dendextend: color_branches对某些hclust方法不起作用

dendextend是一个R语言包，用于对树状图进行可视化和修改。它提供了一系列函数和工具，用于对树状图进行颜色、标签、形状等方面的定制。

color_branches是dendextend包中的一个函数，用于对树状图的分支进行着色。然而，对于某些hclust方法，color_branches函数可能不起作用。这可能是由于hclust方法本身的特性或限制导致的。

在这种情况下，可以尝试以下解决方案：

使用其他可用的hclust方法：尝试使用其他hclust方法来构建树状图，以查看是否可以使color_branches函数起作用。例如，可以尝试使用不同的聚类算法或参数来生成树状图。
手动修改树状图：如果color_branches函数无法正常工作，可以尝试手动修改树状图的分支颜色。可以使用dendextend包中的其他函数来获取树状图的分支信息，并使用R语言中的其他绘图函数或工具来进行颜色修改。
查找其他可视化工具：如果dendextend包无法满足需求，可以尝试寻找其他可视化工具或包来进行树状图的定制和着色。R语言生态系统中有许多其他可视化包可供选择，可以根据具体需求进行搜索和尝试。

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花纹边缘(枝条)颜色与针尖(叶)颜色(ape包)相匹配

r、dendrogram、phylogeny、dendextend

我试图使用ape包中的plot.phylo命令在R中为系统发育类型图的边缘(行)添加颜色。本例适用于“扇”类型的绘图，但我预计这种方法与“系统图类型”或其他类似。 library('ape') hc <- hclust(dist(USArrests), "ave") plot(as.phylo(hc), type="fan") 根据一组组向提示(标签)添加颜色是与cutree命令相结合的tip.color选项的问题。 hc.cuts <- cutree(hc, k=5) plot(as.phylo(hc), type="fan

浏览 2提问于2015-09-07得票数 6

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R中水平树状图的树形切割和簇周围的矩形

r、dendrogram、hclust、ggdendro、dendextend

我正在尝试将R中的分层聚类的结果绘制为树状图，用矩形来标识聚类。以下代码适用于垂直树状图，但对于水平树状图(horiz=TRUE)，不会绘制矩形。有没有办法对水平树状图也做同样的事情。 library("cluster") dst <- daisy(iris, metric = c("gower"), stand = FALSE) hca <- hclust(dst, method = "average") plot(as.dendrogram(hca), horiz = FALSE) rect.hclust(hca, k = 3,

浏览 4提问于2014-06-10得票数 8

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R:用相似矩阵还是不同矩阵进行聚类？和可视化的结果

r、matrix、similarity、dendrogram

我有一个相似矩阵，我用Harry-a工具创建了一个字符串相似矩阵，我想用它绘制一些树状图，看看是否能在数据中找到一些集群/组。我使用以下相似性度量：归一化压缩距离 Damerau-Levenshtein距离 Jaro-Winkler距离 Levenshtein距离最佳字符串对齐距离(OSA) (“为了比较，Harry从输入加载一组字符串，计算指定的相似性度量，并将相似值矩阵写入输出”) 一开始，这就像我第一次使用R，我不太注意hclust的文档，所以我用了一个相似矩阵。我知道我应该使用一个不同的矩阵，而且我知道，由于我的相似矩阵是归一化的0,1，我可以只做异于1

浏览 2提问于2017-07-12得票数 0

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在clValid中使用cutree.default(clusterObj，nc)中的错误:函数树只适用于hclust/树状图/phylo对象

r、cluster-computing

使用Brock等人的默认数据集，2008年 install.packages("clValid", dependencies = TRUE) library(clValid) data("mouse") express <- mouse[, c("M1", "M2", "M3", "NC1", "NC2", "NC3")] rownames(express) <- mouse$ID intern <- clValid(express, 2:6, cl

浏览 1提问于2018-09-13得票数 2

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基于k的R图上的树状图

r、cluster-analysis、hierarchical-clustering、dendrogram、dendextend

我使用hclust()对一个基于R中的20,000行x169列数据集的距离矩阵进行聚类。当我将集群对象转换为树状图并绘制出整个树状图时，很难读懂它，因为它太大了，即使我将它输出到相当大的pdf中。 df <- as.data.frame(matrix(abs(rnorm(3380000)), nrow = 20000)) mydist <- vegdist(df) my.hc <- hclust(mydist, method = "average") hcd <- as.dendrogram(my.hc) pdf("hclust_plot.pd

浏览 3提问于2016-01-15得票数 3

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从R中切割的树状图中提取标签的隶属度/分类(即:树状图的cutree函数)

r、classification、cluster-analysis、dendrogram、dendextend

我试图从R中的一个树状图中提取一个分类，我在一定高度上有cut。这在hclust对象上使用hclust很容易，但我不知道如何在dendrogram对象上这样做。此外，我不能仅仅使用原来的hclust集群，因为(令人沮丧的)，cutree类的编号与使用cut的类编号不同。 hc <- hclust(dist(USArrests), "ave") classification<-cutree(hc,h=70) dend1 <- as.dendrogram(hc) dend2 <- cut(dend1, h = 70) str(dend2$lower

浏览 24提问于2014-08-22得票数 13

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基于R中数据帧列数的树状图末端枝(叶)着色

r、colors、dataframe、dendrogram、dendextend

从数据data.main中，我能够生成一个hclust树状图， aa1<- c(2,4,6,8) bb1<- c(1,3,7,11) aa2<-c(3,6,9,12) bb2<-c(3,5,7,9) data.main<- data.frame(aa1,bb1,aa2,bb2) d1<-dist(t(data.main)) hcl1<- hclust(d1) plot(hcl1) 此外，我知道有一些方法可以使用树的截止颜色的树枝或树叶。但是，是否可以根据部分列名或列号对它们进行着色(例如，我希望对应于aa1的分支，aa2为红色，bb1和bb2为蓝色)？

浏览 4提问于2015-05-05得票数 3

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在我预先为树叶设定颜色的地方，给枝条分配颜色

r、plot、dendrogram、dendextend

我想设置我的树状图的枝条的颜色，给出我的树叶的手动分配组。所以我事先知道我想把叶子染成红色，例如，叶子as用红色，所有只导致红色的枝条也应该是红色的。我可以用我的树状图的颜色使用“密度”包。然而，我无法控制分配给哪个集群ID的颜色。dendrextend将第一个颜色分配给它找到的第一个集群ID，而不管它是否为ID 1。但是，我需要ID 1颜色为1，等等，因为我需要一个图例。看这个例子。我想要一个树状图，上面的标签和分支的颜色是A-C红色，D-F是蓝色，G-I是绿色。 suppressPackageStartupMessages(library(dendextend)) library(dp

浏览 1提问于2018-10-30得票数 1

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如何将一个存储桶一个目录下的所有文件拷贝到另一个存储桶的一个目录下？

官方文档

请描述您的问题标题：存储桶概述 - 对象存储 - 产品文档 - 帮助与文档 - 腾讯云地址：https://cloud.tencent.com/document/product/436/6244

浏览 982提问于2018-01-31

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如何将同一标签用一种颜色在r中涂上

r、cluster-analysis、dendrogram、dendextend

我在r中对一些数据进行了聚类，并将结果绘制成了一个树状图。我现在想知道的是，我如何改变标签的颜色，使相同的标签具有相同的颜色。我使用以下代码获得了我的树状图： > d<-stringdist::stringdistmatrix(AR_GenesforR$AR_Genes) > cl <-hclust(as.dist(d)) > plot(cl, label=AR_GenesforR$AR_Genes) > groups <- cutree(cl, k=2) > rect.hclust(cl, k=2, border="red")

浏览 4提问于2015-11-06得票数 1

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怎么导出腾讯云服务器镜像并下载到本地？

云服务器

怎么导出腾讯云服务器镜像并下载到本地？导出的镜像，我能在本地环境正常使用么，我想把这个镜像再安装到我本地的电脑上，请问这个操作是都能成功

浏览 14591提问于2020-08-03

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在R中用pvclust变换标签树

r、label、cluster-analysis、dendrogram、pvclust

我正在尝试使用pvclust进行集群验证，以下是示例： result <- pvclust(mydata, method.dist = "euclidean", method.hclust = "ward.D2", nboot = 1000) 似乎很好用。但是，如果我将结果可视化如下： plot(result) 我无法看到AU/BP标签，因为它们被列标题所覆盖，这些标题显示为树状图的标签。我试着使用dendextend包来关闭标签，但是我没有让它与pvclust输出一起工作(结果没有显示出来)。有人有我可以使用的方法或包吗？也许有可能以某种方式放大和切

浏览 1提问于2018-02-05得票数 1

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更改热图中树状图的线宽。2

r、heatmap、gplots

我正在尝试使用gplots::heatmap.2() .There绘制热图，它有很多行，与图像相比，树状图的线条似乎很细。我想知道是否有什么技术可以加厚pheatmap输出的this post中提到的树状图线条。谢谢

浏览 30提问于2019-09-21得票数 1

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标签和彩色叶树状图

r、dendrogram、dendextend

我试图创建一个树状图，如果我的样本有5个组代码(作为样本名称/物种/等等，但它是重复的)。因此，我有两个很大的帮助问题：如何在叶标签(而不是样本编号)中显示组代码？我希望为每个代码组分配一个颜色，并根据它对叶标签进行着色(可能会发生它们不在同一类中，并由此可以找到更多的信息)？是否可以用我的脚本这样做(ape或ggdendro)： sample<-read.table("C:/.../DOutput.txt", header=F, sep="") groupCodes <- sample[,1] sample2<-sam

浏览 2提问于2013-09-14得票数 17

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R/Python:遗传聚类，树状图注释

python、r、hierarchical-clustering、dendrogram、dendextend

我想要进行分层聚类和绘制一个经典的树状图与热图。这在R中使用heatmap.2或heatmap.3相当容易，在python中似乎也很容易。然而，我并没有真正找到一个很好的解决方案，就是对树的注释。理想情况下，我希望根据元数据对我的分支进行颜色编码。假设我有5种不同类型的10k行，在集群之后，我想可视化这些类型是如何组合在一起的。由于数据量的关系，对每一行进行标记实际上并不可行。根据簇/距离来着色树似乎并不是不可能的，但这并不是我真正想要的。颜色的分类向量可以是单独的列，也可以是行名的一部分。 really中的解决方案并不重要。谢谢! 编辑：示例： library(gplots) lib

浏览 2提问于2015-10-31得票数 0

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基于标签的再排序和彩色树状图

r、dendrogram、hclust、dendextend

我正试图控制树状图的顺序和颜色。很明显，dendorgram的重点是通过相似来排序，但是在分支中，我想设置一个有意义的顺序(字母-数字)。 library(vegan) library(stats) x <-data.frame(data = c(1:10)) y = data.frame(type = c("A","B","C","A","C","D","A","B","C","B"), site_name = c(

浏览 10提问于2017-10-10得票数 0

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->树状图-> phylo？

r、bioinformatics、hierarchical-clustering、dendrogram、dendextend

我有具有数百个节点和长标签的hclust层次化集群对象。例如，一个家族中多个基因的同义词。见下文。我想把hclust切成更小的子树，然后用灵活的风格将它们可视化。在之后，我看到了如何切割树状图和漂亮的类人猿进化树. 我看不出有什么方法可以把切割的树状图转换成phylo对象。 > as.phylo(as.dendrogram(hc)) Error in UseMethod("as.phylo") : no applicable method for 'as.phylo' applied to an object of class "dendr

浏览 8提问于2015-08-12得票数 0

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更改树状树叶

r、dendrogram、phylogeny、dendextend

我想修改由hclust对象的绘图生成的树状图中树叶的属性。至少，我想改变颜色，但您能提供的任何帮助都将不胜感激。我确实试过用谷歌搜索答案，但我看到的每一个解决方案似乎都比我预想的要难得多。

浏览 1提问于2011-01-18得票数 6

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具有相等颜色映射的R图

r、ggplot2、plot、dendrogram

下面的代码生成了所示的图。 library(ggplot2) library(dendextend) library(cowplot) set.seed(1234) N<-10 set1 <- mvrnorm(n = N, c(0,0), matrix(c(0.5,0,0,0.5),2)) df <- data.frame(set1,label=1:N) # ?dist # dist method options: "euclidean", "maximum", "manhattan", "canberra"

浏览 9提问于2020-02-18得票数 1

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