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沙龙
1
回答
如何在perl中基于作业名自动执行LSF等待
perl
、
lsf
我有一段perl代码,我通过LSF
bsub
命令一次并行
提交
几个作业,一旦所有这些作业完成,我想
提交
最后一个作业。例如,我有三个
bsub
命令,其中前两个
bsub
命令
提交
作业t1和t2,第三个命令检查t1和t2是否已完成,并使用-w参数等待它们。$count) {print " done(t_$i)&&";}\" sleep 30 ")
sh
: -c: line 0: syntax error n
浏览 67
提问于2019-08-05
得票数 2
回答已采纳
2
回答
通过
bsub
提交
时包含bash脚本参数
bash
、
shell
、
batch-processing
/bin/bash --login #
BSUB
-J psipred#
BSUB
-n 64
bsub
< myprogram.
sh
${code} $1 在使用命令行参数指定文件的情况下,如何将其传递给
bsub
浏览 41
提问于2015-07-10
得票数 6
1
回答
在python中调用
bsub
函数时将参数传递给bash脚本
python
、
bash
我想
提交
作业从python与
bsub
模块中的python函数
bsub
。这对我很有效。但是如果我想把参数传递给test.
sh
,这是可能的吗?
浏览 40
提问于2019-07-25
得票数 1
1
回答
使用数组的每个元素的不同参数
提交
LSF作业数组
bash
、
shell
、
jobs
、
lsf
、
job-queue
我正在努力避免
提交
单独的作业。到目前为止,我的脚本一开始就有这样的内容:#
BSUB
-P account #
BSUB
-W 48:00#
BSUB
-R rusage[mem=40000]#
BSUB
-a 000-176:1#
BSU
浏览 5
提问于2018-04-06
得票数 0
1
回答
在LSF命令中返回管道命令的退出代码
perl
、
pipe
、
exit-code
、
lsf
此命令通过LSF的
bsub
执行。如下所示:假设该命令返回一个非零的退出值。
bsub
返回零退出值,因为colorize命令。
bsub
<switches> "command"有没有办法通过管道获得非零值?完全公开一下,这个
bsub
实际上是通过perl中的system()调用来调用的。只要
bsub</
浏览 8
提问于2015-01-23
得票数 1
1
回答
向LSF
提交
长命令的最佳实践
command-line
、
command
、
jobs
、
lsf
我正在使用LSF中的
bsub
向集群
提交
作业。我的命令调用第三方软件,并包含一长串文件以及其他参数(大约8000字符)。
提交
这样长的命令的最佳实践是什么。 谢谢
浏览 4
提问于2015-06-06
得票数 1
回答已采纳
1
回答
用于记录LSF (
bsub
)作业完成情况的脚本
cron
、
heredoc
、
lsf
我想知道这份工作何时
提交
,何时完成。当权者已经决定禁用电子邮件通知。因此,我编写这个脚本来将相关信息输出到日志文件中。crontab:my_job.
bsub
:#
BSUB
-q my_queuesleep 60 my_script
浏览 1
提问于2018-01-30
得票数 3
回答已采纳
2
回答
将参数传递给脚本,然后将脚本重定向为
bsub
的输入。
scripting
、
io-redirection
、
arguments
、
platform-lsf
我目前正在使用平台LSF的
bsub
作业
提交
系统。我需要
提交
作业脚本,但在向作业脚本传递参数时遇到了问题。我试过了:
bsub
< script.
bsub
1另一种方法:
bsub
< &q
浏览 0
提问于2014-07-14
得票数 5
回答已采纳
1
回答
bsub
后处理脚本
shell
、
lsf
我正在编写一个脚本,用于使用
bsub
命令
提交
集群中的并行作业 cd $(echo $p | tr -d '\r')
bsub
-P <project> -Jd <job desc> -o lsf.log "
sh
./run_test.
sh
&> $log" cd - &> /dev/nul
浏览 7
提问于2016-09-05
得票数 1
1
回答
从主
sh
脚本中调用5个
sh
脚本
python
、
cluster-computing
、
hpc
、
lsf
因此,在我的python代码中的某个时刻,我想使用os.system("
bsub
-K < mama.
sh
")
提交
一个作业,我发现-K arg实际上会等待作业结束,然后再继续。所以现在我想从这个mama.
sh
脚本中调用另外5个作业(kid1.
sh
,KID2.
SH
...in ),它将并行运行(以减少计算时间)。这5个子脚本中的每一个都将运行一段python代码。mama.
sh
应等待所有其他5个作业完成后再继续。#!
浏览 37
提问于2021-05-12
得票数 0
2
回答
bsub
选项与作业参数混淆
command-line-arguments
、
lsf
我想使用
bsub
命令向LSF
提交
一个作业。job的一个论点是"-P argument_1“。因此,整个命令如下所示但
bsub
认为-P argument_1是project_name
浏览 6
提问于2016-01-08
得票数 2
1
回答
通过python的subprocess.Popen()
提交
一个没有shell=True的LSF脚本
python
、
lsf
预先警告,问题可能更多是因为对
bsub
命令和登录shell缺乏了解,而不是python的Popen()。 这将按预期成功
提交
该作业。因此,我的问题是,在不使用shell=True的情况下,如何
提交
这份工作?我试过使用一些,例如 pipe = subprocess.Popen(shlex.split("
bsub
-L /bin/
sh<
浏览 1
提问于2017-07-16
得票数 1
回答已采纳
1
回答
获取
Linux
中nohup
提交
的作业的PID。
linux
、
bash
、
ssh
、
pid
、
nohup
我正在使用nohup在我通过
BSUB
和ssh获得的机器中
提交
背景工作。#got no output ps -p proces
浏览 4
提问于2017-12-20
得票数 0
回答已采纳
1
回答
在LSF中
提交
作业数组
r
、
terminal
、
jobs
、
lsf
要运行每个文件,我在每个文件夹中运行
bsub
-n 2 -q long -W 12:00 -R "rusage[mem=25000]" -M 25000 -hl R CMD BATCH file.R。有没有一种使用job array在LSF submission system中作为
bsub
运行它的方法?谢谢。
浏览 2
提问于2019-07-25
得票数 2
回答已采纳
1
回答
使用
BSUB
向集群
提交
Bash脚本
bash
、
cluster-computing
、
cluster-analysis
我使用集群来处理我编写的脚本,并使用如下代码
提交
这些脚本:
提交
的脚本的开头通常如下所示:#
BSUB
-e logs/%J.err#
BSUB
-R "span[hosts=1]"我的问题是,我的脚本是否会使用所有保留的处理器
浏览 3
提问于2015-03-25
得票数 0
2
回答
BSUB
很多matlab作业到一个集群?
linux
、
bash
、
matlab
、
cluster-computing
、
lsf
我使用下面的bash文件向集群
提交
matlab作业,#
BSUB
-L /bin/bash#
BSUB
-q long#
BSUB
-R "span[hosts=1]"假设
浏览 9
提问于2015-12-17
得票数 2
2
回答
如何创建Python脚本以生成多个bash脚本?
python
、
bash
、
for-loop
、
file-io
、
output
/bin/bash\n#
BSUB
-J",l+".
sh
","\n#
BSUB
-o /scratch/DBC/user/"+l+".
sh
.out\n#
BSUB
-e /scratch/DBC/user/"+l+".
sh
.err\n#
BSUB
-n 1\n#
BSUB
-q nor
浏览 0
提问于2017-10-11
得票数 1
1
回答
UNIX和
LINUX
bsub
命令-W限制
linux
、
bash
、
unix
、
lsf
我试图
提交
10个作业使用
bsub
命令在一个特定的位置。> -J "Array_#4[1-10]"\> -W 2:00 $HOME/bash/count.
sh
1-=-=-=-=-=-=-=-=
浏览 15
提问于2021-12-15
得票数 1
4
回答
只有在我之前的所有作业都完成后才运行作业
bash
、
lsf
我发现了一个帖子,告诉
bsub
如何在运行之前等待一组指定的作业完成,然而,只有在事先知道作业数量的情况下,这个方法才有效。/bin/bash
bsub
"./do_it_once.
sh
$file"
bsub
-w "done(1) && done(2) &&
浏览 3
提问于2016-08-30
得票数 1
1
回答
如何防止多个可执行文件同时在集群上运行
bash
、
cluster-computing
、
hpc
、
lsf
我已经向LSF平台的多核集群
提交
了一份工作。看上去像是最后的代码。两个可执行文件exec1和exec2同时启动。在我的意图中,它们被一个列逗号分隔,第二个应该在第一个逗号完成后开始。现在我已经知道了这个行为,我正在为每个可执行文件编写分离的作业
提交
文件。有人能解释为什么这些可执行文件同时运行吗?###
BSUB
-n 10 #
BSUB
浏览 0
提问于2018-03-13
得票数 0
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