前面我们简单介绍过什么是gmt文件,基因矩阵转置文件格式(* .gmt)。今天我们就用R来去读gmt文件。...首先我们从GESA(https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp)的官网上,下载一个gmt文件。...这里以KEGG的gmt文件为例,其他gmt文件的读取方法一样。 ? c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt这个文件里面保存的是基因的名字, ?...而c2.cp.kegg.v7.0.entrez.gmt这个文件里面保存的是基因的Entrez gene id, ?...下面我们会用两种不同的方法来将KEGG symbol的gmt文件读到R里,并转换成列表。由于gmt文件的每一行都是不一样长的,所以传统的read.table在这里是毫无用武之地的。
UTC(Coordinated Universal Time,世界协调时间) 多数的两地时间表都以GMT来表示,但也有些两地时间表上看不到GMT字样,出现的反而是UTC这3个英文字母,究竟何谓UTC?...”为单位的国际原子时所综合精算而成的时间,计算过程相当严谨精密,因此若以「世界标准时间」的角度来说,UTC比GMT来得更加精准。...所以基本上UTC的本质强调的是比GMT更为精确的世界时间标准,不过对于现行手表来说,GMT与UTC的功能与精确度是没有差别的。...一个简单的时间转换,如北京东8区为例: GMT + 8 = UTC + 8 = CST GMT与UTC区别 GMT和UTC都以伦敦格林威治时间为准,不同点是UTC比GMT更精准!...在UTC中,每一年或两年会有一个“闰秒”,而我们一般不理会这个“闰秒” 参考推荐: GMT,UTC,DST,CST时间表示的区别 UCT和GMT时间 双重标准? Retina屏科学原理
GMT GMT是指格林尼治标准时间,它对应位于英国伦敦郊区的皇家格林威治天文台的标准时间。 理论上来说,格林威治标准时间的正午是指当太阳横穿格林威治子午线时(也就是在格林威治上空最高点时)的时间。
MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库里面的gmt文件超级多,是broad研究所为他们开发的gsea分析定义的文本文件规范,就是每一行都是一个通路(基因集合),...R里面,就可以自己写一个函数,比如 write.gmt 进行输出到gmt文件(本质上仍然是文本文件): library(msigdbr) all_gene_sets = msigdbr(species...(gs,file) 读取gmt文件 假如你拿到了gmt文件,很容易读取它并且去做分析,下面有两个不同包的函数: file="Homo-H-examp.txt" gmt <- GSEABase::getGmt...( file ) #GeneSetCollection 对象 gmt clusterProfiler::read.gmt( file ) # 普通数据框 跨越gmt文件 其实完全没必要写出gmt文件...和GSEA 首先呢,clusterProfiler重新改写了gmt文件和做gsea的方法,所以代码稍微有一点点不同。
GMT-格林尼治标准时 GMT 的全名是格林威治标准时间或格林威治平时 (Greenwich Mean Time),这个时间系统的概念在 1884 年确立,由英国伦敦的格林威治皇家天文台计算并维护,并在往后的几十年往欧陆其他国家扩散...在刚开始的几十年,GMT 的测量方法非常简单:观测者随时监控太阳在天空的位置,并且把每天太阳爬升到仰角最高的时候记录下来,这个时间点称呼为“过中天”。...这个就是 GMT。 GMT 12:00 就是指的是英国伦敦郊区的皇家格林尼治天文台当地的中午12:00,而GMT+8 12:00,则是指的东八区的北京当地时间的12:00。...如果上述时间指的是纽约时间,那么纽约是GMT-5,所在地北京GMT+8,相差13个小时,转换成北京时间为2019年2月1号09:00。...如果上述时间指的是东京时间,那么东京是GMT+9,所在地北京GMT+8,相差1个小时,转换成北京时间为2019年2月1号21:00。
gmt文件可能对于很多人来说比较陌生,但是对于使用GSEA(https://www.gsea-msigdb.org/)做过基因富集分析的人应该并不陌生。...gmt(Gene Matrix Transposed,基因矩阵转置)文件,里面保存的是一些基因列表的信息。每一行代表一个基因列表,基因之间以制表符隔开。下面是一个gmt文件的示例。...下期我们将来谈谈如何用R读取gmt文件,为后续富集分析做准备。
格林威治标准时间GMT 十七世纪,格林威治皇家天文台为了海上霸权的扩张计画而进行天体观测。...世界协调时间UTC 多数的两地时间表都以GMT来表示,但也有些两地时间表上看不到GMT字样,出现的反而是UTC这3个英文字母,究竟何谓UTC?...事实上,UTC指的是Coordinated Universal Time- 世界协调时间(又称世界标准时间、世界统一时间),是经过平均太阳时(以格林威治时间GMT为准)、地轴运动修正后的新时标以及以「秒...」为单位的国际原子时所综合精算而成的时间,计算过程相当严谨精密,因此若以「世界标准时间」的角度来说,UTC比GMT来得更加精准。...所以基本上UTC的本质强调的是比GMT更为精确的世界时间标准,不过对于现行表款来说,GMT与UTC的功能与精确度是没有差别的。
欢迎订阅微信公众号:『气象学家』 阅读建议 仅仅就macOS安装GMT5为例来展开,Linux平台和GMT6暂时不介绍。 后续会增加更多气象领域的更多应用实例。...GMT 默认会安装到 /Applications/GMT-5.4.5.app/ 目录下。...# GMT export GMT5HOME=/usr/local/Cellar/gmt/5.4.5_3/ export PATH=${GMT5HOME}/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH...用gmt pstext -L命令查看 GMT 当前的字体配置: $ gmt pstext -L Font # Font Name ---------------------------------...psconvert -A -P -Tf GMT_Chinese.ps gmt psconvert -A -P -Tg GMT_Chinese.ps rm gmt.* 注意: 生成的 PNG、
下载的gmt格式文件,打开后可以看见是下面这个样子的: gmt(Gene Matrix Transposed,基因矩阵转置)是多列注释文件,列与列之间都是Tab制表符分割。...gmt文件可用 read.gmt()函数读入,读入的数据是一个数据框。 gmt <- read.gmt("..../c5.go.cc.v7.2.symbols.gmt") class(gmt) 如何制作自定义的gmt文件?...(filename="data/catabolism1.gmt",gmtInfo = gmtInfo) write.gmt2 <- function(filename,gmtInfo){ if(class...(filename="data/catabolism2.<em>gmt</em>",gmtInfo = gmtInfo) 参考: 上次说的gmt函数(学徒作业) https://blog.csdn.net/coding_Joash
另外,还有个关键的知识点:所有HTTP日期/时间戳都必须用格林威治标准时间(GMT)表示,没有例外。对于HTTP来说,GMT完全等于UTC(协调世界时)。...UTC和GMT的区别 UTC和GMT都称作世界标准时间,为毛有了GMT还搞出个UTC,到底有何区别,下面做出简述。...所以称它为世界标准时间是没毛病的,而把GMT称作格林威治当地时间更为合适(也叫旧的标准时间)。 UTC和GMT的联系 由于在大多数情况下,UTC时间能与GMT时间互换。...它就是:格林威治时间(GMT)1970年1月1日的午夜0点0分0秒。 时间戳一般指的UNIX时间,或类UNIX系统(比如Linux、MacOS等)使用的时间表示方式。...NTP的目的是在无序的Internet环境中提供精确和健壮的时间服务,各大操作系统(windows/Linux)对NTP都有实现。
this.beginTime=new Date(this.beginTime) this.endTime=new Date(this.endTime) // CST和GMT
作者将125+Mothur工具整合进Galaxy,并与第三方可视化软件集成GmT,同时具有两者的优势。
GMT和Http协议的渊源 UTC:世界标准时间 UTC和GMT的区别 UTC和GMT的联系 UTC与偏移量 CST ISO 夏令时 时间戳 网络时间协议 ✍总结 ♨本文思考题♨ 你好,我是A哥(...UTC和GMT的区别 UTC和GMT都称作世界标准时间,为毛有了GMT还搞出个UTC,到底有何区别,下面做出简述。...所以称它为世界标准时间是没毛病的,而把GMT称作格林威治当地时间更为合适(也叫旧的标准时间)。 UTC和GMT的联系 由于在大多数情况下,UTC时间能与GMT时间互换。...它就是:格林威治时间(GMT)1970年1月1日的午夜0点0分0秒。 时间戳一般指的UNIX时间,或类UNIX系统(比如Linux、MacOS等)使用的时间表示方式。...NTP的目的是在无序的Internet环境中提供精确和健壮的时间服务,各大操作系统(windows/Linux)对NTP都有实现。
GMT和UTC GMT,即格林尼治标准时间,也就是世界时。GMT的正午是指当太阳横穿格林尼治子午线(本初子午线)时的时间。...但由于地球自转不均匀不规则,导致GMT不精确,现在已经不再作为世界标准时间使用。 UTC,即协调世界时。UTC是以原子时秒长为基础,在时刻上尽量接近于GMT的一种时间计量系统。...为确保UTC与GMT相差不会超过0.9秒,在有需要的情况下会在UTC内加上正或负闰秒。UTC现在作为世界标准时间使用。 所以,UTC与GMT基本上等同,误差不超过0.9秒。...规定英国(格林尼治天文台旧址)为零时区(GMT+00),东1-12区,西1-12区,中国北京处于东8区(GMT+08)。 若英国时间为6点整,则GMT时间为6点整,则北京时间为14点整。...UNIX时间戳 计算机中的UNIX时间戳,是以GMT/UTC时间「1970-01-01T00:00:00」为起点,到具体时间的秒数,不考虑闰秒。这么做当然是为了简化计算机对时间操作的复杂度。
1、DateTime转换成格林尼治时间(GMT),直接上代码,废话不多说。...((nowTime - startTime).TotalMilliseconds / 1000, MidpointRounding.AwayFromZero); } 2、格林尼治时间(GMT
导读 本文针对点击率CTR预估提出新方法GMT,推荐系统的性能通常受到不活跃行为和系统曝光的影响,导致提取的特征没有包含足够的信息。...由于不同类型的节点具有不同的特征组和特征空间,使用类型感知的特征转换层将它们映射到一个统一的空间中吗,表示如下,其中t(i)表示第i个节点的节点类型, h_i=Linear^{t(i)}(x_i) 3.3.2 图掩码多头自注意力 GMT
Content-Type: text/html Content-Length: 22 Last-Modified: Tue, 14 May 2019 11:00:20 GMT Connection:...Content-Type: application/octet-stream Content-Length: 7 Last-Modified: Tue, 14 May 2019 13:05:43 GMT...-I HTTP/1.1 200 OK Server: nginx/1.16.0 Date: Wed, 15 May 2019 11:39:37 GMT Content-Type: text/html...-4" Expires: Wed, 22 May 2019 12:20:25 GMT Cache-Control: max-age=604800 Accept-Ranges: bytes [root@...11:00:20 GMT Connection: keep-alive ETag: "5cda9fc4-16" Accept-Ranges: bytes [root@linux-02 ~]# curl
安装node环境 [root@VM-88-87-centos ~]# wget https://cdn.npm.taobao.org/dist/node/v14.12.0/node-v14.12.0-linux-x64....tar.xz [root@VM-88-87-centos ~]# xz -d node-v14.12.0-linux-x64.tar.xz [root@VM-88-87-centos ~]# tar...-xvf node-v14.12.0-linux-x64.tar -C /usr/local/ [root@VM-88-87-centos ~]# cd /usr/local/ [root@VM-88...-87-centos local]# ln -s node-v14.12.0-linux-x64 node [root@VM-88-87-centos local]# vim /etc/profile...GMT | got 6094 objects from source elasticsearch (offset: 19990000) Sun, 27 Sep 2020 07:21:50 GMT |
CONTAINER-RUNTIME node01 Ready master 1y v1.10.2 CentOS Linux...x86_64 docker://17.3.2 node02 Ready 1y v1.10.2 CentOS Linux...x86_64 docker://17.3.2 node03 Ready 1y v1.10.2 CentOS Linux...x86_64 docker://17.3.2 node05 Ready 333d v1.10.2 CentOS Linux...el7.x86_64 docker://17.3.2 node06 Ready 318d v1.10.2 CentOS Linux
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云