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HiC数据分析实战之Hic-pro

现在才正式开始数据处理实战，其中实战的测试数据，参考基因组以及对应的软件安装都是在第3讲：流程及软件。...看懂了这些准备工作，现在就可以跟我一起来一步步走通Hic数据分析流程啦，首先回忆一下准备工作咯。...Caulobacter_crescentus_na1000.ASM2200v1.dna.toplevel.fa bacteria cat >genome.size Chromosome 4016942 测试数据...其中bwt2文件夹下有一些数据统计结果的输出文件，如mpairstat文件（如下）。...里面提到的各种文献，综述，测试数据，软件，待这个三维基因组更新完毕会统一打包发放哦，请大家不要着急。

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HiC数据分析实战（一）

首先需要明白数据分析流程，可以查看第一讲：三维基因组学习笔记，提炼流程如下： Hi-C标准分析流程(比对及过滤，原始互作图谱构建) 下载参考基因组及构建bowtie2索引把fq测序数据比对都参考基因组...过滤及挑选符合要求的比对结果原始互作图谱构建互作图谱迭代校正 Compartment分析 TAD分析显著互作Loops分析实战数据来自于Tung B....其中特别值得推荐，可以处理各种各样的hic数据，包括： Hi-C in situ Hi-C DNase Hi-C Micro-C capture-C capture Hi-C HiChip 安装hiclib...Hic-pro教程其说明书完全不逊于hiclib，详见：http://nservant.github.io/HiC-Pro 大体上看就6个步骤，比对、过滤HiC比对结果、检测有效HiC序列、结果合并、...其它实战数据集上面的是细菌基因组，测序文件也小很多，适合练手，如果熟练了也可以找其它数据集，比如Rose基因组的HiC原始数据下载地址： http://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov

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Redis 中有事务吗？有何不同？

一、引言在数据库领域，事务是一组原子性的操作，要么全部成功执行，要么全部失败回滚，以此来保证数据的一致性和完整性。Redis 作为一款高性能的键值存储数据库，也提供了事务相关的功能。...在一个事务中的所有操作，要么全部成功提交到数据库，使数据库从一个一致性状态转换到另一个一致性状态；要么在遇到任何错误时，整个事务回滚，数据库恢复到事务开始前的状态。...例如，在一个包含多个表的数据库中，如果一个事务涉及到对多个表的更新操作，关系型数据库会确保这些表之间的数据关系在事务执行前后保持一致。...RDB 是按照一定的时间间隔对数据库进行快照保存，这种方式在恢复数据时可能会丢失最近一次快照之后的一些数据修改。AOF 则是将写命令追加到一个文件中，通过重放 AOF 文件来恢复数据。...与传统关系型数据库相比，Redis 的持久性机制相对简单，并且在一些极端情况下可能无法提供与传统数据库相同级别的数据持久性保证。

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HiC数据辅组基因组组装之Lachesis

最后提炼出了数据分析流程，并且安装好了对应的软件，也就是第3讲：流程及软件。不过中间我还插播了一个文献解读。...实战我首先介绍的是：HiC数据分析实战之Hic-pro 然后关于实验细节我推荐了资源：Hic建库测序实验流程视频讲解（附送福利资源）现在插播一个学员投稿： Lachesis安装采坑全纪录卖萌哥倾情奉献

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HiC数据分析实战之通过文章来了解流程

本来准备直接实战了，但是在看一些新的paper 时候发现我漏掉了hic技术应用的文章解读，我还是需要带领大家看看那些已经发表的好文章到底是如何处理hic数据的。...GSE87585 北大李程课题组的研究人员比较了骨髓瘤细胞与正常B细胞之间的TAD的差异，在GM12878，RPMI8226与U266三个细胞系中，其分别得到了2756，3457，3342个TAD，其中有...虽然本次我们讲解HiC，但事实上这个文章利用的各种数据比较多，包括： ?...我们关心的HiC数据主要是4个HiC样本，如下： GSM2334835: Hi-C U266 MboI; Homo sapiens; OTHER GSM2334834: Hi-C U266 HindIII...数据量不小，想下载全部的4个hic样本来完全重复出来该文章的分析过程及结果对服务器计算资源的考验很大，其分析结果包括： ?

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什么是闭包，Java中有闭包吗？

什么是闭包，Java中有闭包吗？一、介绍闭包是什么？我学习Java以来，虽然听过这个名词，但我今天才第一次了解它。...所谓闭包，就是在函数中有另一个函数，这个内部函数可以作为参数，外部通过传递的方式，将函数传递进来。从而内部函数可以访问到外部函数的局部变脸。

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Juicer: HiC数据分析与辅助基因组组装

导读本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍，并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1....特点只需一次单击，用户就能够处理terabase规模的Hi-C数据集自动注释Loops和Domains Juicer是一款开源的程序与多个集群操作系统和Amazon Web Services兼容...结果 Juicer运行完成后主要有以下两个目录： splits splits目录下存放的是中间结果，由于hi-C数据量很大，所以会将原始序列拆分成很多份，并行运算，加快速度。...aligned aligned目录下存放的是最终结果，包含了可以导入juicebox的后缀为hic的图谱文件, inter.hic和inter_30.hic， 30表示通过MAPQ > 30进行过滤之后的结果

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HiChIP 数据分析: 用HiC-Pro预处理原始数据

用HiC-Pro预处理原始数据 HiC-Pro 是用于处理 Hi-C 数据的 pipeline，它从测序 reads（FASTQ 文件）开始，执行多个步骤，如 alignment、filtering、binning...最终输出文件是 raw 和 normalized contact matrices，以及关于输入数据质量的附加信息。...就像 restriction fragment 文件一样，HiC-Pro 的安装文件夹里提供了一个预编译的配置文件，名为 config-hic-pro.txt。...对于 alignment 步骤（-s mapping），我们使用如下命令： HiC-Pro=/home/Programs/HiC-Pro-2.11.1/bin/HiC-Pro $HiC-Pro -c...通过 -s quality_checks，HiC-Pro 会再创建两个子文件夹（hic_results/stats/ 和 hic_results/pic/），用于存放所有比对统计信息并以图形方式展示；所有这些结果文件夹还会进一步按

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植物的单细胞数据如何过滤线粒体基因

曾老师有一篇文章《猪的单细胞分析如何过滤线粒体基因》[1]，其中介绍了猪的单细胞数据分析应该如何过滤线粒体基因，本期我们参考此文章来看看植物的单细胞数据分析如何过滤线粒体基因。...由于是植物的单细胞数据，不能像做人单细胞数据分析那样pattern = "^MT-"来去除线粒体的影响，起因是拟南芥的基因名没有特定的标记，因此我们得自己寻找基因列表。...，而是一个数据框，这会影响后续的%in%，而unlist()的作用就是将list数据变成字符串向量或者数字向量的形式。...过滤线粒体基因添加线粒体信息 Seurat_object[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet( Seurat_object, features =...MTgenes,) 可视化查看数据情况如果有一些油滴里线粒体比例很高，而转录本很少，那可能是细胞已经破裂。

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「Workshop」第二十五期 HiC数据分析简介

Hic数据介绍及相关分析 1，什么是Hic数据？ Hi-C是研究染色质三维结构的一种方法。...2，Hic数据的优势通过Scaffold间的交互频率大小，可以对已组装的基因组序列进行纠错。基因信息不再仅仅是contig片段，而是被划分至染色体上，成为染色体水平。...3，目前的处理流程图片27.png 4，分析主要工具目前针对Hi-c数据处理的工具主要是Hic-pro和juicer 5，juicer的安装及使用 juicer由两部分组成：从原始数据到创建Hi-C...构建原始测序数据所在目录，并下载相关数据（测试数据）可选择。文件夹名字必须是fastq。...文件互作矩阵提取 pre 非juicer数据转.hic文件 Arrowhead arrowhead [-c chromosome(s)] [-m matrix size] [-r resolution]

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2万多行MyBatis源码中有多少设计模式吗｜文末赠书

场景介绍：SqlSessionFactory 是获取会话的工厂，每次使用MyBatis 操作数据库时，都会开启一个新的会话。...在会话工厂的实现中，SqlSessionFactory 负责获取数据源环境配置信息、构建事务工厂和创建操作SQL 的执行器，最终返回会话实现类。...MapperProxy 实现类，代理工厂实现的功能就是完成DAO 接口的具体实现类的方法，配置的任何一个DAO 接口调用的CRUD 方法，都会被MapperProxy 接管，调用到方法执行器等，并返回最终的数据库执行结果...这个类在MyBatis 中使用得非常频繁，包括解析数据源配置信息并填充到数据源类上，同时参数的解析、对象的设置都会使用这个类。同类场景：PropertyTokenizer。

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图解：数据结构中的6种「树」，大鹏问你心中有数吗？

数据结构这门课程是计算机相关专业的基础课，数据结构指的是数据在计算机中的存储、组织方式。...今天就带大家一起学习下，数据结构中的各种「树」，这也是面试中经常考察的内容，手撕二叉树是常规套路，对候选人也很有区分度，学完这篇文章，相信大家都会心中有「树」了。 ? 从树说起什么是树？...二叉树有了前面「树」的基础铺垫，二叉树是一种特殊的树，还记的上面我们学过「节点的度」吗？二叉树中每个节点的度不大于 2 ，即它的每个节点最多只有两个分支，通常称二叉树节点的左右两个分支为左右子树。...实际应用中有很多改进版的二叉查找树，目的是尽可能使得每个节点的深度不要过深，从而提高查询效率。比如AVL树和红黑树，可以将最坏效率降低至O(log n)，下面我们就来看下这两种改进的二叉树。...❞ ❝有一个1G大小的一个文件，里面每一行是一个词，词的大小不超过16字节，内存限制大小是1M，求频数最高的100个词 ❞ ❝1000万字符串，其中有些是重复的，需要把重复的全部去掉，保留没有重复的字符串

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Spring Batch 可以在一个 Step 中有多个 Tasklet 吗

根据 Spring Batch 的设计，在一个 Step 中只能执行一个 Tasklet。

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MySQL中有哪几类数据模型？

下面分别对这4种数据模型进行讲解。（1)层次模型。层次模型用树形结构表示数据之间的联系，它的数据结构类似一棵倒置的树，有且仅有一个根节点，其余节点都是非根节点。...网状模型用网状结构表示数据之间的关系，网状模型的数据结构允许有一个以上的节点无双亲和至少有一个节点可以有多于一个的双亲。...关系模型以数据表的形式组织数据，实体之间的关系通过数据表的公共属性表示，结构简单明了，并且有逻辑计算、数学计算等坚实的数学理论作为基础。关系模型是目前广泛使用的数据模型。（4）面向对象模型。...面向对象模型用面向对象的思维方式与方法来描述客观实体，它继承了关系数据库系统已有的优势，并且支持面向对象建模、对象存取与持久化以及代码级面向对象数据操作，是现在较为流行的新型数据模型。...任何一个数据库管理系统都是基于某种数据模型的，数据模型不同，相应的数据库管理系统就不同。

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你真得知道Java 中有几种创建线程的方式吗？

一、背景本文给出两个简单却很有意思的线程相关的题目题目1： Java 中有几种创建线程的方式？如果面试中遇到这个问题，估计很多人会非常开心，然而网上的诸多答案真的对吗？

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ELK：ElasticSearch中有数据,Kibana查询不到数据

ElasticSearch中有数据,Kibana查询不到数据多数原因就是Linux的时区问题，在linux输入date查看当前时间是否根本地相对应，不对应那么你就来对了，解决方案一、这个选择的时间根据自己

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新物种基因组组装

对人和鼠科研项目来说，各种NGS测序数据分析起来都是有成熟的流程和工具，但是并不是使用的物种都是有参考基因组和注释文件的，走流程的前提就需要先测定自己研究的物种的基因组，组装起来。...比如最近有粉丝咨询肺吸虫（Paragonimus westermani）也称“卫氏并殖吸虫”的转录组数据分析，我就顺手查了一下，发现ensembl等数据库并没有它的参考基因组信息。...其中 2014 Aug 12. doi: 10.7717/peerj.484 发表了它的线粒体基因组，然后 January 2019, giy146, https://doi.org/10.1093/gigascience...测序数据如下： ? 测序策略可以看到这个策略里面有pacbio，但是并没有10x和hic哈，属于比较简单的测序。组装效果评价： ? 组装效果评价可以看到，组装结果一般般吧。...没有10x和hic的基因组组装效果简直没法看。

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HiC-Pro:灵活的Hi-C数据处理软件

HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件，提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能，运行效率高，用法简便。...红色方框标记的是数据预处理部分，功能和HICUP软件类似，包括序列比对和筛选valid pairs；预处理之后就是binning, 构建不同分辨率下的原始的交互矩阵contact map, 最后对原始的...HiC-Pro的一个强大功能在于可以构建单倍型级别的Hi-C图谱，单倍型级别的Hi-C图谱有助于更加精细化理解基因组三维结构，进一步对基因调控等功能进行深入细致的研究。...序列比对 HiC-Pro采用了两步比对的策略，如下所示 ?...HIC-Pro还提供了一系列的质控标准，如下图所示 ? 一个高质量的文库绝大部分肯定都能够比对上基因组，如图A所示， R1和R2的比对率都很高。

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单细胞数据中到底应该如何处理线粒体基因

作者 | 周运来什么是线粒体基因线粒体是参与细胞凋亡启动和执行的主要细胞器之一。线粒体基因在大多数细胞中表达，其表达水平是细胞类型特异性的。也就是说这个也是和细胞类型及其状态有关系的。...凋亡细胞表达线粒体基因，并将这些转录产物输出到哺乳动物细胞的细胞质中。例如，当凋亡的细胞被放入正常的细胞悬液中，会检测到更多的线粒体基因。检测到的线粒体膜占总膜的百分比如图所示 ?...线粒体是参与细胞凋亡启动和执行的主要细胞器之一。细胞凋亡的过程依赖于一系列信号事件，包括线粒体基因表达的增加和半胱天冬酶的激活。...相比之下，含有50%活细胞的样本只显示线粒体基因表达略有增加(5-7%)，这表明存活率确实与观察到的线粒体转录本数量相关。...被裂解的细胞或细胞膜被破坏的细胞释放它们的细胞质转录本，而线粒体转录本可能仍然保留在双膜结合的线粒体内。具有完整线粒体的裂解细胞可能被gems包裹，这也增加了检测到的线粒体转录片段的概率。

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排序在数据分析中有多重要？

说不会对数据排序的举手，所有的手都放下了。拿到数据，谁还不会排序吗？就连你在打牌时都在排序。可是这一小小的操作，在数据分析中到底有多重要，有人知道吗？...排序，了解一组数据的最快速方法之一排序排序，为什么要排序，业务员和数据分析师在“为什么排序”的问题上也有不同程度的理解。...对于数据分析师来说，排序只是个开始，排序是诸多高级数据分析方法的基础操作。常挂在分析师嘴边的一句话是这么讲的：一组数据太多，我们能记得住的就是最大值、最小值、平均值、中值、百分位、标准差等。...当然对于有经验的数据分析师来说，按照顺序相邻两个数字之间的差距大小，排序还可以看出这组数据的变化跨度和趋势。...所以，面对庞大数据一筹莫展时，可以采用简单排序的方法对数据进行初步的了解，抓住关键的几个数字进行记忆或对数据进行整体性把握。

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