GAMESS是一款历史悠久、免费开源的量子化学软件，现今最流行的分支是GAMESS-US（下文简称GAMESS），该程序的最新版可在量化大佬Mark Gordon课题组主页 https://www.msg.chem.iastate.edu...GAMESS编译教程》，其中的安装步骤仍适用于这几年乃至最新的GAMESS 2021 R1。...至于比2019 R1更旧的GAMESS版本，读者仍应按照《GAMESS编译教程》来编译。 1.解压 tar -zxf gamess-current.tar.gz 2.进入gamess目录，执行..../config进行配置 这一步交互式地选择配置信息，无论对新版、旧版GAMESS都是需要的，为了本文的完整性，这里也展示一下 （1）按Enter键 （2）填写linux64后按Enter （3）设置安装路径...如果没装Intel编译器，可以阅读《Linux下安装Intel oneAPI》 （7）填写ifort版本号，笔者用的是Intel 2019，因此写19；若读者安装的是Intel oneAPI 2021，
GPU版本的GAMESS GPU版GAMESS其实是加装了量子化学计算库LibCChem的GAMESS。据介绍，LibCChem库只承担了量化计算中很耗时的部分，例如积分计算、临时数据存储等。...afandiadib/gamess镜像压缩前有2.81GB，解压后足足有7.79GB。 以afandiadib/gamess为例进行讲解，如何用镜像进行计算。...我们可以进入容器（container），在容器中运行GAMESS。...gms-cchem 启动GPU版本的GAMESS+LibCChem，gms-cpu 启动传统GAMESS。我们准备好输入文件TEST.inp。...除了进入容器内运行GAMESS外。我们也可以用容器内的GAMESS执行外部的输入文件。
这个意思是，我们需要先去GAMESS官网下载GAMESS源代码，然后使用xeda-patch脚本修改GAMESS源代码，最后编译这个修改版的GAMESS。...GAMESS官网为 https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/License_Agreement.html 有些同学会使用旧版GAMESS，不过笔者比较推荐2021...-R2版本的GAMESS，因为最新的GAMESS支持赝势L=5的h角动量，这在算镧系、锕系等最后两周期的金属时经常会用到，若使用低于2021的版本在这个功能上会报错。...由于要修改GAMESS代码，笔者习惯将解压后得到的gamess/目录重命名，以便与未修改过的gamess区分开，例如 mv gamess gamess_eda 若读者只使用一个版本，可以不重命名。...（2）GAMESS中的基组写法晦涩难懂，混合基组、赝势令人头疼。 （3）不同色散校正、隐式溶剂模型等关键词要逐个查阅GAMESS手册。
上述目录/etc/profile.d/是以笔者机子上的CentOS系统为例的，其他类型linux系统请自行写到合适的位置。写完后退出重登即可。...简单测试 作为测试，我们这里用最新版Intel编译器编译一下量化软件GAMESS。编译和安装教程请阅读《GAMESS编译教程》。笔者实际测试时用的是2020-Sep-30(R2)版本的GAMESS。...安装完后，在gamess/目录下打开runall文件，将第一处si.msg.chem.iastate.edu改为本机名（若不知道本机名，在命令行执行hostname可显示）。接着执行 .
它可以自动调用这些传轨道的小程序完成系列复杂的操作，如在高斯里算HF，到GAMESS里算GVB，再到下一个程序里算CASSCF，最后到另一个程序里算NEVPT2。...若有读者不想做多参考计算，只想使用传轨道的小程序，可直接下载预编译的Windows版 https://gitlab.com/jxzou/mokit/-/releases 若需要做多参考计算，请下载整个源码压缩包，（发送到Linux...其中变量ORCA和GMS对应量化软件ORCA和GAMESS可执行文件的完整路径。...在运行automr前我们还需修改GAMESS源代码。这是因为官方GAMESS只支持少于12对的GVB计算，现今借助于automr可以很容易、自动地做几十对甚至上百对的GVB计算。...若未安装，可参考本公众号发过的安装教程： Linux下Gaussian 16安装教程 ORCA软件安装教程 GAMESS编译教程 离线安装PySCF程序（1.5及更高版本） OpenMolcas 与 QCMaquis
3.1 GAMESS的SF-TDDFT 运行 fch2inp high_spin.fch -sf 产生high_spin.inp文件，坐标、基组信息、轨道数据和方法关键词全都写好了，可直接提交SF-TDDFT...GAMESS的SCF收敛性比较差，我们通过传轨道让它迅速完成SCF计算，可以节约很多人力物力。...3.2 GAMESS的MRSF-TDDFT 运行 fch2inp O2_T.fch -mrsf 产生O2_T.inp文件，可直接提交MRSF-TDDFT计算任务，默认计算5个单重态。...在这4个例子中，fch2inp，fch2mkl，fch2qchem是MOKIT的小程序，分别用于传轨道给GAMESS/ORCA/Q-Chem软件，并且已经帮用户写好了体系信息和计算关键词。...GAMESS的MRSF-TDDFT支持指定单重态、三重态甚至五重态；而不论哪个程序的SF-TDDFT都不能指定目标电子态的自旋，只能是算出什么结果就接受什么。
TD-DFT是当前激发态计算中最常用的方法，不少程序支持使用TD-DFT来寻找CI点，如GAMESS、ORCA等。然而，对于S0和S1势能面的交叉点，则需要特别注意。...在常见的程序中，Q-Chem、GAMESS、ORCA均支持SF-TDDFT来寻找CI点。本文我们介绍如何用GAMESS来找S0/S1交叉点（GAMESS程序的安装见《GAMESS简易编译教程》一文）。...选择BHandHLYP泛函（在GAMESS中写作BHHLYP）和6-31G(d,p)基组。在CONTRL中使用TDDFT=SPNFLP关键词来实现SF-TDDFT的计算。...这是由于GAMESS中实现的不是自旋匹配的SF-TDDFT方法（ORCA中亦如此），所以会出现自旋污染。总之，通过单点计算，我们找出要研究的态为1和3。...$END [此处略去分子坐标] 此时CONTRL中的RUNTYP设为CONICAL，CONICL中的OPTTPY=PENALTY表示使用penalty-constrained优化算法，也可使用GAMESS
PySCF传轨道给GAMESS from pyscf import gto, scf from py2gms import py2gms mol = gto.M(atom=''' O -0.49390246...0.81435705 1.84396021 0.0 ''', basis='cc-pVDZ') mf = scf.RHF(mol).run() py2gms(mf, 'h2o.inp') 产生GAMESS...主页上可以点鼠标下载源代码压缩包，也可以在下载框的Previous Artifacts中选择相应的Linux预编译版，解压后写好环境变量即可使用。...若网页上所列的Linux预编译版不满足您的需求，可下载源代码自行编译，亦较为简单，见网页上的README_zh.md说明。有使用问题或建议欢迎留言，或直接在程序issues区提个issue。
在GAMESS里是在$SCF中加上UHFNOS=.true.，产生的自然轨道及其占据数在.dat文件中的UHF轨道后。...在GAMESS里则要在 各个软件的关键词简要总结 ? 若无特别强调，表中均为弛豫（relaxed）密度。...这部分更详细的讨论请阅读 http://classic.chem.msu.su/cgi-bin/ceilidh.exe/gran/gamess/forum/?
这些包括用于化学信息学（SMILES、InChI、MOL、MOL2），来自各种计算化学包（GAMESS、高斯、MOPAC）的I/O文件，晶体文件格式（CIF、ShelX），反应格式（MDL RXN ），...它独立于平台，因此受到所有操作系统（如Mac，Windows和Linux操作系统）的支持，并且在BSD许可下作为开源发布。 ?...所有的二进制文件都受到所有基本操作系统的支持，即Windows，Linux和Mac OS X（32位和64位）。...它是一个跨平台的库，受Windows、Mac和Linux操作系统的支持。
Linux 文件系统 目录 说明 bin 存放二进制可执行文件 sbin 存放二进制可执行文件，只有 root 才能访问 boot 存放用于系统引导时使用的各种文件 dev 用于存放设备文件 etc...是超级管理员 localhost 表示主机名 ~ 表示当前目录（家目录），其中超级管理员家目录为 /root，普通用户家目录为 /home/chan $ 表示普通用户提示符，# 表示超级管理员提示符 Linux...test.tar.gz 文件搜索命令 locate：在后台数据库搜索文件 updatedb：更新后台数据库 whereis：搜索系统命令所在位置 which：搜索命令所在路径及别名 find：搜索文件或文件夹 用户和组 Linux
例如可以通过Gaussian/GAMESS与R.E.D....我用的版本是Psi4conda-1.4rc3-py39-Linux-x86_64.sh。另外，Psi4还支持wsl2版以及有windows版，建议大家试试。
Linux文件操作 Linux中，一切皆文件(网络设备除外)。 硬件设备也“是”文件，通过文件来使用设备。 目录(文件夹)也是一种文件。...boot:这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件，包括一些连接文件和镜像文件。...deb:deb是Device(设备)的缩写，该目录下存放的是Linux的外部设备，在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。...系统会自动识别一些设备，例如U盘、光驱等，当识别后，Linux会把识别的设备挂载到这个目录下。...---- Linux文件的操作方式 文件描述符fd fd是一个大于等于0的整数。 每打开一个文件，就创建一个文件描述符，通过文件描述符来操作文件。
GAMESS GAMESS做轨道局域化输入文件如下 $CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY ICHARG=0 MULT=1 NOSYM=1 LOCAL=BOYS $END
相信很多在linux平台工作的童鞋, 都很熟悉管道符 '|', 通过它, 我们能够很灵活的将几种不同的命令协同起来完成一件任务.就好像下面的命令: echo 123 | awk '{print $0+123...EAGAIN 如果所有管道写端对应的文件描述符被关闭，则read返回0 如果所有管道读端对应的文件描述符被关闭，则write操作会产生信号SIGPIPE 当要写入的数据量不大于PIPE_BUF时，linux...当要写入的数据量大于PIPE_BUF时，linux将不再保证写入的原子性。
一、Linux下的用户分类 在Linux下，有两种用户，一种是超级用户，一种是普通用户 超级用户：可以再linux系统下做任何事情，不受权限限制（制定规则，但不需要遵守规则） 普通用户：在linux...2、Linux中的所有用户都要有自己的密码，无论是root还是普通用户，并且root的密码和普通用户的密码尽量不要一样！！...二、Linux权限的概念 什么叫做权限呢？？通俗一点说就是一件事情是否允许你做！ ...后缀无意义但需要 Linux系统中，文件名后缀没有没有直接的意义。 ...所以Linux中的文件是否需要使用后缀，具体看用户的需求！！
---- O_SYNC 缓存同步 为了保证磁盘系统与缓冲区内容一致，Linux系统提供了sync,fsync,fdatasync三个函数。...---- Linux文件IO流程图 内核中会有一个线程，不断地将高速页缓冲区中的数据写入到物理磁盘中。
从今天开始陆续分享Linux的知识 因为服务器基本是Linux的 所以Linux不学明白 Shell命令不熟 会让你的办事效率大打折扣。 一。...Linux文件系统 Linux文件系统是从Unix结构严进过来的。总结一下Linux顶层虚拟目录及其文件内容。 ?
文件锁 前言 /proc是一个特殊的文件系统。 该目录下文件用来表示与启动、内核相关的特殊信息。 /proc/cpuinfo——CPU详细信息 ...
为了解决内存紧缺的问题，Linux引入了虚拟内存的概念。为了解决快速存取，引入了缓存机制、交换机制等。...要深入了解Linux内存运行机制，需要知道下面提到的几个方面。 首先，Linux系统会不时地进行页面交换操作，以保持尽可能多的空闲物理内存。...其次，Linux进行页面交换是有条件的，不是所有页面在不用时都交换到虚拟内存中，Linux内核根据“最近最经常使用”算法，仅仅将一些不经常使用的页面文件交换到虚拟内存中。...Linux虽然可以在一段时间内自行恢复，但是恢复后的系统已经基本不可用了。...Linux下可以使用文件系统中的一个常规文件或者一个独立分区作为交换空间。同时Linux允许使用多个交换分区或者交换文件。
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