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R语言实现支持向量机(SVM

支持向量机方法是建立在统计学习理论VC 维理论和结构风险最小原理基础上,根据有限样本信息在模型复杂性(即对特定训练样本学习精度,Accuracy)和学习能力(即无错误地识别任意样本能力)之间寻求最佳折衷...今天我们介绍一下在R语言中SVM实现以及参数优化。 1. 首先安装SVMR包e1071,同时安装数据R包mlbench 2. 载入R包,并载入相关测试数据。 3....我们看下我们主要用到几个函数以及相关参数 a. svm() 模型构建函数 ? 此函数主要是构建SVM模型,其中主要参数: formaula 设置所要训练属性值以及结果例如Type ~ ....样例程序 library(e1071) data(Glass,package="mlbench") index<- 1:nrow(Glass) testindex<- sample(index, trunc...参数优化 a. tune.svm() 寻求最优模型 ? 此函数可以进行模型优化,并获取相关参数值。 b.

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分类II-神经网络和支持向量机 笔记

libsvm和SVMLite都是非常流行支持向量机工具,e1071包提供了libsvm实现,klap包提供了对后者实现。...SVM优势在于利用了面向工程问题核函数,能够提供准确度非常高模型,同时借助正则项可以避免模型过度适应,用户不必担心诸如局部最优和多重共线性难题,弊端是训练测试速度慢,模型处理时间冗长,不适合规模庞大数据集...library(e1071) # install.packages("C50") # library(C50) # data('churn', package = 'C50') # install.packages...计算分类一致性 classAgreement(svm.table) # 混淆矩阵 library(caret) confusionMatrix(svm.table) 两幅图比较说明,惩罚因子有较大影响...0 versicolor 8 0 1 virginica 2 0 12 library(e1071

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SVM 推导

SVM(Support Vector Machine,支持向量机)是一个线性分类器,是最经典分类算法,其核心目标就是找到最大间隔超平面。本文记录SVM推导过程。...概述 SVM就是一个分类器,只是相对于传统线性分类器,它添加了一个支持向量概念。...考虑一个分类任务 从图片上解释,对于一组数据,SVM在使用直线同时要求数据点距离这条直线最小距离最大,也就是说分类器和数据之间要有足够大“间隔”。...这样做好处是很明显,越大“间隔”代表了更大转圜空间,在得到新数据之后更容易将其正确分类。 而SVM工作就是求解这个最大间隔,也就是最优化问题。...目标函数 SVM是一个线性分类器,SVM目标就是找到最大间隔超平面。

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学习SVM(五)理解线性SVM松弛因子

学习SVM(一) SVM模型训练与分类OpenCV实现 学习SVM(二) 如何理解支持向量机最大分类间隔 学习SVM(三)理解SVM对偶问题 学习SVM(四) 理解SVM支持向量(...Support Vector) 学习SVM(五)理解线性SVM松弛因子 先说一个事引出这个博客内容,我最近投一篇论文被拒稿,用到方法使SVM(很惭愧,还在用20年前算法,当然这并不是重点)...,审稿意见里面有一段话是这样说(说很中肯):“该方法本身特点来看就很难达到100%正确率”,当然这并不是说SVM无法做到100%,我理解很难达到原因就是在于SVM算法本身松弛因子引入。...为什么要引入松弛因子 从前面四个内容来看,SVM理论可以完美的找到正负样本间最大分类间隔,这意味着不仅仅可以实现对训练数据分类,还保证了决策平面是最理想。那么SVM为什么还要引入松弛因子呢?...那么最后整理得到对偶问题就是: ? 这个结果和学习SVM(三)理解SVM对偶问题最后结果很像,只是多出了些约束。

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学习SVM(三)理解SVM对偶问题

学习SVM(一) SVM模型训练与分类OpenCV实现 学习SVM(二) 如何理解支持向量机最大分类间隔 学习SVM(三)理解SVM对偶问题 学习SVM(四) 理解SVM支持向量...(Support Vector) 学习SVM(五)理解线性SVM松弛因子 网上有很多关于SVM优秀博客与其他学习资料,而个人感觉本系列博客与其他关于SVM文章相比,多了一些细节证明,比如线性分类器原理...同样是SVM,在《支持向量机导论》中有170+页内容,而在《机器学习》(周志华)一书中仅仅是一个章节内容,中间略过了细节推导过程,这些被略过推导过程在本系列博客中都会加入,也是在自学时验证过程中一些总结...在上一篇内容中(学习SVM(二) 如何理解支持向量机最大分类间隔),我们最后我们推导出优化目标为: ? 其中约束条件为n个,这是一个关于w和b最小值问题。...根据拉格朗日乘子法:就是求函数f(x1,x2,…)在g(x1,x2,…)=0约束条件下极值方法。

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cibersoft使用SVM算法实现去卷积

TIMER量化6种免疫细胞,但是与CIBERSORT不同(CIBERSORT解析结果:22种免疫细胞相加占比为100%),TIMER没有把预测值标准化为1,故不可以把结果解释为细胞分数或是在不同数据集中比较...第二步,搞清楚 CoreAlg 函数 这里会使用被zscore后LM22矩阵,来使用SVM算法来预测一个随机Y变量。...一切都是默认值支持向量机 # 这里X是LM22矩阵,不同免疫细胞比例组合成为不同yr # 这里yr是随机,反推免疫细胞比例 out=svm(X,yr) out out$SV # SVM 需要自行学习哦...SVM原理 第3步,把CoreAlg函数运行1000次 每次随机挑选基因表达量,生成一个模拟样本,然后使用zscore后LM22矩阵经过SVM算法来预测: rm(list = ls()) options...第四步,对表达矩阵每个样本进行SVM预测 理解了前面的代码,下面代码就非常容易理解,只不过是之前预测变量y是随机,这次是真实样本基因表达量y值: rm(list = ls()) options(

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跟着生信技能树,学习 CIBERSORT

下面是优秀学徒稿件 Jimmy老师去年解析了CIBERSORT使用SVM算法实现去卷积,我决定亦步亦趋跟着Jimmy老师代码学习 背景知识 首先有一些背景知识需要了解(特别是一些算法),但是我理解方法特别粗暴...//www.jiqizhixin.com/articles/2018-10-17-20与https://tangshusen.me/2018/10/27/SVM/,SVM就是一种二类分类模型,他基本模型是的定义在特征空间上间隔最大线性分类器...,SVM学习策略就是间隔最大化。...这里用e1071SVM函数进行运算,需要对其参数进行一些了解,这里用详细中文解释这个函数算法https://rpubs.com/skydome20/R-Note14-SVM-SVR http://...yr # 这里yr是随机,反推免疫细胞比例 out=svm(X,yr)##e1071函数 out out$SV ##SV=支持向量 # 需要修改参数包括:type="nu-regression

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学习SVM(四) 理解SVM支持向量(Support Vector)

学习SVM(一) SVM模型训练与分类OpenCV实现 学习SVM(二) 如何理解支持向量机最大分类间隔 学习SVM(三)理解SVM对偶问题 学习SVM(四) 理解SVM支持向量...(Support Vector) 学习SVM(五)理解线性SVM松弛因子 我们在开始接触SVM时肯定听到过类似这样的话,决定决策边界数据叫做支持向量,它决定了margin到底是多少,而max margin...然后一般会配一张图说明一下哪些是支持向量(Support Vector),这个图在之前学习SVM(二) 如何理解支持向量机最大分类间隔里面就有,这里不在重复贴了。...但是问题关键是,这些Support Vector是怎么被确定呢? 在学习SVM(三)理解SVM对偶问题计算得到新优化目标: ? ?...在这里对w和b公式推导做一个简短说明,w是通过拉格朗日求偏导后推出;在学习SVM(二) 如何理解支持向量机最大分类间隔中我们知道最大间隔为: ?

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SVM “核”武器

一、上一次我们讲到关于SVM通过拉格朗日乘子法去求解部分,引入乘子 得到下面的式子: 我们令 当所有的约束条件满足时,我们得到 ,而之前优化目标就是最小化 ,所以跟我们要求目标函数就转化为:...当然,交换以后问题不再等价于原问题,这个新问题最优值用 来表示。并且,我们有 ,这在直观上也不难理解,最大值中最小一个也比最小值中最大一个要大吧!...即可得到我们SVM数学式求解答案。 二、非线性情况SVM求解 对于一个数据点 x 进行分类,实际上是通过把 x 带入到 算出结果然后根据其正负号来进行类别划分。...核函数表示特征空间隐式映射:在上文中,我们已经了解到了SVM处理线性可分求解情况,而对于非线性情况,SVM 处理方法是选择一个核函数 κ(⋅,⋅) ,通过将数据映射到高维空间,来解决在原始空间中线性不可分问题...当然,这要归功于核方法——除了 SVM 之外,任何将计算表示为数据点内积方法,都可以使用核方法进行非线性扩展。

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SVM “核”武器

当然,交换以后问题不再等价于原问题,这个新问题最优值用 来表示。并且,我们有 ,这在直观上也不难理解,最大值中最小一个也比最小值中最大一个要大吧!...即可得到我们SVM数学式求解答案。 二、非线性情况SVM求解 对于一个数据点 x 进行分类,实际上是通过把 x 带入到 算出结果然后根据其正负号来进行类别划分。...核函数表示特征空间隐式映射:在上文中,我们已经了解到了SVM处理线性可分求解情况,而对于非线性情况,SVM 处理方法是选择一个核函数 κ(⋅,⋅) ,通过将数据映射到高维空间,来解决在原始空间中线性不可分问题...当然,这要归功于核方法——除了 SVM 之外,任何将计算表示为数据点内积方法,都可以使用核方法进行非线性扩展。...SVM“核”武器 免责声明:本文系网络转载。版权归原作者所有。如涉及版权,请联系删除!

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PU-learing:解决正负样本不足利器(R语言)

在实际分类场景中,经常会遇到类似这样问题:只有标记了正样本,和未标记样本。比如金融风控场景,有一部分用户被标记为欺诈用户,剩下用户未被标记,虽然这其中大多数信用良好,但仍有少量可能为欺诈用户。...虽然为了方便操作,可以将未标记样本都作为负样本进行训练,但会降低准确度,如何辨别未标记样本中正负样本,提升模型准确度,就成为一个值得思考问题。...PU-learning算法 我们通常进行分类学习,一般是有监督学习,即从确定正负样本中学习规律,对新数据进行预测。...step3:使用朴素贝叶斯分类,对ps和us训练分类器,并作用到u集合上,计算每个样本分类概率。朴素贝叶斯分类可用e1071包中naiveBays函数。 ?...step5:使用p和rn训练svm分类器,并对测试集test进行预测,通过混淆矩阵观察分类效果。svm分类器可用e1071包中对svm函数实现。 ? 最终混淆矩阵效果为: ?

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