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    使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组的简单例子

    今天的推文简单介绍一下使用GeOrganelle这款软件利用全基因组重测序数据组装叶绿体基因组的过程 现在做植物的叶绿体基因组基本上都是直接以新鲜叶片做材料,提取总DNA测序,构建二代测序文库,然后利用现成的软件组装叶绿体基因组...,省去了提取叶绿体的步骤 利用总DNA测序的数据组装叶绿体基因组的软件很多,有一篇综述介绍这些工具 https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186...今天这篇推文我使用 GetOrganelle 这个软件软件的Github链接 https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle 对应的论文 https://genomebiology.biomedcentral.com...软件的github主页对软件的使用方法介绍的很详细,这款软件是昆明植物所的老师开发的,还开设了qq群进行答疑,qq群号在gitbub的主页末尾可以看到 安装直接使用conda,非常容易 conda install...get_organelle_from_reads.py -1 R1.fastq -2 R2.fq -o plastome_output -R 15 -k 105,121 -F embplant_pt 如果组装成功最后会得到两条序列,这两条序列差别在单拷贝区方向不同

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