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获取基因有效长度N种方法

我总结了几种获取基因有效长度(或非冗余总外显子长度、总转录本长度方法,现整理如下: 一、从上游输出文件结果中获取基因有效长度 一般而言,RNA-seq得到原始counts表达矩阵最常用到上游软件就是...首先看看从gtf文件中获取基因有效长度两种方法是否有差异。...,发现有一半efflen是不匹配?...仔细一想这也是可以理解,因为上游中salmon是对样本中转录本进行统计,这说明了样本中有一半基因并未表达其全部转录本而已: salmon和gtf中获取efflen比较 再将geneid_efflen_gtf1...gtf中获取efflen比较 总结: 获取基因有效长度最简便方法是直接从featureCounts或salmon输出文件中提取。

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四种获取fasta序列长度方法

在处理fasta序列时候,我们经常需要获取每一条fasta序列长度。今天小编就跟大家来分享四种获取fasta序列长度方法。 一、awk awk '/^>/{if (l!...fai文件如下,前两列正好就是fasta序列名字和长度。....fai文件每一列具体含义 第一列 NAME : 序列名称,只保留“>”后,第一个空白之前内容; 第二列 LENGTH: 序列长度, 单位为bp; 第三列 OFFSET :...第一个碱基偏移量, 从0开始计数,换行符也统计进行; 第四列 LINEBASES : 除了最后一行外, 其他代表序列碱基数, 单位为bp; 第五列 LINEWIDTH : 行宽, 除了最后一行外..., 其他代表序列长度, 包括换行符, 三、seqkit conda install seqkit seqkit fx2tab --length --name --header-line test.fasta

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Python 找出出现次数超过数组长度一半元素实例

利用字典记录每个元素出现次数——然后找出元素出现次数超过数组长度一半元素 普遍性解法针对任何次数统计均适用而不光只是针对出现次数超过数组长度一半情况 """ _target =..., _debug=False): """ 特殊性解法 假设有两个元素出现次数都超过数组长度一半就会得出两个元素出现次数超出了数组长度矛盾结果——所以超过数组长度一半元素是唯一...排序后在数组中间一定是目标解 特殊性解法只能针对元素出现次数超过数组长度一半情况 """ _list.sort() if _debug: print(_list[len(_list...2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1], False) self.assertEqual(actual_result, 2) if __name__ == "__main__": # 找出出现次数超过数组长度一半元素...) / x_slices 四分之一圆面积积分为:quarter_circle_s 以上这篇Python 找出出现次数超过数组长度一半元素实例就是小编分享给大家全部内容了,希望能给大家一个参考。

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《剑指offer》数组中出现次数超过数组长度一半数字

如果您对本期有不同或者更好见解,请后台留言,喜欢请点个好看,谢谢阅读。 题目 数组中有一个数字出现次数超过数组长度一半,请找出这个数字。...例如输入一个长度为9数组{1,2,3,2,2,2,5,4,2}。由于数字2在数组中出现了5次,超过数组长度一半,因此输出2。如果不存在则输出0。.../ 2) { return numbers[i]; } } return 0; } } 解法2: 目标值个数比其他所有值加起来数多...记录两个变量 1.数组中某个值 2.次数 1.当前遍历值和上一次遍历值相等?...2.次数变为0后保存新值。 3.遍历结束后保存值,判断其是否复合条件 事件复杂度O(n) 不需要开辟额外空间 , 逻辑稍微复杂。

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js获取元素几种形式

通过id获取元素 document.getElementById('div');//获取id为div元素 通过class获取 document.getElementsByClassName('top'...);//获取页面中所有的class为top元素集合 通过标签名获取 document.getElementsByTagName('p');//获取页面中所有的标签为p元素集合 通过name获取 document.getElementsByName...('user');//获取页面中所有的name为user元素集合 注意:通过class,name标签名抓取元素是一个集合,即使该类只有一个符合要求元素目标,也返回是一个集合,因此可以存储变量,通过变量名...[0]获得第一个符合要求标签目标....简单可以将返回的当做一个存储符合数组,通过下标进行找到指定位置. 当然也可以使用数组方法返回,集合目标数. alert(tops.length)可以提示出class为top目标数

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