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2
回答
有些程序不接受输入文件的进程替换吗?
、
、
、
gattacagattacagattacagattacagattacagattacagattacagattaca gattacagattacagattacagattacagattacagattacagattacagattacabash -c "
clustalw
-align -infile=meaningless_name -outfile=output_alignment.aln -newtree=meaningless_name2&
浏览 3
提问于2010-11-25
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1
回答
找不到PHP shell_exec()命令
、
、
我需要使用php执行一个程序,所讨论的文件是
ClustalW
(
clustalw
2)。我的apache用户是使用fish shell的http,因此我将
clustalw
2移动到/srv/http/Clustal,并将dir添加到fish路径。1:
clustalw
2: command not found:echo "WHICH
clustalw
2: ".shell_exec('whic
浏览 0
提问于2021-05-19
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1
回答
R {ape}群集找不到
clustalw
2
、
、
但是,当我第一次尝试手册中提供的示例时:但我得到了一个错误消息:Error in file(file, "r") : cannot open the connection.
浏览 9
提问于2014-04-22
得票数 0
1
回答
使用Python/Biopython/
Clustalw
的生物信息学脚本使用stdout迭代蛋白质目录
、
、
、
所以我正在用python做一些生物信息学的工作,利用Biopython和
Clustalw
2来比对蛋白质序列。我对此相当陌生(只有几个月的经验),我在使用stdout和迭代整个目录时遇到了一个问题。import AlignIO try:
浏览 0
提问于2012-08-28
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1
回答
如何替换和编辑文件内容?
、
、
、
_1-150set0038_100-250set0038_50-200cd set0027
clustalw
INFILE=set0027_1-150 OUTFILE=set0027_1-150.aln
浏览 0
提问于2019-05-10
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1
回答
Ubuntu上的
ClustalW
、
、
、
在biopython的食谱中,我找不到如何实际运行
clustalw
。我已经完成了食谱上的操作,但它没有运行
clustalw
,只是打印出来了有没有人能教我如何实际运行
clustalw
浏览 0
提问于2018-09-13
得票数 1
1
回答
如何使用Biopython运行
clustalw
我创建了以下脚本:cl = MultipleAlignCL("myseqs.fasta") clpath="C:\Program Files\
ClustalW
2\
clustalw
2.exe" from Bio.
浏览 1
提问于2011-06-22
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1
回答
通过php脚本传递cmd命令
这是我的php代码 $command = "C:\Program Files\
ClustalW
2>
clustalw
2 -INFILE=seq.txt -TYPE=Protein -OUTFILE=res.aln
浏览 1
提问于2012-03-19
得票数 3
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1
回答
Biopython的马尾和肌肉
、
我在使用biopython时遇到了问题,我有PythonVersion3.3,我安装了biopython-1.61.win-AMD 64-py3.3,我想将
Clustalw
或Muscle的DNA序列对齐对于
Clustalw
:我得到以下错误:对于Muscle
浏览 1
提问于2014-01-20
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1
回答
Mac上的
clustalw
安装
、
我真的对如何安装
clustalw
2感到困惑。我下载了一个macosx.dmg文件,当我双击它时,我看到了一个文件夹,里面有两个图标,其中一个是帮助页面(我确实读过,但它是使用
clustalw
而不是安装)从Bio导入
Clustalw
我不知道该怎么做。(我试过使用"
clustalw
“标签,但我不能使用它,因为它从未被使用过,而且我不能开始新的标签,以防有人想知道我为什么没有使用它)
浏览 2
提问于2012-11-17
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2
回答
如何在测试中用模拟可执行文件替换可执行文件?
、
、
我主要是在MacOSX10.6(雪豹)上操作,但我也可以访问
Linux
和Windows。我在用MRI红宝石1.8.7。 背景:我正在做几个DNA序列比对,每个线程一个。我假设测试之间可变性的主要来源是线程、tempfile系统和用于对齐(
ClustalW
)的可执行文件。由于
ClustalW
可能不是故障,但可能是可变性的来源,我认为消除它可能有助于再现性。
浏览 1
提问于2010-01-28
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1
回答
点阵木素图中的重排板
、
、
下面是一个示例数据集:25000 9.3 100bp
ClustalW
250000 45 100bp
ClustalW
25000045 100bp Fasta 25000 9.3 1000bp
Cl
浏览 2
提问于2014-07-07
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1
回答
在r中执行函数clustal()时出现错误
、
我是初学者R,我尝试运行命令clustal(sylvia.seq)sh:
clustalw
2: command not found cannot find executable ‘
clustalw
2’ on your computer.
浏览 4
提问于2018-11-28
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2
回答
从基因组中创建一个树型图
、
、
、
、
我想玩一下基因组数据:Species_B = ctaagtggactgacaggaactgtttcgaatcggaagcttgcttaacgtagSpecies_D = ctacgtggaccgacaagaacagtttcgactcggaagcttgcttaacgccg Species_E = ctgtgtggancgacaaggacagtt
浏览 1
提问于2016-03-14
得票数 1
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1
回答
Biopython中有间隙对齐的PWM算法
、
、
、
我正在尝试在Biopython中从
Clustalw
多序列比对中生成一个位置加权矩阵(PWM)。每次使用间隔对齐时,我都会收到“错误的字母表”错误。from Bio.Alphabet import Gapped alignment = AlignIO.read("filename.
clustalw
", "clustal", alphabet=Gapped
浏览 1
提问于2011-08-09
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2
回答
查找区域中的RNA和信息
、
我想要找到大约10KB序列的新颖和已知的RNA和转录本。如果序列在ensembl和UCSC浏览器中没有很好的注释,那么使用生物信息学工具最简单的方法是什么?拼接EST和RNA测序数据是一种选择吗?我刚接触生物信息学,你的建议对我很有用。
浏览 5
提问于2012-09-04
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1
回答
带有
clustalw
输出文件的BioPerl
、
、
到目前为止,我已经:use strict;use Bio::SeqIO;my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::
Clustalw
浏览 2
提问于2013-05-24
得票数 1
1
回答
Bioperl程序执行中的错误
、
、
、
、
我已经安装了bioperl,但是不知道从哪里获得它,以及在哪里运行我测试过的bioperl program.Then,它是成功的,我已经为多个seq运行了一个程序。对齐。 无法在@INC中找到Bio/Tools/Run/准直/clustrw.pm (@INC包含: /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.14.2 /usr/local/share/perl/5.14.2 /usr/lib/perl 5/usr/share/perl 5/lib/perl/5.14 /usr/share/perl/5.14 /usr/lib/site_perl)。在msa.pl
浏览 1
提问于2014-06-03
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1
回答
同一蛋白质片段的系统发育树(来自元基因组)
好的,我有几百个感兴趣的蛋白质片段(699个序列),我想要比对并建立一个邻居加入树。在许多情况下,这些片段彼此不能很好地对齐(相同或相似蛋白质的不同区域)。然而,整个蛋白质序列已经被定义并提交到NCBI和其他数据库等。也有文献中为这些蛋白质制作的树。有没有办法从我的元基因组中提取我的片段,并将它们与已知序列进行比对,以定义我的每个片段在已发表的树上的位置?我唯一的解决方案是在预定义的树上运行每个序列(或序列簇)(使用发表的原始完整蛋白质序列),以便定义每个片段所在的位置。有没有更简单的方法来做这件事?
浏览 0
提问于2012-01-28
得票数 0
1
回答
用R写FASTA文件输出
、
、
、
、
我正在尝试使用
ClustalW
执行多序列对齐。代码可以工作,我可以在R中看到我的终端上的对齐,下面是我编写的代码。/only_unaligned/no_recomb/1_unaligned.fasta") myClustalWAlignment <- msa(mySequences, "
ClustalW
浏览 6
提问于2022-09-25
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