文件里面的病人肿瘤类型，其实里面有丰富的临床信息。 而带临床信息的肿瘤突变maf文件分析维度更多。 我看到了GitHub有一个project把这个数据文件制作成为了R包，https://github.com/PoisonAlien/TCGAmutations ，不知道是否有授权，是否合规。 ) Outcome - TCGA-CDR-SupplementalTableS1.xlsx 简单检查临床信息 文件里面主要关心的临床指标有： "age_at_initial_pathologic_diagnosis .xlsx查看，如下所示： 主要关心的临床指标 首先看看性别情况： library(readxl) phe=read_excel('TCGA-CDR-SupplementalTableS1.xlsx
为了评估认知功能，患者在每次临床就诊时都要完成一组神经心理测试，包括自由提示选择性提醒测试、逻辑记忆延迟回忆测试、数字符号替换测试和简易精神状态测试。 方法简述 研究数据来自100名社区生活参与者，这些参与者参与了圣路易斯华盛顿大学奈特阿尔茨海默病研究中心(ADRC)的纵向研究。 每个患者在每次临床就诊时都要完成一组神经心理测试，包括自由线索选择性提醒测试(FCSRT)、韦氏记忆量表修正版的逻辑记忆延迟回忆测试、韦氏成人智力量表的数字符号替换测验(DSST)和简易心理状态测验(MMSE 数据采集的时序概述如图1所示。 图1 数据收集总览 3. 结果 3.1 被试特征 表1显示了认知正常(CDR 0)和认知受损(CDR> 0)受试者在睡眠研究监测时的统计学和临床特征。 这些发现对于在临床或临床试验中利用睡眠来追踪认知障碍的风险具有重要意义。
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数据中台在融合知识数据与实时临床应用数据的基础上，将数据智能和医疗业务融合，形成行业领先的医疗业务实践，通过构建各类临床系统引领医疗管理和临床发展，更好地支持各类新兴医疗业务系统的开发。 技术中台包括开放式开发平台（微服务）、 跨平台部署技术、分布式数据库，以及与核心系统、CDR、集成平台等互操作的技术。 三中台组成框架如下图所示： 中台运行机制 1.以业务中台的流程服务为启动点，调入医疗业务标准数据，结合临床指南库等数据，通过业务服务API结合数据服务API来开发构建包括核心系统、电子病历、互联网医疗等在内的各类临床系统 2.各类临床系统产生的源头数据一方面存储在数据中台以供服务随时调用，保证中台对数据的实时使用，另一方面支持数据输出到临床数据仓库（CDR）并做加工处理形成知识之后，再流入到数据中台供服务调用。 在没有完全迁移到中台之前，并行的医院核心系统、电子病历和各类医疗系统的数据，以及其他外部健康数据也可通过集成平台，汇聚到临床数据仓库（CDR）再进入到数据中台。
来源：51CTO 作者：王雪燕 编者按：由51CTO举办的WOT”互联网＋”时代大数据技术峰会上，就职北京大学人民医院院长助理、信息中心主任、医疗大数据研究中心副主任、骨关节科副主任医师的刘帆做了以《大数据时代医院信息化建设之机遇与挑战 参照标准 刘帆表示，在医疗行业的标准非常非常多，而不是没有，到目前为止，国家层面的标准有253个标准，关于数据的标准如临床数据、健康数据、区域数据、医院数据等等都要遵循。 ? 在电商或其他行业利用大数据做的就是推荐，如猜你在深圳，而不是说你就是在深圳。但在医疗行业就不能说，猜你得了病，和我猜你有什么问题，这样的结果在临床也不能用。 一个医院除了临床数据以外，还有另一半非常重要的数据就是还有一半是你的财务和物流数据，如患者交的钱、用的注射器、起搏器等数据。 ? 每一个患者的数据都是由临床数据环和运营管理数据环建立起来，拥有这两个一个患者的数据算是齐全了。但大数据不仅仅是个人，还有人和医院之间的关系，一个患者一辈子不只能在一个医院看病。
因为TCGA计划跨时太长，纳入研究的病人数量太多， 或多或少有点资料继续错误或者不完整，所以TCGA团队下功夫在计划结束后（April 2018）完整的系统性的公布了权威的临床资料。 题外话：关于不同数据源的TCGA临床资料冲突的讨论 关于生存分析的冲突问题，我们多次讨论了： 集思广益-生存分析可以随心所欲根据表达量分组吗 寻找生存分析的最佳基因表达分组阈值 比如下面的代码比较两个数据源 数据 clin3=read_excel(". 在Xena的survival.tsv中定义的结局事件是死亡，在TCGA-CDR中，PFI.1定义的终点事件是疾病进展，包括死亡、复发、转移等。 具体到病人TCGA-BA-5151，他可能是在术后517天发现有肿瘤复发，第722天失访，那么在Xena的生存分析中是定义为722天截尾，但是在TCGA-CDR中是517天事件发生。
尤其像我国这样的人口大国，医院需要面对的诊疗压力、经营压力都在逐年增加，必须依靠先进的数字化手段找出有助于临床分析、诊疗辅助的有用信息，以满足临床、管理、科研流程业务和对数据的分析利用需求，增强医院整体竞争优势 近几年，各地医院在医疗信息化方面的投入逐年增加，越来越多的临床诊疗数据分散在HIS、LIS、PACS、EMR等业务系统中。 为了充分利用好数据资源，挖掘出对临床诊疗有用的模型、规律和知识，医院越来越重视内部的信息集成、管理、开发及应用。 001.png 客户收益：数据零丢失，高效低成本 CSS系统运维部高效优质完成了集成工作，为院方进行CDR中心建设提供了必要的保障： 保证了数据安全，全部业务数据零丢失； 助力院方在最短的时间内完成新中心平台搭建 基于新的数据中心可以更快速分析展现医疗数据，打破医院信息系统孤岛，满足了医院对病人服务、质控管理以及临床科研等方面的数据利用需求，同时又最大程度地保证了CDR中心系统的性能和稳定性。
7.中文医患问答对话数据 8.中文医学问答数据 9.CHIP2020各项评测已开放 10.医学数据挖掘与算法评测大赛 中文医学知识图谱 CMeKG 英文数据集 PubMedQA: A Dataset 病人事件图谱数据集 病人事件图谱是一种新的基于RDF的医疗观察性数据表示模型，可以清晰地表示临床检查、诊断、治疗等多种事件类型以及事件的时序关系。 中医医案知识图谱 从医案中抽取临床知识构建知识图谱，帮助用户了解中医特色疗法，以及疾病（如“慢性胃炎”）的临床表现、相关疗法、相关养生保健方法等 herbnet 面向中药研究，根据中药领域模型的特点，构建了一个包括中医疾病 CHIP2020 中医文献问题生成 术语标准化 CHIP2019 临床术语标准化任务:医渡云标准化7K数据集 CHIP2020 临床术语标准化任务 相似句对判断 “公益AI之星”挑战赛-新冠疫情相似句对判定大赛 党参有降血脂，降血压的作用，可以彻底消除血液中的垃圾，从而对冠心病以及心血管疾病的患者都有一定的稳定预防工作作用，因此平时口服党参能远离三高的危害。
根据基因表达量的中位值把样本分成高低表达量的组别，然后做生存分析是比较符合大家的直觉的。 如果这个时候生存分析结果不具有统计学显著性，而大家又的确感兴趣这个基因在这个癌症的临床意义，会尝试调整分组指标，这也就是为什么网页工具会提供调整阈值的窗口，比如调整为如下所示： ? 那COX分析呢 COX分析就是排除一下样本其它信息的干扰之后的生存分析，这个时候网页工具能做的很有限，我们需要下载临床数据在R里面完成这个分析，如果你看了我的视频，就应该是知道至少下面两个临床信息是值得信赖的 https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-BRCA/Xena_Matrices/TCGA-BRCA.GDC_phenotype.tsv.gz TCGA-CDR https
但是实际上我们也代码演示了：estimate或者CIBERSORT结果真的是很好的临床预后指标吗，这样做风险很大，后面留了一个思考题，就是CIBERSORT的22种免疫细胞比例的生存意义的全部癌症的探索 scores当做是连续值来看，而是依据中位值进行高低分组后再进行cox分析。 TCGA.OR.A5LH.01A.11R.A29S.07 ACC 4.729908e-02 0.03817952 > dim(cib) [1] 9780 28 然后整理临床信息 这个函数可以在前面的临床信息加上免疫细胞比例信息，里面提取容易免疫细胞再区分癌症进行批量生存分析，得到HR值和对应的p值： library(survminer) library(survival) 再次呼应了前面的结果：estimate或者CIBERSORT结果真的是很好的临床预后指标吗 ？
在前面的教程 指定病人的指定基因的突变全景瀑布图，和 带临床信息的肿瘤突变maf文件分析维度更多，我们初步认识了TCGA数据库的33个癌症类型里面病人的临床信息，基本上都是在 TCGA-Clinical Data Resource (CDR) Outcome 文件里面。 UCEC 548 0 0 0 0 UCS 57 0 0 0 0 UVM 1 0 39 36 4 可以看到并不是所有的癌症类型都有 临床指标 filename = 'stage_sur_plot.pdf', width = x,height = y) 可以看到 ajcc_pathologic_tumor_stage 这个临床信息还是很容易区分病人生存情况的啊 MESO 不显著，挺奇怪的： MESO 的ajcc_pathologic_tumor_stage 无法区分生存 是不是意味着 MESO 的ajcc_pathologic_tumor_stage 这个临床信息判断方式有问题
原本将创造12天上会记录的小米，在发审会前夕临时撤退。 由于之前的”A股+ H股”只能实现境内公司在两地的同时上市，但大多数以小米、滴滴、美团点评等为代表的优质中国独角兽企业都是海外架构，所以依然无法实现两地上市。 或因估值压力 据证监会相关人士分析，由于担心小米CDR的估值压力，证监会想等港股的估值迈入合理区间再做定夺。 据证券时报记者了解，作为首家CDR试点企业，小米上市如何定价、会不会出现估值过高已成为中小投资者越来越担心的问题。 由于之前的”A股+ H股”只能实现境内公司在两地的同时上市，但大多数以小米、滴滴、美团点评等为代表的优质中国独角兽企业都是海外架构，所以依然无法实现两地上市。
在数控加工方面，刀触点是指（ C ） A.刀具中心点 B.刀具底端中心点 C.刀具与工件的接触点 D.刀具定位点 18. 重量计算 4．在数控机床中，哪一种坐标系的原点位置是不变的（ B ） A 世界坐标系 B 设备坐标系 C 用户坐标系 D 工件坐标系 5．在工程数据的计算机处理中，有一种方法是根据给定的已知点 A.人工控制机床 B.人工遥控机床 C.机床控制机床 D.计算机直接控制机床 17．DBMS是指 （ C ） A.信息管理系统 B.计算机辅助管理系统 C.数据库管理系统 刀具上的特定点，用于确定刀具在机床坐标系中位置，该点是（ D ） A 接触点 B 中心点 C 工件坐标原点 D刀位点 13. 数据库在CAD/CAM系统中具有重要地位，是有效地存储、管理、使用数据的一种软件，支持各子系统中数据的 共享 。 24.
论文地址： 摘要： 传统推荐系统面临着数据稀疏和冷启动问题这两个长期存在的障碍，推动了跨领域推荐(Cross-Domain recommendation, CDR)的出现和发展。 CDR的核心思想是利用从其他领域收集的信息来缓解一个领域中的两个问题。在过去的十年中，人们为跨领域推荐做出了许多努力。近年来，随着深度学习和神经网络的发展，出现了大量的方法。 然而，关于CDR的系统调查数量有限，特别是关于最新提出的方法以及它们所处理的建议场景和建议任务。 在本文中，我们首先提出了跨领域推荐的两级分类法，将不同的推荐场景和推荐任务进行分类。 我们还组织常用的数据集。最后，我们提出了这一领域的几个潜在研究方向。 详细内容请阅读原始论文：https://arxiv.org/abs/2108.03357
源码仓库：https://github.com/bluedoctor/Check-COVID-19 程序名称：2019新型冠状病毒肺炎（COVID-19）感染风险自助检测程序 程序功能： 根据网络上收集整理的新冠肺炎临床症状表现 ，以及国家卫生健康委员会与国家中医药管理局发布了《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》等资料， 整理的新冠肺炎临床症状表现、医院检查和流行病学调查情况，设计的一个风险测试表，然后根据这个风险测试表定义的诊断知识编写程序 所以，我们通过Scheme程序，实现了新冠病毒临床诊断知识表达的 “症状--属性--风险值” 三元结构，我们的程序就是匹配患者的这些症状属性，从而计算出相对应的风险值。 所以后来对很多疑似患者采取了依据肺部CT结果的临床确诊。最后就是白细胞计数，病毒感染一般白细胞计数都不会有明显变化，甚至下降，如果白细胞计数显著增高，那么要排除病毒感染，但也可能是合并细菌性炎诊感染。 所以这个诊断方案，非常依赖行业专家的知识，包括科学家、医学家以及临床一线医生。鉴于笔者能力水平，当前这个诊断方案肯定会有很多问题，仅供参考和学习Scheme语言编程使用。
熟悉存储发展趋势就会知道：如今冯·诺依曼架构备受挑战，简单说，当数据为中心时代到来，要求计算围着数据转，以减小数据搬移带来的性能瓶颈以及功耗，所谓解决“存储墙”问题，而冯·诺依曼架构是一个以计算为中心的架构 自今年3月份开始，新款16TB和18TB Ultrastar DC HC550 CMR HDD已经向部分超大规模数据中心和企业级OEM客户发货。 西部数据非常重视在中国市场上的投入。 2021年7月23日，作为西部数据公司下属全资子公司，晟碟半导体(上海)有限公司上海工厂三期厂房扩建项目正式竣工，扩建规模约为11800平方米，扩充了先进的产品制造设施和以产品为中心的技术研发设施。 小结 在正确的时间、地点做正确的事情，在数据为中心的时代，从存储介质、SSD/HDD到NVMe端到端存储系统设计，分层存储各个环节都在发生变化，惟有抓住这种变化，才能够在激烈的市场竞争中最终胜出，一击制胜
UCSC xena如何下载TCGA临床数据 生信自学网 UCSC xena数据库对TCGA临床数据进行了整理，如果需要TCGA肿瘤全部的临床信息，可以通过UCSC xena网站进行下载。 TCGA有两套数，最好选择GDC开头，这套数据和最新TCGA官网数据是配套的。我们以胃癌为例，点击下图圆圈处即可。 03.png 5. 进入我们选择肿瘤界面后，我们会发现很多数据，选择其中的”Phenotype”按钮，既可以进入临床数据的下载界面。 04.png 6. 进入临床数据界面，点击下载，就可以下载临床数据表格。
写在前面 越来越多的研究发现某一个基因的突变和很多的临床特征有关系。如果我们想有查找临床性状和基因突变的关系的话，内容比较全面的就是ClinVar数据库了。 ClinVar 数据库是ncbi旗下用于查看临床相关突变的数据库。但是其数据库的内容比较多，而且检索界面不是很友好。所以经常看不懂其结果。所以今天就介绍一个检索简单的突变和表型的数据库。 通过其名字我们就知道这个是一个简易版的Clinvar数据库。 输入 数据库的输入很简单，我们可以数据疾病；基因名; 突变等。都可以。 我这里输入gastric cancer。 另外数据库也提供了下载的功能。我们点击Show Table就可以看到其下载结果的地方了。 写在后面 以上就是这个数据的所有功能的。输入关键词—界面友好的查看结果。是不是很简单。 一直再说这类汇总其他数据库的资源，最怕的资源更新慢的问题。不过看这个数据库还是经常更新的。所以可以放心使用的
例如ab表的拼接： [数据转换说明.jpg] 常见数据转换包括以下几种类型： *表转置：横向数据转置为纵向数据。 *表拼接：ab表不同变量合并成一张表。 常见的ADAM数据集如下： ADAE-不良事件 ；ADCM-联合用药 ；ADSL-人口统计学 ；ADDS-受试者完成情况 ；ADPV-方案偏离 ；ADEG-心电图； ADEX-药物暴露； ADIE-纳入 中国临床药理学杂志, 2020, 36(18):5. [2]王骏, 韩景静, 黄钦. 临床试验缺失数据的统计学考量[J]. 中国临床药理学杂志, 2016, 32(5):4. [3]衡明莉, 陈丽嫦, 王骏. 临床试验中缺失数据处理方法研究[J]. 中国临床药理学杂志, 2019, 35(22):5. 每一个数据集均应产生配套的生成程序.sas、数据集、日志存放在临床试验编程篇-Setup中创建的文件夹中。方便后续做TFLs时调用。
轻度认知障碍（MCI）与阿尔兹海默症（AD）的临床发展有关，但不是所有的MCI患者都会转变成AD。 随后，每年进行随访，并进行系列认知测试，包括MMSE和ACE，以及NPI、MDI、ADCS-ADL和CDR量表。根据临床进展是否符合NIA-AA标准来判断患者是否从MCI发展为AD。 EEG数据记录在交替闭眼和睁眼的时期（3分钟更换一次）。记录EEG数据的神经生理学助理在被者闭上和睁开眼睛时在脑电图上打mark。当前研究中，使用闭眼段数据进行分析。 在pMCI和sMCI的对比中，剔除了一个数据，因为其随后被临床诊断为血管性痴呆。 分组依据是根据第二年追踪时的临床诊断。由于研究的探索性，没有对pMCI和sMCI之间的多重比较进行校正。
这种异常可能有助于AD的临床前研究。本文运用静息态（rs）fMRI数据得到了一个预测大脑年龄的模型，并评估了AD的遗传决定因素和淀粉样蛋白（A）病理学是否会加速大脑老化。 这种数据噪声化并且比结构数据存在更多动态变化，且易受多地点影响。尽管如此，本文依然尝试利用rs-fMRI数据来构建脑年龄模型，因为这种模式更适合探究AD的临床前阶段。 虽然本文重点是疾病的临床前阶段，但本文使用一小部分ADNI患者的rs-fMRI数据进行事后分析。 本研究使用了DIAN数据中的认知未受损突变携带者和非携带者（280名，18-69岁）的基线数据，临床痴呆评分（CDR）为0。 该研究为单中心纵向研究，包括399名认知未受损且具有sAD家族史的老年人。纳入标准：1）年龄60；55-59岁，相对于其亲属发病年龄小于15岁的个体。2）认知正常（CDR=0，及MoCA）。
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