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跟着Nature Genetics学作图:使用ggarrange函数对ggplot2的多个图进行组合

/zenodo.org/record/6332981#.YroV0nZBzic https://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/tree/v1.2 今天的推文重复一下论文中的...Figure1,涉及到5个图,分别是折线图,韦恩图,散点图,频率分布直方图,最后一个知识点是如何将这5个图组合到一起 image.png 首先是定义作图主题的内容 library(ggplot2)...panel.background = element_blank(), title = element_text(size = 7), text = element_text(size = 6) ) 论文中提供的代码没有设置坐标轴的线...,如果按照他的主题来做出图没有横纵坐标轴 第一个折线图的代码 library(readxl) df.peer <- read_excel("data/20220627/Fig1.xlsx", sheet...widths = c(0.35,0.35,0.3)), nrow = 2, heights = c(0.4,0.6)) p image.png 示例数据和代码可以直接去论文中获取

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    数据处理思想和程序架构: 对使用的数据进行优先等级排序的缓存

    简单的处理就是设备去把每一个APP的标识符记录下来 然后设备发送数据的时候根据标识符一个一个的去发送数据. 但是设备不可能无限制的记录APP的标识符....往里存储的时候判读下有没有这条数据 如果有这个数据,就把这个数据提到buff的第一个位置,然后其它数据往后移 如果没有这个数据就把这个数据插到buff的第一个位置,其它数据也往后移 使用 1.我封装好了这个功能...2.使用的一个二维数组进行的缓存 ? 测试刚存储的优先放到缓存的第一个位置(新数据) 1.先存储 6个0字符 再存储6个1字符 ? 2.执行完记录6个0字符,数据存储在缓存的第一个位置 ?...测试刚存储的优先放到缓存的第一个位置(已经存在的数据) 1.测试一下如果再次记录相同的数据,缓存把数据提到第一个位置,其它位置往后移 ?...使用里面的数据 直接调用这个数组就可以,数组的每一行代表存储的每一条数据 ? ? ? 提示: 如果程序存储满了,自动丢弃最后一个位置的数据.

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    python对100G以上的数据进行排序,都有什么好的方法呢

    在多列上对 DataFrame 进行排序 在数据分析中,通常希望根据多列的值对数据进行排序。想象一下,您有一个包含人们名字和姓氏的数据集。...下一个示例将解释如何指定排序顺序以及为什么注意您使用的列名列表很重要。 按升序按多列排序 要在多个列上对 DataFrame 进行排序,您必须提供一个列名称列表。...对于文本数据,排序区分大小写,这意味着大写文本将首先按升序出现,最后按降序出现。 按具有不同排序顺序的多列排序 您可能想知道是否可以使用多个列进行排序并让这些列使用不同的ascending参数。...如果您对缺失数据的列进行排序,那么具有缺失值的行将出现在 DataFrame 的末尾。无论您是按升序还是降序排序,都会发生这种情况。...由于您的 DataFrame 仍然具有其默认索引,因此按升序对其进行排序会将数据放回其原始顺序。

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    如何通过R语言制作BBC风格的精美图片

    在BBC数据团队开发了一个R包,以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形,并且使新手更容易到R创建图形。 例如: ? 加载所有所需的R语言包 通常在R中创建图表需要安装和加载某些软件包。...例如,下面的代码片段将创建具有4行的图例: + guides(fill = guide_legend(nrow = 4, byrow = T)) 更改图例符号的外观 可以通过将参数override.aes...+ geom_hline(yintercept = 0, size = 1, colour = "#333333") 构图 如果想将可视化的数据按某个变量进行拆分,则需要使用facet_wrap或facet_grid...按大小重新排序栏 默认情况下,R将按字母顺序显示数据,但按大小排列则很简单:只需将reorder()包装在要重新排列的x或y变量周围,然后指定要变量 重新排序。 例如。...image.png 修改柱状图柱子顺序 有时,您需要以不按字母顺序或按大小重新排序的方式对数据进行排序。

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    利用大规模数据标注和深度学习对组织图像进行具有人类水平表现的全细胞分割

    images with human-level performance using large-scale data annotation and deep learning 论文摘要 组织成像数据分析的一个主要挑战是...:细胞分割--识别图像中每个细胞的精确边界的任务。...为了解决这个问题,作者构建了TissueNet,这是一个用于训练分割模型的数据集,它包含了超过100万个手动标记的细胞,比之前发布的所有分割训练数据集多了一个数量级。...Mesmer能够自动提取关键的细胞特征,如蛋白质信号的亚细胞定位,这在以前的方法中是具有挑战性的。...然后,作者对Mesmer进行了调整,以利用高度复用的数据集中的细胞信息,并量化人类妊娠期的细胞形态变化。

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    推荐:这才是你寻寻觅觅想要的 Python 可视化神器

    受 Seaborn 和 ggplot2 的启发,它专门设计为具有简洁,一致且易于学习的 API :只需一次导入,你就可以在一个函数调用中创建丰富的交互式绘图,包括分面绘图(faceting)、地图、动画和趋势线...散点图矩阵(SPLOM)允许你可视化多个链接的散点图:数据集中的每个变量与其他变量的关系。数据集中的每一行都显示为每个图中的一个点。你可以进行缩放、平移或选择操作,你会发现所有图都链接在一起! ?...可视化数据有很多原因:有时你想要提供一些想法或结果,并且你希望对图表的每个方面施加很多控制,有时你希望快速查看两个变量之间的关系。这是交互与探索的范畴。...甚至是 动画帧到数据框(dataframe)中的列。...你可以对大多数函数使用 category_orders 参数来告诉 px 你的分类数据“好”、“更好”、“最佳” 等具有重要的非字母顺序,并且它将用于分类轴、分面绘制 和图例的排序。

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    VlnPlot结果及常用参数浅析

    单细胞分析中小提琴图用途 小提琴图是一种在单细胞RNA测序数据分析中常用的可视化工具,它能够展示数据分布的密度估计,并且可以用于比较多个群组的基因表达水平。...两端较细的部分表示数据点较少的区域,即较少的细胞具有这些数值。 通过观察小提琴图的形状和分布,可以直观地看出数据的集中趋势、离散程度和潜在的异常值。...较宽的部分表示该表达水平的细胞较多,较窄或不存在的部分表示较少或没有细胞具有该表达水平。。 小提琴图的轮廓显示了数据的概率密度,而图中的点则代表细胞表达的数量,这些点有助于直观地看到数据的分布。...sort:根据被绘制属性的平均表达量对身份类别(x轴上)进行排序。你也可以传递'increasing'或'decreasing'来改变排序方向。...group.by:根据对象元数据中的不同方式对细胞进行分组(例如,orig.ident)。 split.by:对象元数据中的一个因子,用于分割图表。传递'ident'可以按细胞身份分割。

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    怎样在 SQL 中对一个包含销售数据的表按照销售额进行降序排序?

    在当今数字化商业的浪潮中,数据就是企业的宝贵资产。对于销售数据的有效管理和分析,能够为企业的决策提供关键的支持。而在 SQL 中,对销售数据按照销售额进行降序排序,是一项基础但极其重要的操作。...如果能够快速、准确地按照销售额从高到低进行排序,那么您就能一眼看出哪些产品是销售的热门,哪些可能需要进一步的营销策略调整。 首先,让我们来了解一下基本的 SQL 语法。...DESC LIMIT 10; 或者,您可能需要根据多个条件进行排序,比如先按照销售额降序排序,如果销售额相同,再按照销售量升序排序: sql 复制 SELECT * FROM sales_data...无论是为了制定销售策略、评估市场表现,还是优化库存管理,都能从有序的数据中获取有价值的信息。 总之,SQL 中的排序操作虽然看似简单,但却蕴含着巨大的能量。...通过巧妙地运用排序功能,您可以让数据为您讲述更精彩的商业故事,为企业的发展指引方向。

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    原创 | R的基础及进阶数据可视化功能包介绍

    最后,我们还可以在画布上添加额外信息,例如图表名称,图例等,当然我们也可以根据需求使每个数据点在图表中呈现不同的颜色和形状、并排绘制多个图表等。...我们将使用R Studio中自带的数据集mpg来进行ggplot2可视化演示根据R绘图原理,我们需要在ggplot2中将一个图表拆分成若干个子元素并进行叠加绘制。...在ggplot2的基础上,gganimate允许用户定义一个变量作为每一帧变化的参照。...如果通过上文,你已经对ggplot2已经有一定了解,那么在原有的语句中添加一些简单的指令,就可以实现图表的动态化。 与ggplot2同理,我们需要首先下载以及调用gganimate。...很多功能包的使用,比如ggplot(), gganimate(), 其中的元素便是根据R绘图原理,将一个宏观的图表进行元素拆分,并进行分别叠加声明。另外,在绘图时,千万不要急于对图表进行美观。

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    一篇小短文助你打开数据可视化的任督二脉!

    本文主要讨论ggplot2是如何通过颜色信号来对多边形进行填充的底层理念,这也是想要进阶R语言数据可视化过程中必须搞明白的关键环节。...所以说geom_ploygon()所要显式声明的参数至少需要四个: data(地理信息数据框) long(经度简写) lat(维度简写) group(多边形分组变量) 即该图层至少需要这四个参数才能保证可以输出一张具有完成地理信息边界的地图出来...这个问题是个好问题,一语中的,确实,order变量十分重要,但是通常获取的地理信息文件中,order变量是已经按照group分组变量排序过的,即通常所用到的地理信息数据框中,所有的边界点经纬度信息,是先按...,是因为这里的对应关系可能是一一对应,也可能是一对多的关系,因为之前在讲述如何从json素材提取地理信息数据框已经讲述过原理,有些国家或者行政区仅有一个轮廓,而有些国家或者地区有多个地理上相互分离的领土...,即如果zhibiao是连续型变量,那么最终就会按照连续渐变色进行填充,图例也是练习渐变的图例,指标是分类或者因子型,则会按照离散渐变进行填充。

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    「R」ggplot2数据可视化

    我们先了解下 ggplot2 的格式与术语。 格式与术语 数据格式 对ggplot2来说,数据的结构是一成不变的:它要求是“长”格式的数据框,而不是相反的“宽格式”。...最常见的元素是坐标轴上的刻度线和标签(还有图例)。 接下来以三个数据集解释ggplot2的使用。第一个是lattice包中的singer数据集,它包括纽约合唱团歌手的高度和语音变量。...小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意,ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面,并进行绘图。 ?...选项 详述 color 对点、线和填充区域的边界进行着色 fill 对填充区域着色,如条形和密度区域 alpha 颜色的透明度,从0(完全透明)到1(不透明) linetype 图案的线条(1=实线,...指定刻度标记、labels=指定刻度标记标签、limits=控制要展示的值的范围 scale_x_discrete()和scale_y_discrete() breaks=对因子的水平进行放置和排序,labels

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    ggplot2热图扩展包(ggalign)的细节

    : ggalign通过对齐多个ggplot2图表的观测来组织图表布局。...你可以无缝使用任何 ggplot2 geoms、stats 和 scales 来构建复杂布局,包括垂直或水平排列的多个热图。...与 ComplexHeatmap 比较 优点 与 ggplot2 生态系统完全集成。 热图注释轴和图例自动生成。 树状图可以轻松自定义和着色。 对图表大小和间距有灵活的控制。...更复杂的示例 以下是使用 ggalign 进行的一些更高级的可视化示例: 热图-布局控制 heatmap_layout()/ggheatmap函数用来初始化热图布局 输入数据 数据输入可以是数值或字符向量...align_group(column_groups) + align_dendro(aes(color = branch)) 您可以通过设置 reorder_group = TRUE 对组进行重新排序

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    这些条形图的用法您都知道吗?

    在R语言的ggplot2包中,读者可以借助于geom_bar函数轻松地绘制条形图。对于条形图大家对其的印象是什么呢?又见过哪些种类的条形图呢?在本篇文章我将带着各位网友说道说道有关条形图的哪些品种。...ggplot2的语法讲解 ---- 如果读者对R语言比较熟悉,一定听过或使用过ggplot2的绘图体系了。...,有两点需要说明,一方面,在ggplot2绘图过程中均采用图层思想,将多个图形进行叠加和设置;另一方面,图层思想是通过代码中的加号(+)表现出来的。...函数中; na.rm:bool类型的参数,在剔除绘图数据中的缺失值时,是否不返回警告信息,默认为FALSE; show.legend:bool类型的参数,是否显示条形图的图例信息,默认为NA,即表示显示图例...;如果设置为FALSE,则不显示任何图例;如果设置为TRUE,则显示图例; inherit.aes:bool类型的参数,绘图时是否延用ggplot函数中的数据和轴属性,默认为TRUE;根据作者的经验,如果

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    . | 基于大规模数据标注和深度学习对组织图像进行具有人类水平性能的全细胞分割

    作者之后对Mesmer进行调整从而使其能够在高度复用的数据集中利用细胞谱系信息,并且还利用这个增强的版本量化了人类妊娠期间细胞形态的变化。...图1 | 一种“人在回路”的方法能够对大型图像集合进行可伸缩的像素级别的标注。 2.构建TissueNet的方法 现有的用于细胞分割的标注数据集在范围和规模上都是有限的(图1b)。...由于作者的 “人在环路” 数据标注方法的可扩展性,TissueNet大于以前所有发布的数据集的总和(图1b),具有130万个全细胞注释和120万个细胞核注释。...综上所述,前面的分析表明,Mesmer执行的全细胞分割具有人类水平的性能,并且以前的细胞分割算法在组织数据方面没有达到与人类性能相当的水平。...作者将这个管道应用于数据集中,发现这些度量捕捉了观察到的细胞形状中关键的形态特征(图5e)。然后,对细胞形态分布图进行k-means聚类,并确定了四个不同的聚类(图5f,g)。

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    ggplot2学习笔记——图例系统及其调整函数

    自己都感觉过分了哈哈~ 今天赶紧找空写一篇~ 学过ggplot2的小伙伴儿们大概都了解过,ggplot2的语法系统将数据层和美化层分开,这种理念给了学习更多的选择,你可以只学习数据层,这样大可保证做出正确的图来...(虽然质量不敢恭维),也可以同时学习数据层和美化层(当然你要耗费双倍的精力,因为ggplot2理念几个美化的函数模块那是出了名的繁杂)。...,以上这些系统的所有内置参数全部罗列出来,没上千也有好几百了,所以学好ggplot2真的任重而道远呀哈哈 本篇只分享图例系统: guides() ggplot2的图例系统函数比较分散,在所有标度调整函数...而其他图例都是有小方块 构成的一组数据条(小方格称之为key)。...以上函数中,着重说一下order参数,order参数用于表明图例在图表上显示的顺序(因为在图表中如果有多个美学映射,那么会形成多个图例【如果这些美学映射不是映射在同一个变量上的话】,如果不对图例显示顺序加以限制

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