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mBio: 将土壤微生物分解为低复杂度的功能模块

本文开发了一种替代方法,根据代谢能力,将复杂的土壤微生物组分解成组件(“functional modules”),以进行个体特性描述。...作者假设,可繁殖的、低复杂度的、代表功能模块的群落可以通过有针对性的浓缩而获得,它们将包含很大程度的土壤微生物群落多样性。...结果表明,通过将土壤微生物组分解成离散的组成部分,有可能获得对土壤微生物组及其生化潜力的更全面的认识。 此文目的是通过有针对性的浓缩,将土壤微生物组的生化能力分解成离散的“功能模块”。...此外,作者假设这些功能模块将包含相当程度的土壤系统发育多样性,并将丰富代表性不足的土壤类群。 结果说明了这种方法如何能够阐明已知的和隐藏的复杂结构多样性。...将功能模块与原生土壤控制群落(717个OTU,25个门)进行比较,以确定捕获土壤分类学多样性的情况。每个功能模块的核心微生物计算方法为OTU出现在≥40%的重复中,且累积相对丰富度≥0.01%。

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    一行代码将Pandas加速4倍

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