我用bwa对齐读取,用gatk调用变体。gatk需要为参考基因组创建一个dict,bwa需要创建索引。当我对它们都使用触摸时,我会得到以下错误:Rules bwa_index and gatk_refdict are ambiguous for theExpected input files: gatk_refdict: ref.fastarule bwa_indexinput:
我的snakemake管道包含31条规则,这让我发疯了。它是一个映射和snp调用管道,它使用BWA和HaplotypeCaller等。根据所使用的程序,我为每个规则创建了一个conda环境。我的代码相当长,如果需要,可以在以下地址看到:# Aim: Call germline SNPs and indels via local r
我正在运行一个带有conda包装器的snakemake管道,并且我试图为规则分配更多的内存,因为它需要很长时间。我试图通过java选项分配更多的内存和线程,但是规则失败了。我不能提供错误信息。我正在集群上运行,日志说我应该查看所涉及的规则的日志文件。但是这个日志文件是空的。这是我的规则代码: (unchanged) (un
当最初的DAG作业生成时,我的Snakemake变体识别管道出现了一个错误。我认为这是内存问题;当我使用简短的输入文件列表进行测试时,DAG的构造是没有问题的,但是,当我尝试使用300+输入配对-fastq时,我会收到以下错误:
Building DAG of jobs...,还是有一种方法来定义我的管道来构建一个不那么复杂的DAG?我也包括我的Snakemake文件的第一部分。我使用规则all来定