Aspera是一项突破性传输协议，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。...Aspera在Ubuntu环境的安装过程如下： Step 1： 建立安装文件夹 mkdir ~/Biosofts cd ~/Biosofts Step 2： 下载Aspera软件....tar.gz Step 4： 安装Aspera 解压后是一个shell脚本，运行即可 sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh Step...5：测试Aspera是否安装成功 ascp命令默认安装地址在：~/.aspera/connect/bin ~/.aspera/connect/bin/ascp -h Step 6：将...aspera安装路径加入环境变量 echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc Step 7：使环境变量生效<
Aspera用法如下： Usage: ascp [参数] 目标文件 保存路径 一、 Aspera下载一个SRA文件 Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列 mkdir ~/Seqs...Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra ~/Seqs/ 二、 Aspera...SRR6232299.sra 按Ctrl+O,Ctrl+X保存退出 Step 2：批量下载sra_list.txt列表中的文件 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera
虽然有aspera下载加速措施，但是每次下载至少失败一半！...fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/057/SRR15037157/SRR15037157_2.fastq.gz 继续使用脚本 step1-aspera.sh...~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh...1>step1-aspera.log 2>&1 & 然后前面失败的文件这次就成功下载了。...上游分析流程 02.课题多少个样品，测序数据量如何 03. 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要） 04. 过滤线粒体核糖体基因 05.
Aspera下载和安装 Aspera下载： http://downloads.asperasoft.com/connect2/。...zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh echo 'PATH=$...PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ascp --help 软件一般安装在 ~/.aspera/connect/ 目录下...Aspera使用： 使用说明：https://www.internationalgenome.org/faq/how-download-files-using-aspera Aspera 高速下载 NCBI...-i 免密从SRA和ENA下载的私钥，为·安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下的asperaweb_id_dsa.openssh 文件。
下面主要说说我的数据下载踩的坑，多亏了张老师的帮助让我从这两天的坑中跳了出来，我是用的aspera软件下载的。...在conda下安装aspera软件 conda install-y-chcc aspera-cli which ascp 找到要下载的数据的BioProject；一般知道它的GEO accession和
安装 $ tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz $ ..../aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh $ sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin...ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra EBI的aspera...命令 含义 ~/.aspera/connect/bin/ascp aspera的可执行文件 -k 1 断点续传 -QT 100M 提高下载速度 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...--user anonftp --file-list aspera_download.txt 4.
官网资源： https://ftp.gnu.org/pub/gnu/libiconv/libiconv-1.16.tar.gz CSDN资源：https://...
Dr.羊 | Aspera是什么？...image.png #Aspera命令行数据上传操作说明# 2021年7月，CNSA新增了Aspera命令行数据上传方式。...01 安装软件 上传文件之前，您需要先安装Aspera Connect。如果您的电脑尚未安装该软件，请先下载Aspera Connect并安装。...02 获取Aspera账户 如果您第一次使用Aspera，请在CNSA实验/测序批量提交流程页面选择Aspera命令行上传并点击按钮“申请Aspera账户”获取Aspera账户及操作说明。...> [aspera_account]为系统分配的aspera账户名，您可以实验/测序数据的提交流程里获得。
下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Aspera是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术(faspTM)，并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据...一、软件安装 使用conda安装 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp...ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 二、aspera的用法 安装完成以后，可以使用ascp...~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh...1>step1-aspera.log 2>&1 &
---- Aspera（ascp）软件优点和缺点？ ---- 优点 一个字“快”，真正的百兆宽带。下载NCBI原始文件SRA下行速度能够达到100M/s，一般SRA下载一个文件15-20分钟搞定。...---- Aspera安装教程 ---- 安装之前要注意：Aspera不能装在Root下，一定要先建立一个子用户才可以。...-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz bash aspera-connect...-3.7.4.147727-linux-64.sh #查看是否安装成功，~目录下有.aspera文件夹代表安装成功 cd ~ && ls -a #添加永久环境变量 echo 'export PATH=~.../.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc #测试 ascp --help ---- Aspera使用的Q&A 1、如何下载SRA
但是陆陆续续有小伙伴告诉我应该是使用aspera从ebi的ena数据库直接下载fastq文件即可，高速而且还少了一个sra文件转为fastq的步骤。...~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh...1>step1-aspera.log 2>&1 & 这个脚本会根据你在EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件，来批量下载fastq测序数据文件。...但是风水轮流转 没想到，也没有过去多少年，就风水轮流转， aspera从ebi的ena数据库这个手段时灵时不灵的。
如果你的服务器在中国大陆，基本上就放弃prefetch啦，直接aspera即可。但是如果是在海外，就可以尝试比较prefetch和aspera下载速度。...EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件： 比如一个文章的测序数据项目地址是：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB33490 可以使用conda安装aspera...和prefetch 其中prefetch属于 sra-tools，而aspera属于aspera-cli，都是需要先搜索它们拿到官方下载方式，我已经给大家找好了，如下： # wget https://repo.anaconda.com...64.sh # echo $SHELL conda create -y -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli...最后是aspera， id=fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR344/007/ERR3445007/ERR3445007_1.fastq.gz ascp -QT -l
在国内做数据分析本来就不容易，SRA数据库自带的prefetch基本上是形如虚设，下载速度比乌龟快一点点，所以不得不求助IBM的aspera加速器。...这也是我们每次授课都会介绍的各种国内科研数据处理专用小技巧 首先下载软件 老规矩，conda解决一切依赖 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install...一分钟才一两个M 然后使用aspera加速 which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y
---- 第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。...尽量不要用wget或curl下载，速度慢，且有时下载不完全 注意：Aspera>Sratools>ftp ---- 第1选择：Aspera Connect -Aspera connect是IBM的商业化高速文件下载软件...下载直接安装即可，下载链接h Aspera Connect命令行工具-ascp 首先，goto Aspera connect，选择linux版本，复制链接地址（这个需要代理下载） wget http...-linux-64.sh # check the .aspera directory cd # go to root directory ls -a # if you could see .aspera...3下面再看下不推荐的方法如何下载数据。
.aspera/..../zouhua/.aspera/config/ # 复制到配置目录cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh /home/zouhua/.aspera.../config/配置enaDataGet如果使用Aspera下载数据，则需要配置aspera_settings.ini文件# step1 配置aspera_settings.inicd /disk/share...指定ascp脚本；2.指定密钥；3.设置下载速度[aspera]ASPERA_BIN = /home/zouhua/.aspera/connect/bin/ascpASPERA_PRIVATE_KEY...使用，参数为-a/--aspera，添加此参数则调用aspera。
笔者不是芯片从业人员，没有能力去分析中国芯片应当如何自强。作为一个网络传输软件开发人员，今天讲讲在网络传输软件上，国产软件和美国软件的差距情况，以及我们努力的方向。...大文件传输专业软件领域，行业的标杆是Aspera，Aspera成立于2004年，2013年被IBM收购，主要服务客户分布在媒体、影视制作、生命基因工程、工程等需要大量数据文件交换的行业。...基于fasp传输协议，aspera针对不同的应用场景开发了一系列文件传输应用，比如Aspera Enterprise transfer server/Aspera connect/Aspera sync.../Aspera faspex等，这里不一一介绍。...国内很多行业比如影视制作、传媒、电视台都采购了Aspera软件用于大文件数据分发。
我们通常用wget或curl下载文件，然而由于 NCBI 和 EBI 网站都在国外，有时候下载速度非常慢，如果文件特别大，就可能非常难受甚至是不可能完全的任务了，这时可用 aspera 进行高速下载。...安装 Aspera 首先进入aspera 官方网站，找到「IBM Aspera Connect」，进入下载页面，找到对应的版本与平台，这里以 Linux 平台最新的 3.10.0 版本为例进行介绍。...，运行该脚本，即可完成自动安装 sh ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.sh # 所有安装文件都在~/.aspera/connect目录下...官网：https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?...list Aspera 使用说明 1：https://www.ibm.com/support/pages/downloading-data-ncbi-command-line#usage Aspera
如何修改环境变量 修改环境变量，其实就是对环境变量进行重新赋值，比如我们安装了一个软件叫aspera # 下载 wget -c https://download.asperasoft.com/download.../sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz # 解压 tar zxvf ibm-aspera-connect...，会在用户的家目录下的生成一个隐藏目录.aspera，需要用ls -a来查看 ?...PATH="~/.aspera/connect/bin/:$PATH" # 注意这里要用双引号，不能用单引号 运行上面这一行命令之后，就可以随时随地得调用了，如： ?...是在登录服务器的时候才会被执行，因此，我们修改好了之后，要重新登录服务器，或者重新运行一下.bashrc，方法如下： source .bashrc 这里不建议新手采用vim来编辑.bashrc，除非你已经知道如何使用
在经过基因组组装或转录组差异基因表达量分析之后，对其结果进行注释是比较重要的一步，如何注释以及如何得到精确的注释结果？..._64.tar.gz tar -zxvf ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.tar.gz # 自动安装 sh ibm-aspera-connect_4.1.0.46...# 该密匙保存位置一般为：~/.aspera/connect/etc/ -l # Set the target transfer rate in Kbps....${i}.tar.gz ./" >> aspera.preformatted.nr.sh echo "ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...${i}.tar.gz.md5 ./" >> aspera.preformatted.nr.sh done ParaFly -c aspera.preformatted.nr.sh -CPU 1 &
NCBI 物种分类数据库声明 三、如何查找生物数据库？ OXFORD Journals 在线页面包含一个常用数据库的页面。里面收集了大量生物学常用的数据库内容。...目前 NCBI 以及 EBI 等机构的数据都支持 aspera 下载。首先我们来介绍一下 Aspera 的下载安装。...ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.sh 利用 aspera 下载数据 ascp -i .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...6、不是所有的网站都支持 Aspera 下载的，需要服务提供方购买 Aspera 服务，用户才可以使用。...但是如果想下载来自多个物种的不同基因序列，例如给定一个基因列表 list，如何下载到这些序列呢？这时就需要用到 Batchentrez。
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