Aspera是一项突破性传输协议，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。...Aspera在Ubuntu环境的安装过程如下： Step 1： 建立安装文件夹 mkdir ~/Biosofts cd ~/Biosofts Step 2： 下载Aspera软件....tar.gz Step 4： 安装Aspera 解压后是一个shell脚本，运行即可 sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh Step...5：测试Aspera是否安装成功 ascp命令默认安装地址在：~/.aspera/connect/bin ~/.aspera/connect/bin/ascp -h Step 6：将...aspera安装路径加入环境变量 echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc Step 7：使环境变量生效<
Aspera用法如下： Usage: ascp [参数] 目标文件 保存路径 一、 Aspera下载一个SRA文件 Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列 mkdir ~/Seqs...Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra ~/Seqs/ 二、 Aspera...SRR6232299.sra 按Ctrl+O,Ctrl+X保存退出 Step 2：批量下载sra_list.txt列表中的文件 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera
PMID: 27824034 数据 根据文章中的提示，打开NCBI上的GEO数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/） 在搜索框中输入登录号“GSE81916”。...p=1933 以及： http://blog.csdn.net/xubo245/article/details/50513201 但是实际操作时我在Aspera官网上看到“Aspera connect...根据提示在window上安装好aspera后，再进入 GEO数据库尝试下载sra文件，但是 aspera并不启动。...作业 关于GEO/SRA数据库 GEO数据库 GEO数据库隶属于NCBI，是最大最全面的基因表达数据库，主要是芯片和转录组测序数据。...不如从GEO主页上直接搜索编号。
如果你的服务器在中国大陆，基本上就放弃prefetch啦，直接aspera即可。但是如果是在海外，就可以尝试比较prefetch和aspera下载速度。...需要注意的是：什么，SRA测序数据要收费了，同样的，需要熟悉GEO和SRA数据库编号规则： 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 获得文献里面的数据集里面的样本的数据库里面的...ID列表，但是ncbi的sratoolkit有可能不好用，比如prefetch命令下载sra文件速度太慢，可以参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 需要自行配置好aspera从ebi下载的软件环境...和prefetch 其中prefetch属于 sra-tools，而aspera属于aspera-cli，都是需要先搜索它们拿到官方下载方式，我已经给大家找好了，如下： # wget https://repo.anaconda.com...最后是aspera， id=fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR344/007/ERR3445007/ERR3445007_1.fastq.gz ascp -QT -l
一般来说，GEO数据库的文件是没有必要高速下载的，因为里面存放的都是表达量矩阵等，文件非常小，通过浏览器点击下载的方式就算是网络很慢，等等也会成功。...series/GSE253nnn/GSE253013/suppl/GSE253013_all_luad_garnett_temp.rds.gz 8.04M 34.2KB/s 剩余 2d 4h 借助aspera...的高速下载 首先自行参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 配置好aspera软件即可，然后要详细的阅读GEO数据库的官方文档 https://www.ncbi.nlm.nih.gov...软件，本来是说让大家自行参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 配置好aspera软件即可。...conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli which ascp ##
', getGPL = F)#getGEO有从GEO中下载数据到工作目录下，并将数据读取到R中。...hgu133plus2SYMBOL)# symbol代表的是探针的ID和基因symbol，toTable是提取head(ids)方法2 读取GPL网页的表格文件，按列取子集https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo
/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux...-64.tar.gz #安装 bash aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh # 然后cd到根目录下看看是不是存在了.aspera文件夹，有的话表示安装成功 cd...&& ls -a # 将aspera软件加入环境变量，并激活 echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/...3 数据下载 以患者2586-4为例，所有数据都存放在GEO中 打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...acc=GSE117988(这里注意链接是有规律的，只需要改变最后的ID号就能获取其他的GEO数据) 点击SRA这里的SRP155988 ?
下载数据 由于是EBI数据库，用wget下载速度太慢，Jimmy大神强烈建议用aspera工具下载，于是参考生信技能树教程代码，首先需要熟悉GEO和SRA数据库： 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够...使用conda安装aspera conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli...单个样本fq下载 找到单个样本的链接很容易： (base) vip31@tpm2-WD12:~/RNA_Seq/sra$ ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect...具体参考代码 cat filereport_read_run_PRJNA229893_tsv.txt | while read id; do ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera...nohup cat filereport_read_run_PRJNA229893_tsv.txt | while read id; do ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera
虽然有aspera下载加速措施，但是每次下载至少失败一半！...fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/057/SRR15037157/SRR15037157_2.fastq.gz 继续使用脚本 step1-aspera.sh...~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh...1>step1-aspera.log 2>&1 & 然后前面失败的文件这次就成功下载了。
Aspera下载和安装 Aspera下载： http://downloads.asperasoft.com/connect2/。...zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh echo 'PATH=$...PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ascp --help 软件一般安装在 ~/.aspera/connect/ 目录下...Aspera使用： 使用说明：https://www.internationalgenome.org/faq/how-download-files-using-aspera Aspera 高速下载 NCBI...-i 免密从SRA和ENA下载的私钥，为·安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下的asperaweb_id_dsa.openssh 文件。
1.GO富集分析 rm(list = ls()) load(file = 'step4output.Rdata') library(clusterProfi...
工作需要，实现了一下Geo Hash算法。 尽量直接使用位操作，比网上常见的字符串判断位值得写法效率应该高一点。 TODO：循环的写法可以再优雅一点；注释可以再清晰一点。...} } /** * hash编码 * * @param lat 纬度 * @param lon 经度 * @return geo
下面主要说说我的数据下载踩的坑，多亏了张老师的帮助让我从这两天的坑中跳了出来，我是用的aspera软件下载的。...在conda下安装aspera软件 conda install-y-chcc aspera-cli which ascp 找到要下载的数据的BioProject；一般知道它的GEO accession和...SRA number就可以从GEO和SRA网站上找到。
---- 第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。...尽量不要用wget或curl下载，速度慢，且有时下载不完全 注意：Aspera>Sratools>ftp ---- 第1选择：Aspera Connect -Aspera connect是IBM的商业化高速文件下载软件...下载直接安装即可，下载链接h Aspera Connect命令行工具-ascp 首先，goto Aspera connect，选择linux版本，复制链接地址（这个需要代理下载） wget http...-linux-64.sh # check the .aspera directory cd # go to root directory ls -a # if you could see .aspera...dbConnect('SQLite',srafile) 2使用GEOquery包 library(GEOquery) gse <- getGEO('GSE48138') # retrieves a GEO
安装 $ tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz $ ..../aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh $ sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin...ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra EBI的aspera...命令 含义 ~/.aspera/connect/bin/ascp aspera的可执行文件 -k 1 断点续传 -QT 100M 提高下载速度 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...--user anonftp --file-list aspera_download.txt 4.
官网资源： https://ftp.gnu.org/pub/gnu/libiconv/libiconv-1.16.tar.gz CSDN资源：https://...
从GEO中选择示例数据：GSE181454。因为作者上传的10x输入文件比较古老（cellranger V2定量），我们重新运行该过程。...为了验证这一猜想，我们在SRA网站查找了该数据的信息 随便点开一个样本可以看到实验编号与ENA中一致，可以确定是没有规则命名的R1与R2文件 接下来我们在ENA数据库中的Read files下勾选aspera...打开后即可得到fastq文件的下载链接（图中fasp开头即为aspera链接）
', getGPL = F)class(eSet)length(eSet)eSet = eSet[[1]]第三个函数的代码library(tinyarray)geo = geo_download("GSE16011...")library(stringr)#只要tumor样本k = str_detect(geo$pd$title,"glioma");table(k)#展示了如果只要exp里的一部分样本，如何提取出来geo...$exp = geo$exp[,k]geo$pd = geo$pd[k,]3.annoGene（只接受ENSEMBL or SYMBOL找注释）/clusterProfiler（接受ENTREZID转化为...geo_download代码汇总geo = geo_download(gse)pd = geo$pdgeo$exp = log2(geo$exp+1)#,destdir=tempdir()表示不使用工作目录下的路径...$gpl)ids <- AnnoProbe::idmap(geo$gpl,destdir = tempdir())dcp = get_deg_all(geo$exp,Group,ids)head(dcp
个人简介：Java领域新星创作者；阿里云技术博主、星级博主、专家博主；正在Java学习的路上摸爬滚打，记录学习的过程~ 个人主页：.29.的博客 学习社区：进去逛一逛~ ⑦Redis GEO...基本操作命令 Redis GEO主要用于存储地理位置信息，并对存储的选项进行操作： 1.添加地理位置的坐标 2.获取地理位置的坐标 3.计算两个地理位置间的距离 4.根据用户给定的经纬度坐标来获取指定范围内的地理位置集合...geopos city 广州 # 获取空间名称“广州”的经纬度 geopos city 深圳 # 没有存储“深圳”的空间名称，返回nil 3.geohash 获取保存位置的geohash值 Redis GEO
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