data.frame(...，check.names = FALSE)中出现cbind错误:参数隐含不同的行数: 0，1_data.frame(...，check.names = FALSE)中出现cbind()错误:参数隐含不同的行数。什么意思？_DoHeatmap函数Seurat -数据帧中的错误:参数隐含不同的行数 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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R 数据分析

（2）Rscript xxx.r 这种方式的输出结果直接显示在命令行中，不会生成其他输出文件这种方式可以用commandArgs()函数得到传递的参数但是得到参数的索引由函数的trailingOnly...列连接＃当df_n的行数和df的行数一样时 > data.frame(one=c(9,8,7,6)) one 1 9 2 8 3 7 4 6 > cbind(df,df3)...df时，会失败 > df4=data.frame(one=c(9,8,7,6,12)) > cbind(df,df4) Error in data.frame(..., check.names = FALSE...) : 参数值意味着不同的行数: 4, 5 虽然df_n的行数小于df，但df不是df_n行数的整数倍时，也会失败 > cbind(df,data.frame(one=c(5,2,3),two=c...(12),three=c(9))) Error in data.frame(..., check.names = FALSE) : 参数值意味着不同的行数: 4, 3 rbind 行连接 > rbind

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R语言数据结构(三)数据框

数据结构是指在计算机中存储和组织数据的方式，不同的数据结构有不同的特点和适用场景。R语言中的常用数据结构，包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。...数据框中的每个向量可以是不同的类型，但同一列的元素必须是相同的类型。创建数据框创建数据框的一种常用方法是使用data.frame()函数，它可以将多个向量组合成一个数据框。...data.frame()函数的参数有： ...: 这些参数可以采用value或tag = value的形式。组件名称将基于tag（如果存在）或被解析的参数本身。...即使check.names为FALSE，如果要保留""作为名称，也需要将此参数设置为FALSE。 stringsAsFactors: 逻辑值，指定是否将字符向量转换为因子向量。...()函数来按行或列合并数据框，参数是两个或多个数据框，它们必须有相同的列数或行数。

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R语言数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

，data.frame数据框允许不同列不同的数据类型，但同一列只允许一种数据类型*数据框中括号内行在列前df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4),...，除非导出**分隔符包括空格，逗号，制表符（tab）,csv是一个逗号分隔的纯文本文件，它的后缀没有意义，也有可能实际上是一个制表符分割的tsv改变文件名而来的，此时用csv打开会报错，该知识点用于防止部分代码中错误应用...ex2 <- read.csv("ex2.csv") #读入该文件后会发现原文件第一列被错误当作数据而非行名，且列名的.变成了-，R语言将列名的特殊字符-转化了，该编号可能与其他数据中编号无法匹配，ex2...soft2 <- read.table("soft.txt",header = T,sep = "\t")#read.delim也可以读取txt且不容易出现报错#4.soft 的行数列数与列名dim(soft...= ls())load(file = "soft.Rdata") #使Rdata中的向量出现在环境内，本身有名称，无需赋值矩阵和列表矩阵矩阵内所有元素数据类型必须相同*警惕因数据类型不同导致矩阵强制转换引起报错

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生信技能树 R语言入门第一周总结

每一列的所有数据只有一种数据类型，不同列的数据类型可不相同。...，by.x和by.y两个形式参数定义根据哪一列进行合并。...areaSource=&traceId=五、%in%1、%in%和==的区别：==是将X中的每个元素和y中的每个元素一对一比较，%in%是将x中的每一个元素分别和y中的所有元素全部比较> x=c(1,3,5,1.../表示R.project的上一级菜单ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F)row.names=1表示使用第一列为行名，需注意行名中不能出现重复...：忘记c、逗号（,）和引号（''）根据我这两天写代码试运行的结果来看，90%的错误会出现在忘记c，引号（''）和逗号（,）这三个上面。

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 04 文件的读写与认知

# check.names= 表示检查看列名是否存在特殊符号，F表示保持原文件的符号 #注意：数据框不允许重复的行名 rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1) rod...，出现报错图片 soft <- read.table("soft.txt",header = T,fill = T) #其实不对，会把部分第五列的数据删除掉图片 soft2 <- read.table...函数图片 #4.soft 的行数列数是多少？...ex1,file = "xerror.csv") #save文件用来保存Rdata 文件 a <- read.csv("xerror.csv") load("xerror.csv") 图片将一个项目的不同结果数据存在不同的文件夹...图片将一个项目的不同部分分别存在不同的文件夹图片图片图片 # data.table包中的fread函数 soft = data.table::fread("soft.txt",data.table

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R语言基础教程——第3章：数据结构——数据框

数据框由于不同的列可以包含不同模式（数值型、字符型等）的数据，数据框的概念较矩阵来说更为一般。它与你通常在SAS、SPSS和Stata中看到的数据集类似。数据框将是你在R中最常处理的数据结构。...data.frame(data, row.names = NULL, check.rows = FALSE, check.names = TRUE, fix.empty.names...基于标记(如果存在)或离开的参数本身创建组件名称。row.names参数为NULL或单个整数或字符串，指定要用作行名称的列，或给出数据框行名称的字符或整数向量。...check.rows如果为真，则检查行长度和名称的一致性。check.names 如果为真，则检查数据框中变量的名称，以确保它们是语法上有效的变量名称，并且不重复。...“factory-fresh”默认值为TRUE，但是可以通过设置选项来更改(stringsAsFactors = FALSE)。 1 数据框的创建使用data.frame函数就可以初始化一个数据框。

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【画图】与COVID-19SARS-CoV-22019-nCoV病毒结合ACE2基因的表达在人肺组织中与那些基因表达相关？

上次教程已经给大家演示了，GTEx数据库有人各组织中基因表达谱数据，下载整理这个数据可以绘制出ACE2受体在人体组织中的表达量情况以及可能的功能有哪些。...【画图】冠状病毒结合的宿主细胞受体ACE2在人组织中的表达情况【画图】ACE2在TCGA肺癌数据的表达情况（请不要过度解读这个图的结果！）...啰嗦几句+致谢今天要画的图中结果可以看到一些lncRNA的表达与ACE2在肺组织中的正相关的那么课题就来了，至于没写国自然的小伙伴，这个干货可要抓住了！...获得人肺组织表达谱数据批量并行计算 lungTMP<-read.csv("Lung.csv",header = T,check.names = F,row.names = 1) pathway.score...], Links[i, 7]), col = paste(Links$color[i], "C9", sep = ""), border = FALSE

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【画图】与SARS-CoV-2病毒结合ACE2基因表达正相关的LncRNA有哪些？

上次教程已经给大家演示了，GTEx数据库有人各组织中基因表达谱数据，下载整理这个数据可以绘制出ACE2受体在人体组织中的表达量情况以及可能的功能有哪些。...【画图】冠状病毒结合的宿主细胞受体ACE2在人组织中的表达情况【画图】ACE2在TCGA肺癌数据的表达情况（请不要过度解读这个图的结果！）...啰嗦几句+致谢今天要画的图中结果可以看到一些lncRNA的表达与ACE2在肺组织中的正相关的那么课题就来了，至于没写国自然的小伙伴，这个干货可要抓住了！...获得人肺组织表达谱数据批量并行计算 lungTMP<-read.csv("Lung.csv",header = T,check.names = F,row.names = 1) pathway.score...], Links[i, 7]), col = paste(Links$color[i], "C9", sep = ""), border = FALSE

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R语言数据（集）合并与连接匹配 | 专题2

数据（集）处理是数据分析过程中的重要环节，今天特别整理数据（集）合并、增减与连接的相关内容，并逐一作出示例。...正文 1 数据合并 1.1 cbind列合并（等长）总结：cbind等行数、按列合并（无序） #等长 #生成测试数据 > ID1 <- c(1:4) > ID2 <- c(2:5) > name...3 3 7 4 4 33 5 A 11 6 B 2 7 C 55 8 D 3 2 数据连接/匹配数据连接主要涉及到merge函数和dplyr包中的...实现内连接、外连接、左连接和右连接 dplyr包中的inner_join、left_join、right_join、full_join语法 inner_join(x, y, by = NULL, copy...其中，通过by控制连接字段，通过dplyr::*_join中的“*”控制连接形式。

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文献配套GitHub发表级别绘图之本质上是散点图的PCA图

首先利用线性变换，将数据变换到一个新的坐标系统中；然后再利用降维的思想，使得任何数据投影的第一大方差在第一个坐标(称为第一主成分)上，第二大方差在第二个坐标(第二主成分)上。...其实，关键是减少数据集的维数，同时还保持数据集贡献最大的特征，最终使数据直观呈现在二维坐标系。（===图===） PCA图一般是在分析前期用来探索不同样本间的关系。...= FALSE, row.names = 1) # 已经是挑选好了基因，并且转置的表达矩阵，适合做PCA分析 data[1:4,1:4] # 将data$Grade信息提取出来做矩阵 dataGrade...<- data.frame(row.names = rownames(data), grade = data$Grade) head(dataGrade) # 删除Grade的信息，留下基因表达量 data...= element_line(colour = 'black'),# 轴刻度线 plot.title = element_text(hjust = 0.5), # 标题 hjust介于0,1

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【画图】如何批量展现基因表达相关性？

上次教程已经给大家演示了，GTEx数据库有人各组织中基因表达谱数据，下载整理这个数据可以绘制出ACE2受体在人体组织中的表达量情况以及可能的功能有哪些。...【画图】冠状病毒结合的宿主细胞受体ACE2在人组织中的表达情况【画图】ACE2在TCGA肺癌数据的表达情况（请不要过度解读这个图的结果！）...啰嗦几句+致谢今天要画的图中结果可以看到一些lncRNA的表达与ACE2在肺组织中的正相关的那么课题就来了，至于没写国自然的小伙伴，这个干货可要抓住了！...获得人肺组织表达谱数据批量并行计算 lungTMP<-read.csv("Lung.csv",header = T,check.names = F,row.names = 1) pathway.score...], Links[i, 7]), col = paste(Links$color[i], "C9", sep = ""), border = FALSE

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不用SQL，也可以实现数据集的合并和连接

数据（集）处理是数据分析过程中的重要环节，今天特别整理数据（集）合并、增减与连接的相关内容，并逐一作出示例。...正文 1 数据合并 1.1 cbind列合并（等长）总结：cbind等行数、按列合并（无序） #等长 #生成测试数据 > ID1 <- c(1:4) > ID2 <- c(2:5) > name...3 3 7 4 4 33 5 A 11 6 B 2 7 C 55 8 D 3 2 数据连接/匹配数据连接主要涉及到merge函数和dplyr包中的...实现内连接、外连接、左连接和右连接 dplyr包中的inner_join、left_join、right_join、full_join语法 inner_join(x, y, by = NULL, copy...其中，通过by控制连接字段，通过dplyr::*_join中的“*”控制连接形式。

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（数据科学学习手札07）R在数据框操作上方法的总结（初级篇）

data.frame()函数来创建数据框，其常用参数如下： ......：数据框的构成向量的变量名，顺序即为生成的数据框列的顺序 row.names：对每一行命名的向量 stringAsFactors：是否将数据框中字符型数据类型转换为因子型，默认为FALSE > a <-...在R中，通过内联键合并数据框的函数为merge()，其主要参数如下： by：对两个数据框建立内联的共有列（元素交集部分不能为空集），以此列为依据，返回内联列取交集后剩下的样本行 sort：是否对合并后的数据框以内联列为排序依据进行排序...FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE 可以看出，bbb,aaa,ccc这三种组合方式在数据框中重复多次，因此对这三种方式第二次及以后出现的情况返回...有时候我们会遇到含有缺省值NA的数据框，这时如果直接进行数据框内的运算，因为NA的干扰，最后的结果往往也是NA，好在R对大部分整体数值运算都有参数na.rm来控制，TRUE时会自动跳过含有NA的计算部分

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Day05 生信马拉松-文件的读写

文件的读取1.1 R能读取的文件格式图片1.2 .txt文件的读取常见错误:read.table("ex1.txt"), read.table函数默认header = F,因此会自动加列名"V1","V2..."，会导致所在列数据格式变化正确使用:read.table("ex1.txt",header = T) 发现问题要从函数的帮助文档里找参数解决1.3 .csv文件的读取常见错误:read.csv("ex2....csv"),直接使用read.csv()函数会出现以下错误①列名分隔符"-"被改为"."②第1列默认被添加列名"x"图片正确使用:read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names...= F) 表格文件读入到R中就得到一个data.frame,在R中对data.frame的修改不会同步到表格1.4 读取非工作目录下的文件read.csv("import/gene.csv") import...数据框列中数据缺失图片错误解决方式soft <- read.table("soft.txt",header = T,fill = T),会出现原有确实数据位置的错列图片正确使用:soft2 <- read.table

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文献配套GitHub发表级别绘图05-仍然是散点图的tSNE图

= 10, theta = 0.0, max_iter = 1000, verbose = F ) 参数解释： data 用于降维的原始数据，其中行代表特征，列代表样本; dims参数设置降维之后的维度...作为计算数据点相似度的参数， perplexity 可以简单理解为对每个点具有的近邻数量的猜测，代表了平衡数据的局部和全局方面之间的程度，对生成的图像有复杂的影响。...运算完成之后，结果保存在tsne这个对象中说明书：https://cran.r-project.org/web/packages/Rtsne/Rtsne.pdf 实际分析： # 由于t-SNE的结果具有随机性...scores <- cbind(scores, grade = dataGrade$grade) # mapvalues直接对数据的元素进行一一转换 scores$disease <- mapvalues.../results/Figure 2D tSNE projection.txt', header = TRUE, sep = '\t', row.names = 1, check.names = FALSE

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R语言数据集合并、数据增减、不等长合并

，这样出现的数据很多，相当于a*b条数据； 2、merge函数是匹配到a,b数据集的并，都有的才匹配出来，如果a、b数据集ID不同，要用all=T（下面有all用法的代码）。...c("Sun","Frame","Eric") student2<-data.frame(ID,name) total<-cbind(student1,student2) total merge的all...(b, collapse = ",") #不同向量合并在一起，但是变成一个向量 mode(b) #变量类型 mode(c) 4、cbind和rbind函数 cbind()和rbind...相比来说，其他一些方法要好一些，有dplyr，sqldf中的union 5、sqldf包利用SQL语句来写，进行数据合并，适合数据库熟悉的人，可参考： R语言︱数据库SQL-R连接与SQL语句执行...包中的rbind.fill函数（合并的数据，必须是data.frame），do.call可以用来批量执行。

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基于CellMiner数据库的基因表达与药敏分析

生信菜鸟的编程开胃菜 CellMiner数据库，主要是通过国家癌症研究所癌症研究中心(NCI)所列出的60种癌细胞为基础而建立的。...colnames(drug)) data <- matrix(as.numeric(as.matrix(drug)),nrow=nrow(drug),dimnames=dimnames) # 考虑到药物敏感性数据中存在部分...其中，impute.knn()函数是一个使用最近邻平均来估算缺少的表达式数据的函数。...为例 fitercor <- lapply(gl, function(g){ index 0.3 & corPval[,g] < 0.05 df <- cbind...is.null(data)){ #dr <- rownames(data)[1] for(dr in rownames(data)){ df <- data.frame(exp

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生信技能树数据框data.frame练习1

abb, and are. c) Add a variable to the data frame which should categorize the level of illiteracy: [0,1...Illiteracy, c(0, 1, 2, 3), include.lowest = TRUE, right = FALSE...0,1,2,3四个数将0-3分成了三个区间，include.lowest代表左边的值取不取，right表示右边的值取不取，意思就是数学中的左开右闭/左闭右开区间。最后的labels就是分三级。...写在最后根据我这两天写代码试运行的结果来看，90%的错误会出现在忘记c，引号（''）和逗号（,）这三个上面。...忘记c就是忘记创建向量直接写了元素；忘记引号就是把要写的字符直接打成了变量，而变量本身不存在，所以经常会报错；忘记逗号主要是在数据框取某些行或列，只写了行或列的条件，没写逗号表示出行或列，另外就是在创建数据框的不同列时忘记用逗号分隔

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快速掌握R语言中类SQL数据库操作技巧

例如：合并来源不同，结构相似的两个表格 3.1 向量合并 #一维向量合并直接将要合并的变量以","分割放到c()中即可。...列合并（等长）总结：cbind等行数、按列合并（无序） #生成测试数据 > ID1 <- c(1:4) > ID2 <- c(2:5) > name<-c("A","B","C","D") > score...c 1 1 B -0.3041839 3 NA B NA 4 2 B NA 4.2 数据增减常见如以下不同方法 #方法一：减行数或列数 x=x[,-1] #代表删除...计数计数，是统计同一个值出现的次数。...去重与找重去重，是把向量中重复的元素过滤掉。找重，是把向量中重复的元素找出来。

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R语言数据处理——数据合并与追加

具体参数解释如下： ?...#以上两个数据集有相同的列名（ID）时，by参数可以省略（by="ID"）以上两个数据集中，authors和books中有相同属性的主字段（surname&name）但是主字段名称不同，这里需要给merge...(x, y, by = NULL, type = "left", match = "all") 当两个数据集主字段有相同名称时，by参数可以省略（by="name"）,当名称不同时，需指定左右两个数据集匹配的主字段名称...#(1)inner_join(x, y) ：只包含同时出现在x,y表中的行 data1<-inner_join(x,y,by=c("Name"="name")) #(2)left_join(x, y)...如果有点R语言基础的同学，强烈建议将这些操作放在R中操作，数据导入导出、长宽转换、横纵合并，只需修改一下代码路径、参数分分钟搞定。

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