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J. Chem. Inf. Model. | 基于片段的药物设计和化合物结合评估的网络应用程序

今天为大家介绍的是来自John L. Kulp, III团队的一篇论文。基于片段的药物设计利用关于小化学片段如何以及以多大强度与蛋白质结合的数据,以构建新的药物分子。在过去的十年中,作者已经成功地在数十个临床前药物项目中使用了来自热力学的蒙特卡洛片段-蛋白结合模拟的片段数据。然而,由于模拟和设计工具的成本和复杂性,这种方法尚未为更广泛的研究社区所使用。作者开发了一个名为BMaps的网络应用程序,以大大简化的用户界面使基于片段的药物设计广泛可用。BMaps提供了对一个大型存储库(>550个)的蛋白质和数百个预计算片段地图、可药用热点和高质量水分布图的访问。用户还可以使用自己的结构或来自ProteinBank和AlphaFold DB的结构。BMaps在一个非常易于使用和自动化的网络应用程序中将传统工具与基于片段的设计相结合。

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