Aspera是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术(faspTM)，不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据。解决方案的核心是fasp传输专利技术，它是一项突破性传输协议，充分利用现有的WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比FTP和 HTTP快达数百倍。
在生物信息学研究中，公共测序数据资源的获取对于科研项目的进展至关重要。虽然NCBI的SRA（Sequence Read Archive）数据库提供了大量的测序数据，但由于网络访问速度的限制，特别是从国内访问时，下载速度可能受到严重影响。为了克服这一困难，欧洲生物信息学研究所（EBI）的ENA（European Nucleotide Archive）数据库及其提供的下载工具成为了一个可行的替代方案。EBI的ENA数据库与NCBI的SRA数据库类似，存储了大量的测序数据，并且提供了多种下载方式。其中，enaBrowserTools结合Aspera的方式因其高效和便捷性而受到推荐。这种下载方式不仅速度快，而且操作简单，只需提供数据的accession号（如SRR号）即可。
Aspera是一项突破性传输协议，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。
2018年3月19日对大部分人来说是一个普通的日子，但是对于我来说，是一个人生中值得纪念的日子。
第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。尽量不要用wget或curl下载，速度慢，且有时下载不完全
我们通常用wget或curl下载文件，然而由于 NCBI 和 EBI 网站都在国外，有时候下载速度非常慢，如果文件特别大，就可能非常难受甚至是不可能完全的任务了，这时可用 aspera 进行高速下载。
Aspera下载： http://downloads.asperasoft.com/connect2/。
NCBI的FTP下载链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra
在经历了第一次做·RNA-seq的摸爬滚打之后，我大概对RNA-seq的流程和要使用的软件有了一些了解，并知道了它们的用法，于是便做了第二次的RNA-seq，然后想做一个总结笔记 1.原始数据下载软件Aspera Aspera用于下载sra原始数据 将Aspera connect安装在Linux上 代码如下
一个字“快”，真正的百兆宽带。下载NCBI原始文件SRA下行速度能够达到100M/s，一般SRA下载一个文件15-20分钟搞定。大大节省时间成本，对于云服务器使用来说，省时就是省钱。
下载方式一:FTP下载https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR347/SRR3474721/
上周最热信息莫过于“美国对中兴通信ZTE的出口禁令”，美国断了“芯”，企业丢了魂，每年营收超千亿、全球第四大的通信设备制造商（前三为华为、爱立信、阿尔卡特朗讯）在美国政府一纸禁令面前，瞬间要崩盘。
NCBI 的分类数据库，包括大于 7 万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。截止到目前，各个物种的统计结果见下表。
需要注意的是：什么，SRA测序数据要收费了，同样的，需要熟悉GEO和SRA数据库编号规则：
依据大家上传数据的习惯，绝大多数生物信息学数据都是可以从NCBI上下载到，当然也可以通过DDBJ,EBI去下载。另外，部分科研人员也将数据传到github等其他平台。
2.ncbi中SRA的ftp下载链接为： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/， SRA数据库的格式为：
ENA主页：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
很多时候需要同时下载多个SRA文件，ascp命令提供参数--file-list，用于批量下载SRA文件。
前面我布置了一系列学徒作业， 终于开始陆陆续续收到答案啦！下面的教程来自于7月的数据挖掘学员，对应的题目是：仅提供bam文件的RNA-seq项目重新分析
最近有粉丝求助，说自己已经耗费十多天了还没有把一个NT数据库下载下来，不得已充值会员费希望可以加速，但是效果也很惨淡，如下图：
生物数据的处理本质上有两条路线：其中一条是序列本身具有结构特征，那么就可以通过软件算法来实现，比如预测基因，非编码 RNA，重复序列的分析等；另一条路线是序列本身没有结构特征，只能通过与已有序列进行比对，根据已知信息来推测未知信息，比如基因功能注释，16SrRNA 物种鉴定等，常见的一个例子就是得到一条序列，需要判断序列来自于哪个物种，就只能与数据库进行比对。
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！ 下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Aspera是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术(faspTM)，并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据。使用 fasp传输专利技术，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍
在经过基因组组装或转录组差异基因表达量分析之后，对其结果进行注释是比较重要的一步，如何注释以及如何得到精确的注释结果？
可以看到，在当前用户vip18的家目录~下，有一个文件叫readme.txt，但是，当前目录下面并没有ls命令所对应的可执行文件。真正的ls命令的可执行文件，其实是在别处，我们用which ls可以查看到ls所在的位置：
由于是EBI数据库，用wget下载速度太慢，Jimmy大神强烈建议用aspera工具下载，于是参考生信技能树教程代码，首先需要熟悉GEO和SRA数据库：
IBM Aspera Faspex 是一个被企业广泛采用的文件传输应用程序，以能够安全和快速传输大型文件而广受青睐。 安全专家警告说，IBM 于2022年12月8日在软件中修补的一个漏洞（可用于回避身份验证和远程利用代码）正在被多组使用加密恶意软件的攻击者滥用。 虽然该漏洞在12月被修补，但IBM并没有立即详细说明该漏洞随后便在更新中修复了漏洞。在1月26日的安全警报中，IBM表示，该漏洞被命名为CVE-2022-47986，CVSS基本评分为9.8，可允许远程攻击者在系统上执行任意代码。 随后，恶意活动追
将ENA数据库上的aspera链接写入一个txt文件下以便下载脚本读取，下面我将以2个链接作为演示
理论知识学再好，能付诸实践灵活运用才行，所以我们常强调知行合一，实践出真知。实战演练这个栏目就是带大家从头到尾完整复现单细胞文献分析流程。好了，干货多，屁话少，我们来看实战流程。
原始数据来源于这篇文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177 这篇文章的数据适中，不仅可以用来做RNA-seq，后面我们
进入my submissions页面，底部列表中可以看到过往提交的内容以及当前处理状态，没完成的任务也在里面。点击new submit。
但是如果要下载成百上千个文件，最好是使用代码批量下载，而且现在单细胞技术的大行其道，使得表达量矩阵文件本身也会很巨大，比如：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE253013 ，可以看到如下所示9.3 Gb文件 ：
不过，最近几年我的教程都是conda和aspera高速下载啦，但即使是这样，仍然是很多人反馈下载失败，有一些是Linux命令不熟悉，自己把代码写错，有一些是数据库下载源的问题，部分数据缺失是数据库的责任，并不是你的错！还有一些是网络问题，甚至是玄学，比如前两天可以，今天就不可以，或者说前面奋战了两个星期都失败，但是今天却无缘无故下载成功了！
ascp（Aspera Command Line Transfer）是一种用于高速数据传输的命令行工具，由 Aspera 开发，用于在网络上传输大型数据集和文件。它专为大容量、高速度和安全性而设计，适用于远程文件传输，特别是在需要高效传输大量数据的情况下。
之所以选取这个模块，是因为这部分包含了scRNAseq的上游实验部分，掌握好这部分能够更好帮助我们了解scRNAseq的结果文件，进行下游分析
今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接，网上查发现都是老的方法，NCBI页面已经变更，于是看了NCBI的help，并且记录下来新版的sra数据下载方法，要用NCBI的工具SRA Tool
blast+：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST
其实就是解析url规律，然后构建上面的命令，需要替换的仅仅是 SRR5907429
本文属于转录组入门系列（RAN-seq基础入门传送门 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html ）第2部分内容，以一篇Nature文章为例，详细解读如何从NCBI下载高通量测序数据。 文章 AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 数据 根据文章中的提
高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的SRA（Sequence Read Archive）数据库。当我们需要用到这些数据的时候，就需要合适的方法来下载。
SRA(Sequence Read Archive) 与 ENA(European Nucleotide Archive) 数据库基本上保存了 90% 以上的测序原始数据。其中 SRA 数据库位于在美国，ENA 数据库在欧洲。所以，国内的研究人员想要从中下载数据，是一件棘手的事情。因此本文将介绍 3 种下载方式，让您免受数据下载之痛，赢在科研起跑线。
但是读者多了之后我接受到的大家的反馈就是从ncbi的sra数据库里面下载sra文件实在是太慢了，因为我做演示的服务器在境外，所以自己压根就没有意识到这点。但是陆陆续续有小伙伴告诉我应该是使用aspera从ebi的ena数据库直接下载fastq文件即可，高速而且还少了一个sra文件转为fastq的步骤。所以后来我也开始在日常更新的公众号里面推荐这个方法，就是参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 需要自行配置好，然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件：
从GEO中选择示例数据：GSE181454。因为作者上传的10x输入文件比较古老（cellranger V2定量），我们重新运行该过程。
1000 Genome Project 的目标是发现在人群中频率大于1%的变异位点，对来自不同人群的大量样本进行测序，识别到了许多的变异位点，为人类遗传变异的研究提供了一个综合的资源。
最近发现基于Windows的勒索软件IceFire现在开始针对多个领域的Linux企业网络。 SentinelLabs的研究人员发现了IceFire勒索软件新的Linux版本。该勒索软件最初只针对基于Windows的系统，主要是针对技术公司。IceFire于2022年3月首次被MalwareHunterTeam的研究人员发现，但该组织自2022年8月起便开始活跃在暗网上。 专家们观察到IceFire利用IBM Aspera Faspex文件共享软件（CVE-2022-47986，CVSS评分：9.8）的
查看sra-tools版本是否最新版 可以重新安装最新版或建立新的环境安装最新，建议删除。
当拿到一条未知序列时，可以直接与 ncbi nt 库或者 nr 库进行 blast 比对，鉴定未知序列。
网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/
大家好！我们都知道在进行生物信息分析的时候，会用到原始数据fastq文件。但是，我们想利用别人的测序数据进行重分析时，一般不能直接从NCBI数据库中下载到fastq文件，而是要先下载SRA数据。那么，如何能高效下载SRA数据呢，目前主要的方式包括5种：通过NCBI官方提供的SRA Toolkit工具进行下载；通过链接直接下载或Linux中的wget下载；利用aspera 高速下载；利用grabseqs 工具下载；运用python爬虫等工具进行辅助下载。这几种方式已有很多小伙伴发了帖子，想要使用哪种方式直接问度娘就好！
镭速FTP由我所在的开发团队研发，经过13个月的努力打磨，2018年1月20日正式发布第一个版本。
假设我们现在有一个样本号“IRIS_313-11156”，想下载该样本的所有SRA数据(注意：一个样本的SRA数据可能分不同次run上机)。
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