❝本节来介绍如何自定义给分面图形添加R值与P值，通过两个案例来进行展示❞ 加载R包 library(tidyverse) library(gapminder) library(ggpmisc) library...continent %in% c("Oceania","Americas"),year >=1982) 数据可视化 ❝在这个案例中我们介绍使用「stat_quant_eq」函数自动添加拟合曲线的R值与...legend.key = element_blank(), legend.title = element_blank()) ❝可以看到使用「ggpmisc::stat_poly_eq」函数很轻松的添加上了...R值与P值，但是实际中也许会存函数无法自动添加的情况，那么就需要使用代码自定义去添加，如果图表只有一个那样操作很是轻松，但若是图表采用分面的形式绘制那么就需要自定义函数来添加文本 ❞ 自定义注释函数 annotation_custom2...= StatIdentity, position = PositionIdentity, geom = ggplot2:::GeomCustomAnn, inherit.aes
主要有两种场景，我们可能会需要自己创建一个绘图对象： 有时候，ggplot 并不能满足我们的一些绘图需求，比如： 上面提到的ggalt 与ggforce 这两个包出发点就是基于此的。...与ggstatsplot快速出高颜值图]] 这两个包就是基于此开发出了快速绘制高颜值ggplot 的方法。...从某种程度来说，自定义一个绘图对象，有点类似于函数——同样都是把框架碓好，通过传入对象与设定的参数，达到可重复操作的目的。...现在，基于现有的ggplot 功力以及还没出新手村的grid 实力，正好我们才[[101-R可视化29-底层绘图系统grid学习之使用grid作图]] 昨晚，让我们趁热打铁。...show.legend, inherit.aes = inherit.aes, params = list(na.rm = na.rm, ...) ) } 接下来我们就可以利用这个创建的自定义的
欢迎大家关注全网生信学习者系列：WX公zhong号：生信学习者Xiao hong书：生信学习者知hu：生信学习者CDSN：生信学习者2介绍GGPlot2（通常缩写为ggplot2）是一个在R语言中广泛使用的绘图包...它基于"The Grammar of Graphics"一书的概念，允许用户通过组合不同的视觉元素来创建自定义的图形。...而ggpubr是ggplot2的一个扩展包，它进一步简化了图形的创建过程，特别是对于初学者来说，提供了一种更为直观和易于理解的绘图方式。...ggpubr包中包含了许多高级的绘图功能，其中stat_compare_means函数是一个特别有用的工具，它能够对不同的数据组进行假设检验分析，并且将检验结果直接可视化在图形上。...这种功能对于科研人员和数据分析师来说非常有价值，因为它不仅提供了统计检验的结论，还通过图形的方式直观地展示了数据间的差异。
前面我们学习了ggplot2中组合图形的绘制，在科研论文中，组合图形每张子图通常需要加上ABCD等标签，如下图所示。 ? 这种ABCD标签既可以在PS或者AI中添加，也可以在R中直接添加。...(ggplot2) # 加载包 2....<- ggarrange(p1, p2, p3, p4, ncol = 2, nrow = 2) annotate_figure(figure, top = text_grob...= NULL) ## 部分参数解释 ... # 要组图的ggplot2对象列表 plotlist # 要显示的绘图列表 ncol、nrow # 图形组合的列数和行数 labels # 要添加到图形中的标签列表...font.label # 自定义标签的参数列表，允许值为size、face、color和family.
在作图的时候想拼接不同的图形对象，如pheatmap 包的热图、ggplot2 对象以及 base 图形等。...as.grob(~barplot(1:10)) p2 grob(expression(plot(rnorm(10)))) p3 grob(function() plot(sin...as.grob(densityplot(~mpg|cyl, data=mtcars)) as.grob 函数接收绘制图形的 expression、公式或者函数等。...如果图形产生了图形对象，它可以直接用于其他 工具包lattice、meme和UpSetR等的输入。 因为这里将图形转换为了grob对象，所以它兼容grid图形系统与相关工具包。...如果你不熟悉grid，你可以使用ggplot2去完成类似的任务。 ggplot2 所有可以转换为grob对象的图形都可以使用as.ggplot函数转换为ggplot对象。
- 2022 - Feng - Changes in plant inputs alter soil carbon and microbial communities in forest.pdf 今天的推文重复一下论文中的...Figure3，这个是之前有读者在公众号后台的留言，之前我不知道怎么实现这种好几个子图中间没有空白的形式，有读者留言可以用分面然后调节主题里的参数panel.spacing = unit(0,'lines...')，有了基本思路就可以尝试一下这个图 image.png 今天的推文主要介绍如何给每个分面单独添加注释，这里需要用到一个自定义函数 annotation_custom2 grob...layer(data = data, stat = StatIdentity, position = PositionIdentity, geom = ggplot2...library(readxl) dat<-read_excel("data/20220804/example_df.xlsx") dat library(ggplot2) ggplot(data
ggplot2是基于grid的绘图工具，它绘制的图像其实是由多个grob（grid graph object）组成的，比如一张点图，它的标题是titleGrob，点图的基本单元包括pointsGrob。...gtable可以个性化修改定制这些grob对象，从而可以对gplot2绘图对象进行更加高阶的定制，比如拼图、图中嵌图等。...很多工具包都可以进行拼图或嵌图， 比如cowplot、patchwork、ggpubr、gridExtra等等，但是gtable是相对底层的进行操纵ggplot2对象的包。...gtable进行拼图 如果要使用gtable进行拼图，只需要创建一个1行2列的gtable对象，然后每个位置填入相应的图像即可。 填充图形是使用的gtable_add_grob实现的。...# 将待拼图转换为gtable对象（grob table) # 以下两种方式都可以，函数来源于ggplot2 g1 <- ggplotGrob(p1) g2 <- ggplot_gtable(ggplot_build
grobs 的创建通常使用以 Grob 作为后缀的函数们，包括circleGrob, linesGrob, polygonGrob, rasterGrob, rectGrob, segmentsGrob...ggplot2 是基于 grid 系统构建的，所以它们可以比较好的进行整合。...我们可以使用 grid 提供的函数来修改 ggplot2 图形，首先我们需要先找到 ggplot 图像中的对象，然后使用 grid.edit() 进行修改。...包中的 ggplotGrob() 函数可以将 ggplot 对象转化为 grob。...gTree grob 可以包含多个子 grob（即组装多个子对象），可以用于像箱线图这种复杂的图形中。
')，有了基本思路就可以尝试一下这个图 image.png 今天推文的主要内容是实现这个图的主题部分，四周的一些注释，分面图在指定的子图添加文本等等 再单独的一篇推文来介绍 添加注释会用到一个自定义函数...layer(data = data, stat = StatIdentity, position = PositionIdentity, geom = ggplot2...:::GeomCustomAnn, inherit.aes = TRUE, params = list(grob = grob,.../example_df.xlsx") dat 最基本的点和误差线 library(ggplot2) ggplot(data=dat,aes(x=x,y=y))+ geom_errorbarh(...")+ geom_hline(yintercept = 3, color="gray", lty="dashed") -> p0 p0 最后是自定义颜色
cowplot包是由Claus O.Wilke开发的，它是ggplot2的一个扩展包，可以将多幅图形合并到同一张图形当中。...require(ggplot2) ## Loading required package: ggplot2 # install.packages("gridExtra") # install.packages...函数的参数含义是： plot：要放置的plot (ggplot2图形或gtable图形)。 x，y:：用于指定标签的位置。 size ：要绘制的标签的字体大小。...ggsave函数是ggplot2自带的函数。如果合并了图形，则最好使用save_plot()函数。下面的代码可以储存合并之后的图形。...函数的格式如下: annotation_custom(grob, xmin, xmax, ymin, ymax) grob：要显示的外部图形元素。
❝今天来主要介绍如何在不引入外部几何对象的前提下在图形的原有的基础上「自定义修改轴文本颜色」，也许恰好您正好有此特殊需求，希望对各位观众老爷有所帮助；下面来看具体案例； ❞ 加载R包 library(tidyverse...geom_text」在图形内部添加文本并定义颜色，那如果我们要在图形外部修改轴文本颜色该如何操作，当然有更加简单的方法请往下看 ❞ 构建数据 df % arrange(id) %>...#9C8D58","#4A452A"),each=11) p + theme(axis.text.y = element_text(colour=x_cols)) 可以看到每一组只对应一种颜色，如果我们想自定义任意文本颜色那...，继续往下看 自定义个数 x_cols <- rep(c("#EDB749","#4A452A","#3CB2EC","#9C8D58"),time=c(6,5,11,8)) p + theme(axis.text.y...= element_text(colour=x_cols)) 可以看到引入「time」参数控制每一个颜色出现的次数 当然上述操作ggplot2会显示如下警告信息，是不是发现了什么；感觉挺有趣的 ❝
，是论文中提供的代码里的一个图 image.png 但是没有能够重复出来论文中用到的作图数据，所以这里用R语言自带的鸢尾花数据集来演示 首先是论文中提供的两个自定义函数，一个是用来做主成分分析的pca...用到了ggplot2 ggpubr 和 cowplot 包 .scatter.density.pc <- function( pcs, pc.var, group.name, group...scale_fill_manual(name = group.name, values = color) + coord_flip() p1 grob...，暂时不知道加这个点和不加有什么区别，将这两个函数放到一个文件里 source("pca_and_ggplot2.R") library(ggplot2) library(ggpubr) library...color=c("red","blue","green")) -> p do.call( gridExtra::grid.arrange, c(p,ncol=4)) 这里自定义的
这个返回的ggproto对象是基于一个LAYER父类，这个LAYER是一个容器，里面有Geom和Stat对象。...函数的第二个参数代表一个ggproto类的父类，在这里是layer_class，它是layer函数的一个参数，其值是一个ggplot2预先定义的Layer类。...Geom: 在ggplot_gtable的第一个环节就是调用layer的draw_geom函数，draw_geom调用每个layer的draw_layer函数完成grob对象创建、 其他从略 简单来说就是...在ggplot_gtable的第一个环节就是调用Geom的图形对象绘制函数生成grob对象。 所以一个图层的Stat和Geom其实是分别用于数据变换和图形绘制。...data = data, mapping = mapping, stat = stat, geom = GeomWhisker, # 自定义的
，能够灵活地控制图形输出的外观和布局，但是grid包不提供创建完整图形的高级绘图系统，例如，ggplot2和lattice，而是提供绘制开发这些高级绘图的基础接口， 比如我目前的业务需求恰好就是常常ggplot...2.1-第一个grob 对象 我们可以直接通过上述的grob 方法创建对应的grid 对象，比如： my_circle <- circleGrob(x = 0.5, y = 0.5, r = 0.5,...editDLfromGPath(gPath, specs, strict, grep, global, redraw) : 不存在'gPath'(my_circle) 其实ggplot 对象，也是基于...2.4-将grob 对象组合 上述的步骤里，我们通过grid.force，将ggplot 的grob 元素进行了拆分，那么我们可否将我们自行创建的grob 对象组合呢？...那么我们能否将grob 对象转换成ggplot 可以操纵的样子呢？
ggplot2基础上的第三方包，其可以任意添加其他图层(geom_),当然，其目的是帮助我们绘制出经济学人风格样式的箱线统计图，主要包含的绘图函数如下： add_econodist_legend():获取经济学人风格的图例...(econodist legend ) econodist_legend_grob():创建与Econodist图表一起使用的图grob。...left_align():帮助将ggplot2绘图组件左侧。 theme_econodist()：经济学人风格的ggplot2绘图主题。...R-ggeconodist包样例介绍 「样例一」：ggplot2::geom_boxplot() 和 ggeconodist::geom_econodist() ggplot2::geom_boxplot...： ggplot2::geom_boxplot() And ggeconodist::geom_econodist() 介绍完具体的不同之后，我们再试着对其默认的颜色进行更改： 「样例二」： plot02
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何使用packcircles来计算圆圈大小通过ggplot2来绘制圈图，下面小编就通过一个案例来进行展示数据为随意构建无实际意义仅作图形展示用，添加了详细的注释希望各位观众老爷能够喜欢...(desc(github_language_repos)) %>% slice(1:5) 整合数据 # 利用packcircles包进行圆圈布局，根据github_language_repos的值计算圆圈大小...，并为每个圆圈指定一个id df_plot % mutate(id = 1:5) # 利用circleLayoutVertices函数生成每个圆圈上的点的坐标信息...geom_textpath(data = df, aes(x, y, label = title), hjust = "ymax",size = 4.5) + # 利用geom_text绘制圆圈内的文字标签...theme(legend.position = "none", # 隐藏图例 plot.margin = unit(c(1,1, 1, 1), "cm")) # 设置图形的边距
❝本节来介绍一种新的方法来进行分面注释,下面通过1个案例来进行展示 加载R包 library(tidyverse) library(ggh4x) library(ggsignif) library(ggsci...Inf, data) { layer(data = data, stat = StatIdentity, position = PositionIdentity, geom = ggplot2...:::GeomCustomAnn, inherit.aes = TRUE, params = list(grob = grob,...panel.spacing.x = unit(0, "cm"), legend.position = "npn") ❝使用「annotation_custom2」函数进行跨分面添加注释相对于之前的强行画图的确好很多...，但是若需要注释的数据过多也比较繁琐，此外还有不少细节需要优化；那么本节介绍到此结束，「喜欢的观众老爷欢迎分享转发，每天都想着呈现一些实用内容给各位」，本文数据均使用R内置数据集, 参考链接如下https
包作为建立在ggplot2基础上的第三方包，其可以任意添加其他图层(geom_),当然，其目的是帮助我们绘制出经济学人风格样式的箱线统计图，主要包含的绘图函数如下： add_econodist_legend...():获取经济学人风格的图例(econodist legend ) econodist_legend_grob():创建与Econodist图表一起使用的图grob。...left_align():帮助将ggplot2绘图组件左侧。 theme_econodist()：经济学人风格的ggplot2绘图主题。...R-ggeconodist包样例介绍 「样例一」：ggplot2::geom_boxplot() 和 ggeconodist::geom_econodist() ggplot2::geom_boxplot...： ggplot2::geom_boxplot() And ggeconodist::geom_econodist() 介绍完具体的不同之后，我们再试着对其默认的颜色进行更改： 「样例二」： plot02
功能展示 ##帮助将econodist图例添加到ggplot2绘图 add_econodist_legend() ##创建一个可以与econodist图表一起使用的图例grob econodist_legend_grob...风格的ggplot2主题 theme_econodist() ggeconodist可视化 01 R包的安装 install.packages("ggeconodist", repos = "https...+ theme_ipsum_rc() -> gmgg grid.newpage() gmgg %>% add_econodist_legend( econodist_legend_grob...price,fill=color,alpha=1/30))+ geom_econodist(position="identity") ###ggplot2两种分面板式 ggplot(diamonds...grid.newpage() left_align(gg, c("subtitle", "title", "caption")) %>% add_econodist_legend(econodist_legend_grob
值得注意的是：x 轴数值使用不同图形进行描绘（小编不是很懂，作者想表达什么，不过这种技巧是第一次见，可以学习学习）。 第一幅图的介绍可见：基于 R 语言的科研论文绘图技巧详解（1）。...主要知识点 学会定义密度函数，并在图形中将其添加； 学会设置自定义主题，简化代码，统一主题，方便绘制其他图形使用； 学会添加子图、给坐标轴添加修饰图形； 学会添加带有特殊符号的公式。...library(ggplot2) # Grammar of graphics library(cowplot) # Arranging multiple plots into a grid library...= 2.36, xmax = 10.67, ymin = -0.172, ymax = 0.115) panel_B 完整版 完整代码 library(ggplot2) # Grammar of...： 自定义密度函数，并使用 stat_function() 在图形中将其添加； 设置自定义主题(my_theme)，简化代码，统一主题，方便绘制其他图形使用； 使用 annotation_custom(
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