆到数据库后,检查“数据库日志”是否开启 SHOW VARIABLES LIKE 'general%'; # 这份日志会保存到数据库的安装目录, Centos7默认的目录是 /var...另外,还有一个相关的“慢查询日志”,检查是否开启: SHOW VARIABLES LIKE '%slow_query_log%'; # 这份日志会保存到数据库的安装目录, Centos7默认的目录是...无需重启数据库,直接刷新站点,发现 VM_211_224_centos.log 日志有内容,VM_211_224_centos-slow.log日志无内容(当然这是针对我的情况而言,mysql/mariadb

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