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Python解析psiBlast输出JSON文件结果

什么是JSON文件 JSON文件是一种轻量级数据存储和交换格式,其实质是字典和列表组合。这在定义生信分析流程参数文件中具有很好应用。...Python解析PSIBLASTJSON输出结果 BLAST输出结果可以有多种,在线配对比较结果,线下常用表格输出,这次尝试JSON输出,运行命令如下 psiblast -db nr -out...JSON结果获取匹配蛋白名字和序列,JSON文件解析关键是知道关注信息在哪个关键字下可以找到,然后需要怎么操作进入到关键字所在数据层,具体操作见如下视频,视频中一步步尝试如何不断试错,解析JSON...文件,获得想要Python脚本和解析结果。...vid=p0542g1puwt&width=640&height=360&auto=0

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1. 初识Jackson -- 世界最好JSON

当然喽说它是世界最好JSON库并非一家之言,是官网上它自己说,我免责申明哈。 ?...Jackson官网 对它自己有如下描述: Jackson旧称为:Java(或JVM平台)标准JSON库,或者是Java最佳JSON解析器,或者简称为“JavaJSON” 从这名字就霸气外露了,...更重要是,Jackson是一套JVM平台 数据处理(不限于JSON) 工具集:包括 一流 JSON解析器/ JSON生成器、数据绑定库(POJOs to and from JSON);并且提供了相关模块来支持...,除了Jackson本身将其用于读取/写入JSON和其他格式之外,它还允许生成外部模式。...Java类生成JSON jackson-json-schema-maven-plugin:maven插件,用于生成JSON … 说明:本部分因实际应用场景实在太少,为了不要混淆主要内容,此部分后面亦不会再提及

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1. 初识Jackson -- 世界最好JSON

当然喽说它是世界最好JSON库并非一家之言,是官网上它自己说,我免责申明哈。...Jackson官网 对它自己有如下描述: Jackson旧称为:Java(或JVM平台)标准JSON库,或者是Java最佳JSON解析器,或者简称为“JavaJSON” 从这名字就霸气外露了,NB...一流 JSON解析器/ JSON生成器、数据绑定库(POJOs to and from JSON);并且提供了相关模块来支持 Avro, BSON, CBOR, CSV, Smile, Properties...,除了Jackson本身将其用于读取/写入JSON和其他格式之外,它还允许生成外部模式。...Java类生成JSON jackson-json-schema-maven-plugin:maven插件,用于生成JSON ...说明:本部分因实际应用场景实在太少,为了不要混淆主要内容,此部分后面亦不会再提及

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1. 初识Jackson -- 世界最好JSON

当然喽说它是世界最好JSON库并非一家之言,是官网上它自己说,我免责申明哈。...Jackson官网 对它自己有如下描述: Jackson旧称为:Java(或JVM平台)标准JSON库,或者是Java最佳JSON解析器,或者简称为“JavaJSON” 从这名字就霸气外露了,NB...一流 JSON解析器/ JSON生成器、数据绑定库(POJOs to and from JSON);并且提供了相关模块来支持 Avro, BSON, CBOR, CSV, Smile, Properties...,除了Jackson本身将其用于读取/写入JSON和其他格式之外,它还允许生成外部模式。...Java类生成JSON jackson-json-schema-maven-plugin:maven插件,用于生成JSON ...说明:本部分因实际应用场景实在太少,为了不要混淆主要内容,此部分后面亦不会再提及

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1】GAN在医学图像生成,今如何?

Baur(2018a)采用渐进式PGAN(Karras 2017)合成皮肤病变高分辨率图像,效果极佳,连专业皮肤科医生都无法地分辨是不是合成。 ? 条件GAN图像生成 1....而且由于成对训练数据集并不是完美的匹配,他们训练不受此影响,甚至带来了更好结果。Zhao(2018a)Deep-supGAN将头部3D MR数据映射到其CT图像,以促进颅颌面骨结构分割。...为获得更好转换结果,他们提出了“deep-supervision discriminator(深度监督鉴别器)”,类似于“perceptual loss”,利用预训练VGG16模型提取特征表示来区分真实和合成...作者强调添加标签label图会带来全局更真实合成效果,并在合成数据训练肿瘤检测模型验证了他们合成PET图像,获得了与在真实数据训练模型媲美的结果。...作者认为,单cGAN会产生模糊图像。将综合任务分解为更小更稳定子问题可以改善结果。 ? 6. 生成超声图像 超声图像合成模拟。

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PHP 8.3 新特性解读

var_dump($str); 输出包含了弃用消息: Deprecated: Decrement on empty string is deprecated as non-numeric in … int...但是,一旦值被添加到静态变量表中,它就不能用另一个函数调用来重新初始化,例如: getInitValue(2); 静态变量值仍然是int(1),如下面脚本输出所示:int(1) int(1)。...> 输出是: int(1) 动态类常量查找 PHP 8.3 引入了新查找类常量语法。在 PHP 8.3 之前,必须使用constant()函数来查找类常量,如下所示: <?...php var_dump(unserialize('i:1;')); var_dump(unserialize('b:1;i:2;')); 这将生成警告消息: unserialize(): Extra...php var_dump(json_validate('{ "obj": { "k": "v" } }')); 输出为: bool(true) 被弃用小功能 PHP 8.3 弃用了一些未被使用小功能

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从零开始学 Web 之 Ajax(二)PHP基础语法

PHP代码必须在服务器执行。 2、打印语句 echo: 作用在页面中输入字符串(只能打印字符串,数字等简单类型) print_r :输出复杂类型 var_dump输出复杂类型 int 1 1 => int 2 2 => int 3 3 => int 4 4 => int 5 3、变量声明和使用 变量声明和使用都需要加 "$" 符号。...($arr); echo json_encode($arr); 打印结果: array (size=2) 0 => array (size=3) 0 => string '1'...) [["1","2","3"],["4","5","6"]] 7、函数 系统函数:比如: json_encode:PHP中将数组转化为 json 格式字符串。...var_dump输出复杂数据类型 print_r:输出复杂数据类型 count:得到数组长度 自定义函数: 和 js 类似,以 function 进行声明。

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数学相关函数在PHP中应用简介

ceil() 用于舍弃小数位,并返回向上一个整数,比如我们测试代码中 2.1 使用 ceil() 之后返回结果是 3 。而 -2.9 返回结果则是 2 。...var_dump(max(10, 20, 39, 25)); // int(39) var_dump(min(5, 3, 1, 9, 8)); // int(1) var_dump(max([10,...20, 39, 25])); // int(39) var_dump(min([5, 3, 1, 9, 8])); // int(1) max() 函数用于返回指定参数中最大那个数,min() 函数用于返回指定参数中最小那个数...而 log1p() 返回则是 log(1+number) 结果,也就是给对数默认加了 1 。exp() 函数是计算 e 指数,测试代码中计算就是 e12 值。...NaN cannot be JSON encodedbool(true) 是不是很诡异一种数据类型,需要判断一个计算结果是不是 NAN 类型,只能使用 is_nan() 这个函数。

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API接口开发简述示例

APIStore 先了解下 API : 1、API 比开发 WEB 更简洁,但可能逻辑更复杂,API 只返回结果,也就是只完成数据输出,不呈现页面, 2、WEB 开发,更多是 GET 和 POST...= 200) { var_dump($httpcode, '接口请求失败'); } else { $ret = json_decode($response, true); var_dump...($ret); } 页面输出结果: array(4) { ["code"]=>int(0) ["info"]=>string(7) "success" ["data"]=>...或 switch 或 很多框架里用到统一入口通过调用类函数形式实现 2、数据输出建议使用 jsonjson 具有很强跨平台性,大多编程语言都支持 json 解析,json 正在逐步取代 xml...这样做目的,一方面是保护接口安全,防止输出不该打印错误信息 另一方面是保证输出是正确数据格式,如 json,假如不是标准 json 格式,客户端在解析时就会出错,由此影响客户端正常运转

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