学习的第一个GATK找变异流程，人的种系变异的短序列变异，包括SNP和INDEL。...写了一个SnakeMake分析流程，从fastq文件到最后的vep注释后的VCF文件，关于VCF的介绍可以参考上一篇推文基因序列变异信息VCF (Variant Call Format)流程代码在https...Germline short variants (SNP+INDEL) ReferenceReference genome related files and GTAK budnle files (GATK...VCF file (SelectVariants)Build a recalibration model to score variant quality for filtering purposes (VariantRecalibrator...recalibration table (ApplyVQSR)Merge all the VCF files (Picard)AnnotationAnnotate variant calls with VEP (VEP)SnakeMake
写的数据预处理snakemake流程其实包括在每个单独的分析中比如种系遗传变异和肿瘤变异流程中，这里单独拿出来做演示用，因为数据预处理是通用的，在call变异之前需要处理好数据。...数据预处理过程包括，从fastq文件去接头、比对到基因组、去除重复、碱基质量校正，最后得到处理好的BAM或CRAM文件。...sambaster的去除重复速度比MarkDuplicat快，所以采用。最后用picard按照coordinate对比对结果排序。输出的格式是CRAM，不是BAM，因为CRAM压缩效率更高，所以采用。...说碱基的质量分数对call变异很重要，所以需要校正。...["ref"], dict=gatk_dict["dict"], known=gatk_dict["dbsnp"], # optional known sites - single
GATK 对这类变异的检测有一整套流程，主要用到的工具是：HaplotypeCaller 、GenomicsDBImport、GenotypeGVCFs、VariantRecalibrator、 ApplyVQSR...如果不加，对于每一个 bed 文件上的坐标（即bed文件的每一行），程序就会循环一次，并在 ./6.gvcf/gvcfs_db 文件夹中生成一个子文件夹，如果 bed 文件有 20W 行，就会有 20W...这一步实际上是基于机器学习的方法，对原始的 vcf 文件进行变异质量重矫正并且进行过滤。不过存在一个的缺点：该算法需要高质量的已知变体集作为训练和真实资源，而对于许多生物来说，这些资源尚不可用。...它还需要相当多的数据来了解好与坏变体的概况，因此在仅涉及一个或几个样本的小数据集、靶向测序数据、RNAseq 上使用可能很困难甚至不可能使用，以及非模式生物。...2>&1 ## 接着是对 INDEL 位点运行 VariantRecalibrator ${GATK} --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir
代码地址 https://jihulab.com/BioQuest/smkhss https://github.com/BioQuestX/smkhss GATK best practices workflow...Pipeline summary SnakeMake workflow for Human Somatic short variants (SNP+INDEL) Expected fastq inputs...Reference Reference genome related files and GTAK budnle files (GATK) VEP Variarition annotation files...FilterMutectCalls) Merge all the VCF files (Picard) Annotation Annotate variant calls with VEP (VEP) SnakeMake...rules ├── schemas ├── scripts └── Snakefile Directed Acyclic Graph 图片 Refrence https://gatk.broadinstitute.org
Snakemake展现gatk4生成正常样本的germline突变数据库流程图 这是使用gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程图，整个流程是用Snakemake写的，这个图片也是Snakemake...准备工作 正式开始前，你需要完成以下工作： 1、在linux环境下安装好了conda，并使用conda安装好了gatk4（4.1.6.0）、Snakemake（5.13.0）、trim-galore（0.6.5...Snakemake的使用 Snakemake是基于Python写的流程管理软件，我理解为一个框架。Snakemake的基本组成单位是rule，表示定义了一条规则。...这是Snakemake的一个优点，另外Snakemake支持“断点续行”，假如你的任务运行到一半因为某种原因中断了，你可以重新运行一下命令，Snakemake会机智的从中断的地方继续运行，已经成功运行的任务不会重复运行...这里需要注意：1、Snakemake会自动创建不存在的目录；2、如果shell命令没有定义输出文件，也可以不写output；3、这一步使用了{sample}这个参数，但实际上{sample}还没有定义，
在GATK2.0以上版本中还可以对indel的质量值进行校正，这一步对indel calling非常有帮助 举例说明，在reads碱基质量值被校正之前，我们要保留质量值在Q25以上的碱基，但是实际上质量值在...最后，程序就会用这个标准来过滤上一步call出来的原始变异集合。...其实在如何选择注释值存在一定得主观性，因此，在做VariantRecalibrator时可以做两次，第一次尽可能的多的选择这些注释值，第一遍跑完之后，选择几个区分好的，再做一次VariantRecalibrator...因此，跟选择注释时一样，可以run两遍VariantRecalibrator，第一遍的时候多写几个阈值，第一遍跑完之后看结果，看那个阈值好，选择一个最好的阈值，再run一遍VariantRecalibrator...遇到问题的时候可以多浏览GATK网站，里面的FAQ基本上可以包括所有出现过的问题的解决方法了，可以耐心查一下。要是不想查可以在论坛上直接发起提问，管理员真的会很快给你回复的。
目前，对人类测序数据找突变最常用的软件是GATK，除了速度慢以外，没有其他明显缺点（可以通过部署Spark提高速度；当然，如果有钱，可以购买Sentieon，快了15-20倍）。...本文后续内容主要来自GATK官网，但是这一部分的分析需要对WES检测变异具有一定的基础。...2、转换MAPQ 由于STAR的MAPQ和GATK的MAPQ并不一致，所以需要使用GATK专门为RNA-seq添加的套件进行转换。.../SRR11178348.vcf \ -L ~/reference/linux/gatk/GRCh38/GRCh38.interval_list 5、对mutations进行过滤 gatk VariantRecalibrator...VariantRecalibrator \ -R ~/reference/linux/STAR/STAR_GRCh38_genecode_v33/ref_genome.fa \ -V .
GATK4 对于体细胞突变和生殖细胞突变的检测分别给出了对应的pipeline: Germline SNPs+Indels Somatic SNVs + Indels 本篇主要关注生殖细胞突变的分析流程...主要分析步骤都差不多，这里我选择第4个通用的流程 ，网址如下 https://github.com/gatk-workflows/gatk4-germline-snps-indels 1....ImportGenomicsDB Consolidate GVCFs 将所有样本的gvcf文件合并，产生一个总的gvcf文件，命令如下： gatk --java-options -Xmx2G \...命令如下 gatk --java-options "-Xmx24g -Xms24g" \ VariantRecalibrator \ -V ${sites_only_variant_filtered_vcf...--java-options "-Xmx100g -Xms100g" \ VariantRecalibrator \ -V ${sites_only_variant_filtered_vcf
利用 VariantRecalibrator工具进行机器学习，ApplyVQSR 工具进行处理。...#处理SNP # --max-gaussians默认值为8，报错提示需要降低 gatk VariantRecalibrator --max-gaussians 6 -R /share/home/xiehs...，因此它的准确性是目前公认最高的。...dbSNP 收集的数据，实际都是研究者们发表了相关文章提交上来的变异，这些变异很多是没做过严格验证的。...处理 InDel #处理InDel gatk VariantRecalibrator -R /share/home/xiehs/data/GATK/hg38/Homo_sapiens_assembly38
个人觉得，如同转录组分析时绕不过的degseq2, limma, edgeR 差异分析三大R 包一样，现在进行肿瘤外显子分析，从gatk入手，可谓是站在巨人的肩膀上。...gatk，但可以看到如mutect2 多次出现，作为gatk 的模块，也足见它的影响力。...1-gatk最佳实践没有说的部分 比如开放平台的测序数据获取。...还有一个好用的工具：kingfisher 公共测序数据 SRA/Fastq 下载神器！- 知乎[7] 此外，gatk 也没有给测序数据质控的相关建议。 而实际上，在比对前，还是需要对数据进行质控的。...其他学习资源 正好我最近也在学snakemake，有一些基于gatk 的流程项目：OVarFlow: a resource optimized GATK 4 based Open source Variant
基于转录本 基于基因 我们这里使用的bam文件为star-fusion直接处理fq文件产生的 从大小上可以看出，tar-fusion直接处理fq文件产生的比对上的序列bam和star比对产生的bam...我可是从star比对开始就用的从ENSEMBL下载的参考基因组，其实理论上一开始就用的gatk提供的参考基因组，后续使用gatk做其他分析就不会出现这些情况 能不能手动修改从gatk下载的数据库vcf文件的...的VariantRecalibrator工具中，-an参数用于指定用于校准的注释特征。...以下是命令中使用的六个特征的解释： DP（Read Depth）：该特征表示在某个位点上的总测序深度，即所有覆盖该位点的读取数量的总和。...SOR（Strand Odds Ratio）：该特征比较在正链和负链上观察到的变异读数的比例，以探测潜在的偏性。较低的SOR值表示较少的偏性。
前面分享了：Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告，今天也是一个类似的流程介绍： 下面是笔记原文 一.简介 “GATK Best Practices” 是最广泛的变异位点筛查方法...目前已经发展很多基于GATK4标准找变异方法的自动化工作流程，其中oVarFflow是其中之一。...，中间过程不需要root权限，可以非常方便的在云服务器上运行； 作者声称oVarFlow整个流程既可以一键运行，也可以自定义运行，方便使用者修改其中的脚本参数。...程序 snakemake -p --cores 4 -s Snakefile ## 如果需要运行OVarFlow 2.0版本，则运行以下代码 snakemake -p --cores 4 --snakefile...理论上对读者来说是非常友好的，前提是你具备基础的计算机知识，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理： 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门
，自然也会有它的缺点： Make不能够在集群上的多个节点上分派任务进行平行化的运算，这就对于大型任务而言增加了用户的等待时间； Make的语法是限制一个通配符只能在一个规则里面使用，不同规则里面通配符不能互相识别...）的基础上扩展了断点重入、平行化处理、文件名管理等功能，突破了Make的限制，使得他们的使用更加灵活且可控。...这一类的典型代表是GATK，其利用JAVA实现了基因检测、SNP calling，用其高性能、高准确性赢得了大家的认可。（PS：Broad Institute是真厉害啊） ?...（GATK page） 选择适合你的流程 ? 说了那么多流程，你可能要问，到底哪个适合我呢？...，那么就可以使用Implicit/Explicit类的流程，如：Snakemake、Nextflow等，而这一类的流程也比较适合刚入门生信的小伙伴们去尝试； 如果是需要进行高性能流程开发，致力于解决特定的生物学问题
对于变异位点的鉴定，碱基质量是非常重要的。比如测序识别到的一个位点，其碱基和参考基因组上的碱基不同，但是其质量值特别低，此时可以认为是一个测序错误，而不是一个SNP位点。...在测序的原始数据中，本身就提供了每个碱基对应的质量值，但是GATK官方认为测序仪提供的碱基质量值，是不准确的，存在误差的。 某个位点前后的碱基的种类，称之为上下文环境，会对这个碱基的质量值产生影响。...根据原始bam文件中的碱基质量值计算出系统误差的分布 命令如下 gatk BaseRecalibrator \ -R ${ref_fasta} \ -I ${input_bam} \...综合多个样本的模型，生成一个总的模型 命令如下 gatk GatherBQSRReports \ -I ${sep=' -I ' input_bqsr_reports} \ -O ${output_report_filename...根据之前计算的模型对碱基质量进行校正 命令如下： gatk ApplyBQSR \ -R ${ref_fasta} \ -I ${input_bam} \ -O ${output_bam_basename
走GVCF肯定是多个样本，比如我这里有50个病人的正常组织及肿瘤组织的WES测序数据。 得到了它们的bam文件，也是走的GATK流程，这里就不多说了。...本教程首发于生信技能树VIP论坛：https://vip.biotrainee.com/d/423-gatk4-gvcf 配置GATK运行环境 参考我前面在生信菜鸟团博客分享的： https://vip.biotrainee.com.../d/384-gatk4 GATK=/home/jianmingzeng/biosoft/GATK/gatk-4.0.3.0/gatk bed=/home/jianmingzeng/annotation....vcf.gz 其中基于hg38版本参考基因组的外显子坐标的制作方式我还是要强调一下，下载文件 CCDS.20160908.txt可以使用下面的代码： cat CCDS.20160908.txt |perl...生信技能树GATK4系列教程 你以为的可能不是你以为的 新鲜出炉的GATK4培训教材全套PPT，赶快下载学习吧 曾老湿最新私已：GATK4实战教程
samtools merge -@ {threads} {output} {input.bams} """ 这个还是报错，报错内容忘记截图了，而且报错很诡异 然后以关键词 snakemake...lambda wildcards expand 搜索，找到了一个链接 https://stackoverflow.com/questions/45508579/snakemake-wildcards-or-expand-command...You need to use a [function of 'wildcards'](http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html...sample}.sorted.dup.reca.bam", sample=config['conditions'][wildcards.condition]['normal']) rule gatk_RealignerTargetCreator...推文记录的是自己的学习笔记，内容可能会存在错误，请大家批判着看，欢迎大家指出其中的错误 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子
在GATK4的best practice中，不再像以前那样给出每个步骤对应的代码，而是直接给出了官方使用的pipeline。这些pipeline采用WDL进行编写。...command中对应的就是执行的命令，比如一条具体的gatk的命令，output 指定task的输出值。...task和workflow中的写法不同 1. task 中的参数 下面的示意图中，task 有3个输入的参数，文件类型的ref，in 和字符串类型的id。...多对多的依赖关系 一个task的输出作为多个task的输入，或者多个task的输出作为1个task的输入 ?...File in command { programC I=${in} O=outputC.ext } output { File out = "outputC.ext" } } 在WDL脚本中, 理论上每个
二代测序平台产生的数据通常用fastq格式进行存储，fastq 存储了我们最关心的序列和碱基质量的信息。就测序而言，这样的信息当然是足够了。但是对于分析而言，还缺少了一点信息。...这些实验相关的数据，称之为metadata。 uBAM和FASTQ相比，处理存储了序列和碱基质量信息之外，还可以存储metadata信息。 GATK4中，数据预处理部分的示意图如下 ?...ubam从名称上也可以看出来，是属于bam格式的，所以其内容也分成了头部和正文两个部分。 1....LB:sampleA PL:illumina 第一行是标准的bam文件头部的声明，第二行的@RG就是转换过程中添加的几种metadata信息。...每一行代表一条序列，序列ID相同的实际上是R1和R2端，从第二列的flag可以区分R1和R2端。
因为有粉丝求助，他学习前面我分享的GATK的Mutect2流程都快奔溃了，总是各种报错。...为了证明我教程没有错，所以我赶紧检查了代码，自己走了一遍，重新写了教程，了：最新最全的mutect2教程，提到了因为GATK的Mutect2流程更新太频繁，导致这个软件出现了一些无法解决的报错。...官方论坛的意思是，在集群运行的过程中，会丢失后缀为.vcf.stats的文件，所以FilterMutectCalls 命令失败。...但是，我记得我以前写这个软件教程的时候，明明没有出现问题啊，所以就去检查了我的脚本，发现居然是 gatk-4.0.2.1 版本。...如果是是 gatk-4.0.2.1 版本 报错就更诡异了，运行到一半后戛然而止。仔细检查了vcf文件停止的地方，发现它对 chr2 112391072 .
Date : [[2022-05-29_Sun]] Tags : #工作流/snakemake 参考： Snakemake Tutorial[1] 前言 继续介绍一些snakemake的进阶操作。...执行的时候，我们需要制定--cores 参数，设置snakemake 全部任务执行时，不超过的最大线程数。...比如当bwa 规则调用了8个线程，snakemake 则会将剩下的线程分配给其他数据执行bwa 以外的线程消耗数目较少的任务。...比起一般的bash 脚本来说，snakemake 的一个优势在于，其会充分调度线程，以确保线程充分被调度。（真是优秀员工啊！）...7.8.0 documentation[2] 单纯从这点上，我并没有体会到config 的便利。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
实时音视频
即时通信 IM
对象存储
