image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的,如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...geom_tree(aes(color=group))+ geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 这样就把图例去掉了...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点...做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记!
转录组测序后的表达量矩阵的差异分析大家应该是都比较熟悉了,一般来说大家都会在DESeq2和edgeR或者limma的voom算法里面三选一,但是最近看到同一个文章使用两个不同转录组测序差异分析方法,还是蛮奇怪的操作...出图如下: 差异分析 粗看起来,热图显示的上下调基因就有点奇怪,这个分析也很诡异。但是这个分析结果说明了ANLN基因在癌症里面是异常的高表达,所以后续就需要干扰这个ANLN,主要是敲低它。...出图如下所示: ANLN的差异 图仍然是很丑,我也不想评价什么了,毕竟这个文章发表的杂志就有点质量差,也算是“臭味相投”。...转录组测序后的表达量矩阵的差异分析方法确实很多 简单的搜索了一下,有一个2019的转录组测序后的表达量矩阵的差异分析方法综述:《Interpretation of differential gene expression...results of RNA-seq data: review and integration》,当时里面汇总的这些软件的引用率都没有破万,如下所示: 引用率都没有破万 感兴趣的可以看这个综述文章
ggplot2 line plot - R software and data visualization 基本的线图 数据 这里使用的数据来自数据集ToothGrowth,描述了不同剂量药物下牙齿的生长情况...(0.5, 1, 2) 创建带点的线图 library(ggplot2) # 带点的基本线图 ggplot(data=df, aes(x=dose, y=len, group=1)) + geom_line...阅读更多线型: ggplot2 line types[2] 如果你想要更改点的类型,阅读文章 ggplot2 point shapes[3]。...阅读更多关于ggplot2颜色 : ggplot2 colors[4] 更改图例位置 p <- p + scale_color_brewer(palette="Paired")+ theme_minimal...阅读ggplot2图例: ggplot2 legend[5] 带数值型x轴的线图 如果x轴的变量是数值型,我可以可以将它根据自己的需要看做连续值或转换为因子变量。
目 正文 自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件,通常通过theme()命令来完成。 此页面受到ggplot2(?theme)帮助页面的强烈启发。...另外,请访问非常强大的ggplot2文档以获取更多信息。...image.png 修改图例中的分类名字 basic+labs( colour = "name1", shape = "name2" ) ?...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...# 设置图例中的标题 basic + theme(legend.title = element_text(face = "bold")) ?
中的图例修改 R语言之可视化(20)之geom_label()和geom_text() R语言之可视化(21)令人眼前一亮的颜色包 R语言之可视化(22)绘制堆积条形图 R语言之可视化(23)高亮某一元素...len : Tooth length dose : Dose in milligrams (0.5, 1, 2) supp : Supplement type (VC or OJ) 如下图所示:通过不同的分组...,绘制了两个线图 # Line plot with multiple groups ggplot(data=df2, aes(x=dose, y=len, group=supp)) + geom_line...不同分组使用不同的类型的线 # Change line types by groups (supp) ggplot(df2, aes(x=dose, y=len, group=supp)) + geom_line...不同分组,绘制不同颜色的线 p<-ggplot(df2, aes(x=dose, y=len, group=supp)) + geom_line(aes(color=supp))+ geom_point
在整理结果发表文章时,通常会有很多子图来显示样品不同层面的信息。...如下面Alpha多样性、Beta多样性中,每个样品组KO、OE、WT颜色一致,这样编辑、审稿人、用户读文章时不需要思考就可以很快获得信息。 如果我们的图都是用同一个工具能做出来,颜色就很好统一。...但通常都是会用到不同的工具进行出图,配色也会不同。另外不同工具制定颜色的方式不同,有的支持单词如red, green,有的支持颜色代码如RGB(20,30,40)。...但通常都支持16进制的颜色代码如#137C3A。如果我们有了一张图,想让其他图都参考这个配色,怎么获取16进制颜色代码呢? 这里推荐一个申请:QQ截图工具,可以截图、可以取色。...然后粘贴到我们的在线绘图平台或其它工具,就可以使用这个样品配色了。 点击图片访问我们的免费在线绘图平台
field.setAccessible(true); for (int j = 0; j < fieldsOld.length; j++) {// 遍历college和collegeOld,检查不相同的属性值
用法 ggplot2数据可视化包,为R语言中的月亮图提供支持。它们的绘制方式与ggplot2中的点最为相似:它们的位置由一个x和一个y坐标定义,它们的大小与坐标系无关,所以它们总是保持圆形。...图例关键字 三个关键字,用于不同类型的图例:默认值,绘制一个右边的悬臂月(见上文)。 left从左边画出一个新月,与长臂月互补,这对组合图例很有用。...key画的是一个圆。它类似于 "点 "的形状,但计算方式略有不同,所以如果你想让图例月亮的尺寸和月亮的尺寸相匹配,就更合适。...饼图地图在人口遗传学中很流行,所以让我们看一下该领域的一个例子。数据包含果蝇种群中Adh基因的两个变体的频率。这些种群中有许多都很接近,所以我们必须处理过度绘制的问题,我们在下面手动处理。...如果我们想在图例中明确标注等位基因,那么我们需要将它们映射到一个组中,这就要求我们将数据重新排列成一个 "较长"("整齐")的格式。
加载需要的R包 使用pacman[1]软件包中的p_load函数通过以下代码一次性加载。 #安装pcaman软件包并对其他R包进行加载 if(!...对于折线图而言,折线的颜色或条形图的颜色,并不是从bbc_style()函数中直接实现的,而是需要在其他标准ggplot(ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色))图表函数中明确设置...这是一个非常简单的折线图的示例,使用了gapminder程序包中的数据。...它实质上修改了ggplot2主题功能(ggplot2学习笔记之图形排列)中的某些参数。 例如,第一个参数是设置图标题元素的字体、大小、和字体颜色。...bbc_style()函数中包含的主题添加额外的主题参数,例如添加一些网格线。
前言 目前有这样一个需求,在一个域名下 如:http/【php教程_linux常用命令_网络运维技术】/://example.com 下,有两个项目,example.com/a/,example.com.../b/,这两个项目是相互独立的程序,有不同的会员登录机制,但是我们知道,在同一个域名下,它的 session 会话是共享的,也就是你在a站登录后,b站也会出现你在a站的session信息,因为默认的 session_id...名字是 PHPSESSID,即当你第一访问a项目时,它会自动生成一个名为 PHPSESSID 的session_id,并在服务器端创建一个以session_id 命名的文件,然后发送session_id...到浏览器的cookie里保存,当下一次访问时,则会携带该 cookie 信息,服务器端拿到session_id,然后再继续会话。...这样就会出现会话信息共享的局面,应该怎样独立出两个不同的会话信息呢?
heritability and empowers tomato breeding https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8 没有找到论文里的作图的代码...,但是找到了部分组图数据,我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图 今天的推文重复一下论文中的Figure1c image.png 今天主要的知识点是多个图例的时候如何分开放,目前想到的办法是使用...ggpubr这个R包把图例单独挑出来,然后使用annotation_custom()函数再把图例加回去。...library(ggplot2) ggplot(data=new.data,aes(x=name,y=mean_value))+ geom_line(aes(color=variants,lty...library(ggpubr) ggplot(data=new.data,aes(x=name,y=mean_value))+ geom_line(aes(color=variants,lty
简介 在可靠性实验中,不同产品的测试失效时间可以通过克利夫兰点图进行可视化,今天就对该系列的图进行系统的介绍。主要参考张杰博士的《R语言数据可视化之美》[1],并结合我实际使用经验进行修改。...使用 ggplot2 包中的散点绘制函数geom_point()及连接线函数 geom_segment()来绘制棒棒图。...哑铃图主要用于: ①展示在同一时间段两个数据点的相对位置(增加或者减少); ②比较两个类别之间的数据值差别。 这里,我们的模拟数据就不大适合了,为了绘制该图,我将数据进行变化。...数据实际意义如下:两个工厂对不同产品类型进行相同实验测试,得到各产品的失效时间。...前6行数据 绘制时,使用geom_line()根据时间绘制,不同厂使用不同的填充颜色scale_fill_manual(values=c( "#FC4E07","#36BED9")),后面进行小小的微调
R作为可视化的大势,自然也可以画出这些图,有一篇就通过ggplot2包进行了部分总结,甚是有趣,小编复刻学习了一番,现对代码做简单注释,以作分享。...,scale="free"),垂直分割,且不同形式的图表可以被分割出来 ggplot(data = filter(df1,item !...,和上图比增加了组距。...)+ geom_bar(aes(new_id,a,fill=var),stat="identity")+ # fill=var添加图例并按照图例上色 geom_line(aes(new_id,per...df %>%select(1:3)%>%mutate(cum=cumsum(a) ,low=lag(cum,default = 0)) # 新增一列cum,值为对应a值逐个叠加,新增加一列low,对应的是同一行的
加载数据集 使用 ggplot2 包中自带数据集作为示例数据集。...这意味着,所有列的列名和各自的值被存放在两个变量中(分别是 variable 和 value)。...data(economics_long, package = "ggplot2") head(economics_long) 在下面的代码中,在 geom_line() 函数中设置绘图对象为 value...这样,只要调用一次 geom_line,就会绘制多条彩色线,每条线代表 variable 列中的每个唯一 value 。...因此,默认情况下不会绘制图例,需要手动添加。
在BBC数据团队开发了一个R包,以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形,并且使新手更容易到R创建图形。 例如: ? 加载所有所需的R语言包 通常在R中创建图表需要安装和加载某些软件包。...它本质上修改了ggplot2的主题功能中的某些参数。例如,第一个参数是设置绘图标题元素的字体,大小,字体和颜色。...width_pixels:默认情况下设置为640px,因此仅当希望图表具有不同的宽度并指定其宽度时才调用此参数。...添加到guide中来更改图例符号的默认外观,例如下面将增加图例符号的大小: + guides(fill = guide_legend(override.aes = list(size = 4)))) 在图例标签之间添加空格...+ scale_colour_manual(labels = function(x) paste0(" ", x, " ")) 如果图例显示的内容有所不同,则需要相应地更改代码。
今天跟大家分享的是ggplot图表中的一类重要元素——线条。...R语言中ggplot函数系统中涉及到线条的地方有很多,最常见的场景就是我们做geom_line()(折线图)、geom_path()(路径图),以及图表的绘图区(panel)、图表区、网格系统(grid...今天以一个折线图为例,简要说明ggplot函数中关于线条的主要参数及其效果。...下面是关于线条粗度的不同感知: ggplot(newdata,aes(Company,Sale,group=Year,colour=Year))+geom_line(size=1,linetype=1)...除了折线图(以及路径图,等图层中的线条之外),在theme系统中存在大量的关于线条的属性设置(网格系统、图表边框、轴线、图例系统),均可以参照以上参数进行设置。
Switching and Potential Therapeutic Targets for Atherosclerosis in Mouse and Human》,可以看到GSE155513和GSE155512这两个单细胞转录组表达量矩阵是可以很好的整合...: 两个单细胞转录组表达量矩阵是可以很好的整合 其中小鼠的样品比较多:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...matrix.txt.gz 6.8 Mb GSM4705590_RPE005_matrix.txt.gz 9.1 Mb GSM4705591_RPE006_matrix.txt.gz 6.1 Mb 两个单细胞转录组表达量矩阵都是可以独立的降维聚类分群哦...,因为小鼠基因的命名规则通常包括将所有字母转换为小写,这与人类基因的命名规则不同,后者通常以大写字母开头。...其实在进行跨物种的基因研究时,研究人员需要仔细核对基因的命名和序列信息,以确保研究的准确性。可以使用如Ensembl、UniProt或NCBI Gene等数据库来获取不同物种中基因的准确信息。
host1上,添加路由如下 route add default gw 172.24.100.14 #添加默认网关路由,保证从host1上到192.168.122.0/24网段的请求先到达... route add -net 172.24.0.0 netmask 255.255.0.0 dev eth0 #添加路由,实际上就是指路,指定到172.24.0.0/16网段去的请求通过... route add -net 192.168.122.0 netmask 255.255.255.0 dev eth1 #添加路由,指定到192.168.122.0/24网段去的请求通过...host3上,添加路由如下 route add default gw 192.168.122.214 #添加默认网关路由,保证从host3上到172.24.0.0/16网段的请求先到达
最常见的元素是坐标轴上的刻度线和标签(还有图例)。 接下来以三个数据集解释ggplot2的使用。第一个是lattice包中的singer数据集,它包括纽约合唱团歌手的高度和语音变量。...分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意,ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面,并进行绘图。...分组 在R中,组通常用分类变量的水平(因子)来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...分面 如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形,关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形(在ggplot2中也称为刻面图)。...mytheme.png 多重图 基础绘图中,我们使用图形参数mfrow和基本函数layout()把两个或多个基本图放到单个图中,同样,这种方法在ggplot2中不适用。
本章将以ggplot2为主进行学习啦~~ ---- 3.1 绘制基本条形图 Q:当你有一个包含两列的数据框,一列为x轴上的位置,一列为y轴上的对应高度,基于此如何绘制条形图?...+ theme_bw()+ theme( panel.grid.major.y = element_blank(), legend.position = c(1,0.55),#图例放置在绘图区中...用来分组的变量 #在本例中,也可以把dose算作因子型向量(0.5,1,2) ggplot(tg,aes(x=factor(dose),y=length,group=supp))+ geom_line...,shape=supp))+ geom_line()+ geom_point(size=4) #不同的数据标记fill ggplot(tg,aes(x=dose,y=length,fill=supp...(position='stack',size=0.2)#在这里加边框hh 4.8 绘制百分比堆积面积图 Q: 如何绘制一个所有条形高度为同一常数的堆积面积图?
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