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全长转录组 | 三代全长转录组分析流程(PacBio & ONT )-- IsoQuant

今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - IsoQuant。2023年1月2日,康奈尔大学医学院Hagen U. Tilgner团队和圣彼得堡国立大学Andrey D. Prjibelski团队合作在Nature Biotechnology(NBT)杂志发表题为 “Accurate isoform discovery with IsoQuant using long reads” 的文章 (图1)。作者开发了 IsoQuant -- 一款使用内含子图(intron graphs)的计算工具,在有参考基因组注释或者无参的情况下能够利用长度长序列准确重构转录本。对于新的转录本发现,IsoQuant 使Oxford Nanopore(ONT)数据在有参或无参模式下的假阳性率分别降低了5倍和2.5倍。IsoQuant 同时也提高了Pacific Biosciences数据的性能。

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浅谈Vim

一、基本介绍 vim(Vi IMproved)顾名思义是vi的改进版,那么vi是什么? vi 是一种常用于GNU/Linux下的一款编辑器,随着需求的不断扩充,在vi的基础上做了很多改进,于是vim诞生了。 vim相对于vi的这些优势主要体现在以下几个方面: 1、多级撤消我们知道在vi里,按 u只能撤消上次命令,而在vim里可以无限制的撤消。 2、易用性vi只能运行于unix中,而vim不仅可以运行于unix,windows ,mac等多操作平台。 3、语法加亮vim可以用不同的颜色来加亮你的代码。 4、可视化操作就是说vim不仅可以在终端运行,也可以运行于x window、 mac os、 windows。 5、对vi的完全兼容某些情况下,你可以把vim当成vi来使用。 由此可见vim是一款非常强大、非常受欢迎的一款文本编辑器。 官方网站:http://www.vim.org/ linux下安装vim-minimal软件包 如果是在Linux下,可以安装VIM-Enhance使其扩展为完整版本的VIM

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