我有一个要读取的dicom文件列表。我需要的代码来读取文件递归。我试过这样的东西,但它不起作用。
import google.datalab.storage as storage
path = [o.key for o in storage.Objects('msadata', '', '')]
for i in range(len(path)):
image="gs://msadata/"+str(path[i])
%gcs read --object image --variable dicom_file
我想要访问存储在ADLS容器中的.dcm (dicom)类型的文件,gen2存储在蔚蓝突触分析上的吡火花笔记本中。我使用pydicom来访问这些文件,但是获取和错误该文件并不存在。请看下面的代码,
要创建文件路径,我使用的是路径库:
Path(path_to_dicoms_dir).joinpath('stage_2_train_images/%s.dcm' % pid)
其中pid是dcm图像的id。
为了获取dcm映像,我使用以下方法。
d = pydicom.read_file(data['dicom'])
OR
d = pydicom.dcmread(
我将NifTi (.nii)数据集转换为DICOM数据集,使用来自ImageJ的插件Tudor DICOM。生成的文件在ImageJ中可以很好地工作,但不被ITK接受。
我变成了这样的警告:
function gdcm::DataSet::GetMediaStorage
Media Storage Class UID: 2.25.11... is unknown
function gdcm::PixmapReader::Read Attempting to read this file as a DICOM file
Desperate attempt
function gdcm::Me
我在一个文件夹里有几千张dicom图片。我在pydicom上是这样读的
import numpy as np
import dicom
folder = "/images"
imgs = [dicom.read_file(folder + '/' + s) for s in os.listdir(folder)]
然后,我想将所有图像堆叠成一个numpy数组,如下所示:
data = np.stack([i.pixel_array for i in imgs])
但是,图像的大小或不同,因此无法堆叠。
如何添加将所有图像大小调整为1000x1000的步骤?
因此,如果我有图像(CT、MRI等)或者甚至是放射治疗的剂量,我可以通过以下方式将剂量或图像值提取到一个数组中:
import dicom
ds = dicom.read_file("dicom_file.dcm")
print ds.pixel_array
这非常简单,让我能够随心所欲地操作图像/剂量。然而,通常你也有一个包含不同轮廓结构的结构文件,然后你可以在图像查看器或类似的东西中看到这些结构。再说一次,非常简单。
我的问题是,我也希望将这些单独的结构作为一个数组。如果我运行相同的代码,我只会得到TypeError: No pixel data found in th
如何从服务器加载Dicom图像(路径包含https://) Am使用fo-Diocm库。
var image = new DicomImage(filePath);
如果filePath来自本地目录,它可以正常工作。如果filePath来自服务器(如),则它抛出'Dicom.DicomFileException‘,说明指定的路径值不正确。从服务器加载DicomImage的正确方式是什么?
这个应用程序试图在病人层面上做一个CFind,得到研究,为一个研究,得到系列,最后,图像。
当查询两个不同的PACS实现时,代码正在工作,但是在第三个层次上失败了。
代码中发出病人请求的部分。
var request = DicomCFindRequest.CreatePatientQuery(patientId: _patientid, patientName: _patientname);
var client = new DicomClient();
client.AddRequest(request);
await client.SendAsync(destip, port, use