普通刀片节点配备 两颗 Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2692 v2 @ 2.20GHz 共24物理核,内存为64G 调度系统为 Slurm, 以下为常用指令
目前我发现想要用bsub命令指定在特定的conda虚拟环境中运行脚本有两种办法:1. 在运行目标命令前使用source命令加载虚拟环境。例如下面要运行base环境中的spades.py命令:#BSUB -q 5220r#BSUB -n 1,48#BSUB -J spades_hq#BSUB -o spades_hq.out#BSUB -e spades_hq.err# >>> 激活base环境 <<<source /fsa/home/mw_shenw/install/miniconda3/bin/activ
cd-hit 是一款用于将蛋白、核酸序列快速聚类的工具。由于宏基因组样品中可能包含相似物种,拼接结果中可能会存在一部分冗余序列,导致预测出来的基因包含冗余部分,可以通过聚类进行去冗余。
准备的已知变异集作为训练集,可以是 Hapmap、OMNI,1000G,dbsnp,瓶中基因组计划等这些国际性项目的数据,然后利用训练集对每一个位点进行过滤。利用 VariantRecalibrator工具进行机器学习,ApplyVQSR 工具进行处理。VQSR 过滤 SNP 和 InDel 分别进行,首先处理 SNP,得到结果后,再进行 InDel 处理。
MetaPhlAn 是用于二代测序物种分类的工具,只需一条命令即可得到宏基因组物种分类的列表,以及相对丰度信息,使用起来非常方便。目前最新版本是 metaphlan3.0。
Prokka: rapid prokaryotic genome annotation,prokka 是一个命令行软件工具,可以在一台典型台式机上在约 10 分钟内充分注释一个细菌基因组草图。它产生标准兼容的输出文件以进行进一步分析或者在基因组浏览器中查看。prokka 是一个分析流程,里面包含了很多软件,依赖关系众多,不同软件又涉及到版本问题,还需要使用很多 perl 模块,这里强烈建议使用功能 bioconda 虚拟环境来进行安装。
将测序数据与参考基因组进行比对之后,得到排序并建立索引的 bam 之后,就可以进行 SV检测了。检测 SV 的工具众多,这里面我们推荐使用 sniffles 与 cuteSV 两款软件来进行处理。
算出 6+5=11,在答案中写入 11。 算出 3+6=9,并将结果写到答案的左侧得到 911。 算出 2+4=6,并将结果写到答案的左侧得到 6911。 算出 7+3=10, 并将结果写在答案的左侧得到 106911。 算出 1+0=1,并将结果写到答案的左侧得到 1106911。
IC 设计一般来说都是在 Linux 服务器上完成的,频繁的启动、结束 EDA 工具,生成、删除临时数据,难免会出现类似 .nfs000xxx 的文件。当尝试使用 rm 去删除它时,会有下面的提示:
前面我们模拟混合了几种细菌的数据拼接,本次带来的是文献《Complete and validated genomes from a metagenome》中的数据,步骤就是下载数据,开始拼接。
在GPU上开发大规模并行应用程序时,需要一个调试器,GDB调试器能够处理系统中每个GPU上同时运行的数千个线程。CUDA-GDB提供了无缝的调试体验,可以同时调试应用程序的CPU和GPU部分。
将nvcc的完整路径硬编码到Pycuda的compiler.py文件中的compile_plain() 中,大约在第 73 行的位置中加入下面段代码!
该案例来自 HMP 计划,选取 10 个口腔黏膜(buccal mucosa)样品和 10 个舌头背面( tongue dorsum)样品进行比较分析。
HUMAnN,The HMP Unified Metabolic Analysis Network,是一款快速获得宏基因组、宏转录组物种和功能组成的软件。metaphlan 主要进行物种的组成分析,而 humann 更进一步,除了物种组成,还包括功能组成分析。humann 通过调用 metaphlan 完成物种组成部分。与metaphan 类似,humann 使用简单,运行速度快,与传统的翻译比对方法相比,采用分层式算法比对标记基因、泛基因组和蛋白数据库,速度更快且准确率更高;
从宏基因组测序中拼接细菌完成图,《Complete and validated genomes from a metagenome》2012 年加拿大 Northern Alberta 油砂尾矿池附近海藻细菌培养分离样品,2019 年重新培养提取。
继续解决我们的各种奇怪的问题 pip install opencv-python 现在都好智能哎,版本都识别出来了 WARNING: The scripts f2py, f2py3 and f2py
基因组拼接一直是整个基因组数据分析中最重要和最核心的工作,因为基因组包含了一个物种全部的遗传信息。得到的基因组越完整,包含的基因组信息也越多,对于后续对整个基因组的功能分析,变异检测都有非常大的帮助。由于基因组本身具有的高度重复序列,多倍体杂合位点,低复杂度区域以及测序错误等诸多条件的影响,基因组拼接一直是一项非常复杂且困难的工作。尤其是基因组重复序列的影响,一直是二代短读长测序最难解决的问题,尽管后来基于二代测序数据开发除了一些辅助拼接方案,例如大片段文库,Optical mapping光学图谱,三位基因组等辅助方案,都无法彻底解决基因组拼接难题。而利用 nanopore 长度长测序,将革命性地解决重复序列对于基因组拼接的影响。
最近用学校服务器跑RNA-seq数据的时候,遇到过好几次以下的情况,特别是序列比对、生成sam文件和sam转bam文件。
(1)shell 脚本:为了和普通文本文件区分开,通常shell脚本都会以 .sh 为后缀名(不写.sh也可以执行,能否执行取决于文件里面写了什么样的代码以及用什么解释器进行解释。)
关于EPEL:https://Fedoraproject.org/wiki/EPEL/zh-cn
spark-submit 提交圆周率的计算代码 */examples/src/main/python/pi.py*
使用Markdown来做笔记,但每次在家里要使用时,都要远程公司,提交笔记到git,再在家里电脑上拉取,这是个重复的过程。重复==可以用程序解决
最近在升级音视频的项目 Qt 版本,从 5.15.0 升级到 6.4.3(6.5 也一样),除了一些 QML 中删除了一些 Qt Quick Controls 1 的控件以外,最重要的就是自定义视频渲染的改进。
当我还在布鲁克大学上学的时候, Macquarium 实验室中充满了苹果公司的 Macintosh Plus 电脑。一天,我在为第三年的操作系统课程准备一个程序。我的一个小程序报告没有错误,当我运行它时,黑白色的桌面上出现了竖条, 我的软盘被退出来了,计算机然后从新启动。经过更仔细的检查,我意识到我在 if 语句中使用了不正确的判断符号“ = ”,应该是“ == ”。这个小错误导致了不可以预见的结果,从那时起,我将 C 语言当做一个有精神病的室友,我们可以一起生活、一起工作,但是只要你一不注意它,他就会出来
linux最大的特点就是文字界面,不像windows可以不输入任何命令就可以进行各种操作(虽然linux系统也有图形界面但是不建议使用,因为图形界面无法完成很多操作且很多主机商无法远程到图形界面甚至安装不了带图形界面的linux),所以我们就需要一个linux面板进行图形界面的操作。
本文主要是讲解如何使用Azure DevOps+Docker 来实现持续集成Asp.NET Core项目(当然 也可以是任意项目).
我们都知道sh文件在Linux服务器上可以直接执行,基本没有怎么关注过在windows上是否可以执行,平时开发的过程当中,经常会需要将修改的代码提交到gitLab/gitHub,提交代码有时候是一个固定的流程,对于这种情况,是否可以通过shell来进行自动化,这是需要学习的内容,本文就当做基本入门了解
其实这个项目背后的故事还有很多,我安排给一个萌新负责跑这个流程。因为确实超级简单,我写了一个脚本,文件名是 run-cellranger.sh ,内容如下所示 :
1. command & : 后台运行,你关掉终端会停止运行 2. nohup command & : 后台运行,你关掉终端也会继续运行
打开 gitlab 项目 -> 设置 -> CI / CD -> Runners 设置,获取令牌
在构建 Docker 容器时,应该尽量想办法获得体积更小的镜像,因为传输和部署体积较小的镜像速度更快。但 RUN 语句总是会创建一个新层,而且在生成镜像之前还需要使用很多中间文件,在这种情况下,该如何获得体积更小的镜像呢?
在构建 Docker 容器时,应该尽量想办法获得体积更小的镜像,因为传输和部署体积较小的镜像速度更快。
通过研究发现,中国福利彩票双色球每周二、四、日21:15开奖,中国体育彩票超级大乐透每周一、三、六21:30开奖,而我们要完成的目标是:
flink是一款开源的大数据流式处理框架,他可以同时批处理和流处理,具有容错性、高吞吐、低延迟等优势,本文简述flink在windows和linux中安装步骤,和示例程序的运行。
RUN 运行命令 shell 形式 命令在 shell 中运行 Linux 上默认为 /bin/sh -c Windows 上 cmd /S /C RUN <command> exec 形式 RUN ["executable", "param1", "param2"] 必须双引号,不能是单引号 两种写法的实际栗子 RUN /bin/bash -c 'source $HOME/.bashrc; echo $HOME' RUN ["/bin/bash", "-c", "echo hello"] RUN 指
首先要想运行Flink,我们需要下载并解压Flink的二进制包,下载地址如下:https://flink.apache.org/downloads.html
例如需要批量提交spark任务来对不同城市的业务数据进行挖掘,但由于计算资源有限,最好控制每次只执行几个任务。
正则其实也势利,削尖头来把钱揣;(指开始符号^和结尾符号$) 特殊符号认不了,弄个倒杠来引路;(指\.\*等特殊符号) 倒杠后面跟小w,数字字母来表示;(\w跟数字字母;\d跟数字) 倒杠后面跟小d,只有数字来表示; 倒杠后面跟小a,报警符号嘀一声; 倒杠后面跟小b,单词分界或退格; 倒杠后面跟小t,制表符号很明了; 倒杠后面跟小r,回车符号知道了; 倒杠后面跟小s,空格符号很重要; 小写跟罢跟大写,多得实在不得了; 倒杠后面跟大W,字母数字靠边站; 倒杠后面跟大S,空白也就靠边站; 倒杠后面跟大D,数字从此靠边站; 倒框后面跟大B,不含开头和结尾;
python版本支持 2.7.10 - 2.7.15 依赖库 依赖若快 若快注册地址: 推荐用若快,打码兔平台已经关闭 项目依赖包 requirements.txt 安装方法-Windows: 安装方法-Linux: root用户(避免多python环境产生问题): python2 -m pip install -i pip install -i -r requirements.txtdu.cn/simple -r requirements.txt 非root用户(避免安装和运行时使用了不同环境): sud
Slurm是一个开源,容错,高度可扩展的集群管理和作业调度系统,适用于大型和小型Linux集群。主要有三个功能:
修改某个仓库历史 commit 的用户 name 和 email 信息。 将历史提交记录中的指定 name/email 修改为新的 name/email。
---- 软件准备 一台Linux虚拟机 我用的CentOS-6.6的一个虚拟机,主机名为repo 参考在Windows中安装一台Linux虚拟机 spark安装包 下载地址:https://mirrors.aliyun.com/apache/spark/ 我用的spark-2.2.0-bin-hadoop2.7.tgz 要根据自己机器中的hadoop版本选择对应的spark版本 ---- (1) 把安装包上传到服务器并解压 [root@repo soft]# tar -zxvf spark-2
用了husky 7(.husky) ,里面钩子脚本无法很好的支持vscode git control这个功能
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Fayson在前面的文章介绍了《如何启用Impala的动态资源池》。管理员可以通过Impala的动态资源池、放置规则及ACL控制不同的用户对Impala资源使用。本篇文章主要介绍如何配置Impala的放置规则,通过一个场景进行描述,在不给作业指定资源池的情况,通过Impala的放置策略将不同的用户提交的SQL分配到不同的资源池中。
Hadoop集群管理员希望能对集群Yarn作业的资源进行控制。根据不同的业务组或不同的用户,对Yarn的资源池进行划分,达到资源管控、任务管控的效果。通过CM可以进行Yarn动态资源的配置,这里Fayson主要介绍如何在Cloudera Manager中配置Yarn动态资源池的放置规则。
本文主要介绍shell脚本的一些基本用法以及在前端项目中的应用。将围绕以下几点来展开:
shell的本意是“壳”的意思,其实已经很形象地说明了shell在Linux系统中的作用。shell就是围绕在Linux内核之外的一个“壳”程序,
入门级做好配置文件命令脚本文件提交至后台进阶级做好配置文件命令脚本文件提交至后台补充一个错误的例子
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