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生信技巧 | GNU 并行操作

GNU 并行 我们用来并行化生物信息学问题的程序是 GNU 并行。它是“一种使用一个或多个计算节点并行执行作业的 shell 工具”。GNU 并行可帮助您运行原本要按顺序一项一项或循环运行的作业。...您可以查看 GNU Parallel 网站,以确定如何在集群上安装 Parallel 和/或了解如何使用它。...head us-counties.tab 让我们按县/州分开这些数据,而不是一个大文件 使用 sort 和 awk,我们可以首先按县/州对文件进行排序,然后使用 awk 将每一行 ($0) 打印到名为...cp *.tab gzip/parallel cp *.tab gzip/forloop GNU 并行/gzip/forloop cd gzip/forloop time for f in *.tab...; do gzip $f; done real 0m15.801s user 0m1.414s sys 0m5.045s 然而,我们可以通过使用 GNU 并行来更好地利用所有可用的

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GNU和GPL

Linux操作系统包涵了Linux内核与其他自由软件项目中的GNU组件和软件,可以被称为GNU/Linux。...GCC(GNU Compiler Collection,GNU编译器集合),是一套由 GNU 开发的编程语言编译器。以及大部分UNIX系统的程序库和工具。...许多UNIX系统上也安装了GNU软件,因为GNU软件的质量比之前UNIX的软件还要好。GNU工具还被广泛地移植到Windows和Mac OS上。...主要工作: GNU 自由软件基金会最早的目的在于促进自由软件的开发,但自由软件基金会也有自己的GUN项目 发布并管理许可证 自由软件基金会具有发布GNU通用公共许可证和其它GNU许可证的能力和资源,但自由软件基金会只对它拥有版权的软件负责...自由软件基金会还发布了GNU宽通用公共许可证和GNU自由文档许可证 监督版权 自由软件基金会拥有大多数GNU软件和一些非GNU自由软件的版权。

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    GNU和GPL的区别关系

    GUN:GNU's Not UNIX的缩写,是一项运动。是1983年Richard Stallman针对UNIX走向闭源和和收费后发起的运动,旨在打造出一套完全开源免费的操作系统。...为了更好地实施GNU运动,Richard Stallman在1985创立了自由软件基金会(Free Software Foundation)为GNU计划提供技术、法律以及财政支持。...GNU具体的软件成果包括GCC、Emacs以及GNOME等以G开头的软件,全部可查看http://www.gnu.org/software/software.htmlGPL:GNU General Public...是GNU运动为保证其软件在后续的发展中仍保持开源开放而为其软件设立的“使用条款”。其最大的特点是要求任何人基于使用了GPL许可证发行的软件修改而成的软件都必须开源,可查看GPL许可证原文。...当然不只GNU自己的软件可以使用GPL,任何其他软件如果想都可以使用GPL,比如Linux就使用GPL(Linux不是GNU的成果,就好比你去看球你不一定要是龙之队的成员)

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    C#数据并行和任务并行

    C# 并行任务——Parallel类 一、Parallel类       Parallel类提供了数据和任务的并行性; 二、Paraller.For()       Paraller.For()方法类似于...使用Paraller.For()方法,可以并行运行迭代,迭代的顺序没有定义。       在For()方法中,前两个参数是固定的,这两个参数定义了循环的开头和结束。...首先描述它的第一个方法For(int,int,Action),前面两个参数代表循环的开头和介绍,第三个参数是个委托,整数参数是循环的迭代次数,该参数被传递给委托引用的方法。...四、Parallel.Invoke()       Parallel.Invoke()方法,它提供了任务并行性模式。...Parallel.ForEach()用于数据并行性,Parallel.Invoke()用于任务并行性;

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    并发和并行、线程和进程

    一、并发和并行有什么区别 1、概述 并行:多个事件在同一时间发生(同时执行); 并发:多个时间在同一时间段发生(同一时间段内,交替执行); 2、摘取 《并发的艺术》中大概是这样写的,系统中有多个任务同时存在可称之为...“并发”,系统内有多个任务同时执行可称之为“并行”;并发是并行的子集。...比如在单核CPU系统上,只可能存在并发而不可能存在并行。...文本区域存储处理器执行的代码;数据区域存储变量和进程执行期间使用的动态分配的内存;堆栈区域存储着活动过程调用的指令和本地变量。第二,进程是一个“执行中的程序”。...同时, 每个线程还拥有自己的寄存器和栈,其它线程可以读写这些栈内存; 线程是进程的一个特定执行路径。

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    并行流 和 串行流

    0x01:并行流定义 并行流就是把一个内容分成多个数据块,并用不同的线程分别处理每个数据块的流。Java 8 中将并行进行了优化,我们可以很容易的对数据进行并行操作。...而ForkJoin采取的模式是,当B,C,D都处理完了,而A还阻塞在第二个任务时,B会从A的任务队列的末尾偷取一个任务过来自己处理,C和D也会从A的任务队列的末尾偷一个任务,这样就相当于B,C,D额外帮...----------------------------- 5 4 2 7 6 3 1 ***************************** 1 2 3 4 5 6 7 0x04:stream和parallelStream...并不是所有的问题都适合使用并发程序来求解,比如当数据量不大时,顺序执行往往比并行执行更快。毕竟,准备线程池和其它相关资源也是需要时间的。...由于在并行环境中任务的执行顺序是不确定的,因此对于依赖于顺序的任务而言,并行化也许不能给出正确的结果。

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    js异步并行和串行

    最近学了学webpack的插件,其实挺简单的,webpack本质上是一种事件流机制,核心是tapable(不是table),通过事件的注册和监听,触发函数方法。...所以写插件就是通过暴露给我们的方法去注册和调用。 tapable主要是同步和异步,异步分为并行和串行,今天主要是学习一下异步的并行和串行,才能更好理解tapable。...现在实现异步的有很多,比如promise、generator、async await,用这些去实现异步的并行和串行非常简便,promise的all方法就是异步的并行。...异步并行: 我觉得应该不需要解释,就是几个异步同时执行,最后一个执行完毕调用一下回调方法,简单实现: class AsyncParallel{ constructor() { this.cbList

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    并行编程和任务(二)

    前言   上一篇我们主要介绍了并行编程相关的知识,这一节我们继续介绍关于任务相关的知识。为了更好的控制并行操作,我们可以使用System.Threading.Tasks中的Task类。...在这里我们继续扩展点,WhenAll()和WaitAll(),都是等待传递给他们的任务完成。...与之相对应的也还有WaitAny()和WhenAn()。等待任务还有我们一直都用到了的Task.Delay()方法,指定这个方法放回的任务前要等待的毫秒数。   ...那么并行呢?并行可以说不管在微观还是宏观上都是可以实现一个时间运行多个程序的。并发是多个程序运行在一个处理机上,但是并行任务是运行在多个处理机上。...例如实现四个任务并行,那么我们至少需要四个逻辑处理内核的配合才能到达。

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    异步和并行的区别

    异步(Asynchronous)和并行(Parallel)是两个在计算机编程和系统设计中经常被提及的概念,它们在处理多任务时扮演着重要的角色。...并行(Parallel) 并行编程指的是同时执行多个任务或操作。并行执行的任务可以在多个处理器核心上同时进行,从而提高效率和缩短总体执行时间: 同时性:并行操作涉及同时执行多个独立的任务。...异步与并行的区别 目的:异步的主要目的是提高程序的响应性,允许程序在等待一个操作完成时继续执行其他任务;而并行的主要目的是提高计算效率和速度。...适用场景:异步适用于 I/O 密集型操作,而并行适用于 CPU 密集型操作。 在实际应用中,异步和并行常常结合使用。...例如,在一个多线程程序中,每个线程可能会进行异步 I/O 操作,从而将异步和并行结合起来,以优化性能和响应速度。

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    并发与并行的区别_并发执行和并行执行

    这是属于操作系统中的词汇,需要了解并发和并行的区别,从网上搜集了几种说法帮助理解。 一: 并发是指一个处理器同时处理多个任务。...并行是指多个处理器或者是多核的处理器同时处理多个不同的任务。 并发是逻辑上的同时发生(simultaneous),而并行是物理上的同时发生。...来个比喻:并发是一个人同时吃三个馒头,而并行是三个人同时吃三个馒头。 二: 并行(parallel):指在同一时刻,有多条指令在多个处理器上同时执行。...并行在多处理器系统中存在,而并发可以在单处理器和多处理器系统中都存在,并发能够在单处理器系统中存在是因为并发是并行的假象,并行要求程序能够同时执行多个操作,而并发只是要求程序假装同时执行多个操作(每个小时间片执行一个操作...当系统有一个以上CPU时,则线程的操作有可能非并发.当一个CPU执行一个线程时,另一个CPU可以执行另一个线程,两个线程互不抢占CPU资源,可以同时进行,这种方式我们称之为并行(Parallel)。

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    GNU和BSD版本的xargs 分隔符不同

    我选用shell function来实现,在其中读了$1作为本次处理的目标 2 “所有目标”我选用xargs;如果选Parallel还得额外安装 结果发现xargs在切分“以空格为分隔符”的字符串的时候,GNU...其综合结果就是只对列表中第一个目标执行了一遍 更惨的是我对比的时候是在Mac上做的对比,怎么看怎么顺眼…… 最后请教同事,用xargs的-d参数解决的 This manual page documents the GNU...delimited by blanks (which can be protected with double or single quotes or a backslash) or newlines GNU...但是有网友指出:按照POSIX标准、GNU xargs的文档,开启-I就是强制一整行的,我的用法不清真。对此我只能说:满足标准但是不满足需求啊,为什么输出端的参数会影响输入端的行为呢?

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    架构之:并发和并行

    虽然中文以其优美的语法和工整的写法凌驾于英语之上,但是带来的复杂性和翻译的多意性往往会给技术工作者一点点烦恼。 没关系,今天本文为大家解密一下并发和并行的联系和区别。...注意,本文所讲的并发和并行的概念都是指在同一个应用程序中。...并发和并行 事实上除了并发concurrency和并行parallelism,还有2个状态:并行执行Parallel Execution 和 并行并发执行 Parallel Concurrent Execution...根据并发包的作用,大家应该就可以猜到并发和并行的最大区别在于是否有资源抢占的情况。...并行parallelism parallelism和Parallel翻译起来好像没有什么太大的区别,前面一个是专业的计算机名称表示并行性,后面一个可以用在任何地方,表示并行。

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    漫谈并发和并行:概述

    本文关注并发和并行,虽说是漫谈,其实都是看书看知乎看各种文章,理论基本也都是凑出来的。我只是做了搬运工+自己的一丁点理解。...文章结构 概述,大致描述一下并发和并行的区别 摘录了两个关于并行和并发的区别,英语的那一段写的十分好。...此处,并行更关注的是程序的执行(execution); 在计算机中,我们通常会引入独立的运行实体来对并发模型的建模型,如: 操作系统级别的进程和线程; 编程语言内置的并发实体概念: 如Golang 中的...2.指令级(instruction-level)并行 现代CPU的并行度很高,其中使用的技术包括流水线、乱序执行和猜测执行等。...0x05 总结 并发编程还是有很多要学的,而且不同语言对于并发编程的支持各有不同,后序我会对各个并发模型进行总结和整理,通过不同语言的示例来说明。

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    架构之:并发和并行

    虽然中文以其优美的语法和工整的写法凌驾于英语之上,但是带来的复杂性和翻译的多意性往往会给技术工作者一点点烦恼。 没关系,今天本文为大家解密一下并发和并行的联系和区别。...注意,本文所讲的并发和并行的概念都是指在同一个应用程序中。...并发和并行 事实上除了并发concurrency和并行parallelism,还有2个状态:并行执行Parallel Execution 和 并行并发执行 Parallel Concurrent Execution...根据并发包的作用,大家应该就可以猜到并发和并行的最大区别在于是否有资源抢占的情况。...并行parallelism parallelism和Parallel翻译起来好像没有什么太大的区别,前面一个是专业的计算机名称表示并行性,后面一个可以用在任何地方,表示并行。

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    并行编程和任务(一)

    然后最后我们进入并行编程的介绍。 概念初识 首先我们看并发和并行: 并发:并发指的是在操作系统中,一个是时间段内有多个程序在运行,但是呢。...并行就是三个包子给三个人吃,三个人一口分别吃三个包子。 然后我们看看异步与多线程概念: 刚刚我们讲到并发的理解概念,其中并发包含两种关系-同步和互斥。同步和互斥我们都是相对于临界资源来谈的。...依次来实现数据和任务的并行性。 其中定义了并行的for和foreach的静态方法、还包含着Parallel.Invoke()用于任务的并行性。我们下面就来看看吧。...Parallel.Invoke() 上面我们介绍了Parallel.For和Parallel.ForEach以及提供的两个方法Break和Stop。上面介绍的这些都是对数据的并行处理执行。...500条数据和1000条数据各两个,分别是一般的同步任务和Parallel.Invoke()的并行任务执行。再观察其运行的时间比较。

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