R通常被用来进行数值计算比较多，字符串处理相对较少，而且关于字符串的函数也不多，用得多的就是substr、strsplit、paste、regexpr这几个了。实际上R关于字符串处理的功能是非常强大的，因为它甚至可以直接使用Perl的正则表达式，这也是R的一个理念，作为语言就把向量计算做到极致，作为环境，就在各领域都集成最好的。R中有grep系列的函数，可以用最强大的方式处理字符串的所有问题
自Aho、Weinberger、Kernighan三位大神发明了awk以来，使用者玩出了各种花样，今天来介绍一下awk的内置函数； 主要分为以下三类：算数函数、字符串函数、时间函数；
R语言在提取字符串上有着强大的能力，其中字符串可以看做为文本信息。今天需要跟大家介绍一款更为通用、更加底层的文本信息提取工具——正则表达式。
处理文本是每一种计算机语言都应该具备的功能，但不是每一种语言都侧重于处理文本。R语言是统计的语言，处理文本不是它的强项，perl语言这方面的功能比R不知要强多少倍。幸运的是R语言的可扩展能力很强，DNA/RNA/AA等生物序列现在已经可以使用R来处理。
前面我们提到过T分期一般可以分成T1,T2,T3和T4四个期。另外一个常用的临床特征是组织病理分期，一般也是分为四期stage I，stage II， stage III和stage IV。四组在我们做差异表达分析的时候是比较麻烦的。
文本信息: “Ta说群众笑脸smile是最好的扶贫成绩单1234”，按照以往的思路是知道英文字符在文本中的起始位置与终止位置，再根据位置提取出来。当数据量小的时候，这种思路操作是没什么毛病的，但是，当数据量大时，显然这种方法又土又麻烦。
R基础字符串处理函数 nchar paste strsplit tolower toupper casefold chartr gsub sub substr substring grep grepl regexpr R包stringr 字符串处理学习思路 拼接 对应拼接，如 (‘a’,’b’)+(‘c’,’d’) → (‘ac’,’bd’) 多拼为一，如 (‘a’,’cd’,’m’) → (‘acdm’) 拆分(根据pattern) 如’a.b.c.d’ → (‘a’,’b’,’
awk 作为文本处理优秀工具之一，它有自己丰富的运算符，可分为：算术运算符，赋值运算符，关系运算符，逻辑预算法，正则运算符。
表达式和变量： 这两点和其他主流的编程语言基本没有差别，这里直接跳过。 需要注意的是 ruby中 x=x+1 可以写成 x+=1 但是不支持 x++ , x-- 等一元运算符 比较运算符和表达式： 在ruby中可以直接在表达式中混合使用比较运算符，来实现如果满足某个逻辑则进行相应的表达式操作： 1 x = 10 2 puts "x is ten" if x == 10 # x is ten 除了if关键字还可以使用unless，这个表示和if相反的： 1 x = 24 2 puts "Y
学习数据分析，掌握一些灵巧的分析工具可以使得数据清洗效率事半功倍，比如在处理非结构化的文本数据时，如果能够了解一下简单的正则表达式，那么你可以免去大量的冗余代码，效率那叫一个高。 正则表达式是一套微型的袖珍语言，非常强大，依靠一些特定的字母和符号作为匹配模式，灵活组合，可以匹配出任何我们需要的的文本信息。 而且它不依赖任何软件平台，没有属于自己的GUI,就像是流动的水一样，可以支持绝大多数主流编程语言。 今天这一篇只给大家简单介绍正则表达式基础，涉及到一些常用的字符及符合含义，以及其在R语言和Python
前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub，还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。
我们经常用到替换，最常用的命令是sub或者gsub，这两个命令相当强大，但是也有缺点，比如每次只能操作1个替换对象，如果需要批量替换，则需要替换很多次，而且不能作用于数据框和矩阵。
变量名 含义 ARGC 命令行变元个数 ARGV 命令行变元数组 FILENAME 当前输入文件名 FNR 当前文件中的记录号 FS 输入域分隔符，默认为一个空格 RS 输入记录分隔符 NF 当前记录里域个数 NR 到目前为止记录数 OFS 输出域分隔符 ORS 输出记录分隔符
上一篇文章我们简单举了几个例子了解了一下awk命令的基本语法，这里，再次贴出来这个命令的基本语法，如下:
awk是一种编程语言，用于在linux/unix下对文本和数据进行处理。数据可以来自标准输入、一个或多个文件，或其它命令的输出。它支持用户自定义函数和动态正则表达式等先进功能，是linux/unix下的一个强大编程工具。它在命令行中使用，但更多是作为脚本来使用。awk的处理文本和数据的方式是这样的，它逐行扫描文件，从第一行到最后一行，寻找匹配的特定模式的行，并在这些行上进行你想要的操作。如果没有指定处理动作，则把匹配的行显示到标准输出(屏幕)，如果没有指定模式，则所有被操作所指定的行都被处理。awk分别代表其作者姓氏的第一个字母。因为它的作者是三个人，分别是Alfred Aho、Brian Kernighan、Peter Weinberger。gawk是awk的GNU版本，它提供了Bell实验室和GNU的一些扩展。下面介绍的awk是以GUN的gawk为例的，在linux系统中已把awk链接到gawk，所以下面全部以awk进行介绍。
本文描述问题及解决方法适用于 腾讯云 Elasticsearch Service（ES）。
Awk 是一个强大的文本分析工具，它每次读入一条记录，并把每条记录切分成字段后进行分析。Awk 官方文档是非常好的学习材料，通过man awk查看。
Ruby语言中，以对象为基本单位，可以说所有的元素都是对象。按照之前对于面向对象程序的理解，对象是指包含了特定属性和方法集合的一组程序。对象由类来定义，具体的表现为对象实例。也就是说，对象是类的实例化[2]。
其中pattern是要替换的字符，replacement是替换成的字符，x是对应的string或string vector。
本文介绍了一种将Windows路径转换为Linux路径的方法，通过使用Gawk工具对文件系统进行遍历，将Windows路径映射到Linux路径。该方法可以用于解决某些软件在跨平台部署时路径不兼容的问题。
Lua并不使用POSIX规范的正则表达式[4]（也写作regexp）来进行模式匹配。主要的原因出于程序大小方面的考虑：实现一个典型的符合POSIX标准的regexp大概需要4000行代码，这比整个Lua标准库加在一起都大。
AWK 脚本的结构 1 awk ' BEGIN{ print "start" } pattern { commands } END{ print "end" } file awk 脚本通常由3部分组成。 BEGIN ， END 和带模式匹配选项的常见语句块。这3个部分都是可 选项，在脚本中可省略任意部分。 AWK 脚本的执行 一、在命令行中执行 AWK 脚本 AWK 脚本包含在单引号之间 1 awk 'BEGIN { statements } { statements } END { end state
AWK是一个优良的文本处理工具，Linux及Unix环境中现有的功能最强大的数据处理引擎之一。awk经过改进生成的新的版本nawk,gawk，现在默认linux系统下日常使用的是gawk，用命令可以查看正在应用的awk的来源（ls -l /bin/awk ）. 这 种编程及数据操作语言（其名称得自于它的创始人 Alfred Aho 、Peter Weinberger 和 Brian Kernighan 姓氏的首个字母）的最大功能取决于一个人所拥有的知识。AWK 提供了极其强大的功能：可以进行样式装入、
正则表达式: 匹配一组字符: #[ns]a.\.xls //[]用于限定字符；“.”用于匹配任意字符; \.用于转义"." 匹配到s/na*.xls [nN] 匹配大小写；[0-9] 匹配0-9数字；[a-zA-Z0-9] 匹配任意字符数字 注意:"-"(连字符)是一个特殊的元字符,作为元字符只能用在[]中间 用^元字符进行取非操作，但是必须用在[]之间 #[ns]a[^0-9]\.xls 匹配n/sa*.xls *表示任意字符 使用元字符: 元字符自己使用必
awk不仅仅是linux系统中的一个命令，而且是一种编程语言；它可以用来处理数据和生成报告（excel）；处理的数据可以是一个或多个文件；可以是直接来自标准输入，也可以通过管道获取标准输入；awk可以在命令行上直接编辑命令进行操作，也可以编写成awk程序来进行更为复杂的运用。
目录 Awk是什么 命令行语法 脚本（Script）组成 模式（Pattern） 正则表达式（Regular Expression） 表达式（Expressions） 数组 内置变量 删除ARGV元素
-w：word 精确查找某个关键词 pattern less -S Data/example.gtf | grep -w 'gene' ##匹配文件中含有gene的文字
对于正则表达式，相信很多人都知道，但是很多人的第一感觉就是难学，因为看第一眼时，觉得完全没有规律可寻，而且全是一堆各种各样的特殊符号，完全不知所云。
这篇文章是 <Linux开发: 学习linux三剑客(awk、sed、grep)(上)>的续集。
awk是一种编程语言，用于在linux/unix下对文本和数据进行处理。 数据可以来自标准输入、一个或多个文件，或其它命令的输出。 它支持用户自定义函数和动态正则表达式等先进功能，是linux/unix下的一个强大编程工具。 它在命令行中使用，但更多是作为脚本来使用。 awk 的处理文本和数据的方式是这样的，它逐行扫描文件，从第一行到最后一行，寻找匹配的特定模式的行，并在这些行上进行你想要的操作如果没有指定处理动作，则把匹配的行显示到标准输出(屏幕)，如果没有指定模式，则所有被操作所指定的行都被处理。 awk 分别代表其作者姓氏的第一个字母因为它的作者是三个人，分别是 Alfred Aho、Brian Kernighan、Peter Weinberger。 gawk是awk的GNU版本，它提供了 Bell 实验室和 GNU 的一些扩展。
awk 'BEGIN{OFMT="%.3f"; fs=sin(3.14/2); fe=exp(1); fl=log(exp(2)); fi=int(3.1415); fq=sqrt(100); print fs, fe, fl, fi, fq;}'
原文链接：https://blog.csdn.net/fightsyj/article/details/83615498
接着重复这篇文章 Data Visualization and Analysis of Taylor Swift’s Song Lyrics
简单使用： awk ：对于文件中一行行的独处来执行操作 。 awk -F ：'{print $1,$4}' :使用‘：’来分割这一行，把这一行的第一第四个域打印出来 。 AWK命令介绍 awk
Awk、sed与grep，俗称Linux下的三剑客，它们之前有很多相似点，但是同样也各有各的特色，相似的地方是它们都可以匹配文本，其中sed和awk还可以用于文本编辑，而grep则不具备这个功用。sed是一种非交互式且面向字符流的编辑器(a “non-” stream- editor)，而awk则是一门模式匹配的编程语言，因为它的主要功能是用于匹配文本并处理，同时它有一些编程语言才有的语法，例如函数、分支循环语句、变量等等，当然比起我们常见的编程语言，Awk相对比较简单。
是两个正则表达式 , 其串联运算结果正则表达式的语言 , 就是其 两个正则表达式语言的 串联运算结果 ;
正则表达式在我们日程的工作项目中，应该是一个经常用到的技能。在做一些字符的匹配和处理的过程中，发挥了很大的作用。我们这篇文章主要是通过一个我在工作中遇到的性能问题，来探究下正则表达式是如何影响我们的代码性能的。在我们遇到了正则表达式有性能平静的时候，我们应该如何的来对它进行优化？
“不要使用正则表达式，否则你会遇到 2 个问题，而不是 1 个” ——专家是这么说的。对于那些想要有效地搜索大量模板的淘气者来说，还剩下什么呢？
2 . 引入 推广型的非确定性有限自动机 ( GNFA ) : 首先要构造一个推广的一般型的非确定性有限自动机 , 每次消除一个状态 , 最后只剩下两个状态 , 此时箭头上的正则表达式就是最终的正则表达式 ;
推荐几个正则表达式编辑器 Debuggex PyRegex Regexper 正则表达式是一种查找以及字符串替换操作。正则表达式在文本编辑器中广泛使用，比如正则表达式被用于： (Update:2015-11-17)更推荐看这篇文章正则表达式30分钟入门教程。 检查文本中是否含有指定的特征词 找出文中匹配特征词的位置 从文本中提取信息，比如：字符串的子串 修改文本 与文本编辑器相似，几乎所有的高级编程语言都支持正则表达式。在这样的语境下，“文本”也就是一个字符串，可以执行的操作都是类似的。 一些编程语言（比如
绝大多数的正则表达式都是基于perl语言的，所以大多数语言里面的正则表达式都是通用的。
正则表达式是一种用于匹配字符串模式的工具。它是一种高度灵活的文本处理工具，可以用于验证、筛选、查找和替换字符串。正则表达式基于一种特定的语法构建模式，这种模式可以用来描述和匹配字符串中的子串。
根据下面的 正则表达式 构造 非确定性有限自动机 ( NFA ) , 刚好能 识别上述正则表达式表示的语言 ;
正则表达式是一个特殊的字符序列，它能帮助你方便的检查一个字符串是否与某种模式匹配。在这篇文章之前，小编整理过Python正则表达式系列文章，如下所示：
我们先不解释什么是”正则表达式”，因为在本来就不明白的情况下，再去看一些专业的解释，会更加不明白。
正则表达式（简写为 regex 或者 regexp）基本上是定义一种搜索模式的字符串，可以被用来执行“搜索”或者“搜索并替换”操作，也可以被用来验证像密码策略等条件。 编译自 | http://linuxtechlab.com/bash-scripting-learn-use-regex-basics/ 作者 | Shusain 译者 | kimii 正则表达式Regular expressions（简写为 regex 或者 regexp）基本上是定义一种搜索模式的字符串，可以被用来执行“搜索”或者“搜
为了容易理解，会简单地结合正则表达式引擎的工作方式来讲。正则表达式引擎分为文本导向型（Text-directed Engines）和正则表达式导向型（Regex-directed Engines）两种。因为基本上采用的是正则表达式导向型的引擎，所以下文关于引擎工作方式的部分都是基于正则表达式导向型引擎的。
JavaScript 正则表达式，通常简写为 RegExp，是一种强大的文本匹配工具，它允许你通过一种灵活的语法来查找和替换字符串中的文本。正则表达式在编程中用途广泛，不仅限于 JavaScript，在许多编程语言中也都有类似的实现。
虽然本系列文章开篇会简单介绍正则表达式的一些基础知识，但主要限于本系列文章所想强调的要点，因此本系列文章并不适合用于入门。
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