glmmTMB分段故障

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r、environment、mixed-models

我的模型是这样的：+ offset(log_total_counts)但是，我需要将此分析移植到本地集群，因为我需要多次运行这些glmmTMB测试。因此，我使用以下命令在集群上安装了glmmTMB当我运行时没有任何抱怨： library(glmmTMBv

浏览 5提问于2018-07-08得票数 1

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我正在使用一个伽马分布的多变量模型，我想利用glmmTMB中部署的lme4语法，然而，我注意到我的模型有一些奇怪的地方。显然，当我使用stats::glm时，该模型很容易收敛，但在glmmTMB框架中似乎给出了一个错误。calories ~ fat*fiber, family = Gamma(link = "log"), data = d) # Dos parámetros con interacción m4.2 <- glmmTMBSee vignette('troubleshooting&#x

浏览 63提问于2019-05-17得票数 0

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模型拟合与疏浚并行化(glmmTMB +疏浚)

r、performance、optimization、parallel-processing

我的目标是在应用于dredge()模型时尽可能加快glmmTMB()函数的速度。我知道这两个函数都可以并行化：glmmTMB()与control参数，dredge()与cluster参数。::glmmTMB(y ~ x1 + x2 + x3, data = df), # Parallel model with "cl" Unit: secondsglmmTMB::<e

浏览 13提问于2022-10-27得票数 1

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泊松广义线性混合模型(GLMMs)：lme4与glmmADMB的硬决策

r、lme4、mixed-models

随机系数泊松模型难以拟合，lme4与glmmADMB的参数估计往往存在一定的变异性。但就我而言：library(lme4)str(myds) # $ Bioma : chr

浏览 3提问于2021-11-12得票数 1

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glmmTMB + lme4中错误收敛误差的理解与修正

r、lme4、glmmtmb

我正在尝试使用glmmTMB来运行我的模型的一些迭代，但始终得到相同的持续错误。我试着在下面解释我的实验，并插入我想要运行的完整模型。通过在glmmTMB中运行所有版本的模型，我能够自信地比较它们的AIC分数。如果没有lme4中的分散组件和使用glmmTMB的其他组件，我就无法运行完整的模型。不幸的是，在使用glmmTMB时，对于整个模型的大多数迭代(我的意思是依次删除模型术语)，我得到了相同的常量警告：警告消息:在fitTMB(TMBStruc)中:模型收敛问题；假收敛(8)。见vignette(“故障</e

浏览 3提问于2020-06-19得票数 1

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混合模型的剩余建模:除了nlme之外，还有其他包吗？

r、regression、lme4、mixed-models、nlme

ps.我的搜索显示我可以使用glmmTMB包，但它似乎不是关于1级残差，而是随机效果本身(见下面的代码)。glmmTMB::glmmTMB(y ~ times + ar1(times | subjects), data = data) ## DON'T RUN nlme::lme (y ~ times

浏览 6提问于2020-07-29得票数 2

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未能使用包glmmTMB生成DHARMa诊断图

r、diagnostics、glmmtmb

我试图使用包glmmTMB为DHARMa模型生成诊断图，但没有成功。本中的示例1.1给出： MacOS塞拉利昂版10.12.6。编辑：，我的问题最初是关于包performance和DHARMa如何处理glmmTMB对象。为了集中精力和清晰起见，我删除了

浏览 2提问于2021-04-23得票数 1

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两个随机截取时的ggcoef_model错误

r、ggplot2、broom、ggally、glmmtmb

当试图在glmmTMB中绘制带有两个随机拦截器的GGally模型的条件固定效果时，我得到以下错误： randu$A <- factor(rep(c(1,2), 200))test <- glmmTMB

浏览 12提问于2022-06-08得票数 2

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用扫帚从glmmTMB零通货膨胀模型中获取系数时的错误信息

r、coefficients、broom

使用猫头鹰数据和glmmTMB软件包，我希望直观地比较来自不同的零充气模型的回归系数，这些模型在所使用的家庭中不同(ZIPOISS、ZINB1、ZINB2)和有/出偏移量(logBroodSize)。我已经被告知，没有一个正确的版本的broom可能是原因，但我已经安装了正确的版本.下面提供了一个可复制示例的代码： library(glmmTMBdevtools::install_github("bbolker/broom") library(plyr

浏览 0提问于2018-03-05得票数 1

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与零充气glmmTMB的对比

emmeans、glmmtmb

我正在运行一个零膨胀的glmmTMB模型。我感兴趣的是，对不同的因素水平进行两两比较，无论是条件因素还是零通胀因素。条件部分，我可以很容易地使用通常的emmeans方法。我一直在尝试使用(相对的)新创建的glmmTMB:::emm_basis.glmmTMB，但是找不到函数所使用的一些参数，也找不到例子.mod <-

浏览 1提问于2020-06-12得票数 0

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随机效应的glmmTMB预测误差

r、logistic-regression、raster、random-effects、glmmtmb

我正在尝试创建一个栅格，并使用glmmTMB对模型进行预测。这是基于一个模型，和一个光栅堆栈。我将光栅堆栈转换为数据帧，因为我认为这是函数predict.glmmTMB运行的必要条件。模型 scalepredstack <- as.data.frame(stack2) glmmTMB:::predict.gl

浏览 4提问于2022-06-23得票数 0

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挖掘函数top模型变量的置信区间(lmer)

r、lme4、confidence-interval、mumin

我正在使用lmer模型来查看环境预测变量对景观变量的影响。为此，我使用dredge函数创建了预测变量的所有可能组合的模型候选集。 data=data, REML=FALSE) s <-dredge(m3, extra =

浏览 16提问于2019-12-03得票数 0

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如何在R包“`DESCRIPTION`”的“`Remotes`”字段中包括子目录

r、r-package、remotes

例如，如果我想依赖，我可以使用remotes下载它，如下所示：如果这个包是基于子目录的而不是，我可以在DESCRIPTION文件中包含以下内容：但是我不知道如何在这里指定一个子目录来获取包

浏览 5提问于2022-06-18得票数 0

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错误：“glmmTMB”的包或命名空间加载失败

rcpp、glmmtmb、tmb

我正在尝试使用包glmmTMB。当我调用库(GlmmTMB)时，这是错误消息： “>库(GlmmTMB)错误:inDL中的‘glmmTMB’(x、as.logical(本地)、as.logical(现在)、.)中的包或命名空间加载失败:函数'Rcpp_precious_remove‘不是由包'Rcpp’提供的，此外:警告消息: 1: package‘glmmTMB’是在RVersion4.0.5 2: In checkMatrixPackageVersion

浏览 11提问于2021-11-24得票数 0

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贝塔族glmmTMB对象的模型比较

r、glmmtmb、model-comparison、beta-distribution

我们正在使用glmmTMB包执行beta混合效应回归分析，如下所示： formulapar1 + par2 + par3 + family = glmmTMB对于具有正态分布因变量的lms，我们将使用anova，但这里我们不确定它是否适用于具有beta分布或glm

浏览 15提问于2022-09-02得票数 0

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php5 fpm:如何从分段故障生成核心转储？

php、php5、php-fpm

在负载下，我的PHP5-fpm (在32位ubuntu10.10上)会产生如下分段故障：如何使这些分段故障产生核心转储，以便检查调用堆栈以确定分段故障来自何处？

浏览 0提问于2011-08-25得票数 2

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尝试/捕捉是否有可能捕获分段故障？

c++、try-catch

我做这个测试是为了看看发生了什么：{ *x = 1234;catch(...) cout << "OK";但是它抛出一个分段故障，为什么它不捕捉分段故障？

浏览 2提问于2016-10-20得票数 3

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节点和npm已经停止工作。

node.js、macos、npm

3130分段故障节点现在我甚至不能卸载。请帮帮忙。

浏览 2提问于2016-10-02得票数 0

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用"rake检验“生存分割故障

ruby-on-rails、testing、segmentation-fault、rake、minitest

我有一些Rails测试，使用的是最小的，不幸的是它触发了一个分段错误。这会中断其余测试的执行。在我能够修复分段故障之前，确保"rake测试“将运行所有测试而不是在第一次遇到分段故障时中止测试的性能方法是什么？

浏览 2提问于2017-04-26得票数 2

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不规则时间自相关的glmmTMB

r、mixed-models

我正在组装一个glmmTMB模型。我有数据收集在一个单一的网站在5月份，每年，4年。一年内的时间分辨率可以从几分钟(甚至同一分钟)到间隔几天不等。ungroup() %>% times = numFactor(times)) mod1 <- glmmTMB

浏览 0提问于2018-10-21得票数 2

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