我试图从Entrez的“汇编”数据库中获取来自chordata门的生物体的列表,这些生物已经对染色体进行了测序。我正在尝试使用生物工程中的E-实用程序来实现这一点。我能够使用搜索搜索这些生物,并得到正确的列表(它与生物和它们的登录I匹配,当我进行在线搜索时)。但是,我在通过efetch下载有机体时遇到了困难。我已经将下面的代码写到了ipython终端上,并不断地获得错误400。在阵亡将士纪念日,当ncbi服务器不忙时,我尝试了这个方法,但我仍然不断地收到这个错误。我正在使用生物工程教程手册,并且遵循手册中的搜索、epost和efetch指南来获取生物体。
In [1]: from Bio im
我必须编写一个脚本来查找列表中最大的整数。
tour = int(input('Combien de valeurs voulez-vous entrer ? '))
tableau = []
for i in range(tour):
valeur = input('Entrez des valeurs :')
tableau.append(valeur)
tableau.sort()
print('La valeur maximale entrée est :',tableau[len(tableau)-1])
我有(闲着的)
我的代码给出了这个错误:
File "Entrez.py", line 16, in <module>
record = Entrez.read (handle2)
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/Bio/Entrez/__init__.py", line 454, in read
record = handler.read(handle)
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/Bio/Entrez/Parse
当我使用Bio Entrez搜索时,我得到了不同的结果。例如,当我在浏览器上使用查询"covid副作用“进行搜索时,我得到了344个结果,而当我使用Bio Entrez时,我只得到了92个结果。这是我使用的代码。 from Bio import Entrez
Entrez.email = "Your.Name.Here@example.org"
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", retmax=40, term="covid side effect", idtype="acc")
r
我想使用基因符号列表(下面命名为t)在公共数据库中进行搜索,以便(最终)检索相关基因的DNA序列。我想将我的搜索仅限于人类,但我当前的代码给了我生物而不是人类。
from Bio import Entrez
Entrez.email = '...' #my email: always tell Entrez who you are
t = ['FOXO3']
for i in range(len(t)):
search = 'human[orgn]'+t[i]
handle = Entrez.esearch(
我正在尝试从PMC/Pubmed下载完整的标题/摘要数据。这是一个由来已久的问题,但堆叠溢出的答案似乎没有一个能回答它。
一种通用的方法是使用Entrez包,但同样,您需要指定搜索条件。此外,您可以随时间发送的查询请求也有限制。
from Bio import Entrez
Entrez.email = "A.N.Other@example.com"
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="orchid", retmax=463)
record = Entrez.read(handle)
hand
嗨,我已经为相关的药物和疾病创建了一个新的本体;现在我查询它用于恢复与特定疾病相关的药物的名称。我的代码是:
公共类Main {
public static void main(String[] args) {
org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().setLevel(org.apache.log4j.Level.OFF);
FileManager.get().addLocatorClassLoader(Main.class.getClassLoader());
Model model = FileManager.get().l
我正在尝试将bjson结构转换为marshmallow库中的模式。
下面是marshmallow模式:
class GeneSchema(Schema):
"""description of class"""
id_entrez = fields.Integer(required = True, error_messages={'required': "The 'id_entrez' field is requeired."})
symbol = fields.String()
我刚接触过python,尤其是Biopython。我试图使用Entrez.efetch从XML文件中获取一些信息,然后读取它。上周,这个脚本运行得很好:
handle = Entrez.efetch(db="Protein", id="YP_008872780.1", retmode="xml")
records = Entrez.read(handle)
但现在我发现了一个错误:
> Bio.Entrez.Parser.ValidationError: Failed to find tag 'GBSeq_xrefs' in
my $url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=journal+of+medical+virology[journal]+AND+2014[Date+-+Publication]:3000[Date+-+Publication]&usehistory=y";
print "\n before url \n";
print $url;
#post the esearch URL
my $output = get
我正在使用Entrez搜索Pubmed上的文章。是否可以使用Entrez来确定使用我的搜索参数找到的每篇文章的引用次数?如果没有,有没有其他方法可以使用?到目前为止,我在谷歌上搜索的结果并不多。
注:引用次数(在我的上下文中)相关文章在其他文章中被引用的次数。
我发现了一件事:,它可能表明我可以获得Pubmed DB中的文章的引文编号,但(对我来说)我不清楚如何使用它来确定每篇文章的引文数量。
以下是我目前使用的代码(我想包含一个‘打印’行的引用次数):
#search pubmed
from Bio import Entrez
from Bio import Medline
search
我正在做一个公开的项目,我需要提取的is免费全文和免费的pmc articles.This是我的代码。 import requests
from bs4 import BeautifulSoup
from Bio import Entrez
Entrez.email = "abc@gmail.com" # Always tell NCBI who you are
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="cough")
record = Entrez.read(handle)
count =
这是我的代码
#!usr/bin/python
from __future__ import print_function
import sqlite3
import os, sys, subprocess
import numpy as np
from Bio import Entrez
from Bio import Medline
Entrez.email = "shayezkarimcide@gmail.com"
handle = Entrez.esearch(db="pmc",
term = "Antimicrobial resist
我必须要求用户查询,然后打印匹配的数量,以及返回的前5个结果的标题、第一作者姓名和最后作者姓名。
到目前为止,我所拥有的:
from Bio import Entrez
from Bio import Medline
pmquery = str(input("Enter the Pubmed query:"))
Entrez.email = "myemailadress@bdm.com"
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term=pmquery,retmax=5)
record = Entrez.rea
我有一个带有GI号码的文件,我想从ncbi获得FASTA序列。
from Bio import Entrez
import time
Entrez.email ="eigtw59tyjrt403@gmail.com"
f = open("C:\\bioinformatics\\gilist.txt")
for line in iter(f):
handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=line, retmode="xml")
records = Entrez.read(h
我正在尝试修改之前的一个脚本,该脚本使用biopython来获取有关物种门的信息。编写此脚本的目的是一次检索一个物种的信息。我想修改脚本,这样我就可以一次为100个生物做这件事。以下是初始代码
import sys
from Bio import Entrez
def get_tax_id(species):
"""to get data from ncbi taxomomy, we need to have the taxid. we can
get that by passing the species name to esearch, whic
我想在csv文件中写入for循环的结果,它是PMID =文献Id,日期=发表日期,标题=文章标题,摘要=文章摘要,但它只保存输出中的一个元素而不是全部 import numpy as np
from Bio import Entrez
from Bio import Medline
import csv
import pandas as pd
Entrez.email = "shayezkarimcide@gmail.com"
handle = Entrez.esearch(db="pmc",
term = &
最近,使用Biopython从Pubmed中提取一些摘要。我的代码是用Python3编写的,如下所示:
from Bio import Entrez
Entrez.email = "myemail@example.com" # Always tell NCBI who you are
def get_number(): #Get the total number of abstract available in Pubmed
handle = Entrez.egquery(term="allergic contact dermatitis
我想从Entrez基因页面中抓取交互表。
交互表是从web服务器填充的,当我试图在R中使用XML包时,我可以得到Entrez基因页面,但是交互表主体是空的(它没有被web服务器填充)。
处理R中的web服务器问题可能是可以解决的(我很想看看如何解决),但似乎Biopython是一条更容易的途径。
我整理了以下内容,给出了我想要的基因示例:
# Pull the Entrez gene page for MAP1B using Biopython
from Bio import Entrez
Entrez.email = "jamayfie@vasci.umass.edu"
h