decorana(df)中出错:社区矩阵中的所有行和必须大于0，删除空站点。素食中的DCA
decorana(df)中出错:社区矩阵中的所有行和必须大于0，删除空站点。素食中的DCA
根据提供的问答内容，我们可以将其拆分为两部分进行回答。
- decorana(df)中出错:社区矩阵中的所有行和必须大于0，删除空站点。
这个问题涉及到decorana函数和社区矩阵的操作。根据错误提示，社区矩阵中的所有行和必须大于0，否则会出错。解决方法是删除空站点。
decorana是一种用于进行多元数据的非参数排序和聚类分析的方法。它可以用于研究物种组成、环境因子和样本之间的关系。在这个问题中，decorana(df)表示对数据框df应用decorana方法。
社区矩阵是在生态学中常用的一种数据结构，用于描述物种在不同样本或站点中的存在情况。社区矩阵中的行表示不同的物种，列表示不同的样本或站点。社区矩阵中的元素可以表示物种的存在与否、物种的数量等信息。
根据错误提示，社区矩阵中的所有行和必须大于0，这意味着社区矩阵中的每一行的和都必须大于0，否则会出错。如果存在某些行的和为0，说明这些行对应的物种在所有样本或站点中都不存在，可以将这些空站点删除。
- 素食中的DCA
在这个问题中，"素食中的DCA"是一个名词短语，可能是指某种与素食相关的概念或方法中的DCA。然而，根据提供的信息，无法确定"DCA"具体指的是什么。
如果"DCA"是某种特定的概念或方法，可以提供更多的背景信息，以便给出更准确的答案。
总结：根据提供的问答内容，我们可以回答decorana(df)中出错的原因是社区矩阵中的所有行和必须大于0，解决方法是删除空站点。然而，关于"素食中的DCA"的具体含义和解释，需要提供更多的背景信息才能给出答案。
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> df
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Site_code Species_code Abundance
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当我运行decorana函数时，它会返回此信息。
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matrix (1)
A B C D Group
1 5 1 6 1 1
2 4 4 5 8 2
3 1 4 3 4 1
4 0 2 7 5 3
5 8 4 3 1 3
m
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rollapply + specnumber =长度不同的采样间隔上的物种丰富度？
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Data <- data.frame(
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比较共现矩阵
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我不确定最好的表达方式，也许我的目标比我试图实现的要容易得多。我正在尝试比较两个共现矩阵(MatA和MatB)，它们以站点为行，以物种出现在每个站点为列，1=present和0=absent。以下是一些较小的伪装数据： >MatA
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Site1 0 0 1 1
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Site3
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scipy hierarchy.linkage和Bray-Curtis距离不一致
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我想使用这个距离矩阵来生成一个树状图，显示样本站点是如何聚集在一起的。我使用scipy的hierachy.linkage函数来查找树状图的链接，然后用hierarchy.dendrogram绘制。
下面是我的代码：
from skbio.diversity.beta import pw_distances
from scipy.cluster import hierarc
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食物网中的营养位置/高度(遵循网络中的路径)
r、social-networking
作为我正在开发的包的演示的一部分，我需要量化一个经典的生态食物网络，如下所述。我已经检查了素食，两部分和sna，但没有看到任何我需要的东西，尽管我可能是错的-这些都是大包。因此，我想知道这个想法是否已经存在，或者是否有人有一个聪明的方法来计算结果。看起来它应该是一个包裹。
食物网可以由物种A:F之间的相互作用矩阵来描述，如代码和图表所示。换句话说，有人会说"A吃B，B吃E“等等(在矩阵中很难看到，在图中是微不足道的)。
species <- LETTERS[1:6]
links <- c(0, 1, 0, 0, 0, 0,
1, 0, 1, 1, 1, 0,
浏览 0提问于2011-10-07得票数 6
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我已经搜索了与我所询问的主题相关的主题，但我无法找到问题的解决方案。
我所要做的就是将我的数据读入DCA的r。我的代码如下，错误消息如下：
> mydata <- read.table(file="file:///D:/Projects/Late Cretaceous/R Stuff/R Read In_Planktics.txt", header=TRUE,row.names=1, sep=",")
> mydata.ra <- decorana(mydata, ira=1)
Error in decorana(mydata, ira
浏览 0提问于2017-11-10得票数 0
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使用R中的哪个函数从数据集中移除异常值
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我有一个包含多个物种的数据集，每个物种都有多个个体。列格式如下：
S Ind X Y
A 1 ax1 ay1
A 2 ax2 ay2
B 1 bx1 by1
我想为每个物种绘制一个x-y图，去掉X和Y列中的任何异常值。
`outliers<- boxplot(df$X plot=F)$out`
从2列中识别出我的异常值。我还应用了一个for循环，它为每个物种计算这个值。将它们从我正在使用的数据集中删除
df2<- df[-which(df$X %in% outliers),]
当没有发现异常值或由于低样本大小而无法
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R中按处理组和地点划分的多样性指数
r、plyr、vegan
我正在尝试使用素食者的diversity()函数来计算R中的逆辛普森多样性指数。我想为每个实验性的治疗计算这个指数。
我的数据看起来有点像这样，其中species是物种x站点列联表，env是处理因子x站点表：
spe <- read.table(header=TRUE, text="
S1 S2 S3 S4
0 1 2 1
0 1 1 0
1 0 0 3
0 1 0 1
1 2 1 0
")
env <- read.table(head
浏览 1提问于2017-06-06得票数 3
3回答
我有一个包含3064行和27列的矩阵，其中包含-0.5和2.0之间的值。我希望提取至少有一次值为>=0.5的每一行。作为回答，我想要整行在它的原矩阵形式。
假设m是我的矩阵，我试过：
m[m[1:190,1:16]>0.5,1:16]
由于这个命令不接受190行以上的进程，所以我选择了190行，但不知怎么出错了，因为它给了我值也小于0.5的行。
是否可以编写任何可用于整个矩阵的函数？
浏览 2提问于2015-03-13得票数 0
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我有以下DF (示例数据，我的实际数据集是96列)：
class X1A X1B X2A X2B X3A X3B X4A X4B X5A X5B X6A X6B
1 A 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1
2 B 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 0 1
3 C 0 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0
4 D 0 0 0 1 1
浏览 1提问于2021-04-08得票数 0
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