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一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据

爬虫是都不陌生的一个概念,比如百度、谷歌都有自己的爬虫工具去抓取网站、分析、索引,方便我们的查询使用。 在我们浏览网站、查询信息时,如果想做一些批量的处理,也可以去分析网站的结构、抓取网页、提取信息,然后就完成了一个小爬虫的写作。 网页爬虫需要我们了解URL的结构、HTML语法特征和结构,以及使用合适的抓取、解析工具。我们这篇先看一个简单的处理,给一个直观的感受:一个函数抓取网页的表格。以后再慢慢解析如何更加定制的获取信息。 HMDB (人类代谢组数据库)收录了很多代谢组的数据,用于代谢组学、临床化学、生物

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大数据ClickHouse(一):入门介绍与其特性

批处理会将源业务系统中的数据通过数据抽取工具(例如Sqoop)将数据抽取到HDFS中,这个过程可以使用MapReduce、Spark、Flink技术对数据进行ETL清洗处理,也可以直接将数据抽取到Hive数仓中,一般可以将结构化的数据直接抽取到Hive数据仓库中,然后使用HiveSQL或者SparkSQL进行业务指标分析,如果涉及到的分析业务非常复杂,可以使用Hive的自定义函数或者Spark、Flink进行复杂分析,这就是我们通常说的数据指标分析。分析之后的结果可以保存到Hive、HBase、MySQL、Redis等,供后续查询使用。一般在数仓构建中,如果指标存入Hive中,我们可以使用Sqoop工具将结果导入到关系型数据库中供后续查询。HBase中更擅长存储原子性非聚合查询数据,如果有大量结果数据后期不需要聚合查询,也可以通过业务分析处理考虑存入HBase中。对于一些查询需求结果反馈非常快的场景可以考虑将结果存入Redis中。

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