data.frame(...，check.names = FALSE)中出现cbind错误:参数隐含不同的行数: 0，1 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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R 数据分析

（2）Rscript xxx.r 这种方式的输出结果直接显示在命令行中，不会生成其他输出文件这种方式可以用commandArgs()函数得到传递的参数但是得到参数的索引由函数的trailingOnly...列连接＃当df_n的行数和df的行数一样时 > data.frame(one=c(9,8,7,6)) one 1 9 2 8 3 7 4 6 > cbind(df,df3)...df时，会失败 > df4=data.frame(one=c(9,8,7,6,12)) > cbind(df,df4) Error in data.frame(..., check.names = FALSE...) : 参数值意味着不同的行数: 4, 5 虽然df_n的行数小于df，但df不是df_n行数的整数倍时，也会失败 > cbind(df,data.frame(one=c(5,2,3),two=c...(12),three=c(9))) Error in data.frame(..., check.names = FALSE) : 参数值意味着不同的行数: 4, 3 rbind 行连接 > rbind

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R语言数据结构(三)数据框

数据结构是指在计算机中存储和组织数据的方式，不同的数据结构有不同的特点和适用场景。R语言中的常用数据结构，包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。...数据框中的每个向量可以是不同的类型，但同一列的元素必须是相同的类型。创建数据框创建数据框的一种常用方法是使用data.frame()函数，它可以将多个向量组合成一个数据框。...data.frame()函数的参数有： ...: 这些参数可以采用value或tag = value的形式。组件名称将基于tag（如果存在）或被解析的参数本身。...即使check.names为FALSE，如果要保留""作为名称，也需要将此参数设置为FALSE。 stringsAsFactors: 逻辑值，指定是否将字符向量转换为因子向量。...()函数来按行或列合并数据框，参数是两个或多个数据框，它们必须有相同的列数或行数。

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人工智能大模型的好处之任意数据结构的转换

fill = TRUE参数确保了所有向量会被填充到相同的长度，use.names = TRUE参数保留了列表元素的名称作为列名。...在这个例子中，Reduce函数迭代地将列表中的向量组合（通过cbind）成一个单一的数据框，names(mylist)用于获取列表元素的名称并设置为新数据框的列名。...如果列表中的向量长度不相等，直接使用 rbindlist 或者 Reduce 结合 cbind 会遇到困难，因为这些函数通常要求所有向量具有相同的长度以便能够形成一个规则的数据框。...= c(7) ) # 使用 map_dfr 转换每个向量为数据框，然后合并 df data.frame(.x, check.names = FALSE))...v)[1]], stringsAsFactors = FALSE) }) # 使用 bind_rows 合并列表中的所有数据框 df <- bind_rows(df_list) # 查看结果 print

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R语言数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

，data.frame数据框允许不同列不同的数据类型，但同一列只允许一种数据类型*数据框中括号内行在列前df1 data.frame(gene = paste0("gene",1:4),...，除非导出**分隔符包括空格，逗号，制表符（tab）,csv是一个逗号分隔的纯文本文件，它的后缀没有意义，也有可能实际上是一个制表符分割的tsv改变文件名而来的，此时用csv打开会报错，该知识点用于防止部分代码中错误应用...ex2 错误当作数据而非行名，且列名的.变成了-，R语言将列名的特殊字符-转化了，该编号可能与其他数据中编号无法匹配，ex2...soft2 出现报错#4.soft 的行数列数与列名dim(soft...= ls())load(file = "soft.Rdata") #使Rdata中的向量出现在环境内，本身有名称，无需赋值矩阵和列表矩阵矩阵内所有元素数据类型必须相同*警惕因数据类型不同导致矩阵强制转换引起报错

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生信技能树 R语言入门第一周总结

每一列的所有数据只有一种数据类型，不同列的数据类型可不相同。...，by.x和by.y两个形式参数定义根据哪一列进行合并。...areaSource=&traceId=五、%in%1、%in%和==的区别：==是将X中的每个元素和y中的每个元素一对一比较，%in%是将x中的每一个元素分别和y中的所有元素全部比较> x=c(1,3,5,1.../表示R.project的上一级菜单ex2 check.names = F)row.names=1表示使用第一列为行名，需注意行名中不能出现重复...：忘记c、逗号（,）和引号（''）根据我这两天写代码试运行的结果来看，90%的错误会出现在忘记c，引号（''）和逗号（,）这三个上面。

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 04 文件的读写与认知

# check.names= 表示检查看列名是否存在特殊符号，F表示保持原文件的符号 #注意：数据框不允许重复的行名 rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1) rod...，出现报错图片 soft 的数据删除掉图片 soft2 <- read.table...函数图片 #4.soft 的行数列数是多少？...ex1,file = "xerror.csv") #save文件用来保存Rdata 文件 a <- read.csv("xerror.csv") load("xerror.csv") 图片将一个项目的不同结果数据存在不同的文件夹...图片将一个项目的不同部分分别存在不同的文件夹图片图片图片 # data.table包中的fread函数 soft = data.table::fread("soft.txt",data.table

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R语言基础教程——第3章：数据结构——数据框

数据框由于不同的列可以包含不同模式（数值型、字符型等）的数据，数据框的概念较矩阵来说更为一般。它与你通常在SAS、SPSS和Stata中看到的数据集类似。数据框将是你在R中最常处理的数据结构。...data.frame(data, row.names = NULL, check.rows = FALSE, check.names = TRUE, fix.empty.names...基于标记(如果存在)或离开的参数本身创建组件名称。row.names参数为NULL或单个整数或字符串，指定要用作行名称的列，或给出数据框行名称的字符或整数向量。...check.rows如果为真，则检查行长度和名称的一致性。check.names 如果为真，则检查数据框中变量的名称，以确保它们是语法上有效的变量名称，并且不重复。...“factory-fresh”默认值为TRUE，但是可以通过设置选项来更改(stringsAsFactors = FALSE)。 1 数据框的创建使用data.frame函数就可以初始化一个数据框。

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【画图】与SARS-CoV-2病毒结合ACE2基因表达正相关的LncRNA有哪些？

上次教程已经给大家演示了，GTEx数据库有人各组织中基因表达谱数据，下载整理这个数据可以绘制出ACE2受体在人体组织中的表达量情况以及可能的功能有哪些。...【画图】冠状病毒结合的宿主细胞受体ACE2在人组织中的表达情况【画图】ACE2在TCGA肺癌数据的表达情况（请不要过度解读这个图的结果！）...啰嗦几句+致谢今天要画的图中结果可以看到一些lncRNA的表达与ACE2在肺组织中的正相关的那么课题就来了，至于没写国自然的小伙伴，这个干货可要抓住了！...获得人肺组织表达谱数据批量并行计算 lungTMPcheck.names = F,row.names = 1) pathway.score...], Links[i, 7]), col = paste(Links$color[i], "C9", sep = ""), border = FALSE

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【画图】与COVID-19SARS-CoV-22019-nCoV病毒结合ACE2基因的表达在人肺组织中与那些基因表达相关？

上次教程已经给大家演示了，GTEx数据库有人各组织中基因表达谱数据，下载整理这个数据可以绘制出ACE2受体在人体组织中的表达量情况以及可能的功能有哪些。...【画图】冠状病毒结合的宿主细胞受体ACE2在人组织中的表达情况【画图】ACE2在TCGA肺癌数据的表达情况（请不要过度解读这个图的结果！）...啰嗦几句+致谢今天要画的图中结果可以看到一些lncRNA的表达与ACE2在肺组织中的正相关的那么课题就来了，至于没写国自然的小伙伴，这个干货可要抓住了！...获得人肺组织表达谱数据批量并行计算 lungTMPcheck.names = F,row.names = 1) pathway.score...], Links[i, 7]), col = paste(Links$color[i], "C9", sep = ""), border = FALSE

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文献配套GitHub发表级别绘图之本质上是散点图的PCA图

首先利用线性变换，将数据变换到一个新的坐标系统中；然后再利用降维的思想，使得任何数据投影的第一大方差在第一个坐标(称为第一主成分)上，第二大方差在第二个坐标(第二主成分)上。...其实，关键是减少数据集的维数，同时还保持数据集贡献最大的特征，最终使数据直观呈现在二维坐标系。（===图===） PCA图一般是在分析前期用来探索不同样本间的关系。...= FALSE, row.names = 1) # 已经是挑选好了基因，并且转置的表达矩阵，适合做PCA分析 data[1:4,1:4] # 将data$Grade信息提取出来做矩阵 dataGrade...data.frame(row.names = rownames(data), grade = data$Grade) head(dataGrade) # 删除Grade的信息，留下基因表达量 data...= element_line(colour = 'black'),# 轴刻度线 plot.title = element_text(hjust = 0.5), # 标题 hjust介于0,1

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R语言数据（集）合并与连接匹配 | 专题2

数据（集）处理是数据分析过程中的重要环节，今天特别整理数据（集）合并、增减与连接的相关内容，并逐一作出示例。...正文 1 数据合并 1.1 cbind列合并（等长）总结：cbind等行数、按列合并（无序） #等长 #生成测试数据 > ID1 <- c(1:4) > ID2 <- c(2:5) > name...3 3 7 4 4 33 5 A 11 6 B 2 7 C 55 8 D 3 2 数据连接/匹配数据连接主要涉及到merge函数和dplyr包中的...实现内连接、外连接、左连接和右连接 dplyr包中的inner_join、left_join、right_join、full_join语法 inner_join(x, y, by = NULL, copy...其中，通过by控制连接字段，通过dplyr::*_join中的“*”控制连接形式。

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【画图】如何批量展现基因表达相关性？

上次教程已经给大家演示了，GTEx数据库有人各组织中基因表达谱数据，下载整理这个数据可以绘制出ACE2受体在人体组织中的表达量情况以及可能的功能有哪些。...【画图】冠状病毒结合的宿主细胞受体ACE2在人组织中的表达情况【画图】ACE2在TCGA肺癌数据的表达情况（请不要过度解读这个图的结果！）...啰嗦几句+致谢今天要画的图中结果可以看到一些lncRNA的表达与ACE2在肺组织中的正相关的那么课题就来了，至于没写国自然的小伙伴，这个干货可要抓住了！...获得人肺组织表达谱数据批量并行计算 lungTMPcheck.names = F,row.names = 1) pathway.score...], Links[i, 7]), col = paste(Links$color[i], "C9", sep = ""), border = FALSE

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不用SQL，也可以实现数据集的合并和连接

数据（集）处理是数据分析过程中的重要环节，今天特别整理数据（集）合并、增减与连接的相关内容，并逐一作出示例。...正文 1 数据合并 1.1 cbind列合并（等长）总结：cbind等行数、按列合并（无序） #等长 #生成测试数据 > ID1 <- c(1:4) > ID2 <- c(2:5) > name...3 3 7 4 4 33 5 A 11 6 B 2 7 C 55 8 D 3 2 数据连接/匹配数据连接主要涉及到merge函数和dplyr包中的...实现内连接、外连接、左连接和右连接 dplyr包中的inner_join、left_join、right_join、full_join语法 inner_join(x, y, by = NULL, copy...其中，通过by控制连接字段，通过dplyr::*_join中的“*”控制连接形式。

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（数据科学学习手札07）R在数据框操作上方法的总结（初级篇）

data.frame()函数来创建数据框，其常用参数如下： ......：数据框的构成向量的变量名，顺序即为生成的数据框列的顺序 row.names：对每一行命名的向量 stringAsFactors：是否将数据框中字符型数据类型转换为因子型，默认为FALSE > a 中，通过内联键合并数据框的函数为merge()，其主要参数如下： by：对两个数据框建立内联的共有列（元素交集部分不能为空集），以此列为依据，返回内联列取交集后剩下的样本行 sort：是否对合并后的数据框以内联列为排序依据进行排序...FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE 可以看出，bbb,aaa,ccc这三种组合方式在数据框中重复多次，因此对这三种方式第二次及以后出现的情况返回...有时候我们会遇到含有缺省值NA的数据框，这时如果直接进行数据框内的运算，因为NA的干扰，最后的结果往往也是NA，好在R对大部分整体数值运算都有参数na.rm来控制，TRUE时会自动跳过含有NA的计算部分

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Day05 生信马拉松-文件的读写

文件的读取1.1 R能读取的文件格式图片1.2 .txt文件的读取常见错误:read.table("ex1.txt"), read.table函数默认header = F,因此会自动加列名"V1","V2..."，会导致所在列数据格式变化正确使用:read.table("ex1.txt",header = T) 发现问题要从函数的帮助文档里找参数解决1.3 .csv文件的读取常见错误:read.csv("ex2....csv"),直接使用read.csv()函数会出现以下错误①列名分隔符"-"被改为"."②第1列默认被添加列名"x"图片正确使用:read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names...= F) 表格文件读入到R中就得到一个data.frame,在R中对data.frame的修改不会同步到表格1.4 读取非工作目录下的文件read.csv("import/gene.csv") import...数据框列中数据缺失图片错误解决方式soft 出现原有确实数据位置的错列图片正确使用:soft2 <- read.table

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R语言学习笔记-Day4

" "cbind.EListRaw" ## [57] "cbind.MAList" "cbind.RGList"...1.1 形式参数与实际参数seq(from=3,to=21,by=3) seq：函数；from,to,by：形式参数，模板，可不出现；3,21,3：实际参数，可改动1.2 写函数的函数示例jimmy 的原理是代数，把参数带入大括号里的代码2 R包（R package...，则需要指定一些参数#read.系列函数参数通用，不同函数间参数默认值不同read.table()默认header=F，若TXT文件存在列名，应改为：read.table("文件名",header =...TRUE)read.csv()设置行名和特殊字符：read.csv("文件名",row.names = 1,check.names = F)规则：数据框不允许重复的行名报错解决方法：1.先不加row.names

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文献配套GitHub发表级别绘图05-仍然是散点图的tSNE图

= 10, theta = 0.0, max_iter = 1000, verbose = F ) 参数解释： data 用于降维的原始数据，其中行代表特征，列代表样本; dims参数设置降维之后的维度...作为计算数据点相似度的参数， perplexity 可以简单理解为对每个点具有的近邻数量的猜测，代表了平衡数据的局部和全局方面之间的程度，对生成的图像有复杂的影响。...运算完成之后，结果保存在tsne这个对象中说明书：https://cran.r-project.org/web/packages/Rtsne/Rtsne.pdf 实际分析： # 由于t-SNE的结果具有随机性...scores cbind(scores, grade = dataGrade$grade) # mapvalues直接对数据的元素进行一一转换 scores$disease check.names = FALSE

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基于CellMiner数据库的基因表达与药敏分析

生信菜鸟的编程开胃菜 CellMiner数据库，主要是通过国家癌症研究所癌症研究中心(NCI)所列出的60种癌细胞为基础而建立的。...colnames(drug)) data <- matrix(as.numeric(as.matrix(drug)),nrow=nrow(drug),dimnames=dimnames) # 考虑到药物敏感性数据中存在部分...其中，impute.knn()函数是一个使用最近邻平均来估算缺少的表达式数据的函数。...为例 fitercor <- lapply(gl, function(g){ index 0.3 & corPval[,g] < 0.05 df cbind...is.null(data)){ #dr <- rownames(data)[1] for(dr in rownames(data)){ df data.frame(exp

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生信技能树数据框data.frame练习1

abb, and are. c) Add a variable to the data frame which should categorize the level of illiteracy: [0,1...Illiteracy, c(0, 1, 2, 3), include.lowest = TRUE, right = FALSE...0,1,2,3四个数将0-3分成了三个区间，include.lowest代表左边的值取不取，right表示右边的值取不取，意思就是数学中的左开右闭/左闭右开区间。最后的labels就是分三级。...写在最后根据我这两天写代码试运行的结果来看，90%的错误会出现在忘记c，引号（''）和逗号（,）这三个上面。...忘记c就是忘记创建向量直接写了元素；忘记引号就是把要写的字符直接打成了变量，而变量本身不存在，所以经常会报错；忘记逗号主要是在数据框取某些行或列，只写了行或列的条件，没写逗号表示出行或列，另外就是在创建数据框的不同列时忘记用逗号分隔

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R语言数据集合并、数据增减、不等长合并

，这样出现的数据很多，相当于a*b条数据； 2、merge函数是匹配到a,b数据集的并，都有的才匹配出来，如果a、b数据集ID不同，要用all=T（下面有all用法的代码）。...c("Sun","Frame","Eric") student2data.frame(ID,name) totalcbind(student1,student2) total merge的all...(b, collapse = ",") #不同向量合并在一起，但是变成一个向量 mode(b) #变量类型 mode(c) 4、cbind和rbind函数 cbind()和rbind...相比来说，其他一些方法要好一些，有dplyr，sqldf中的union 5、sqldf包利用SQL语句来写，进行数据合并，适合数据库熟悉的人，可参考： R语言︱数据库SQL-R连接与SQL语句执行...包中的rbind.fill函数（合并的数据，必须是data.frame），do.call可以用来批量执行。

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