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Java架构师教你写代码(二) - 使用建造者替代多参数的构造器

有些字段是必需的:净含量、毛重和每单位份量的卡路里, 还有 20 个可选字段,如:总脂肪、饱和脂肪、反式脂肪、胆固醇、钠… 大多食品只使用可选字段中的少数,且非零值。...对于 Java 缺少自类型这一事实,这种变通方法是模拟自类型习惯用法。 有两个具体的比萨子类 标准的纽约风格的比萨 calzone ? ?...构造器比,优势是可以有多个可变参数,因为每个参数都是在自己的方法中指定的。 构建器可以将多次调用某一方法而传入的参数聚合到一个字段 ?...构建器可自动填充某些字段,例如在每次创建对象时自动增加序列号。...可伸缩构造器比,使用构建器客户端代码更容易读写,而且比 JavaBean 安全。 翻译并整理自 effective java 第三版英文版

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vcf格式

表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等。BCF格式文件是VCF格式的二进制文件。   CHROM [chromosome]: 染色体名称。   ...ALT [alternate base(s)]: 参考序列比较,发生突变的碱基;多个的话以“,”连接, 可选符号为ATCGN*,大小写敏感。   ...INFO [additional information]: 表示变异的详细信息   DP [read depth]: 样本在这个位置的一些reads被过滤掉后的覆盖度   DP4 : 高质量测序碱基...GL : 三种基因型(RR RA AA)出现的可能性,R表示参考碱基,A表示变异碱基   DV : 高质量的非参考碱基   SP : Phred的p值误差线   PL [provieds the...FORMAT : 用于描述样本的(可选)可扩展的字段列表   SAMPLEs : 对于文件中描述的每一个(可选)样本,给出了在格式中列出的字段的值 发布者:全栈程序员栈长,转载请注明出处:https:

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图文详解 VCF 生信格式 (变异信息)

|||;VT=SNP 三、vcf 文件详解 文件一般包含两部分: 注释信息(header):位于文件开始,每行以 #开始 变异信息(body):没有 #即为记录的变异信息 3.1 主要字段 黑体字为必选字段...AC=4973;AF=0.993011;AN=5008;VT=INDEL FORMAT 可选变异位点格式,包括 GT,AD,DP,GQ,PL/ GT,AD,DP,GQ,PGT,PID,PL,PS GT...:DP:GQ:PL SAMPLEs 可选,各个样本的值,来自 BAM 文件 @RG 的 SM 标签。...该变异比对时,reads 的平均质量 MQ=100 QD Quality by Depth 该变异质量分数(QUAL)测序深度(DP)的比值。...SNP的基因型变异,换句话说,它告诉你这个SNP有多普遍 EAF(effect allele frequency)效应等位基因频率 它本质上是等位基因,其疾病的关系正在被研究。

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Sentieon | 应用教程: 使用DNAscope对HiFi长读长数据进行胚系变异检测分析

图片本流程的使用需要使用202010.03或更新版本的Sentieon软件和可从Sentieon®获取的相关脚本。本流程需要Python版本>2.7或>3.3,bcftools版本为1.10及以上。...具体步骤如下:本流程在第⼀轮调用中会检测样本中的变异位点;利⽤第⼀轮检出的SNV和长读长信息进行定相;第⼆轮调用:在定相区,从每个单倍型中分别进行变异调用;在非定相区,使用更准确的⼆倍体模型进行变异调用...请确保使用的参考基因组⽂件比对阶段使用的⼀致。-i HIFI_BAM:比对后的BAM文件路径。-m MODEL:DNAscope HiFi模型⽂件。...HiFi数据Sentieon® DNAscope流程可选参数如下:-d dbSNP:dbSNP数据库VCF文件路径。仅需⼀个文件。该文件将用于变异检测结果中位点refSNP ID的注释。...该参数可选,默认使用计算机所有线程。-h:打印帮助信息。HiFi数据Sentieon® DNAscope流程位置参数如下:VARIANT_VCF:变异检测输出文件名。

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Galaxy生信云|生物信息必备技能-出版级别的circos圈图绘制

小知识: 染色体定义的格式如下:chr - ID LABEL START END COLOR 前两个字段始终是chr,表示该行定义了一个染色体,以及 -。...第二个字段定义了父结构,仅用于染色体条带定义。 ID 是数据文件中使用的标识符,而 LABEL 是将出现在图像上的骨架旁边的文本。 START和END定义了染色体的大小。...COLOR参数是可选的,要使用内置的颜色方案,请再次在此列中使用chr1、chr2等。...增加一个散点图轨道到图形中: 结果如下: 可以看到,拷贝数轨道结构变异轨道重叠了。...重新运行刚才的结果 在2D data track中的拷贝数轨道设置页面: 结果如下: 最后, 重命名结果文件为:Circos Plot CopyNumber 2.5 数据轨道三:次等位基因频率 数据格式拷贝数变异的类似

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UseGalaxy.cn生信云|生物信息必备技能-出版级别的circos圈图绘制

小知识: 染色体定义的格式如下:chr - ID LABEL START END COLOR 前两个字段始终是chr,表示该行定义了一个染色体,以及 -。...第二个字段定义了父结构,仅用于染色体条带定义。 ID 是数据文件中使用的标识符,而 LABEL 是将出现在图像上的骨架旁边的文本。 START和END定义了染色体的大小。...COLOR参数是可选的,要使用内置的颜色方案,请再次在此列中使用chr1、chr2等。...增加一个散点图轨道到图形中: 结果如下: 可以看到,拷贝数轨道结构变异轨道重叠了。...重新运行刚才的结果 在2D data track中的拷贝数轨道设置页面: 结果如下: 最后, 重命名结果文件为:Circos Plot CopyNumber 2.5 数据轨道三:次等位基因频率 数据格式拷贝数变异的类似

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CIVIC数据库详细梳理

5、variantsCIViC变异通常是基因组的改变,包括单核苷酸变异、插入/删除事件、拷贝数改变、结构变异和其他“正常”基因组不同的事件。...10、Associated Phenotypes表型是人类疾病中遇到的症状或异常,可选证据项相关联,并且为人类表型本体数据库所知。...,这些证据详细说明了分子谱(变异)特定疾病的预测性、诊断性、预后性、易感性、致癌或功能相关性(以及预测证据的治疗)之间的关联或缺乏关联。...最后,推断关联(E)间接地将分子谱(变异)提供的临床证据联系起来。虽然CIViC可以接受所有级别的证据陈述,但最高优先级是A和B级,其次是C、D、E级。...研究可能提供关于变异起源的具体信息(体细胞肿瘤/正常配对数据),而其他研究可能更加模糊(仅肿瘤测序,可能是体细胞或种系变异,例如,来自乳腺癌样本的BRCA1突变)。

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使用Peach进行模糊测试从入门到放弃

实现流程 一个基于网络协议的 Fuzz 测试的实现过程如下: 1 获得待测协议的正常数据包 2 用变异数据替换该数据包中的某些部分 3 用发包器向目标应用发包 4 观察目标应用的反应 通常情况下,通过抓包器捕获客户端被测设备正常交互的数据包作为测试的正常数据包样本...2) 变异器:包括变异策略,不同数据类型的变异策略不同。...Ref—-可选的。引用一个DataModel模板。 Mutable—-可选的,默认为真。该元素是否可变异。 Constraint—-可选的。...可选,默认为“/usr/bin/mono” ? Test配置 指定使用哪个Agent、StateModel,Publisher用什么方法发送数据,使用什么方法变异数据,日志文件路径等。...为了提高测试的效率,对于协议安全性的测试可以只测试我们感兴趣的有特殊意义的字段,而不需要把每个字段都进行测试。这样可以避免做无用功,可以在有限的时间内完成最有效的测试。

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OpenJDK 提案将提供 Java 类文件 API

设计目标和原则包括让所有 Class file entities(例如方法和字段)由 immutable objects 表示以及用户驱动的 navigation 等。...开发人员需要一个运行 JDK 保持同步的类文件库。 JVM 进化。 Java 早期相比,JVM 和类文件格式现在的发展速度要快得多。...虽然有些演变很简单,但有些演变更复杂,例如 Project Valhalla 带来了新的字节码、字段描述符和验证规则。在某些时候,改进现有库以支持这些新功能可能会代价很大或很复杂。 语言改进。...自从编写 ASM 以来,该语言已经有了很大的改进,这意味着在 2002 年可能是最好的 API 习惯用法在 20 年后却可能并不理想。...VS Code 6月更新:Spring Boot功能重大升级!

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RNA-seq 检测变异之 GATK 最佳实践流程

RNA-seq 序列比对 对 RNA-seq 产出的数据进行变异检测分析,常规重测序的主要区别就在序列比对这一步,因为 RNA-seq 的数据是来自转录本的,比对到参考基因组需要跨越转录剪切位点,所以...RNA-seq 进行变异检测的重点就在于跨剪切位点的精确序列比对。...,都是单线程在跑,有的虽然可以设置为多线程但是感觉没啥速度上的提升,所以要有点耐心…… 由于 STAR 软件使用的 MAPQ 标准 GATK 不同,而且比对时会有 reads 的片段落到内含子区间,需要进行一步...DNA 测序的重测序应用中也有序列比对软件的 MAPQ GATK 无法直接对接的情况,需要进行调整。...现在终于可以进行变异检测了,GATK 官网说 HC 表现比 UC 好,所以这里用 HC 进行变异检测: java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T HaplotypeCaller

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Todesstern:一款针对注入漏洞识别的强大变异器引擎

,例如「canaryhelloworldcanary」; input_string:进行变异操作的字符串,它可以是一个简单的字符串,或自定义Payload; fuzzer_engine:可选项包括essential.../all,该选项可以生成变异Payload,如果设置为essential(默认),引擎将生成数量更少但更精准的变异Payload,该选项建议在进行Web应用程序测试时使用。...如果设置为all,引擎将生成更适用于缓冲区溢出、资源敏感性任务处理或崩溃相关漏洞(DoS)场景的Payload; payload_complexity:可选项包括low/high,如果设置为low,引擎只会对原始输入执行一次变异...,如果设置为high,引擎会将变异Payload作为输入发送至另一个变异循环中; mutation_rate:默认为0.2,该值设置范围为0-1,0表示几乎没有变异,1表示变异程度最高,当设置为1时,...canary列): 工具使用演示 许可证协议 本项目的开发发布遵循MIT开源许可证协议。

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Vue2和Vue3响应式原理实现的核心

基于模板的语法:Vue.js 提供了一套模板语法,使得开发者可以简单地编写 HTML 模板,并将其 Vue.js 组件绑定。...,从而实现整个页面的更新。...属性描述符对象中包含以下可选属性: value:属性的值,默认为 undefined。 writable:如果为 true,则该属性的值可以被赋值运算符改变,默认为 false。...非变异方法,例如 filter,concat,slice 等,它们都不会修改原始数组,而会返回一个新的数组。 Vue2 的做法是把这些变异方法重写来实现监听数组变化。...handler 包含以下可选钩子函数(trap): get(target, prop):用于拦截对象的读取操作。 set(target, prop, value):用于拦截对象的赋值操作。

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ArcGIS空间分析笔记(汤国安)

进行拓扑编辑时,共享边或点的移动或修改不会影响要素之间的相对空间关系,所以拓扑编辑经常用于数据更新。...分类区统计操作注意 区域字段——选择表示分类区类别的字段,若是栅格数据则默认为value,即栅格单元值 在计算中忽略NoData——可选项,标示是否允许栅格数据中的空值参与运算,选中表明允许包含空值的单元参与运算...在每次类合并后,对各类之间的距离进行更新。合并类特征时采用的距离将用于构建树状图。...,协方差只这两点的值相关而与他们的位置无关 变异函数有关的内蕴平稳——假设是指具有相同距离和方向的任意两点的方差(即变异函数)是相同的。...又称半变差函数、半变异矩,是地统计分析的特有函数 区域化变量Z(x)在点x和x+h处的值Z(x)Z(x+h)差的方差的一半称为区域化变量Z(x)的办变异函数,记为r(h)。

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基于接口数据变异的App健壮性测试实践

从美团App平台业务的历史故障分析中,我们发现:网络请求返回的数据实现预期不符引发的Crash或核心功能缺失问题导致的故障占比最高,且影响面较广。...通过页面请求数据自动录制的方式,自动更新迭代请求数据和页面之间的绑定关系,使得基础数据能够随需求迭代更新,从而通过变异规则构造生成的用例也能够自动更新。...即假如数组中元素的结构完全一致,那么同含义的字段可以为他们分配不同的变异构造值,然后删减掉无效的构造情况。应用这种方法可以有效降低28%左右的用例构造数量。...Q5:首页可能调用10个接口,然后针对每个字段都进行异常验证吗?...A:对于首页关联的接口,我们在接口请求、录制过程中和录制完数据后,会对接口进行确认到底有哪些接口是我们需要验证的,这是一次性的成本,录制完成后,会对每个字段都进行异常验证,当然会有一些黑白名单的设置。

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如何使用TvypoDetect检测相似域名

关于TypoDetect TypoDetect是一款功能强大的域名检测工具,可以帮助广大蓝队研究人员、安全运维人员和企业安全部门检测跟自己域名相似的主动变异型域名,以防止网络犯罪分子利用这些域名进行网络欺诈活动...: -h, --help 显示帮助信息并退出 -u UPDATE, --update UPDATE (Y/N) 是否更新...OUTPUT JSON或TXT, 报告文件类型选项 (默认:JSON) 执行简单的分析: python3 typodetect.py 更新..."MX": [mx1, mx2, ...] } 每个字段包含下列信息: id: 变异整型ID "report_DoH": "" - 去中心化DNS域名..."A": 变异域名DNS中的IP地址和A记录 "MX": 变异域名DNS中的IP地址或CNAME记录 项目地址 TypoDetect:【点击底部阅读原文获取】

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Swift 周报 第四十二期

do 表达式将提供更清晰的习惯用法来对这些进行分组。...主要设计问题包括: 新的绑定模式:引入“借用 x”和“inout x”分别作为借用和变异模式绑定的语法。这些将允许借用或改变部分匹配值而不消耗它。...诸如绑定、通配符、元组、枚举、可选展开、布尔值、动态转换和表达式模式之类的模式将根据其所有权行为进行评估。 确定模式匹配所有权:探索确定模式匹配的所有权行为的方法。...聚合模式(元组和枚举)遵循其组件之间最严格的所有权行为:借用、变异或消费。 确定开关的效果:讨论如何通过句法标记或从应用模式推断所有权来确定开关对其主题的总体效果。...这些新的绑定形式可用于可选展开,并且其行为类似于根据其所有权要求切换主题。

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Kubernetes 1.15:25项增强功能,kubeadm喜提新logo

如果未在OpenAPI验证模式当中指定字段,则该字段即被视为未知。这项功能既关乎数据一致性,又与安全相关联。其强制要求将CRD开发者所指定的数据结构永久保存至etcd当中。...beta:Admission Webhook重新定位改进 对于需要对Kubernetes API进行扩展的项目而言,对admission webhook的变异验证正成为一种愈发主流的处理方式。...截至目前,webhook变异只需要以字母排序方式进行一次调用。这意味着较早运行的webhook无法根据稍后调用的webhook的输出结果做出反应。...其它值得关注的功能更新 在Kubernetes Core中支持Go模块。 继续为云供应商的提取代码组织需求做好准备。...最后,大家可以点击此处[3]获取此次更新修复的完整列表。 发布时间 Kubernetes 1.15目前已经可在GitHub上直接下载[4]。

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snpEff : 突变位点注释的又一利器

可以看到,就是在输入文件的INFO列新增了一个字段信息,字段的名字叫做ANN, 关于ANN中各个部分的详细信息可以参考VCF头部的注释部分。...Rank 只有当变异位点位于基因区域时才有值,会给出变异位点所处的exon/intron的编号和该基因的exon/intron的总数,比如一个突变位点位于基因的第3个exon上,该基因一共有12个exon..., 对应的Rank的值为3/12 当变异位点位于基因区域以外时,该字段的值为空 10....HGVS.c 采用HGVS标准命名的基因水平的变异情况 11....Distance 变异位点最近的特征的距离,当变异位点位于基因间区时,会给出最近的基因之间的距离;当变异位点位于exon区域时,会给出最近的内含子边界的距离,不同的情况,距离的定义不同。

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