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GWAS数据没有提供eaf,如何是好……

,占比",length(harna)/r*100,"%")) print(paste0("一共有",length(error),"个SNP在输入数据与1000G中效应列与参照列,将剔除...,因为效应列是minor allele") print('corrected:EAF等于1000G中1-MAF,因为效应列是major allele') print("error:输入数据与...1000G里面提供的数据完全不一致,比如这个SNP输入的效应列是C,参照列是G,但是1000G提供的是A-T,这种情况下,EAF会被清空(NA),当成匹配失败") return(dat...数值,因为效应列是minor allele") print('corrected:EAF等于1000G中1-MAF,因为效应列是major allele') print("error:输入数据与...1000G里面提供的数据完全不一致,比如这个SNP输入的效应列是C,参照列是G,但是1000G提供的是A-T,这种情况下,EAF会被清空(NA),当成匹配失败") return(dat

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    从pandas中的这几个函数,我看懂了道家“一生二、二生三、三生万物”

    导读 pandas是用python进行数据分析最好用的工具包,没有之一!从数据读写到预处理、从数据分析到可视化,pandas提供了一站式服务。...而其中的几个聚合统计函数,不仅常用更富有辩证思想,细品之下不禁让人拍手称快、直呼叫好! ? 本文主要讲解pandas中的7个聚合统计相关函数,所用数据创建如下: ?...如果说前面的三个函数主要适用于pandas中的一维数据结构series的话(nunique也可用于dataframe),那么接下来的这两个函数则是应用于二维dataframe。...05 pivot_table pivot_table是pandas中用于实现数据透视表功能的函数,与Excel中相关用法如出一辙。 何为数据透视表?...数据透视表本质上仍然数据分组聚合的一种,只不过是以其中一列的唯一值结果作为行、另一列的唯一值结果作为列,然后对其中任意(行,列)取值坐标下的所有数值进行聚合统计,就好似完成了数据透视一般。

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    玩转Pandas,让数据处理更easy系列6

    01 系列回顾 玩转Pandas系列已经连续推送5篇,尽量贴近Pandas的本质原理,结合工作实践,按照使用Pandas的逻辑步骤,系统地并结合实例推送Pandas的主要常用功能,已经推送的5篇文章:...Numpy中只能通过位置找到对应行、列,因此Pandas是更强大的具备可插可删可按照键索引的工具库。...04 分(splitting) 分组就是根据默认的索引映射为不同索引取值的分组名称,来看如下所示的DataFrame实例df_data,可以按照多种方式对它分组,直接调用groupby接口, ?...([ 'A', 'B'] ) 05 选择分组 分组后返回的对象类型为:DataFrameGroupBy,我们看下按照列标签'A'分组后,因为'A'的可能取值为:foo, bar ,所以分为了两组,通过DataFrameGroupBy...06 治:分组上的操作 对分组上的操作,最直接的是使用aggregate操作,如下,求出每个分组上对应列的总和,大家可以根据上面的分组情况,对应验证: agroup = df.groupby('A')

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    案例 | 用pdpipe搭建pandas数据分析流水线

    仓库https://github.com/CNFeffery/DataScienceStudyNotes 1 简介 在数据分析任务中,从原始数据读入,到最后分析结果出炉,中间绝大部分时间都是在对数据进行一步又一步的加工规整...令人兴奋的是pdpipe充分封装了pandas的核心功能尤其是apply相关操作,使得常规或非常规的数据分析任务都可以利用pdpipe中的API结合自定义函数来优雅地完成,小小领略到pdpipe的妙处之后...: 图13 2.2.2 col_generation col_generation中包含了从原数据中产生新列的若干功能: AggByCols:   这个类用于将指定的函数作用到指定的列上以产生新结果(...: 图18 ApplyByCols:   这个类用于实现pandas中对列的apply操作,不同于AggByCols中函数直接处理的是列,ApplyByCols中函数直接处理的是对应列中的每个元素。...: 图19 ApplyToRows:   这个类用于实现pandas中对行的apply操作,传入的计算函数直接处理每一行,主要参数如下: func:传入需要计算的函数,对每一行进行处理 colname

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    (数据科学学习手札72)用pdpipe搭建pandas数据分析流水线

    本文对应脚本及数据已上传至我的Github仓库https://github.com/CNFeffery/DataScienceStudyNotes 1 简介   在数据分析任务中,从原始数据读入,...令人兴奋的是pdpipe充分封装了pandas的核心功能尤其是apply相关操作,使得常规或非常规的数据分析任务都可以利用pdpipe中的API结合自定义函数来优雅地完成,小小领略到pdpipe的妙处之后...图7 DropNa:   这个类用于丢弃数据中空值元素,其主要参数与pandas中的dropna()保持一致,核心参数如下: axis:0或1,0表示删除含有缺失值的行,1表示删除含有缺失值的列...图13 2.2.2 col_generation col_generation中包含了从原数据中产生新列的若干功能: AggByCols:   这个类用于将指定的函数作用到指定的列上以产生新结果...图18 ApplyByCols:   这个类用于实现pandas中对列的apply操作,不同于AggByCols中函数直接处理的是列,ApplyByCols中函数直接处理的是对应列中的每个元素。

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    疫情这么严重,还不待家里学Numpy和Pandas?

    #获取第一列,0后面加逗号 a[0,:] #按轴计算:axis=1 计算每一行的平均值 a.mean(axis=1) pandas二维数组:数据框(DataFrame) #第1步:定义一个字典,映射列名与对应列的值...值 2)在pandas中,将缺失值表示为NA,表示不可用not available。.../pandas-docs/stable/generated/pandas.DataFrame.dropna.html #删除列(销售时间,社保卡号)中为空的行 #how='any' 在给定的任何一列中有缺失值就删除...是你原始数据中的日期的格式 salesDf.loc[:,'销售时间']=pd.to_datatime(salesDf.loc[:,'销售时间'], formate='%y-%m-%d', errors...,需要修改成从0到N按顺序的索引值 salesDf=salesDf.reset_index(drop=True) salesDf.head() 5.异常值处理 #通过描述指标可以看出销售数量不可以小于0

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    Pandas知识点-绘制统计图

    使用matplotlib可以绘制各种各样的统计图,Pandas对matplotlib中的绘图方法进行了更高层的封装,使用起来更简单方便。...本文使用的数据来源于网易财经,具体下载方法可以参考:Pandas知识点-DataFrame数据结构介绍 一、数据准备 数据文件是600519.csv,将此文件放到代码同级目录下,从文件中读取出数据。...绘制散点图时,通过x参数和y参数指定散点图的x轴数据和y轴数据。x和y都是DataFrame中的列标签,绘图时会根据列标签读取对应列的数据。 s: 使用s参数设置散点图中点的大小。...c: c参数用于设置散点图的颜色,可以指定一个颜色,也可以设置成一个数组或浮点数,如例子中使用numpy生成一个随机的数组,颜色随机从cmap中获取。...设置bottom参数后,柱状图会沿y轴方向上移,如设置为200,则柱状图上移200,从y坐标为200的地方开始绘制,柱状图的长度不发生改变。例子中的0.5相对于2000多的数值差距太大,看不出来。

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    收藏 | 提高数据处理效率的 Pandas 函数方法

    ”模块中的“LabelEncoder”方法来对其进行打标签,而在“pandas”模块中也有相对应的方法来对处理,“factorize”函数可以将离散型的数据映射为一组数字,相同的离散型数据映射为相同的数字...: 3},但是有时候离散值取值之间没有大小的意义,例如颜色:【红色、蓝色、黄色】等,而这个时候用上述的方法就不太合适了,我们会使用独热编码的方式来对离散值进行编码。...所谓独热编码,就是将离散型特征的每一种取值都看成一种状态,若某一个特征当中有N个不相同的取值,则我们就可以将该特征抽象成N中不同的状态。...df.head() 05 pandas.clip() 由于极值的存在,经常会对模型的训练结果产生较大的影响,而在“pandas”模块中有针对极值的处理方法,“clip”方法中对具体的连续型的数据设定范围...Julia Computing 获 2400 万美元融资,前 Snowflake CEO 加入董事会 芯片开发语言:Verilog 在左,Chisel 在右 深度学习实现场景字符识别模型|代码干货

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    Python大数据之pandas快速入门(二)

    基本格式: 语法 说明 df.loc[起始行标签:结束行标签, 起始列标签:结束列标签] 根据行列标签范围获对应行的对应列的数据,包含起始行列标签和结束行列标签 df.iloc[起始行位置:结束行位置..., 起始列位置:结束列位置] 根据行列标签位置获对应行的对应列的数据,包含起始行列位置,但不包含结束行列位置 演示示例: 示例1:获取 china_df 中前三行的前三列的数据,分别使用上面介绍的loc...和iloc实现 示例实现: 1)示例1:获取 china_df 中前三行的前三列的数据,分别使用上面介绍的loc和iloc实现 # 示例1:获取 china_df 中前三行的前三列的数据,分别使用上面介绍的...根据列标签获取所有行的对应列的数据,结果为:DataFrame df['列标签'] 根据列标签获取所有行的对应列的数据 1)如果结果只有一列,结果为:Series, 行标签作为 Series 的索引标签...:获取所有行的 pop 列的数据 china_df[['pop']] 3)示例3:获取前三行的数据 # 示例3:获取前三行的数据 china_df[0:3] 4)示例4:从第一行开始,每隔一行获取一行数据

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    用Python玩转Excel | 更快更高效处理Excel

    Pandas的两个重要概念 要理解Pandas,就必须先理解Series和DataFrame Series是一种类似于一维数组的对象,它由一组数据,以及一组与之相关的数据标签(索引)组成,表格中的中每一列...DataFrame是Pandas中的一个表格型的数据结构,由一组有序的列构成,其中每一列都可以是不同的值类型。DataFrame既有行索引也有列索引,可以看作是由Series组成的字典。...='Sheet1') print(data) # 一些比较常用的读取方法 # 1.从第N行开始读取,使用header参数 data = pd.read_excel('file.xlsx',header...=2,sheet_name='Sheet1') # 2.使用dtype指定对应列的数据类型 data = pd.read_excel('file.xlsx',dtype={'name':str,'age...':str}) 这样就可以把sheet1表格中的数据全部读取出来了,而且效率很高。

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    【揭秘】为什么switch...case比if...else执行效率高

    本文尝试从汇编的角度予以分析并揭晓其中的奥秘。...(gdb) 分析: 在foo_ifelse()中,采用的方法是按顺序比较,如满足条件,则执行对应的代码,否则跳转到下一个分支再进行比较; 在foo_switch()中,下面的这段汇编代码比较有意思,...注意: 第17行 jmp eax 也就是说,当c的取值不同,是什么机制保证第17行能跳转到正确的位置开始执行呢?...,虽然c的取值不同但是跳转的IP确实是精准无误的,一定是编译阶段就被设定好了,果真如此吗?...一旦foo开始运行,对应的内存地址就填写上了正确的待跳转地址,接下来只不过是根据c的取值计算出对应的IP存放的内存起始地址X,从X中取出待跳转的地址,直接跳转就好。

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    PySpark SQL——SQL和pd.DataFrame的结合体

    导读 昨日推文PySpark环境搭建和简介,今天开始介绍PySpark中的第一个重要组件SQL/DataFrame,实际上从名字便可看出这是关系型数据库SQL和pandas.DataFrame的结合体,...1)创建DataFrame的方式主要有两大类: 从其他数据类型转换,包括RDD、嵌套list、pd.DataFrame等,主要是通过spark.createDataFrame()接口创建 从文件、数据库中读取创建...之后所接的聚合函数方式也有两种:直接+聚合函数或者agg()+字典形式聚合函数,这与pandas中的用法几乎完全一致,所以不再赘述,具体可参考Pandas中groupby的这些用法你都知道吗?一文。...,当接收列名时则仅当相应列为空时才删除;当接收阈值参数时,则根据各行空值个数是否达到指定阈值进行删除与否 dropDuplicates/drop_duplicates:删除重复行 二者为同名函数,与pandas...),第二个参数则为该列取值,可以是常数也可以是根据已有列进行某种运算得到,返回值是一个调整了相应列后的新DataFrame # 根据age列创建一个名为ageNew的新列 df.withColumn('

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    用Pandas从HTML网页中读取数据

    首先,一个简单的示例,我们将用Pandas从字符串中读入HTML;然后,我们将用一些示例,说明如何从Wikipedia的页面中读取数据。...从CSV文件中读入数据,可以使用Pandas的read_csv方法。...我们平时更多使用维基百科的信息,它们通常是以HTML的表格形式存在。 为了获得这些表格中的数据,我们可以将它们复制粘贴到电子表格中,然后用Pandas的read_excel读取。...read_html函数 使用Pandas的read_html从HTML的表格中读取数据,其语法很简单: pd.read_html('URL_ADDRESS_or_HTML_FILE') 以上就是read_html...中读取数据并转化为DataFrame类型 本文中,学习了用Pandas的read_html函数从HTML中读取数据的方法,并且,我们利用维基百科中的数据创建了一个含有时间序列的图像。

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