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信息的肿瘤突变maf文件分析维度更多

文件里面的病人肿瘤类型,其实里面有丰富的信息。 而带信息的肿瘤突变maf文件分析维度更多。 我看到了GitHub有一个project把这个文件制作成为了R包,https://github.com/PoisonAlien/TCGAmutations ,不知道是否有授权,是否合规。 ) Outcome - TCGA-CDR-SupplementalTableS1.xlsx 简单检查信息 文件里面主要关指标有: "age_at_initial_pathologic_diagnosis .xlsx查看,如下所示: 主要关指标 首先看看性别情况: library(readxl) phe=read_excel('TCGA-CDR-SupplementalTableS1.xlsx

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Brain:前和早期阿尔茨海默病的睡眠和纵向认知表现

为了评估认知功能,患者在每次就诊时都要完成一组神经理测试,包括自由提示选择性提醒测试、逻辑记忆延迟回忆测试、字符号替换测试和简易精神状态测试。 方法简述 研究来自100名社区生活参与者,这些参与者参与了圣路易斯华盛顿大学奈特阿尔茨海默病研究(ADRC)的纵向研究。 每个患者在每次就诊时都要完成一组神经理测试,包括自由线索选择性提醒测试(FCSRT)、韦氏记忆量表修正版的逻辑记忆延迟回忆测试、韦氏成人智力量表的字符号替换测验(DSST)和简易理状态测验(MMSE 采集的时序概述如图1所示。 图1 收集总览 3. 结果 3.1 被试特征 表1显示了认知正常(CDR 0)和认知受损(CDR> 0)受试者在睡眠研究监测时的统计学和特征。 这些发现对于在试验利用睡眠来追踪认知障碍的风险具有重要意义。

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    从医疗字化转型谈何为

    台在融合知识与实时应用的基础上,将智能和医疗业务融合,形成行业领先的医疗业务实践,通过构建各类系统引领医疗管理和发展,更好地支持各类新兴医疗业务系统的开发。 技术台包括开放式开发平台(微服务)、 跨平台部署技术、分布式库,以及与核系统、CDR、集成平台等互操作的技术。 三台组成框架如下图所示: 台运行机制 1.以业务台的流程服务为启动点,调入医疗业务标准,结合指南库等,通过业务服务API结合服务API来开发构建包括核系统、电子病历、互联网医疗等在内的各类系统 2.各类系统产生的源头一方面存储在台以供服务随时调用,保证台对的实时使用,另一方面支持输出到仓库(CDR)并做加工处理形成知识之后,再流入到台供服务调用。 在没有完全迁移到台之前,并行的医院核系统、电子病历和各类医疗系统的,以及其他外部健康也可通过集成平台,汇聚到仓库(CDR)再进入到台。

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    时代医院信息化建设之机遇与挑战

    来源:51CTO 作者:王雪燕 编者按:由51CTO举办的WOT”互联网+”时代大技术峰会上,就职北京大学人民医院院长助理、信息主任、医疗大研究副主任、骨关节科副主任医师的刘帆做了以《大时代医院信息化建设之机遇与挑战 参照标准 刘帆表示,在医疗行业的标准非常非常多,而不是没有,到目前为止,国家层面的标准有253个标准,关于的标准如、健康、区域、医院等等都要遵循。 ? 在电商或其他行业利用大做的就是推荐,如猜你在深圳,而不是说你就是在深圳。但在医疗行业就不能说,猜你得了病,和我猜你有什么问题,这样的结果在也不能用。 一个医院除了以外,还有另一半非常重要的就是还有一半是你的财务和物流,如患者交的钱、用的注射器、起搏器等。 ? 每一个患者的都是由环和运营管理环建立起来,拥有这两个一个患者的算是齐全了。但大不仅仅是个人,还有人和医院之间的关系,一个患者一辈子不只能在一个医院看病。

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    TCGA资料官方大全

    因为TCGA计划跨时太长,纳入研究的病人量太多, 或多或少有点资料继续错误或者不完整,所以TCGA团队下功夫在计划结束后(April 2018)完整的系统性的公布了权威的资料。 题外话:关于不同源的TCGA资料冲突的讨论 关于生存分析的冲突问题,我们多次讨论了: 集思广益-生存分析可以随所欲根表达量分组吗 寻找生存分析的最佳基因表达分组阈值 比如下面的代码比较两个 clin3=read_excel(". 在Xena的survival.tsv定义的结局事件是死亡,在TCGA-CDR,PFI.1定义的终点事件是疾病进展,包括死亡、复发、转移等。 具体到病人TCGA-BA-5151,他可能是在术后517天发现有肿瘤复发,第722天失访,那么在Xena的生存分析是定义为722天截尾,但是在TCGA-CDR是517天事件发生。

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    医疗信息化系统升级,硬件平台如何做好支撑?

    尤其像我国这样的人口大国,医院需要面对的诊疗压力、经营压力都在逐年增加,必须依靠先进的字化手段找出有助于分析、诊疗辅助的有用信息,以满足、管理、科研流程业务和对的分析利用需求,增强医院整体竞争优势 近几年,各地医院在医疗信息化方面的投入逐年增加,越来越多的诊疗分散在HIS、LIS、PACS、EMR等业务系统。 为了充分利用好资源,挖掘出对诊疗有用的模型、规律和知识,医院越来越重视内部的信息集成、管理、开发及应用。 001.png 客户收益:零丢失,高效低成本 CSS系统运维部高效优质完成了集成工作,为院方进行CDR建设提供了必要的保障: 保证了安全,全部业务零丢失; 助力院方在最短的时间内完成新平台搭建 基于新的可以更快速分析展现医疗,打破医院信息系统孤岛,满足了医院对病人服务、质控管理以及科研等方面的利用需求,同时又最大程度地保证了CDR系统的性能和稳定性。

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    医疗NLP相关集整理

    7.文医患问答对话 8.文医学问答 9.CHIP2020各项评测已开放 10.医学挖掘与算法评测大赛 文医学知识图谱 CMeKG 英文集 PubMedQA: A Dataset 病人事件图谱集 病人事件图谱是一种新的基于RDF的医疗观察性表示模型,可以清晰地表示检查、诊断、治疗等多种事件类型以及事件的时序关系。 医医案知识图谱 从医案抽取知识构建知识图谱,帮助用户了解医特色疗法,以及疾病(如“慢性胃炎”)的表现、相关疗法、相关养生保健方法等 herbnet 面向药研究,根药领域模型的特点,构建了一个包括医疾病 CHIP2020 医文献问题生成 术语标准化 CHIP2019 术语标准化任务:医渡云标准化7K集 CHIP2020 术语标准化任务 相似句对判断 “公益AI之星”挑战赛-新冠疫情相似句对判定大赛 党参有降血脂,降血压的作用,可以彻底消除血液的垃圾,从而对冠病以及血管疾病的患者都有一定的稳定预防工作作用,因此平时口服党参能远离三高的危害。

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    集思广益-生存分析可以随所欲根表达量分组吗

    基因表达量的位值把样本分成高低表达量的组别,然后做生存分析是比较符合大家的直觉的。 如果这个时候生存分析结果不具有统计学显著性,而大家又的确感兴趣这个基因在这个癌症的意义,会尝试调整分组指标,这也就是为什么网页工具会提供调整阈值的窗口,比如调整为如下所示: ? 那COX分析呢 COX分析就是排除一下样本其它信息的干扰之后的生存分析,这个时候网页工具能做的很有限,我们需要下载在R里面完成这个分析,如果你看了我的视频,就应该是知道至少下面两个信息是值得信赖的 https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-BRCA/Xena_Matrices/TCGA-BRCA.GDC_phenotype.tsv.gz TCGA-CDR https

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    泛癌水平的批量生存分析

    但是实际上我们也代码演示了:estimate或者CIBERSORT结果真的是很好的预后指标吗,这样做风险很大,后面留了一个思考题,就是CIBERSORT的22种免疫细胞比例的生存意义的全部癌症的探索 scores当做是连续值来看,而是依位值进行高低分组后再进行cox分析。 TCGA.OR.A5LH.01A.11R.A29S.07 ACC 4.729908e-02 0.03817952 > dim(cib) [1] 9780 28 然后整理信息 这个函可以在前面的信息加上免疫细胞比例信息,里面提取容易免疫细胞再区分癌症进行批量生存分析,得到HR值和对应的p值: library(survminer) library(survival) 再次呼应了前面的结果:estimate或者CIBERSORT结果真的是很好的预后指标吗 ?

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    是否所有的癌症的TNM分期都有生存预测意义

    在前面的教程 指定病人的指定基因的突变全景瀑布图,和 带信息的肿瘤突变maf文件分析维度更多,我们初步认识了TCGA库的33个癌症类型里面病人的信息,基本上都是在 TCGA-Clinical Data Resource (CDR) Outcome 文件里面。 UCEC 548 0 0 0 0 UCS 57 0 0 0 0 UVM 1 0 39 36 4 可以看到并不是所有的癌症类型都有 指标 filename = 'stage_sur_plot.pdf', width = x,height = y) 可以看到 ajcc_pathologic_tumor_stage 这个信息还是很容易区分病人生存情况的啊 MESO 不显著,挺奇怪的: MESO 的ajcc_pathologic_tumor_stage 无法区分生存 是不是意味着 MESO 的ajcc_pathologic_tumor_stage 这个信息判断方式有问题

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    “首家CDR股”变泡影,小米缘何放证监会鸽子?

    原本将创造12天上会记录的小米,在发审会前夕时撤退。 由于之前的”A股+ H股”只能实现境内公司在两地的同时上市,但大多以小米、滴滴、美团点评等为代表的优质国独角兽企业都是海外架构,所以依然无法实现两地上市。 或因估值压力 证监会相关人士分析,由于担小米CDR的估值压力,证监会想等港股的估值迈入合理区间再做定夺。 证券时报记者了解,作为首家CDR试点企业,小米上市如何定价、会不会出现估值过高已成为小投资者越来越担的问题。 由于之前的”A股+ H股”只能实现境内公司在两地的同时上市,但大多以小米、滴滴、美团点评等为代表的优质国独角兽企业都是海外架构,所以依然无法实现两地上市。

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    CAM选择填空

    控加工方面,刀触点是指( C    ) A.刀具点  B.刀具底端点  C.刀具与工件的接触点  D.刀具定位点 18. 重量计算 4.在控机,哪一种坐标系的原点位置是不变的( B    ) A 世界坐标系   B 设备坐标系    C 用户坐标系   D 工件坐标系 5.在工程的计算机处理,有一种方法是根给定的已知点 A.人工控制机  B.人工遥控机  C.机控制机 D.计算机直接控制机 17.DBMS是指  (  C   ) A.信息管理系统          B.计算机辅助管理系统  C.库管理系统 刀具上的特定点,用于确定刀具在机坐标系位置,该点是(  D   )  A 接触点 B 点 C 工件坐标原点   D刀位点 13. 库在CAD/CAM系统具有重要地位,是有效地存储、管理、使用的一种软件,支持各子系统的 共享 。 24.

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    2021上交跨域推荐最新综述论文

    论文地址: 摘要: 传统推荐系统面稀疏和冷启动问题这两个长期存在的障碍,推动了跨领域推荐(Cross-Domain recommendation, CDR)的出现和发展。 CDR的核思想是利用从其他领域收集的信息来缓解一个领域的两个问题。在过去的十年,人们为跨领域推荐做出了许多努力。近年来,随着深度学习和神经网络的发展,出现了大量的方法。 然而,关于CDR的系统调查量有限,特别是关于最新提出的方法以及它们所处理的建议场景和建议任务。 在本文,我们首先提出了跨领域推荐的两级分类法,将不同的推荐场景和推荐任务进行分类。 我们还组织常用的集。最后,我们提出了这一领域的几个潜在研究方向。 详细内容请阅读原始论文:https://arxiv.org/abs/2108.03357

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    Scheme语言实例入门--怎样写一个“新型冠状病毒感染风险检测程序” 1,表达式2,原子3,表(list) 4,点对(pair)5,向量(vector)6,变量7,

    源码仓库:https://github.com/bluedoctor/Check-COVID-19 程序名称:2019新型冠状病毒肺炎(COVID-19)感染风险自助检测程序 程序功能: 根网络上收集整理的新冠肺炎症状表现 ,以及国家卫生健康委员会与国家医药管理局发布了《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》等资料, 整理的新冠肺炎症状表现、医院检查和流行病学调查情况,设计的一个风险测试表,然后根这个风险测试表定义的诊断知识编写程序 所以,我们通过Scheme程序,实现了新冠病毒诊断知识表达的 “症状--属性--风险值” 三元结构,我们的程序就是匹配患者的这些症状属性,从而计算出相对应的风险值。 所以后来对很多疑似患者采取了依肺部CT结果的确诊。最后就是白细胞计,病毒感染一般白细胞计都不会有明显变化,甚至下降,如果白细胞计显著增高,那么要排除病毒感染,但也可能是合并细菌性炎诊感染。 所以这个诊断方案,非常依赖行业专家的知识,包括科学家、医学家以及一线医生。鉴于笔者能力水平,当前这个诊断方案肯定会有很多问题,仅供参考和学习Scheme语言编程使用。

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    当“”时代来

    熟悉存储发展趋势就会知道:如今冯·诺依曼架构备受挑战,简单说,当时代到来,要求计算围着转,以减小搬移带来的性能瓶颈以及功耗,所谓解决“存储墙”问题,而冯·诺依曼架构是一个以计算为的架构 自今年3月份开始,新款16TB和18TB Ultrastar DC HC550 CMR HDD已经向部分超大规模和企业级OEM客户发货。 西部非常重视在国市场上的投入。 2021年7月23日,作为西部公司下属全资子公司,晟碟半导体(上海)有限公司上海工厂三期厂房扩建项目正式竣工,扩建规模约为11800平方米,扩充了先进的产品制造设施和以产品为的技术研发设施。 小结 在正确的时间、地点做正确的事情,在的时代,从存储介质、SSD/HDD到NVMe端到端存储系统设计,分层存储各个环节都在发生变化,惟有抓住这种变化,才能够在激烈的市场竞争最终胜出,一击制胜

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    UCSC xena如何下载TCGA

    UCSC xena如何下载TCGA 生信自学网 UCSC xena库对TCGA进行了整理,如果需要TCGA肿瘤全部的信息,可以通过UCSC xena网站进行下载。 TCGA有两套,最好选择GDC开头,这套和最新TCGA官网是配套的。我们以胃癌为例,点击下图圆圈处即可。 03.png 5. 进入我们选择肿瘤界面后,我们会发现很多,选择其的”Phenotype”按钮,既可以进入的下载界面。 04.png 6. 进入界面,点击下载,就可以下载表格。

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    相关突变查询

    写在前面 越来越多的研究发现某一个基因的突变和很多的特征有关系。如果我们想有查找性状和基因突变的关系的话,内容比较全面的就是ClinVar库了。 ClinVar 库是ncbi旗下用于查看相关突变的库。但是其库的内容比较多,而且检索界面不是很友好。所以经常看不懂其结果。所以今天就介绍一个检索简单的突变和表型的库。 通过其名字我们就知道这个是一个简易版的Clinvar库。 输入 库的输入很简单,我们可以疾病;基因名; 突变等。都可以。 我这里输入gastric cancer。 另外库也提供了下载的功能。我们点击Show Table就可以看到其下载结果的地方了。 写在后面 以上就是这个的所有功能的。输入关键词—界面友好的查看结果。是不是很简单。 一直再说这类汇总其他库的资源,最怕的资源更新慢的问题。不过看这个库还是经常更新的。所以可以放使用的

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    试验编程-Adam转换

    例如ab表的拼接: [转换说明.jpg] 常见转换包括以下几种类型: *表转置:横向转置为纵向。 *表拼接:ab表不同变量合并成一张表。 常见的ADAM集如下: ADAE-不良事件 ;ADCM-联合用药 ;ADSL-人口统计学 ;ADDS-受试者完成情况 ;ADPV-方案偏离 ;ADEG-电图; ADEX-药物暴露; ADIE-纳入 药理学杂志, 2020, 36(18):5. [2]王骏, 韩景静, 黄钦. 试验缺失的统计学考量[J]. 药理学杂志, 2016, 32(5):4. [3]衡明莉, 陈丽嫦, 王骏. 试验缺失处理方法研究[J]. 药理学杂志, 2019, 35(22):5. 每一个集均应产生配套的生成程序.sas、集、日志存放在试验编程篇-Setup创建的文件夹。方便后续做TFLs时调用。

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    低频脑电连通性的改变可作为轻度认知障碍进展的指标

    轻度认知障碍(MCI)与阿尔兹海默症(AD)的发展有关,但不是所有的MCI患者都会转变成AD。 随后,每年进行随访,并进行系列认知测试,包括MMSE和ACE,以及NPI、MDI、ADCS-ADL和CDR量表。根进展是否符合NIA-AA标准来判断患者是否从MCI发展为AD。 EEG记录在交替闭眼和睁眼的时期(3分钟更换一次)。记录EEG的神经生理学助理在被者闭上和睁开眼睛时在脑电图上打mark。当前研究,使用闭眼段进行分析。 在pMCI和sMCI的对比,剔除了一个,因为其随后被诊断为血管性痴呆。 分组依是根第二年追踪时的诊断。由于研究的探索性,没有对pMCI和sMCI之间的多重比较进行校正。

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    Nature子刊:前家族性阿尔兹海默症患者的功能性大脑老化加速

    这种异常可能有助于AD的前研究。本文运用静息态(rs)fMRI得到了一个预测大脑年龄的模型,并评估了AD的遗传决定因素和淀粉样蛋白(A)病理学是否会加速大脑老化。 这种噪声化并且比结构存在更多动态变化,且易受多地点影响。尽管如此,本文依然尝试利用rs-fMRI来构建脑年龄模型,因为这种模式更适合探究AD的前阶段。 虽然本文重点是疾病的前阶段,但本文使用一小部分ADNI患者的rs-fMRI进行事后分析。 本研究使用了DIAN的认知未受损突变携带者和非携带者(280名,18-69岁)的基线痴呆评分(CDR)为0。 该研究为单纵向研究,包括399名认知未受损且具有sAD家族史的老年人。纳入标准:1)年龄60;55-59岁,相对于其亲属发病年龄小于15岁的个体。2)认知正常(CDR=0,及MoCA)。

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