bioconductor和R，在尝试检索基因序列时使用getBM()函数时出现错误 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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可能是个生物信息学数据超市吧

当然了，它本身有官方的英文版教程(点击阅读)，我在翻译的基础上面，加入了自己的理解，下面是正文： biomaRt是一个超级网络资源库，里面的信息非常之多，就是网页版的biomaRt的R语言接口。...包的安装 Bioconductor系列包的安装方法都一样 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite(“biomaRt”) install.packages...getBM,getSequence,getLDS 我们选择好了数据库就要开始干活啦，这个数据库的检索主要是三个函数getBM,getSequence,getLDS, 其中getBM这个函数可以部分用select...，100这个基因有5条序列，5728这个基因有四条序列。...getBM函数的，因为biomaRt是在线数据库，本来只能用它自己的getBM系列函数，但是为了对接其它bioconductor系列包，也可以用select函数来操作这个在线数据库。

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玩转 ENSEMBL 数据库（一）

今天我们先不聊ENSEMBL官网界面，先聊一下怎么在R中访问ENSEMBL资源，这是一个R包：BiomaRt, Bioconductor R package。...BiomaRt是一个用于访问生物信息学数据库的R包，特别是 Ensembl 数据库。它提供了一个方便的接口来查询和检索基因组数据。...这里使用两个函数，useEnsembl 函数用来在线连接数据库和基因集，getBM函数用于从数据库中检索数据 library(biomaRt) ensembl = useEnsembl(biomart=...*'end_position'*：基因结束位置。 *getBM()*函数用于从Ensembl数据库检索数据。...*mart参数指定使用的数据库连接对象，即之前创建的ensembl*。存储结果：检索到的数据被存储在*chr1_genes*变量中，包含染色体1上的基因信息。

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R语言公益课程之bioconductor

，矩阵，数组，数据框，列表）文件读取和写出简单统计可视化无限量函数学习我们有一个《R语言公益课程之基础绘图》，虽然说绝大部分入门了R语言的朋友，都实际上根本不需要使用R语言的base函数绘图。...接下来带来的是R包集合Bioconductor及高通量数据处理中数据呈现、输入输出以及大家比较关注的注释的代表性R包介绍。...Bioconductor用于分析和理解高通量基因组数据；其在统计上有严谨的方法对设计的实验进行微阵列预处理和分析，并且对生物信息学处理有综合和可重复的方法而获得了很高的可信度。...Bioconductor现含749+R包，包用于表达和其他微阵列、序列分析、流式细胞术、成像和其他领域。 ?...R包 1）安装R包 2）使用实例 GenomicRanges 数据输入和输出的R包常见数据格式简介及处理的R包 rtracklayer 3.基因和基因组注释 1）以基因为中心的R包 Org.* 2）以基因组为中心的

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biomaRt包实现不同物种之间同源基因转换

可能常见的转换是小鼠和人之间的转换，因为小鼠的基因和人的基因的同源性，约80%的小鼠蛋白质在人类基因组中具有严格的1:1种间同源体，其序列同一性通常介于70%~100%。...可能的数据集的列表可以使用listDatasets函数检索，也就是我们上面介绍的。mart是使用useMart函数创建的Mart对象。...getLDS函数是biomaRt查询的主要功能，连接两个数据集，并从这些链接的biomaRt数据集检索信息。在Ensembl中，这转化为同源映射。我这里有一串小鼠基因。mouse.gene ?...可以使用listAttributes函数检索可能的属性列表。...可以看的出来，人的基因和小鼠的基因名称就是大小写的区别（大多数，不是全部）。最后额外介绍一下用getBM()函数获取注释。

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一文教你学会GEO芯片探针注释

Illumina不只会测序）这三家为主，而基于不同的使用目的和技术革新，每家又发布了一系列的芯片平台，以Affy为例，在GEO数据库中共有1200+个平台（每个平台在GEO中对应一个GPL*编号）： ?...对于GEO中的每套芯片数据（每套数据在GEO中对应一个GSE*编号），其都会对应一个或多个平台，即数据由一个或多个芯片平台产生并放置在同一个GSE*编号下。...如上就是比较常见的几款Affy芯片的探针注释包，对于后续用R进行统计分析的小伙伴来说，bioconductor中收集的各种探针注释包是个不错的选择，使用select函数即可从注释包中轻松提取探针对应的基因信息...所以，biomaRt的全面和强大并不仅仅局限于探针到基因的对应关系，甚至在生信分析过程中你会经常看到或用到它，当然，你所能用它解决的问题取决于你对其了解的程度！...知道了数据的平台就可以做探针-基因提取啦，如affy_hg_u95b： probes2genes = getBM(attributes = c("affy_hg_u95b", "hgnc_symbol"

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ChIP-seq 分析：GO 功能测试与 Motifs 分析（12）

GO和功能测试要提交作业，我们可以使用 Myc 峰的 GRanges 并使用 submitGreatJob 函数指定基因组。...getEnrichmentTables 函数检索结果表并指定我们希望查看的表。...在这里，我们检索包含 2 个独立数据库结果的“Regulatory Motifs”基因集的结果表。...可以在 R/Bioconductor 中进行从头富集基序，但这可能非常耗时。在这里，我们将使用在线提供的 MEME-ChIP 套件来识别新的基序。...FIMO to R 幸运的是，我们可以将 motif 的 GFF 文件解析为 R 并使用 rtracklayer 包中的导入函数解决这个问题。

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R语言里面的文本文件操作技巧合辑

以上就是在R语言中进行文本文件交互的一些基本操作。请注意，这些操作可能会出现错误，例如文件不存在或者没有写入权限等，你需要确保你的代码能够正确处理这些错误。...在R中，你可以使用Bioconductor的ShortRead包来读取FASTQ文件，并将其转换为FASTA格式。以下是一个示例： # 首先，你需要安装Bioconductor和ShortRead包。...其它一些基本的原则和技巧在R语言中操作文件时，有一些基本的原则和技巧可以帮助你更有效地进行工作：使用绝对路径：尽可能使用绝对路径来读取或写入文件。这样可以避免因为工作目录改变而导致的错误。...检查文件是否存在：在尝试读取文件之前，使用file.exists()函数检查文件是否存在。这可以避免因为文件不存在而导致的错误。处理文件路径：使用file.path()函数来构建文件路径。...使用tryCatch处理可能的错误：在读取或写入文件时可能会出现错误，使用tryCatch()函数可以帮助你处理这些错误，避免程序意外中断。

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【流程】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

在本文条件下，使用Rsubread包提供的基于R的流程将序列片段与小鼠参考基因组（mm10）比对（具体而言，先使用align函数(Liao, Smyth, and Shi 2013)，然后使用featureCounts...我们使用Mus.musculus包，利用我们数据集中的Entrez基因ID来检索相关的基因符号和染色体信息。...对基因表达量进行过滤时使用CPM值而不是表达计数，以避免对总序列数大的样本的偏向性。...尽管所有样本都按组聚类，在维度1上最大的转录差异出现在basal和LP以及basal和ML之间。...8使用到的软件和代码此RNA-seq工作流程使用了Bioconductor项目3.8版本中的多个软件包，运行于R 3.5.1或更高版本。

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R语言实现基因组浏览器可视化功能

做生物信息的同仁们应该对基因组浏览器（IGV）都很熟悉，今天给大家介绍下在R语言中如何实现基因组的浏览。首先我们需要用到R包Gviz。...<3.5需要运行另一段代码： source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("Gviz") 当然你执行晚上面的安装后，可能会报下面错误：...然后还可以在染色体G带图标注染色体的位置，需要用到函数IdeogramTrack，其中主要的参数genome(染色体名称)，chromosome(参考序列)： itrack 基因参考序列，我们需要用到函数SequenceTrack： ?...这个函数的使用实例用到了另一个包BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19（源自bioconductor）： library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) strack

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使用R语言的TCseq包分析基因表达的时间趋势并划分聚类群

使用TCseq包分析基因表达的时间趋势并划分聚类群上一篇介绍了如何使用Mfuzz包在具有时间序列特点的转录组、蛋白质组数据中分析基因或蛋白表达的时间趋势，并将具有相似表达模式的基因或蛋白划分聚类。...本篇主要通过一个涉及时间序列的蛋白质组学数据集，简单演示如何在R语言中使用TCseq包分析蛋白质表达的时间趋势，并根据时间表达模式的相似性实现聚类的过程。...使用TCseq包分析基因表达的时间趋势并划分聚类群的简单演示下文中所使用的示例数据和R代码的百度盘链接（提取码，xijb）： https://pan.baidu.com/s/1o_MltUDq7_mGFznAIVEx9g...在这里，就可以根据所有蛋白质在每个阶段的丰度信息，通过TCseq包对这些蛋白质执行时间序列的聚类。 TCseq包可使用bioconductor安装。...在获得了聚类结果后，即可从图中识别一些重要的或者感兴趣的蛋白集合，比方说某些聚类群的蛋白质出现了预期的随时间增加而增加或减少的趋势，在特定时间点出现了相对更高或更低的表达，或者观察到明显的拐点等。

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illumina磁珠芯片原始数据处理

lumi是专门为处理illumina芯片数据设计的R包，可以从Bioconductor下载获得。它包括芯片读入，质控，固定方差，标准化和基因注释部分。...lumi包提供专门为illumina磁珠芯片设计的算法，并且使用现有的算法和基因注释的框架。...nuID 注释包允许对每个探针进行不依赖版本和供应商的注释。nuID 还通过包括错误检查的过程对原始探针序列进行唯一且准确的编码。...3 使用案例图2 显示数据处理流程图。用于预处理的R源代码如图3所示。...dat rownames(dat)=ids$symbol#把ids的symbol这一列中的每一行给dat作为dat的行名 dat[1:4,1:4] #保留每个基因ID第一次出现的信息箱线图检查一下单个样本表达量分布和样本间方差齐性

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整理了一些自己可能会用到的R包

) plot(1,1) dev.off() 或者借助savePlot()函数在原生的Rgui中运行 library(ggplot2) ggplot()+geom_point(aes(x=1,y=1))...，有机会尝试一下；使用bioconductor安装，使用方法可以参考帮助文档 #diagram visualising simple graphs, flowcharts, and webs GDCRNATools...VennDetail 用来画韦恩图的包，但是自己的R版本是3.4.2，暂时还不能够安装重新试了一下，使用函数install_github()可以安装 R-cmplot https://github.com.../YinLiLin/R-CMplot 用来画曼哈顿图的R包 ggplotify Y叔出品，将图转换成ggplot对象，然后使用cowplot()函数画图 eulerr 画韦恩图，好像各部分是按比例来的...image.png ggmsa 可视化多序列比对结果，暂时还没搞懂怎么用 ggVennDiagram 韦恩图 ?

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转录组分析学习笔记（持续补充）

FASTQ是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。...其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初由Sanger开发，目的是将FASTA序列与质量数据放到一起，目前已经成为高通量测序结果的事实标准。...；第二行为碱基序列；第三行以‘+’开头，后面是序列标示符、描述信息，或者什么也不加；第四行，是质量信息，长度和第二行的序列相对应，每一个序列都有一个质量评分，根据评分体系的不同，每个字符的含义表示的数字也不相同.../fastqc_result/ *.fastq.gz & -t：调用核心数目 -q：安静运行，运行过程中不会生成报告，在结束时将报告生成一个文件 -o .....当部分位置碱基的比例出现bias时，即四条线在某些位置纷乱交织，往往提示我们有overrepresented sequence的污染。本结果前10个位置，每种碱基频率有明显的差别，说明有污染。

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在R语言中的 ATACseq 数据分析全流程实战（七）：Motif分析

识别Motif出发点是找出序列中或不同序列间的相似性片段，从而归结出序列片段中蕴涵的特征模式，进而推断出该特征模式与已知的结构和功能之间的内在联系。...数据介绍这里使用的数据为前面第一期：在R语言中的 ATACseq 数据分析全流程实战（一）中介绍的数据二，再重新温习一遍。...矩阵中的每个值表示在该位置上特定核苷酸出现的概率。 # extract the position probability matrix....getMatrixByID 和 getMatrixByName 函数分别接受 JASPAR 数据库对象和 JASPAR ID 或转录因子名称作为参数。...1.第一个参数首先，我们可以检索一组适合在小鼠组织的 ATACseq 数据中扫描的motifs，得到 matchMotifs 函数的第一个参数。

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基因组数据分析步骤-基于R的计算基因组学

虽然有很多 R 编程教程可以学习，但我们的目标是在基因组学的背景中进行介绍。当你尝试用 R 分析基因组数据时，书中提到的这些例子都来自于现实工作。...高维基因组数据集通常适合用核心 R 包和函数进行分析，最重要的是 bioconductor 和 CRAN 有一系列专门的工具来进行基因组学特异性分析。以下是可以使用 R 完成的计算基因组学任务列表。...此外，在 R 包的帮助下还可以连接到各种格式的数据库，如 mySQL，mongoDB 等，并使用数据库特定工具查询和获取数据到 R 环境中。...除此之外，基因组数据的特定处理和质量检查可以通过 R/bioconductor 实现。例如，reads 比对质量检查甚至比对也可以通过 R 包实现。...同样，你可以在 R 中使用基本可视化技术，也可以在特定包的帮助下使用基因组相关的特定技术。这里是部分可以用 R 做的事情。

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GEO数据库使用教程及在线数据分析工具

在GEO数据库首页点击Repository Browser ? 进入的页面我们可以看见，序列，平台，样本和物种的选项卡，我们可以通过其进行检索。...GEO2R使用Bioconductor项目中的GEOquery和limma R包对原始提交者提供的处理过的数据表执行比较。...使用Select columns特性修改表中包含哪些数据和注释列。有关数据列含义的信息在Summary statistics部分中提供。...这些注释是通过从平台中提取稳定的序列识别信息，定期查询Entrez基因和UniGene数据库，生成一致的、最新的注释而得到的。默认情况下选择基因符号和基因标题注释。...请注意，提交者提供的注释在样式和内容上有很多多样性，而且自提交时起可能就没有更新过。（3）Profile graph 通过从平台记录的ID列输入相应的标识符来查看特定的基因表达谱图。

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GPL平台的soft文件提供的注释信息到底准确吗

也在：芯片探针ID的基因注释以前很麻烦和：芯片探针序列的基因注释已经无需你自己亲自做了, 里面详细介绍了。...最重要的是idmap函数安装方法说到过：芯片探针序列的基因注释已经无需你自己亲自做了, 使用起来也非常简单： library(AnnoProbe) ids=idmap('GPL570',type =...acc=GPL6947 在GEO数据库里面访问该平台的主页，可以看到下面的注释信息 ? 这个信息就是前面我们使用的idmap函数的type参数选择了soft这个选项后的结果。...先比较bioc和soft的注释差异其中bioc的来源就是该平台对应的bioconductor里面的芯片探针注释包的信息的提取，而soft就是我们前面说的在GEO数据库里面访问该平台的主页看到的注释信息的提取...其次比较bioc和pipe的注释差异其中bioc的来源就是该平台对应的bioconductor里面的芯片探针注释包的信息的提取，而pipe是我们自己下载全部的GPL的soft文件里面的探针碱基序列比对后注释结果

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自学攻略 | R包的三大来源与典型应用

安装方式：使用 install.packages() 函数。 Bioconductor Bioconductor是一个专注于生物信息学研究的开源软件项目，它为基因组数据分析提供了大量高质量的R包。...安装 Bioconductor 包安装 Bioconductor 包需要先安装 BiocManager 包，然后使用 BiocManager::install() 函数。...每次R会话开始时，你需要使用 library() 或 require() 函数来加载所需R包。...典型R包应用：实操案例数据处理：dplyr 包 R包安装后，并不会自动加载到你的R会话中。每次R会话开始时，你需要使用 library() 或 require() 函数来加载所需R包。...论文和教程: 阅读相关领域的学术论文、博客文章或在线教程，它们通常会提及并使用特定的R包。社区咨询: 在 R 社区论坛（如 Stack Overflow）、生物信息学论坛或学术群组中提问。

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详解如何获取物种所有基因对应的GO注释

Gene Ontology是研究基因功能的重要数据库之一，在进行GO的富集分析时，需要提供所有基因对应的GO注释信息，本文介绍几种获取该信息的方式。 1....这里的文件和GO官网的文件内容和格式是一致的，只不过数量上稍有差异。 3....从NCBI Gene 数据库进行下载在NCBI检索基因时，在结果页面会看到该基因对应的很多注释信息，其中就包括了GO注释，这些信息在FTP上都提供了源文件，以供下载，链接如下 ftp://ftp.ncbi.nih.gov...从Bioconductor 获取对于常见的物种，Bioconductor上也提供了对应的注释包，示意如下 ?...以org.Hs.eg.db为例，这个R包存储了很多human基因对应的信息，通过keys和select函数可以获得基因对应的GO注释信息，代码如下 > k <- keys(org.Hs.eg.db, keytype

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2024-03-05数据挖掘答疑

，在访问清华镜像的时候存在问题，可以尝试换个网络环境，或者换个镜像源； # 运行这两句代码设置一下北外镜像 options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn...还是没明白出现“|”时，运算顺序是怎样的 A8:算不出来，所以没什么顺序了,任何代码的顺序都是有嵌套的话就从里到外，没有嵌套就从左到右。...好像有点问题 A10:一个中括号 Q11:想问一下上课讲的这个16，-6是咋数出来的 A11：有个函数叫str_locate Q12:这个怎么解决 A12:GO.db是一个R包，需要装它，仿写你运行的脚本里面...A13:提高下载速度 Q14:这个BiocManager的包一直安装不上，用测试代码download.file可以下载的，切换镜像也没有用 A14:这个报错的可能原因是，你所使用的网络环境，在访问清华镜像的时候存在问题...Q22:我们做差异分析时不是说期望数据均为正值吗？我看GSVA分数的差异分析沿用的是基因差异分析的代码，不得其解的是这是怎么实现的？

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