data.table R中的子集ID和日期_R中的起始日期子集_特定月份和日期的r中的子集dataframe - 腾讯云开发者社区

参考文章http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/342计算FPKM值，发现计算完每个基因下所有外显子的总长度后，记录的都是ENSEMBL gene id，而我需要的是...奇怪的是GenomicFeatures既然把GTF文件读取进去了还抽取基因id了，但它就是不提供抽gene symbol的功能。...最后还是自己动手，完成了6万个gene feature的转换。整个提取操作包装为函数了，输入可以是文件名或已经导入的gtf文件数据框（最好还是文件吧）。由data.table包支持，速度杠杠的！...message("Treat input as file") input = data.table::fread(input, header = FALSE) } else { data.table....*" gene_id = sub(pattern_id, "\\1", input[[9]]) gene_name = sub(pattern_name, "\\1", input[[9

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R语言︱数据集分组、筛选(plit – apply – combine模式、dplyr、data.table)

一、日期分组 1、关于时间的包都有很多很好的日期分组应用。...介绍一种按照日期范围——例如按照周、月、季度或者年——对其进行分组的超简便处理方式：R语言的cut()函数。...(iris$setosa)] #按照照setosa的大小，重排Sepal.Length数据列四、dplyr与data.table data.table可是比dplyr以及python中的...（参考来源：R高效数据处理包dplyr和data.table，你选哪个？） ?...data.table包提供了一个非常简洁的通用格式：DT[i,j,by]，可以理解为：对于数据集DT，选取子集行i,通过by分组计算j。

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SQL 中的日期和时间类型

date：日历日期，包括年（四位），月和日。 time: 一天中的时间，包括小时，分和秒。可以用变量time(p)来表示秒的小数点后的数字位数（默认是0）。 ...如果指定with timezone，则时区信息也会被存储日期和时间类型的值可按如下方式说明： date：‘2018-01-17’ time：‘10:14:00’ timestamp：‘2018-01-...17 10:14:00.45’ 日期类型必须按照如上年月日的格式顺序指定。...time和timestamp的秒部分可能会有小数部分。...我们可以利用cast e as t形式的表达式来讲一个字符串（或字符串表达式）e转换成类型t，其中t是date，time，timestamp中的一种。字符串必须符合正确的格式，像本段开头说的那样。

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Java中的时间和日期处理

一、日期处理旧版本 Date 在Java 1.0中，对日期和时间的支持只能依赖java.util.Date类。它在易用性上许多问题，下面就谈谈这个类的缺点。缺点一：易用性较差。...Java 8 日期和时间：LocalDate和LocalTime LocalDate类的实例是一个不可变对象，它只提供了简单的日期，并不含当天的时间信息。另外，它也不附带任何与时区相关的信息。...中的日期和时间的种类都不包含时区信息。...时区的处理是新版日期和时间API新增加的重要功能，使用新版日期和时间API时区的处理被极大地简化了。跟其他日期和时间类一样，ZoneId类也是无法修改的。...每个特定的ZoneId对象都由一个地区ID标识，比如: ZoneId romeZone = ZoneId.of("Europe/Rome"); 地区ID都为“{区域}/{城市}”的格式，这些地区集合的设定都由英特网编号分配机构

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pands中的日期和时间操作

pandas中提供了以下4种类型的日期和时间操作方法 ?...其中，Date Time用于表示某个具体的时间点，Time spans用于生成时间间隔相同的时间序列；Time deltas表示时间间隔，Date offsets则表示日期间隔，这二者的作用都是用于时间运算...Date times Date times类似内置模块datetime, 提供了带时区的日期时间，也称为为时间戳。...Date offsets Date offsets的作用和Time delta类似，只不过一个是时间的间隔，一个是日期的间隔，基本方法如下 >>> pd.DateOffset(1) >> pd.Timestamp('2020-07-01') + pd.Timedelta('1 day') Timestamp('2020-07-02 00:00:00') 以上就是pandas中时间和日期操作的

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「R」数据操作（三）：高效的data.table

接「R」数据操作（一）和「R」数据操作（二）使用data.table包操作数据 data.table包提供了一个加强版的data.frame，它运行效率极高，而且能够处理适合内存的大数据集，它使用[]...例如使用id和date定位toy_tests中的记录： setkey(toy_tests, id, date) 现在提供key中的两个元素就可以获取记录了 toy_tests[....下面的例子中，首先使用通用键id将product_info和product_tests连接起来，然后筛选已发布的产品，再按type和class进行分组，最后计算每组的quality和durability...，并且原始数据和子集都是data.table。...然后在每个子集data.table的语义中计算j表达式。

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R 和 RStudio 的安装及 R Profile 的配置 & 爬取 CRAN 上的所有 R 包的名称、发布日期和标题

，事实上只要用 3.0.0 之后的版本都差距不是很大。我的电脑上的 R 的版本是 R version 3.6.2 (2019-12-12)。...安装常用的一些 R 包可以运行下面的几句命令快速的安装一些 R 包： # 安装 devtools install.packages("devtools") # tidyverse 系列的 R 包 install.packages...# 这是设定 R 的基础绘图系统的绘图主题 basetheme::basetheme("brutal") Mac 系统参考： # 把日期环境设置成英文 suppressMessages(suppressWarnings...一个小的练习：爬取 CRAN 上的所有 R 包的名称、发布日期和标题可以爬清华镜像源的列表：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/web/packages.../available_packages_by_date.html 显然，这是个表格，很容易爬取： library(rvest) library(tidyverse) # lubridate 是处理日期的一个

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了解 HTML 中 ID 和类之间的区别。

每当我们决定学习新事物时，我们都会面临各种各样的困难。理解我们想要学习的概念是很重要的。今天，我们将学习两个在成为程序员或开发人员时每天都会遇到的常用概念。那就是 ID 和 CLASS 的概念。...对它们的理解和获取护照一样重要，如果您希望出国旅行的话。首先，什么是 ID？用简单的英语来说，ID 代表身份证件。每个人都有某种身份，可以被识别。...在上面解释的身份证明文件类比中，当两个或更多人拥有完全相同的身份名称、文件号、出生日期等时，这意味着某些地方出现了问题，需要重新检查和更正。编程世界中也是同样的概念。...对于 Class 来说，不同的人可以拥有完全相同的特征，比如姓名、号码、出生日期等，一切仍然都会很好。用我自己的话来描述，我会将类描述为松散和灵活的。它们不在乎具体性。...看一下当您编写代码时，类和 ID 是如何在 HTML 中写入的示例。

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R语言数据分析利器data.table包 —— 数据框结构处理精讲

将一个R对象转化为data.table，R可以时矢量，列表，data.frame等，keep.rownames决定是否保留行名或者列表名，默认FALSE,如果TRUE,将行名存在"rn"行中，keep.rownames...="id",行名保存在"id"行中。...比如此例取出DT 中 X 列为"a"的行，和"a"进行merge。on参数的第一列必须是DT的第一列 DT[....n列，.N（总列数，直接在j输入.N取最后一列）,:=（直接在data.table上添加列，没有copy过程，所以快，有需要的话注意备份），.SD输出子集，.SD[n]输出子集的第n列，DT[,....，采取data.table的链接符合表达式 DT[v>1, sum(y), by=v] #对v列进行分组后,取各组中v>1的行出来，各组分别对定义的行中的y求和 DT[, .N, by=x] #用

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PHP中的日期和时间处理函数详解

在 Web 开发中，处理日期和时间是一个常见的任务。...PHP 提供了一系列强大的日期和时间处理函数，例如strtotime、date和DateTimeImmutable::createFromFormat等。...这些函数使得在不同的时间格式之间进行转换，进行日期和时间计算以及格式化输出变得更加便捷。本文将深入探讨这三个函数的用法和优势。...函数会尝试根据传入的字符串进行合理的日期时间转换，方便进行时间的计算和比较。...日期和时间处理是一个常见但复杂的任务。

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「r」dplyr 里的 join 与 base 里的 merge 存在差异

今天在使用连接操作时发现：虽然都是合并操作函数，dplyr 包里的 *_join() 和基础包里面的 merge() 存在差异，不同的数据结构，结果也会存在偏差。...r4 r1 r3 r2 #> 1 S1 S2 S2 S1 S1 #> 2 S2 S1 S1 S2 S2 看起来似乎有点不可理喻，但实际上上面我构造的数据集是有点特别的：前 2 个子集和第 3 个子集是没有可以连接的列的...本质上是 data.table 体格的泛型函数不支持类似基础包中的操作。如何编写代码支持对上述数据集的连接操作？...：构造两个集合 to_join 和 be_join，to_join 初始化为数据集的第一个子集，而 be_join 为其他子集。...如果 be_join 不为空，进行如下的循环：如果存在，则将这个子集和 to_join 按共同列合并如果不存在，使用循环位移一位，将当前 be_join 的第 2 个子集移动为第 1 个。

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R语言ggtree：将进化树中的序列id改成物种名称

通常我们会使用比对好的fasta文件构建进化树，fasta文件中大于号后的内容就是最终进化树上的文字标签。如果拿到进化树文件后你想替换掉其中的一些内容，那该怎么办呢？...本篇推文介绍一下使用R语言的ggtree包实现这个目的这个问题是来源于公众号的一位读者的提问 ?...大家可以关注我的公众号小明的数据分析笔记本留言相关问题，如果我恰巧会的话，我会抽出时间介绍对应的解决办法首先你已经有了构建好的进化树文件 (Synergus:0.1976902387,(((((Periclistus...image.png 第一列x就是进化树中原本的序列名称第二列y是想要替换成的id名称读入进化树文件 library(treeio) tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile...image.png 把这个新的进化树写出到文件里 write.tree(tree1@phylo,file = "pra.nwk") 这样就达成目的了这里导出的进化树文件没有了最初的支持率的信息，我们再通过一行代码给他加上就好了

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「R」获取R包中的函数和对象列表

方案在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...移除包含箭头 <- 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version

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R︱高效数据操作——data.table包（实战心得、dplyr对比、key灵活用法、数据合并）

（参考来源：R高效数据处理包dplyr和data.table，你选哪个？） ?...data.table包提供了一个非常简洁的通用格式：DT[i,j,by]，可以理解为：对于数据集DT，选取子集行i,通过by分组计算j。...(ID)] 三种数据筛选的方式，dplyr包、base基础包、data.table包。其中，dplyr是select语句，data.table中要注意.()的表达方式。...data.table中，还有一个比较特立独行的函数：使用:=引用来添加或更新一列（参考：R语言data.table速查手册） DT[, c("V1","V2") := list(round(exp(V1...参考文献：些许案例，代码参考自以下博客，感谢你们的辛勤： 1、R语言data.table简介 2、超高性能数据处理包data.table 3、R语言data.table速查手册 4、R高效数据处理包

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R中的stack和unstack函数

我们用R做数据处理的时候，经常要对数据的格式进行变换。例如将数据框（dataframe）转换成列表（list），或者反过来将列表转换成数据框。...那么今天小编就给大家介绍一对R函数来实现这样的功能。这一对函数就叫做stack和unstack。从字面意思上来看就是堆叠和去堆叠，就像下面这张图展示的这样。...那么R里面这两个函数具体可以实现什么样的功能呢？下面这张图可以帮助大家来理解。unstack就是根据数据框的第二列的分组信息，将第一列的数据划分到各个组，是一个去堆叠的过程。...一、unstack 下面我们来看几个具体的例子例如现在我们手上有一个数据框，里面的数据来自PlantGrowth 我们可以先看看PlantGrowth 中的内容，第一列是重量，第二列是不同的处理方式...df = PlantGrowth unstacked_df = unstack(df) unstacked_df 结果如下，因为这里ctrl，trt1和trt2中的样本刚好都是10个，所以这里结果看上去还像是一个数据框

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R中的grep和grepl函数

在日常数据分析的过程中，我们经常需要在一个字符串或者字符串向量中查找是否包含我们要找的东西，或者向量中那几个元素包含我们要查找的内容。...这个时候我们会用到R中最常用的两个函数，grep和grepl。...其实grep这个函数也并非是R所特有的，在linux中模式匹配也用grep这个函数，前面我就给大家简单介绍过☞Linux xargs grep zgrep命令。...我们先来看看grep和grepl这两个函数的用法。这两个函数最大的区别在于grep返回找到的位置，grepl返回是否包含要查找的内容。接下来我们结合具体的例子来讲解。...☞讨论学习R的grepl函数参考资料： ☞Linux xargs grep zgrep命令 ☞讨论学习R的grepl函数

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Net和T-sql中的日期函数操作

net中的日期函数代码：代码数据库的日期函数：函数参数/功能 GetDate( ) 返回系统目前的日期与时间 DateDiff (interval,date1,date2) 以interval...指定的方式，返回date2 与date1两个日期之间的差值 date2-date1 DateAdd (interval,number,date) 以interval指定的方式，加上number之后的日期...DatePart (interval,date) 返回日期date中，interval指定部分所对应的整数值 DateName (interval,date) 返回日期date中，interval指定部分所对应的字符串名称...参数 interval的设定值如下：值缩写（Sql Server） (Access 和 ASP) 说明 Year Yy yyyy 年 1753 ~ 9999 Quarter Qq q 季...1 ~ 4 Month Mm m 月1 ~ 12 Day of year Dy y 一年的日数,一年中的第几日 1-366 Day Dd d 日，1-31 Weekday Dw w 一周的日数，一周中的第几日

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一行代码对日期插值

在分析时，我们为了获得完整的时间序列就需要“插入”那些丢失的日期。举一个例子： ? 这个数据集中有5行观测，2组分类（id等于1和2）。...我们看到每个id对应的date都是有缺失的，例如从2001-01-09直接跳到了2001-01-12，当中少了10号和11号。如何只用一行代码就高效优美地把这些缺失的日期补上呢？...在merge的过程中，我们指定id和date变量必须匹配，也即on = .(id, date)语句的作用： # 把CJ函数merge回原始数据集 dt[CJ, on = ....例如，在我们的样例数据集sample中，id=1的观测对应的日期最小值的为01-08，最大值为01-14，而我们希望填充这两个日期“之间”的所有值。...思路和情况1类似，我们先构造CJ数据集，只不过在这里我们seq函数的起讫点不再是固定值，而是每个id对应日期的最大值与最小值： # 建立完整的日期序列 # 注意min和max函数的作用 CJ <- dt

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PHP中Session ID的实现原理分析和实例解析

session 的工作机制：为每个访问者创建一个唯一的 id (UID)，并基于这个 UID 来存储变量。UID 存储在 cookie 中，亦或通过 URL 进行传导。...+ 当前时间（微妙）+ PHP自带的随机数生产器) 从以上hash_func(*)中的数据采样值的内容分析，多个用户在同一台服务器时所生产的PHPSESSIONID重复的概率极低。...生成的session文件名规则即为sess_PHPSESSID，session文件存在session.save_path中。）...rand(100,999); var_dump($_SESSION); Session实例问题现有系统A，B; 假设A系统是可以独立运行的web系统，即可以和浏览器直接处理session， B系统是基于...cookie中，首先session是一个只要活动就不会过期的东西，只要开启cookie，每一次会话，session_id都不会改变，我们可以根据session_id来判断用户是否是正常登陆，防止用户伪造

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Android查缺补漏（View篇）--布局文件中的“@+id”和“@id”有什么区别？

Android布局文件中的“@+id”和“@id”有什么区别？..."@+id/myview" android:layout_below="@id/btn_handle_myview" .../> 但需要注意的是在布局文件中，被引用的id...解决方法：方法一：将引用id的位置改成+id，意思也就是说先将此id新增到工程的R文件中，如下： <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?...因为此时R文件中已经有btn_handle_myview这个id，所以在为Button指定id时直接用"@id/btn_handle_myview"即使不带“+”号也不会报错。...方法二：将引用id的代码放在+id的下面位置，如下： <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?

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