我想创建一个带有水平标签的树状图,但让树叶根据它们的高度悬挂,而不是仅仅下降到图的边缘。
示例:
par(mfrow = c(1,2))
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(hc) # a plot with hanging branches
plot(as.dendrogram(hc), horiz = TRUE) # a horizontal plot, but the branches are not hanging
对如何编程有什么建议吗?
谢谢。
我想要实现的工作流程是: dm <- dist(data)
dend <- hclust(dm)
k <- stats::cutree(dend, k = 10)
data$clusters <- k
plot(hclust, colorBranchees = k) #???? What I can use here. 因此,我使用cutree输出搜索彩色树状图分支。我找到的只有dendextend。 问题是我没能用dendextend实现工作流。 这就是我想出来的,但我现在想要显示clusterLabels library(dendextend)
hc <-
在R中,我使用标识来探索树状图中簇的具体特性,通过使用“hclust”对象可以很好地工作,但我需要它作为类“树状图”的水平树状图,而不是“hclust”。我已经安装了包密度,它通常应该将标识功能扩展到类树状图的对象和水平树状图( )。对于我的特定数据集,标识用于垂直树状图(类树状图),而不是水平树状图。我经常遇到的错误是:
Error in rect.dendrogram(x, k = k, x = X$x, cluster = cluster[, k - 1], :
k must be between 2 and 10
请在这里找到一个可复制和简化的例子:
#Install packag
我有一个巨大的树状图,上面有数百个名字,我想让它具有交互性,这样用户就可以画一个方框,并在感兴趣的树的名称和部分上“放大”。创建它的原始代码是borrowed from here。图片如下: ? 我把它变成了一个闪亮的应用程序,还借了一些code from here让它变得可缩放。而且还挺管用的。它运行,两个图表显示,没有给我一个错误。但它并没有像预期的那样工作。(我将在下面发布代码)。我的意思是,如果我简单地将我的图呈现在shiny之外,所有的名字和所有东西都包括在内。但是当它在闪亮中渲染时,我不能在名称上绘制我的框,只能画树状图的线条(希望这是有意义的),并且“缩放”的图形是横向
我有一个数据集,有两个不同的集群解决方案(一个外部运行,一个自己完成)。我想通过在tanglegram包中使用dendextend和entanglement命令对它们进行比较,但是我总是在标签方面出现错误,但我不知道原因。为了说明这一点,我用mtcar做了一个简单的例子:
df1 <- mtcars
df1$ID <- row.names(mtcars)
clusts <- 1:3
# simulate two different cluster algorithms as columns containing cluster group
df1$cl1 <- sam
希望你们都做得很好。
我用树状图:
d <-
dist(Correlation_Test)
hc <-
hclust(d, "ave")
plot(hc)
它工作良好,并显示在树状图的末尾。测图有不同的标签。它们中有些带有前缀A,有些带有B。我现在想根据标签对标签和分支进行着色,如果它是A或B。我发现了去右旋包。但我并没有根据标签的前缀自动给标签着色。
有人能帮我吗?)
用于关联的表的示例数据
A Data 1 A Data 1 B Data 1
0.1666667 0.5 0.6666667
0.6666667