.map格式
格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map
❝map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称, 所在的染色体和所在染色体的坐标...第四列母本编号
第五列性别
第六列表型值
第七列, 第八列为一个基因型
第九列, 第十列为第二个基因型
第十一列, 第十二列为第三个基因型
练习1
ped格式是1 1 2 2 的格式转化为0 1 2...练习2
ped格式是11 22 的格式转化为0 1 2 这里11中间没有空格「test2.ped」
1 1 0 0 1 0 11 22 11
1 2 0 0 2 0 22 00 21
1 3 1 2 1...AT CG 的格式转化为0 1 2 这里AT之间没有空格
「test3.ped」
1 1 0 0 1 0 AA TT GG
1 2 0 0 2 0 GG 00 AG
1 3 1 2 1...SNP的分型是1 1 2 2 还是11 22 还是AA TT 还是 AA 22不影响结果
2, ped文件中, SNP转化为012的标准是, 主等位基因为0, 杂合为1, 次等位基因为2
3, plink